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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3654 | |||||||||
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タイトル | Structure of an ABC transporter | |||||||||
マップデータ | Map after post-processing and masking | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 biotin transmembrane transporter activity / biotin transport / riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / sphingolipid transporter activity / external side of apical plasma membrane / renal urate salt excretion / urate transmembrane transporter activity / urate metabolic process / Abacavir transmembrane transport ...biotin transmembrane transporter activity / biotin transport / riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / sphingolipid transporter activity / external side of apical plasma membrane / renal urate salt excretion / urate transmembrane transporter activity / urate metabolic process / Abacavir transmembrane transport / organic anion transport / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / organic anion transmembrane transporter activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / transepithelial transport / export across plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter / Paracetamol ADME / ABC-type xenobiotic transporter activity / Ciprofloxacin ADME / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / cellular detoxification / Heme biosynthesis / Heme degradation / xenobiotic transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / mitochondrial membrane / brush border membrane / Iron uptake and transport / transmembrane transport / apical plasma membrane / membrane raft / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å | |||||||||
データ登録者 | Taylor NMI / Manolaridis I / Jackson SM / Kowal J / Stahlberg H / Locher KP | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Structure of the human multidrug transporter ABCG2. 著者: Nicholas M I Taylor / Ioannis Manolaridis / Scott M Jackson / Julia Kowal / Henning Stahlberg / Kaspar P Locher / 要旨: ABCG2 is a constitutively expressed ATP-binding cassette (ABC) transporter that protects many tissues against xenobiotic molecules. Its activity affects the pharmacokinetics of commonly used drugs ...ABCG2 is a constitutively expressed ATP-binding cassette (ABC) transporter that protects many tissues against xenobiotic molecules. Its activity affects the pharmacokinetics of commonly used drugs and limits the delivery of therapeutics into tumour cells, thus contributing to multidrug resistance. Here we present the structure of human ABCG2 determined by cryo-electron microscopy, providing the first high-resolution insight into a human multidrug transporter. We visualize ABCG2 in complex with two antigen-binding fragments of the human-specific, inhibitory antibody 5D3 that recognizes extracellular loops of the transporter. We observe two cholesterol molecules bound in the multidrug-binding pocket that is located in a central, hydrophobic, inward-facing translocation pathway between the transmembrane domains. Combined with functional in vitro analyses, our results suggest a multidrug recognition and transport mechanism of ABCG2, rationalize disease-causing single nucleotide polymorphisms and the allosteric inhibition by the 5D3 antibody, and provide the structural basis of cholesterol recognition by other G-subfamily ABC transporters. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3654.map.gz | 6.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3654-v30.xml emd-3654.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3654_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3654.png | 56.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3654 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3654 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3654_validation.pdf.gz | 258.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3654_full_validation.pdf.gz | 257.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3654_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3654 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3654 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3654.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map after post-processing and masking | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.039 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Nanodisc-reconstituted ABCG2 in complex with 5D3-Fab
全体 | 名称: Nanodisc-reconstituted ABCG2 in complex with 5D3-Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Nanodisc-reconstituted ABCG2 in complex with 5D3-Fab
超分子 | 名称: Nanodisc-reconstituted ABCG2 in complex with 5D3-Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Nanodisc-reconstituted ABCG2
超分子 | 名称: Nanodisc-reconstituted ABCG2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: 5D3-Fab
超分子 | 名称: 5D3-Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: ATP-binding cassette sub-family G member 2
分子 | 名称: ATP-binding cassette sub-family G member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 73.395742 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DYKDDDDKGS SSSNVEVFIP VSQGNTNGFP ATASNDLKAF TEGAVLSFHN ICYRVKLKSG FLPCRKPVEK EILSNINGIM KPGLNAILG PTGGGKSSLL DVLAARKDPS GLSGDVLING APRPANFKCN SGYVVQDDVV MGTLTVRENL QFSAALRLAT T MTNHEKNE ...文字列: DYKDDDDKGS SSSNVEVFIP VSQGNTNGFP ATASNDLKAF TEGAVLSFHN ICYRVKLKSG FLPCRKPVEK EILSNINGIM KPGLNAILG PTGGGKSSLL DVLAARKDPS GLSGDVLING APRPANFKCN SGYVVQDDVV MGTLTVRENL QFSAALRLAT T MTNHEKNE RINRVIQELG LDKVADSKVG TQFIRGVSGG ERKRTSIGME LITDPSILFL DEPTTGLDSS TANAVLLLLK RM SKQGRTI IFSIHQPRYS IFKLFDSLTL LASGRLMFHG PAQEALGYFE SAGYHCEAYN NPADFFLDII NGDSTAVALN REE DFKATE IIEPSKQDKP LIEKLAEIYV NSSFYKETKA ELHQLSGGEK KKKITVFKEI SYTTSFCHQL RWVSKRSFKN LLGN PQASI AQIIVTVVLG LVIGAIYFGL KNDSTGIQNR AGVLFFLTTN QCFSSVSAVE LFVVEKKLFI HEYISGYYRV SSYFL GKLL SDLLPMRMLP SIIFTCIVYF MLGLKPKADA FFVMMFTLMM VAYSASSMAL AIAAGQSVVS VATLLMTICF VFMMIF SGL LVNLTTIASW LSWLQYFSIP RYGFTALQHN EFLGQNFCPG LNATGNNPCN YATCTGEEYL VKQGIDLSPW GLWKNHV AL ACMIVIFLTI AYLKLLFLKK YS |
-分子 #2: 5D3-Fab heavy chain
分子 | 名称: 5D3-Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.843633 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVKPSQSLSL TCTVTGFSIT SDYAWNWIRQ FPGKKLEWMG YINFDGGTTY NPSLRGRISI TRDTSKNQFF LQLRSVTPE DTATYYCATF YGAKGTLDYW GQGTSVTVSS AKTTPPSVYP LAPVCGDTSG SSVTLGCLVK GYFPEPVTLT W NSGSLSSG ...文字列: QVQLQESGPG LVKPSQSLSL TCTVTGFSIT SDYAWNWIRQ FPGKKLEWMG YINFDGGTTY NPSLRGRISI TRDTSKNQFF LQLRSVTPE DTATYYCATF YGAKGTLDYW GQGTSVTVSS AKTTPPSVYP LAPVCGDTSG SSVTLGCLVK GYFPEPVTLT W NSGSLSSG VHTFPAVLQS DLYTLSSSVT VTSSTWPSQS ITCNVAHPAS STKVDKKIEP RGP |
-分子 #3: 5D3-Fab light chain
分子 | 名称: 5D3-Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.594016 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: DIVLTQSPSS FSVSLGDRVT ISCKASGYIL NRLAWYQQKP GNAPRLLISG ATSLETGFPS RFSGTGSGKD YTLSISSLQT EDVGTYYCQ QYWSTPWTFG GGTKLEIRRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列: DIVLTQSPSS FSVSLGDRVT ISCKASGYIL NRLAWYQQKP GNAPRLLISG ATSLETGFPS RFSGTGSGKD YTLSISSLQT EDVGTYYCQ QYWSTPWTFG GGTKLEIRRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 平均電子線量: 67.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |