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- EMDB-35723: Cryo-EM map of Euglena gracilis supercomplex III2+IV2, composite -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35723
タイトルCryo-EM map of Euglena gracilis supercomplex III2+IV2, composite
マップデータ
試料
  • 複合体: Euglena gracilis supercomplex III2+IV2
    • 複合体: Euglena gracilis supercomplex III2+IV2
      • タンパク質・ペプチド: x 30種
  • リガンド: x 12種
キーワードElectron transport chain / supercomplex / membrane protein / Euglena gracilis / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / electron transport coupled proton transport ...: / : / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD ...Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b / Cytochrome c1, heme protein / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial / Ubiquinol-cytochrome-C reductase complex subunit IX, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Putative NADH dehydrogenase subunit 6 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Euglena gracilis (ミドリムシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Wu MC / Tian HT / He ZX / Hu YQ / Zhou L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other governmentZJU100 Young Professor 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Euglena's atypical respiratory chain adapts to the discoidal cristae and flexible metabolism.
著者: Zhaoxiang He / Mengchen Wu / Hongtao Tian / Liangdong Wang / Yiqi Hu / Fangzhu Han / Jiancang Zhou / Yong Wang / Long Zhou /
要旨: Euglena gracilis, a model organism of the eukaryotic supergroup Discoba harbouring also clinically important parasitic species, possesses diverse metabolic strategies and an atypical electron ...Euglena gracilis, a model organism of the eukaryotic supergroup Discoba harbouring also clinically important parasitic species, possesses diverse metabolic strategies and an atypical electron transport chain. While structures of the electron transport chain complexes and supercomplexes of most other eukaryotic clades have been reported, no similar structure is currently available for Discoba, limiting the understandings of its core metabolism and leaving a gap in the evolutionary tree of eukaryotic bioenergetics. Here, we report high-resolution cryo-EM structures of Euglena's respirasome I + III + IV and supercomplex III + IV. A previously unreported fatty acid synthesis domain locates on the tip of complex I's peripheral arm, providing a clear picture of its atypical subunit composition identified previously. Individual complexes are re-arranged in the respirasome to adapt to the non-uniform membrane curvature of the discoidal cristae. Furthermore, Euglena's conformationally rigid complex I is deactivated by restricting ubiquinone's access to its substrate tunnel. Our findings provide structural insights for therapeutic developments against euglenozoan parasite infections.
履歴
登録2023年3月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35723.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35723.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.8
最小 - 最大-21.700908999999999 - 39.138244999999998
平均 (標準偏差)-0.023115411 (±1.0257444)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 537.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35723_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_35723_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Euglena gracilis supercomplex III2+IV2

全体名称: Euglena gracilis supercomplex III2+IV2
要素
  • 複合体: Euglena gracilis supercomplex III2+IV2
    • 複合体: Euglena gracilis supercomplex III2+IV2
      • タンパク質・ペプチド: MPP-beta
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein
      • タンパク質・ペプチド: UQCRQ
      • タンパク質・ペプチド: UQCR10
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome-C reductase complex subunit IX, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: COXEG1
      • タンパク質・ペプチド: COXEG3
      • タンパク質・ペプチド: COXEG5
      • タンパク質・ペプチド: COXEG8
      • タンパク質・ペプチド: COXEG10
      • タンパク質・ペプチド: COX5c
      • タンパク質・ペプチド: COX6a
      • タンパク質・ペプチド: COX6b-1
      • タンパク質・ペプチド: COX7c
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Putative NADH dehydrogenase subunit 6
      • タンパク質・ペプチド: COX4
      • タンパク質・ペプチド: UQCRFS1
      • タンパク質・ペプチド: UQCRH
      • タンパク質・ペプチド: UQCRB
      • タンパク質・ペプチド: UQCR9
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: COX5b-2
      • タンパク質・ペプチド: COXEG4
      • タンパク質・ペプチド: COXEG6
      • タンパク質・ペプチド: COXEG7
      • タンパク質・ペプチド: COXEG9
      • タンパク質・ペプチド: COX7a
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: O-[(S)-hydroxy{[(2S)-2-hydroxy-3-(octadec-9-enoyloxy)propyl]oxy}phosphoryl]-L-serine

+
超分子 #1: Euglena gracilis supercomplex III2+IV2

超分子名称: Euglena gracilis supercomplex III2+IV2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#30
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 1.4 MDa

+
超分子 #2: Euglena gracilis supercomplex III2+IV2

超分子名称: Euglena gracilis supercomplex III2+IV2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#30
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)

+
分子 #1: MPP-beta

分子名称: MPP-beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 53.520293 KDa
配列文字列: MTTPSLSSIL RHTRPIFKET LRAARPTLQN ALPNGFRIAS ESKDGDTCTV GVWIDAGSRW ETEKNNGVAH FLEHMNFKGT GKRSRQDIE FGMEKMGAHL NAYTSREHTC YYVKCFKKDV PEAVDILADI LLNSKRTEQD LDAERQTIVQ EKEDVEARID E VLMDHLHS ...文字列:
MTTPSLSSIL RHTRPIFKET LRAARPTLQN ALPNGFRIAS ESKDGDTCTV GVWIDAGSRW ETEKNNGVAH FLEHMNFKGT GKRSRQDIE FGMEKMGAHL NAYTSREHTC YYVKCFKKDV PEAVDILADI LLNSKRTEQD LDAERQTIVQ EKEDVEARID E VLMDHLHS AAFEGSGLGL SILGPLENIQ KSITKGMIDD FVKTHYTGPR MALVGSGAVD HGQLCDLASK YFGALPTGQP KP SGFTRFL GGDKRETNQL NPLTHVAVAF QTPGISHPDA IKIKVLEQLL GSYSRDKGEA AYSCFARAIV MDFYDPKVGQ FFR PNKAGH NPIHSLNAFW APYSDVGLLG FYAIAEPGKS YGHEWENILH YAMRELIRVS RNISEEEFER AKNQLKLQTM LQLD GTTNI ADDIGRQVLS FGARVPLASF FEQLDAISRE DLIRVAHEYF YDKDPVVAVI GDTDNVPEYD ALRAVTYSVD LGRA

+
分子 #2: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 42.476266 KDa
配列文字列: MNKISLYRSY STTILLSPAY SLGFCASIFI VIQIISGYIL ASNYIASTNE SFNIIHNVIM RELDTGWLIR FNHINGCAFL FIVIYMHIY RSLYHNSITK TSVWIVGIIM YILICGIAFT GYSLVYGQMS LWAIVVICSL VTAIPFIGNK LLILIWGGNI V SSVTLQRI ...文字列:
MNKISLYRSY STTILLSPAY SLGFCASIFI VIQIISGYIL ASNYIASTNE SFNIIHNVIM RELDTGWLIR FNHINGCAFL FIVIYMHIY RSLYHNSITK TSVWIVGIIM YILICGIAFT GYSLVYGQMS LWAIVVICSL VTAIPFIGNK LLILIWGGNI V SSVTLQRI FCIHYLLPLL LILFIIIHLY NLHNVNSTGD NYFINNRYDR INFYPLLLIR DVFIGSNILI IYNIFVYYYS DL FGHPDNY VPANPLVTPS EIMPEFYLLP FYALIRAIPH KVLGIIIMVL FLLSLTNLYP IYFIRFYNNI NILQRSLLLL LLL DLVIAS KLCLLINHYE SFYLLLILSI LCVLSHHIYN TSFNFSNSIS NL

UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #3: Cytochrome c1, heme protein

分子名称: Cytochrome c1, heme protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 27.889436 KDa
配列文字列: GVDSHPPALP WPHFQWFQGL DWRSVRRGKE VYEQVFAPCH SLSFIKYRHF EAFMSKEEVK NMAASFEVDD DPDEKGEARK RPGKRFDTV VQPYKNEQEA RYANNGALPP DLSVITNARH GGVDYIYALL TGYGRPVPGG VQLSTTQWYN PYFHGGIIGM P PPLTDDMI ...文字列:
GVDSHPPALP WPHFQWFQGL DWRSVRRGKE VYEQVFAPCH SLSFIKYRHF EAFMSKEEVK NMAASFEVDD DPDEKGEARK RPGKRFDTV VQPYKNEQEA RYANNGALPP DLSVITNARH GGVDYIYALL TGYGRPVPGG VQLSTTQWYN PYFHGGIIGM P PPLTDDMI EYEDGTPASV PQMAKDVTCF LEWCSNPWWD ERKLLGYKTI ATLAVIAVSS GYYNRFLSGL WRSRRLAFRP FN YSK

UniProtKB: Cytochrome c1, heme protein

+
分子 #4: UQCRQ

分子名称: UQCRQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 10.079598 KDa
配列文字列:
MEGHSAYVAL EQRVNTRQKG IIQRHLSPYD VDIRGNGFRQ IYRLGMQKIR YFGLIGTPCL LVAGAYRGIW VFCERLEDER YWSNAL

+
分子 #5: UQCR10

分子名称: UQCR10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 17.577297 KDa
配列文字列:
MALEIKREWH VVPATKKFAD VPTEWPAKEH ERFALPYGPS EGRIVSFMRA SRIRNRLLFT LNPTGYTEDT YVTKEALRRQ ALAESKNLW YLPERPVVAD QLETIVNRST FFVVKGHKNK GLIGIAGARH NPLVWLPTLA LGGVWAWRWA SAGTI

+
分子 #6: Ubiquinol-cytochrome-C reductase complex subunit IX, mitochondrial

分子名称: Ubiquinol-cytochrome-C reductase complex subunit IX, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 11.300364 KDa
配列文字列:
MQTHVRRVAL QALRPCLRAG LMAPKFPVRF ATTAVSGELL TKTPYTRPGY AAQWTCLVVL FLKNQLLMRL FFAFVAYVVA MKVFGARFH VDHDEDATPA E

UniProtKB: Ubiquinol-cytochrome-C reductase complex subunit IX, mitochondrial

+
分子 #7: COXEG1

分子名称: COXEG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 27.278852 KDa
配列文字列: MLSRALCSRN VPMSLKALNR PGSAGKLPMQ LMKYASAVAP ISHEGTLVRI SQVKKLSELQ LHFNDSHLGE SELAAKVLGK LRKLEAEVL ARNQAFNEAH PLVFDPKRAF NDEIFLCCSL CCIIFLIFLF NQYEEFAHEL SFDIREQFGL GFYMLLGLHG S HVIFGTIM ...文字列:
MLSRALCSRN VPMSLKALNR PGSAGKLPMQ LMKYASAVAP ISHEGTLVRI SQVKKLSELQ LHFNDSHLGE SELAAKVLGK LRKLEAEVL ARNQAFNEAH PLVFDPKRAF NDEIFLCCSL CCIIFLIFLF NQYEEFAHEL SFDIREQFGL GFYMLLGLHG S HVIFGTIM LALLTLWGAQ GSVGPQSHAL RFTSLYVHLV DLVFIILVLA IYSANASPEL YGGIVPNILE ARTFVSVDAA GN PQIKEF

+
分子 #8: COXEG3

分子名称: COXEG3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 16.394043 KDa
配列文字列:
MMQRIPFKKP NQIRGYFTRV HKYNHVPVPF ILNVGMSISI VTSFVYFTYT SLWVRPEYDR VVDPSKAYVN PVWVDYWLKL RDEKRIQGA LERSILEEEP EKAAEKILEW ARTSAQNKIL EDLKLLKPAL SPATIAQFEK

+
分子 #9: COXEG5

分子名称: COXEG5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 19.464051 KDa
配列文字列:
MPSSMAWTIG WGFYAAWIMK ETWNLRSSSV GWTPITLMEA YKTKERYLRS KAMMERYNSE LEAVDDSNIT EEDAKKFELE KATPSISIW EQFRSNPYWK EVEEEISTDV RKTMLEKHPD YALLLEAVKK SGYSKLWHLP GPWMNEHYND GLHGRFLGWT P KAAHH

+
分子 #10: COXEG8

分子名称: COXEG8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 24.49532 KDa
配列文字列: MLRVLTPAIA RPGLRCFFKD GFRDNASLEL VYRVVLKSPA VSQKLIEFYA KSLDQLSVES LSALKGTTVG IPLQPYLGDP HRVLLAYSL LPHTVETEAD GNPVVETKIG DEEQKIKIID SEVISFLAKE ILGKLGLETT PQAARQYLDS LVEGAEALYA K IAPVEPSP ...文字列:
MLRVLTPAIA RPGLRCFFKD GFRDNASLEL VYRVVLKSPA VSQKLIEFYA KSLDQLSVES LSALKGTTVG IPLQPYLGDP HRVLLAYSL LPHTVETEAD GNPVVETKIG DEEQKIKIID SEVISFLAKE ILGKLGLETT PQAARQYLDS LVEGAEALYA K IAPVEPSP LEKAIAEINE EIKSGTPWDT LKNRADPKEL HALKFAQLPH PITKKVEGKF KYF

+
分子 #11: COXEG10

分子名称: COXEG10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 10.043338 KDa
配列文字列:
MNHERPWVFL NKVTGKWGAC GWQPFWKATS QSLNYIPDNF IALRTNGSWV RNLWQSSKVL DRGLNASGYP TVGTTDWVRI PLDAPLEA

+
分子 #12: COX5c

分子名称: COX5c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 23.788312 KDa
配列文字列: YFFSRARMSL QLGHMRVGAL WQSNANSRGL PNLLKEVMAA EPIYPYTHPG LSAKQILWNT KFNLKLEKDL ISIAESAVQS QTVNKVVIP TMLTGDVNPK SPASVVAKDK YQLAKQMAEF QYKKSYFEKP WGYMFAYYCD EDRARLCGGI GYVGHHGGGD A EILSYTEY ...文字列:
YFFSRARMSL QLGHMRVGAL WQSNANSRGL PNLLKEVMAA EPIYPYTHPG LSAKQILWNT KFNLKLEKDL ISIAESAVQS QTVNKVVIP TMLTGDVNPK SPASVVAKDK YQLAKQMAEF QYKKSYFEKP WGYMFAYYCD EDRARLCGGI GYVGHHGGGD A EILSYTEY VSTVVYPTIF YMAITFVVSL FLMYYYIYGT FFSSTRNRFD

+
分子 #13: COX6a

分子名称: COX6a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 13.079197 KDa
配列文字列:
MSTNKNVFFP PALHLKENSI FQYKFKNLAV RHDAARLGII LAGPTLFYWF TVYYFKGMPN GLPPVLLNPF VNRNYRGQKR DMPWGTDCA FLDTKCHEEK DTWAKRGPFF IIA

+
分子 #14: COX6b-1

分子名称: COX6b-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 32.995148 KDa
配列文字列: MEGFVDKIDD NKYLGKWETI LTDGRTHLPK HITFHDAAAI SARWNQQYVN DSGPVYYRHW LACQQTYGAG NEDCRKLRWW AQQITHPLH LAEWDDWWKD EHYDLQIGQH WNRICGEEFE EASNLLKDLK EKREGLAAKF RDLLKTKTAE DPMGKILHEV A QLEEPSKT ...文字列:
MEGFVDKIDD NKYLGKWETI LTDGRTHLPK HITFHDAAAI SARWNQQYVN DSGPVYYRHW LACQQTYGAG NEDCRKLRWW AQQITHPLH LAEWDDWWKD EHYDLQIGQH WNRICGEEFE EASNLLKDLK EKREGLAAKF RDLLKTKTAE DPMGKILHEV A QLEEPSKT PVADLVEAGT LSKEAVEAAA ALKIKELKAL RDDATWAEVK GSLLNGVTTT CSTLKKTSKV VAELKAQAEL ER NKTSAVK LDIPHMRVNY EKPGLYEYDT WFGKFLPRTP QFGFAESDEE

+
分子 #15: COX7c

分子名称: COX7c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 19.897588 KDa
配列文字列:
MQKAVVGNLL RQLSLTRPRG HGSNLYNRVH GNLPQLYVEQ LYNTDEILDT VPHSSDPVHH MFPKCAAASP LGFRPYDNNK LWDAFVLWA IVYGVTTIFC VLHILKYPQI WKHLFETLTF QYTYQREIGE EYVWQYGGGG LNPAKWRFVK SPLEELGLVT E YRSDLDYP DDL

+
分子 #16: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 55.759504 KDa
配列文字列: MINNIMHMIN KYTLTTSHKI IGILYGYMGY IAGILGYIIS MLIRMELNTQ GLAIVRKVKE VTIYNNWITI HGLIMLFVFI MPVGIGFYG NYLIPMLIGT SELSMPRMNG ISFWMLIVGV VIFVISNVLM SKPISSGWTL YPPLSTRDAD NIGVNIDLSL L VVHVLGIS ...文字列:
MINNIMHMIN KYTLTTSHKI IGILYGYMGY IAGILGYIIS MLIRMELNTQ GLAIVRKVKE VTIYNNWITI HGLIMLFVFI MPVGIGFYG NYLIPMLIGT SELSMPRMNG ISFWMLIVGV VIFVISNVLM SKPISSGWTL YPPLSTRDAD NIGVNIDLSL L VVHVLGIS STIGSVNYIT TNKYNRHVGL TFMNINIYNF SIIVTSILLI GSLPILGVAI TGLLLDRNIN STIYDVIGDP VL YQHLFWF FGHPEVYVII LPVFGLTSLI LTSIIHKDIF GREGMMYCII SIGVVGYFVW AHHMFTVGLD IDSRSYFSIA TSI ISIPTS VKMFSYINTW ASGRGFRGNN SSWSFFSFLI CFCFGGFTGL LLSSGSLDIM LHDTYFVVGH FHTVLSLAAT FGLL IAHYF FLPIIFSYSI FESFSFYHTF LLLVGALLVF YPMHLAGLSG MARRVPEYAD IFIPFMTVGF HGTFLLIFST LTFIR SYFQ FLSHINHSNY L

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 1

+
分子 #17: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 22.443406 KDa
配列文字列: MRYGNREIES IILFFDQTII LYTSIINALI VGIIIIIRKW YNRKGICNQY IYHIKIEVIW TILPIIFLIV IVLHSVTVIY NLEINKGTN NKYINVIGNQ WYWIYNNIES RISSLGRIIL VDQPLFIKAN NNTHLIISSL DVIHSFALPT LGIKVDAIPG R INNISING ...文字列:
MRYGNREIES IILFFDQTII LYTSIINALI VGIIIIIRKW YNRKGICNQY IYHIKIEVIW TILPIIFLIV IVLHSVTVIY NLEINKGTN NKYINVIGNQ WYWIYNNIES RISSLGRIIL VDQPLFIKAN NNTHLIISSL DVIHSFALPT LGIKVDAIPG R INNISING LTQGLYVGYC SELCGSGHAF MPINLIVY

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 2

+
分子 #18: Putative NADH dehydrogenase subunit 6

分子名称: Putative NADH dehydrogenase subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 19.414947 KDa
配列文字列:
MILNTNINYG GRNSRLCYLI PLMVHTIFLY LAYLIYYNIN LINIYLLLII IIFINIEWPL VIIYEYIYLT NYNIQNNLLY NIATFIFLE ILLFIGFYWL YINNIIHYPN NLPYNNNIAV NLLDHLNHNN NTDICLYIIL HNLLLLLYVT LILQLVHRYV Q L

UniProtKB: Putative NADH dehydrogenase subunit 6

+
分子 #19: COX4

分子名称: COX4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 20.42748 KDa
配列文字列:
MGGDAHAHGG HGLHADPIFN GSKVVRSIQM MRSYHRLPVG PEPPHLKIRG APLHPWSMYT DKGGFFFGVG TQLPRNFFPK FLATTSAIM GVTYGLVWLY NAAGPRAKTQ TRKWKELESE DPRFPFQEIP EIYLPSDIDR DPNADCWRIL NQVPRKEKLL V EITDPLRN FDFKVAKIKE N

+
分子 #20: UQCRFS1

分子名称: UQCRFS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 27.825922 KDa
配列文字列: MFKQLSRMYS TSPAVANAVG GLATSQIRDL VGNPAKSGKP VVKMPPYLKP SQLRPSRGAY SDEFVRENYI KAADPEDPYN YRSRAFTYA AKIPMWAGLL AGTRVTVVYL MSQFMPSKSS LALANIEVDI GDIPEGKTVT IMWQGKPVFL RKRTDAEIED M RAVPMDAL ...文字列:
MFKQLSRMYS TSPAVANAVG GLATSQIRDL VGNPAKSGKP VVKMPPYLKP SQLRPSRGAY SDEFVRENYI KAADPEDPYN YRSRAFTYA AKIPMWAGLL AGTRVTVVYL MSQFMPSKSS LALANIEVDI GDIPEGKTVT IMWQGKPVFL RKRTDAEIED M RAVPMDAL KDPQTDEERL GEGRWAVFMA VCTHLGCVPV IDQGSYNAYF CPCHGSHYDH SGRIRKGPAP LNLEVPPFKL LD DSTLFIG NADAA

+
分子 #21: UQCRH

分子名称: UQCRH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 8.207571 KDa
配列文字列:
GKMAAEQVSV SELKLKFEEE CAHHHCHDIV KKVEVCEESI KGKEGKNCLF QHARLWECVD HCASPKVFAL LK

+
分子 #22: UQCRB

分子名称: UQCRB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 27.404115 KDa
配列文字列: MNDAPILAKL GLSKVNTYYF QRRKHIFALP ITIPNFPLAA LGIFRSTDMF EERTLERYSR DEREKTLGKA ALLLKEAKEK GNYSELVRL DPTDPRHPYY FEHPWQSALK MDTVSLTPYQ QYLRWHCLTY RAMHEWDRQG LLYDDLMQPK ALATDPFLEE A ILRLPYNQ ...文字列:
MNDAPILAKL GLSKVNTYYF QRRKHIFALP ITIPNFPLAA LGIFRSTDMF EERTLERYSR DEREKTLGKA ALLLKEAKEK GNYSELVRL DPTDPRHPYY FEHPWQSALK MDTVSLTPYQ QYLRWHCLTY RAMHEWDRQG LLYDDLMQPK ALATDPFLEE A ILRLPYNQ RVERERRLSR AYDLALRREY LPDEDCIHPE DDVAYLHPYY HMVVDEHREQ HENPVDVYSR

+
分子 #23: UQCR9

分子名称: UQCR9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 6.939355 KDa
配列文字列: MLANFSRFFY KTFLQSNATL IPLTLVFTY(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK) ...文字列:
MLANFSRFFY KTFLQSNATL IPLTLVFTY(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #24: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial

分子名称: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 51.13266 KDa
配列文字列: MKSVVRSKGT QALFRRFSSA LGDSINPNQV GVGDNVIRVN GRLFEVDKVQ EKGLKTSVLD NGTKVITLDN GGSVAQLTFL YKDGPVYEN IFNAGISSFM KHALTKDGLT SSEYITKTFL QKAGIIVHEP TVVNKSAIAF TVEGFRDTLA QPAVADKFWQ S LLFPRFSP ...文字列:
MKSVVRSKGT QALFRRFSSA LGDSINPNQV GVGDNVIRVN GRLFEVDKVQ EKGLKTSVLD NGTKVITLDN GGSVAQLTFL YKDGPVYEN IFNAGISSFM KHALTKDGLT SSEYITKTFL QKAGIIVHEP TVVNKSAIAF TVEGFRDTLA QPAVADKFWQ S LLFPRFSP ENVKEVKRLV ELESKETKRD SPFAYLQDIL HKTAFKGSPL GHTSFVPAYN LGYIDSNKLF DRWDAHYGFG NI AVIATNI EHEAVLAAIT DSAWVARAHN KVGGVAAPAS KYSGGEGYDV VHRAKEFDDQ FTDVYSTYTA YAFKAPGRSN LKE HAASLV IAQALSNAVS PVLNTSFAPK RLEVFYQAYD TVGLIGLSSV QASNAQLKAF KAALSKIGTL SEADLAVHKS AALL TAYGN VESWRATQAT LIDSFNTTGQ PLSPLEIVSA IKAVSADTVK SVVATMLGSP ATLVHHGDSP CAPTLDALQ

UniProtKB: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial

+
分子 #25: COX5b-2

分子名称: COX5b-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 19.736387 KDa
配列文字列:
MFRRGLVLAA SRSKSLLDSV HVFRPEFAQG KFRIDLDQPA KQNKLQQQIY TLTDDEREMY EDEPYIGVDH LYEAHKGSKE NPVVVEAIG VHGNDVFTGC LGGCHKDAAD AVAYYTIVPP NTLAVCIDCG IHFVARINEQ LTFWPDGTQP WEKVDFKAVE G FLYKHYKY GSPLMI

+
分子 #26: COXEG4

分子名称: COXEG4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 19.359492 KDa
配列文字列:
MSTVLSILGK RFQRSALTPK MNPFIRIRCQ GPIEEFQRGF IGEFHAFALP GACMLVASCL GTFHIIRCLV VNPELSLAKV IPEILQPFT NPNAQLKAAD GKDDDDSQVP KQWGMWGRHP NYGVLHVPFL DALNKEALAR GKDGVNMGAE YNLVFTKSMA D QVVDLILD DVQKRV

+
分子 #27: COXEG6

分子名称: COXEG6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 8.728172 KDa
配列文字列:
VFPSITKPLG LFKNLPRQHR AARDASIWLA ILTAGPFGIF IAFKYYADWY DKKLLMEYYK DSIVYGETYG KGKYV

+
分子 #28: COXEG7

分子名称: COXEG7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 35.651516 KDa
配列文字列: MLRQVVRRSN PLRMQVRGSA WNFQELMESR IPDYKGRPNR SGAELEQVKA ALPKIEFMTS YEFDVLTKTR SNLTKEYSYQ RDMRLKVTE LMLDEAPHEL EGLAVEGDAA LKQLAELKAL QTLTEYAGDL LEGQNQIVQR VNDFVDSNPV YLLDQPLREE A RWNLLPEM ...文字列:
MLRQVVRRSN PLRMQVRGSA WNFQELMESR IPDYKGRPNR SGAELEQVKA ALPKIEFMTS YEFDVLTKTR SNLTKEYSYQ RDMRLKVTE LMLDEAPHEL EGLAVEGDAA LKQLAELKAL QTLTEYAGDL LEGQNQIVQR VNDFVDSNPV YLLDQPLREE A RWNLLPEM DHKTRSLVRT ELRDWLPAEY RQTRAVDLQQ VAAFSPPVKA DMFRAIEARA KDAEAEIRSL PPAEQAGLLA LV KDNVAKS KAFIDPTYDI TPEAINACND VDALRAMAHR VTEYSGDARL LAIYGKAAQL TGDTAAQAIL KEAKDLVF

+
分子 #29: COXEG9

分子名称: COXEG9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 31.754857 KDa
配列文字列: MMNKGRILLG TNPGDIALNS KRFTVGKFVA WACGGWGLKD WIFPSLFIGR GDGPDFDRIV KHTLQSSSAI EKVNWFDSPF ACYTEWFVE HFPGFFDSRY RFEMSAKTIL ANKYPIKDFP VVDMRSWRSS RLFDLFEVPH PEHTFVFGGP VLLNTEAKRA E RLEQEWHG ...文字列:
MMNKGRILLG TNPGDIALNS KRFTVGKFVA WACGGWGLKD WIFPSLFIGR GDGPDFDRIV KHTLQSSSAI EKVNWFDSPF ACYTEWFVE HFPGFFDSRY RFEMSAKTIL ANKYPIKDFP VVDMRSWRSS RLFDLFEVPH PEHTFVFGGP VLLNTEAKRA E RLEQEWHG KDGTFVDVHP LNVATESHTE VSVIGGIKVY NGVWQGGKDS WKRDSAKPEL TAPFHSPIWY RNMFIVKNAD QL VEHFGEN LSDETWQEVR KEHLAFHERF HKDYSFA

+
分子 #30: COX7a

分子名称: COX7a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 20.078975 KDa
配列文字列:
MLSRLLHGPG SDKGHGYFHP DHGLVDSAAQ NIRGPYWHAE NMQFMQQTTQ SGEKLPVPLT ETAAQSSKLP VLSAQDGKTL QKIQLTDGS KVPKAATLVK WNPKSVHQWH SDDILRVDMT KHPEWVRTMR MFHGTVWRHR PEFRHPWFSR GSRASGIIML V FGAVAYGE ITFGKRLGGV

+
分子 #31: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #32: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 15 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #33: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #34: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 22 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #35: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 3 / 式: PX2
分子量理論値: 535.671 Da
Chemical component information

ChemComp-PX2:
1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

+
分子 #36: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 11 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #37: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 4 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #38: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 6 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #39: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #40: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #41: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #42: O-[(S)-hydroxy{[(2S)-2-hydroxy-3-(octadec-9-enoyloxy)propyl]oxy}p...

分子名称: O-[(S)-hydroxy{[(2S)-2-hydroxy-3-(octadec-9-enoyloxy)propyl]oxy}phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 2 / 式: S12
分子量理論値: 523.597 Da
Chemical component information

ChemComp-S12:
O-[(S)-hydroxy{[(2S)-2-hydroxy-3-(octadec-9-enoyloxy)propyl]oxy}phosphoryl]-L-serine

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMTrisTrimethylsilyl
100.0 mMNaClSodium chloride
0.002 %PMSFPhenylmethylsulfonyl fluoride
0.1 %GDNGlyco-diosgenin
1.0 mMEDTAEthylene diamine tetraacetic acid

詳細: SEC buffer (30 mM Tris pH 7.4, 100 mM NaCl, 0.002% PMSF, 0.1% GDN (w/v), 1mM EDTA)
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: 15mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9807 / 平均露光時間: 7.8 sec. / 平均電子線量: 51.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 3232325
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: 3D ab-inito model reconstruction in cryosparc
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.3.3.2) / 使用した粒子像数: 135598
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.3.3.2)
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.3.3.2)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 45074 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8iuj:
Cryo-EM structure of Euglena gracilis super-complex III2+IV2, composite

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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