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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34864 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structures and Translocation Mechanism of Crenarchaeota Ribosome | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Sulfolobus acidocaldarius ribosome / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.78 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang YH / Zhou J | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: Cryo-electron microscopy structure and translocation mechanism of the crenarchaeal ribosome. 著者: Ying-Hui Wang / Hong Dai / Ling Zhang / Yun Wu / Jingfen Wang / Chen Wang / Cai-Huang Xu / Hai Hou / Bing Yang / Yongqun Zhu / Xing Zhang / Jie Zhou / 要旨: Archaeal ribosomes have many domain-specific features; however, our understanding of these structures is limited. We present 10 cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the archaeal ribosome ...Archaeal ribosomes have many domain-specific features; however, our understanding of these structures is limited. We present 10 cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the archaeal ribosome from crenarchaeota Sulfolobus acidocaldarius (Sac) at 2.7-5.7 Å resolution. We observed unstable conformations of H68 and h44 of ribosomal RNA (rRNA) in the subunit structures, which may interfere with subunit association. These subunit structures provided models for 12 rRNA expansion segments and 3 novel r-proteins. Furthermore, the 50S-aRF1 complex structure showed the unique domain orientation of aRF1, possibly explaining P-site transfer RNA (tRNA) release after translation termination. Sac 70S complexes were captured in seven distinct steps of the tRNA translocation reaction, confirming conserved structural features during archaeal ribosome translocation. In aEF2-engaged 70S ribosome complexes, 3D classification of cryo-EM data based on 30S head domain identified two new translocation intermediates with 30S head domain tilted 5-6° enabling its disengagement from the translocated tRNA and its release post-translocation. Additionally, we observed conformational changes to aEF2 during ribosome binding and switching from three different states. Our structural and biochemical data provide new insights into archaeal translation and ribosome translocation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34864.map.gz | 104.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34864-v30.xml emd-34864.xml | 81.7 KB 81.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34864.png | 127.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34864.cif.gz | 14.5 KB | ||
その他 | emd_34864_half_map_1.map.gz emd_34864_half_map_2.map.gz | 194.2 MB 194.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34864 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34864 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34864_validation.pdf.gz | 967.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34864_full_validation.pdf.gz | 966.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34864_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34864_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34864 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34864 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hkzMC 8hkuC 8hkvC 8hkxC 8hkyC 8hl1C 8hl2C 8hl3C 8hl4C 8hl5C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34864.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34864_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34864_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Sulfolobus acidocaldarius ribosome
+超分子 #1: Sulfolobus acidocaldarius ribosome
+分子 #1: 23S rRNA (2996-MER)
+分子 #2: 16S rRNA (1493-MER)
+分子 #3: 5S rRNA (122-MER)
+分子 #66: tRNA (76-MER)
+分子 #67: mRNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
+分子 #4: 50S ribosomal protein L1
+分子 #5: 50S ribosomal protein L2
+分子 #6: 50S ribosomal protein L3
+分子 #7: 50S ribosomal protein L4
+分子 #8: 50S ribosomal protein L5
+分子 #9: 50S ribosomal protein L6
+分子 #10: 50S ribosomal protein L18Ae
+分子 #11: 50S ribosomal protein L10e
+分子 #12: 50S ribosomal protein L13
+分子 #13: 50S ribosomal protein L14e
+分子 #14: 50S ribosomal protein L14
+分子 #15: 50S ribosomal protein L15e
+分子 #16: 50S ribosomal protein L18e
+分子 #17: 50S ribosomal protein L18
+分子 #18: 50S ribosomal protein L19e
+分子 #19: 50S ribosomal protein L22
+分子 #20: 50S ribosomal protein L23
+分子 #21: 50S ribosomal protein L24e
+分子 #22: 50S ribosomal protein L24
+分子 #23: 50S ribosomal protein L29
+分子 #24: 50S ribosomal protein L30e
+分子 #25: 50S ribosomal protein L30
+分子 #26: 50S ribosomal protein L31e
+分子 #27: 50S ribosomal protein L32e
+分子 #28: 50S ribosomal protein L34e
+分子 #29: 50S ribosomal protein L37Ae
+分子 #30: 50S ribosomal protein L37e
+分子 #31: 50S ribosomal protein L39e
+分子 #32: 50S ribosomal protein L40E
+分子 #33: 50S ribosomal protein L44e
+分子 #34: 50S ribosomal protein L7Ae
+分子 #35: Large ribosomal subunit protein uL15
+分子 #36: 50S ribosomal protein L21e
+分子 #37: DUF2280 domain-containing protein
+分子 #38: Conserved protein
+分子 #39: 50S ribosomal protein L47A
+分子 #40: 30S ribosomal protein S2
+分子 #41: 30S ribosomal protein S4e
+分子 #42: 30S ribosomal protein S4
+分子 #43: 30S ribosomal protein S5
+分子 #44: 30S ribosomal protein S6e
+分子 #45: 30S ribosomal protein S8e
+分子 #46: 30S ribosomal protein S8
+分子 #47: 30S ribosomal protein S11
+分子 #48: 30S ribosomal protein S12
+分子 #49: 30S ribosomal protein S15
+分子 #50: 30S ribosomal protein S17
+分子 #51: 30S ribosomal protein S24e
+分子 #52: 30S ribosomal protein S27e
+分子 #53: 30S ribosomal protein S3Ae
+分子 #54: 30S ribosomal protein S3
+分子 #55: 30S ribosomal protein S7
+分子 #56: 30S ribosomal protein S10
+分子 #57: 30S ribosomal protein S13
+分子 #58: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #59: 30S ribosomal protein S17e
+分子 #60: 30S ribosomal protein S19e
+分子 #61: 30S ribosomal protein S19
+分子 #62: 30S ribosomal protein S9
+分子 #63: 30S ribosomal protein S28e
+分子 #64: 30S ribosomal protein S27ae
+分子 #65: PHE-PHE-PHE-PHE-PHE-PHE
+分子 #68: UNKNOWN
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 2D array |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 26.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3842 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |