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- EMDB-34588: Cryo-EM structure of the p300 catalytic core bound to the H4K12ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34588
タイトルCryo-EM structure of the p300 catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome, class 1 (3.2 angstrom resolution)
マップデータ
試料
  • 複合体: the p300 catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • タンパク質・ペプチド: Histone acetyltransferase p300
    • DNA: DNA (180-mer)
キーワードAcetyl taransferase / Complex / Nucleosome / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


behavioral defense response / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / histone H2B acetyltransferase activity ...behavioral defense response / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / histone H2B acetyltransferase activity / thigmotaxis / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / protein propionyltransferase activity / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / peptidyl-lysine acetylation / lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / histone H4 acetyltransferase activity / internal peptidyl-lysine acetylation / cellular response to L-leucine / histone H3 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / acetylation-dependent protein binding / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / NGF-stimulated transcription / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / TGFBR3 expression / Polo-like kinase mediated events / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / positive regulation by host of viral transcription / face morphogenesis / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / regulation of glycolytic process / RUNX3 regulates NOTCH signaling / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Regulation of NFE2L2 gene expression / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / platelet formation / TRAF6 mediated IRF7 activation / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / megakaryocyte development / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / macrophage derived foam cell differentiation / regulation of tubulin deacetylation / nuclear androgen receptor binding / STAT family protein binding / protein acetylation / acyltransferase activity / internal protein amino acid acetylation / fat cell differentiation / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Formation of paraxial mesoderm / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / PI5P Regulates TP53 Acetylation / acetyltransferase activity / Zygotic genome activation (ZGA) / RUNX3 regulates p14-ARF / NF-kappaB binding / histone acetyltransferase complex / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Attenuation phase / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / somitogenesis / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of gluconeogenesis / cellular response to nutrient levels / protein localization to CENP-A containing chromatin / canonical NF-kappaB signal transduction / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / pre-mRNA intronic binding / histone acetyltransferase activity / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Packaging Of Telomere Ends / regulation of cellular response to heat / histone acetyltransferase / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / skeletal muscle tissue development / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / nucleosomal DNA binding
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Histone H3.1 / Histone acetyltransferase p300
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kikuchi M / Morita S / Wakamori M / Shin S / Uchikubo-Kamo T / Shirouzu M / Umehara T
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Epigenetic mechanisms to propagate histone acetylation by p300/CBP.
著者: Masaki Kikuchi / Satoshi Morita / Masatoshi Wakamori / Shin Sato / Tomomi Uchikubo-Kamo / Takehiro Suzuki / Naoshi Dohmae / Mikako Shirouzu / Takashi Umehara /
要旨: Histone acetylation is important for the activation of gene transcription but little is known about its direct read/write mechanisms. Here, we report cryogenic electron microscopy structures in which ...Histone acetylation is important for the activation of gene transcription but little is known about its direct read/write mechanisms. Here, we report cryogenic electron microscopy structures in which a p300/CREB-binding protein (CBP) multidomain monomer recognizes histone H4 N-terminal tail (NT) acetylation (ac) in a nucleosome and acetylates non-H4 histone NTs within the same nucleosome. p300/CBP not only recognized H4NTac via the bromodomain pocket responsible for reading, but also interacted with the DNA minor grooves via the outside of that pocket. This directed the catalytic center of p300/CBP to one of the non-H4 histone NTs. The primary target that p300 writes by reading H4NTac was H2BNT, and H2BNTac promoted H2A-H2B dissociation from the nucleosome. We propose a model in which p300/CBP replicates histone N-terminal tail acetylation within the H3-H4 tetramer to inherit epigenetic storage, and transcribes it from the H3-H4 tetramer to the H2B-H2A dimers to activate context-dependent gene transcription through local nucleosome destabilization.
履歴
登録2022年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月17日-
マップ公開2023年5月17日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34588.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34588.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 340 pix.
= 281.86 Å		0.83 Å/pix.
x 340 pix.
= 281.86 Å		0.83 Å/pix.
x 340 pix.
= 281.86 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.829 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.011706758 - 0.03954803
平均 (標準偏差)0.000019238238 (±0.00145458)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 281.86 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34588_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34588_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34588_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : the p300 catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome

全体名称: the p300 catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome
要素
  • 複合体: the p300 catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • タンパク質・ペプチド: Histone acetyltransferase p300
    • DNA: DNA (180-mer)

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超分子 #1: the p300 catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome

超分子名称: the p300 catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: p300 was expressed in insect cells.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.305969 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEACEAY LVGLFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.345289 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL G(ALY)GGA(ALY)RHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TY TEHAKRK TVTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

-
分子 #3: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.034355 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKA RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYS ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TESHHKAKGK

UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E

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分子 #4: Histone H2B type 1-J

分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.935239 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSAK

UniProtKB: Histone H2B type 1-J

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分子 #5: Histone acetyltransferase p300

分子名称: Histone acetyltransferase p300 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone acetyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 92.314391 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GSSGSSGIFK PEELRQALMP TLEALYRQDP ESLPFRQPVD PQLLGIPDYF DIVKSPMDLS TIKRKLDTGQ YQEPWQYVDD IWLMFNNAW LYNRKTSRVY KYCSKLSEVF EQEIDPVMQS LGYCCGRKLE FSPQTLCCYG KQLCTIPRDA TYYSYQNRYH F CEKCFNEI ...文字列:
GSSGSSGIFK PEELRQALMP TLEALYRQDP ESLPFRQPVD PQLLGIPDYF DIVKSPMDLS TIKRKLDTGQ YQEPWQYVDD IWLMFNNAW LYNRKTSRVY KYCSKLSEVF EQEIDPVMQS LGYCCGRKLE FSPQTLCCYG KQLCTIPRDA TYYSYQNRYH F CEKCFNEI QGESVSLGDD PSQPQTTINK EQFSKRKNDT LDPELFVECT ECGRKMHQIC VLHHEIIWPA GFVCDGCLKK SA RTRKENK FSAKRLPSTR LGTFLENRVN DFLRRQNHPE SGEVTVRVVH ASDKTVEVKP GMKARFVDSG EMAESFPYRT KAL FAFEEI DGVDLCFFGM HVQEYGSDCP PPNQRRVYIS YLDSVHFFRP KCLRTAVYHE ILIGYLEYVK KLGYTTGHIW ACPP SEGDD YIFHCHPPDQ KIPKPKRLQE WYKKMLDKAV SERIVHDYKD IFKQATEDRL TSAKELPYFE GDFWPNVLEE SIKEL EQEE EERKREENTS NESTDVTKGD SKNAKKKNNK KTSKNKSSLS RGNKKKPGMP NVSNDLSQKL YATMEKHKEV FFVIRL IAG PAANSLPPIV DPDPLIPCDL MDGRDAFLTL ARDKHLEFSS LRRAQWSTMC MLVELHTQSQ DRFVYTCNEC KHHVETR WH CTVCEDYDLC ITCYNTKNHD HKMEKLGLGL DDESNNQQAA ATQSPGDSRR LSIQRCIQSL VHACQCRNAN CSLPSCQK M KRVVQHTKGC KRKTNGGCPI CKQLIALCCY HAKHCQENKC PVPFCLNIKQ KLRQQQLQHR LQQAQMLRRR MASMQ

UniProtKB: Histone acetyltransferase p300

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分子 #6: DNA (180-mer)

分子名称: DNA (180-mer) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.560527 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT) (DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC) (DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT) (DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC) (DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG) (DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA) (DA)(DA) (DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG) (DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA) (DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DT)(DT)(DT)(DC) (DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT) (DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT) (DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT) (DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT) (DG)(DA) (DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC) (DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1kx3

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 113423
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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