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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-1 Conformation | |||||||||
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![]() | PROTEIN ENGINEERING / SPIKE PROTEIN / SARS-COV-1 / SARS-COV / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å | |||||||||
![]() | Zhang X / Li Z / Liu Y / Wang J / Fu L / Wang P / He J / Xiong X | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Disulfide stabilization reveals conserved dynamic features between SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2 spikes. 著者: Xixi Zhang / Zimu Li / Yanjun Zhang / Yutong Liu / Jingjing Wang / Banghui Liu / Qiuluan Chen / Qian Wang / Lutang Fu / Peiyi Wang / Xiaolin Zhong / Liang Jin / Qihong Yan / Ling Chen / Jun ...著者: Xixi Zhang / Zimu Li / Yanjun Zhang / Yutong Liu / Jingjing Wang / Banghui Liu / Qiuluan Chen / Qian Wang / Lutang Fu / Peiyi Wang / Xiaolin Zhong / Liang Jin / Qihong Yan / Ling Chen / Jun He / Jincun Zhao / Xiaoli Xiong / ![]() 要旨: SARS-CoV-2 spike protein (S) is structurally dynamic and has been observed by cryo-EM to adopt a variety of prefusion conformations that can be categorized as locked, closed, and open. S-trimers ...SARS-CoV-2 spike protein (S) is structurally dynamic and has been observed by cryo-EM to adopt a variety of prefusion conformations that can be categorized as locked, closed, and open. S-trimers adopting locked conformations are tightly packed featuring structural elements incompatible with RBD in the "up" position. For SARS-CoV-2 S, it has been shown that the locked conformations are transient under neutral pH. Probably because of their transience, locked conformations remain largely uncharacterized for SARS-CoV-1 S. In this study, we introduced x1, x2, and x3 disulfides into SARS-CoV-1 S. Some of these disulfides have been shown to preserve rare locked conformations when introduced to SARS-CoV-2 S. Introduction of these disulfides allowed us to image a variety of locked and other rare conformations for SARS-CoV-1 S by cryo-EM. We identified bound cofactors and structural features that are associated with SARS-CoV-1 S locked conformations. We compare newly determined structures with other available spike structures of SARS-related CoVs to identify conserved features and discuss their possible functions. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 84.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 113.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 144.7 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 114.4 MB 114.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8h0xMC ![]() 8h0yC ![]() 8h0zC ![]() 8h10C ![]() 8h11C ![]() 8h12C ![]() 8h13C ![]() 8h14C ![]() 8h15C ![]() 8h16C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.095 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34417_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34417_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-1 spike protein
全体 | 名称: SARS-CoV-1 spike protein |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-1 spike protein
超分子 | 名称: SARS-CoV-1 spike protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: SARS coronavirus Tor2 |
分子量 | 理論値: 410 KDa |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 136.679359 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: ETGTDLDRCT TFDDVQAPNY TQHTSSMRGV YYPDEIFRSD TLYLTQDLFL PFYSNVTGFH TINHTFGNPV IPFKDGIYFA ATEKSNVVR GWVFGSTMNN KSQSVIIINN STNVVIRACN FELCDNPFFA VSKPMGTQTH TMIFDNAFNC TFEYISDAFS L DVSEKSGN ...文字列: ETGTDLDRCT TFDDVQAPNY TQHTSSMRGV YYPDEIFRSD TLYLTQDLFL PFYSNVTGFH TINHTFGNPV IPFKDGIYFA ATEKSNVVR GWVFGSTMNN KSQSVIIINN STNVVIRACN FELCDNPFFA VSKPMGTQTH TMIFDNAFNC TFEYISDAFS L DVSEKSGN FKHLREFVFK NKDGFLYVYK GYQPIDVVRD LPSGFNTLKP IFKLPLGINI TNFRAILTAF SPAQDIWGTS AA AYFVGYL KPTTFMLKYD ENGTITDAVD CSQNPLAELK CSVKSFEIDK GIYQTSNFRV VPSGDVVRFP NITNLCPFGE VFN ATKFPS VYAWERKKIS NCVADYSVLY NSTFFSTFKC YGVCATKLND LCFSNVYADS FVVKGDDVRQ IAPGQTGVIA DYNY KLPDD FMGCVLAWNT RNIDATSTGN YNYKYRYLRH GKLRPFERDI SNVPFSPDGK PCTPPALNCY WPLNDYGFYT TTGIG YQPY RVVVLSFELL NAPATVCGPK LSTDLIKNQC VNFNFNGLTG TGVLTPSSKR FQPFQQFGRD VSDFTDSVRD PKTSEI LDI SPCSFGGVSV ITPGTNASSE VAVLYQDVNC TDVSTAIHAD QLTPAWRIYS TGNNVFQTQA GCLIGAEHVD TSYECDI PI GAGICASYHT VSLLRSTSQK SIVAYTMSLG ADSSIAYSNN TIAIPTNFSI SITTEVMPVS MAKTSVDCNM YICGDSTE C ANLLLQYGSF CTQLNRALSG IAAEQDRNTR EVFAQVKQMY KTPTLKYFGG FNFSQILPDP LKPTKRSFIE DLLFNKVTL ADAGFMKQYG ECLGDINARD LICAQKFNGL TVLPPLLTDD MIAAYTAALV SGTATAGWTF GAGAALQIPF AMQMAYRFNG IGVTQNVLY ENQKQIANQF NKAISQIQES LTTTSTALGK LQDVVNQNAQ ALNTLVKQLS SNFGAISSVL NDILSRLCKV E AEVQIDRL ITGRLQSLQT YVTQQLIRAA EIRASANLAA TKMSECVLGQ SKRVDFCGKG YHLMSFPQAA PHGVVFLHVT YV PSQERNF TTAPAICHEG KAYFPREGVF VFNGTSWFIT QRNFFSPQII TTDNTFVSGN CDVVIGIINN TVYDPLQPEL DSF KEELDK YFKNHTSPDV DLGDISGINA SVVNIQKEID RLNEVAKNLN ESLIDLQELG KYEQYIKGSG RENLYFQGGG GSGY IPEAP RDGQAYVRKD GEWVLLSTFL GHHHHHH UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: LINOLEIC ACID
分子 | 名称: LINOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: EIC |
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分子量 | 理論値: 280.445 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-EIC: |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 42 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-分子 #4: BILIVERDINE IX ALPHA
分子 | 名称: BILIVERDINE IX ALPHA / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: BLA |
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分子量 | 理論値: 582.646 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-BLA: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4.7 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
詳細: Gibco PBS C10010 | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.37 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |