+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of Klebsiella phage Kp7 type II tail fiber gp52 in vitro | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Phage type II tail fiber / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Huang L / Xiang Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and assembly of the Klebsiella pneumoniae phage tail fibers 著者: Huang L / Xiang Y | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2.8 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 37.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 393.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 393.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.17 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Klebsiella phage Kp7 type II tail fiber
全体 | 名称: Klebsiella phage Kp7 type II tail fiber |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Klebsiella phage Kp7 type II tail fiber
超分子 | 名称: Klebsiella phage Kp7 type II tail fiber / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Trimer of tail fiber proteins |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: phage tail fiber
分子 | 名称: phage tail fiber / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 61.21027 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MALVKATFVK DVDGQPWRFS SVAKMKAFNY SCYLGSSVFL ESWHEGAGLG SGLFKVSKGT TEVGDDGSVI VAADGTRLIR VFDGPIFAD MWGALPSSTY NSLPAIKSAY LYASSKLQQL FLGGGSYKVT GSSGIDIDPS LAGISALSRA RVDTTEFTGD Y LFTITSSY ...文字列: MALVKATFVK DVDGQPWRFS SVAKMKAFNY SCYLGSSVFL ESWHEGAGLG SGLFKVSKGT TEVGDDGSVI VAADGTRLIR VFDGPIFAD MWGALPSSTY NSLPAIKSAY LYASSKLQQL FLGGGSYKVT GSSGIDIDPS LAGISALSRA RVDTTEFTGD Y LFTITSSY SYTPAPYYNN LSVALEGLYV FGNKTEGRSG LLTGRRTTDG VKSYNGQTEI RNCTFDKFDY NIRMGHNSWR IV FYKVNSL NALNANGILY VPSGLDDSGE ILTFYHCQFF DGAGSNIRIS CSSFAMTFVS CSFLNITFTI DAGSSVSVTA LGC NFENPG SQSTRRYIEI TAGHTNIFNV VGGSIVTNAN AGQTQALIHV SANNQINLSN LTIPYGAHYQ QEADSGYHAF CSGQ GYVST SNCSLQLLNG AGCCPIHPSL SVFTNWNLSY ANLNAWTVDK GSAPTSVAEY LSAQGPKGEG VLHVAPTTQG VNISQ VATV SKQAGSMSMS VMVNIISASS NAGQISLAYL DAFDNNLGGV SANLGTTTGW KVIGKNTLRG RLPVGTAKVR LNIQTV AGA DVQYTNILCN II |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 36000 |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 146 |
---|---|
得られたモデル | ![]() PDB-7xyc: |