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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33507 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Klebsiella phage Kp9 type I tail fiber gp42 in vitro | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Phage type I tail fiber / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Klebsiella phage Kp9 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang L / Xiang Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure and assembly of the Klebsiella pneumoniae phage tail fibers 著者: Huang L / Xiang Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33507.map.gz | 3.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33507-v30.xml emd-33507.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33507_fsc.xml | 7.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33507.png | 15.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33507.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33507 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33507 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33507_validation.pdf.gz | 422.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33507_full_validation.pdf.gz | 422.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33507_validation.xml.gz | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33507_validation.cif.gz | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33507 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33507 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33507.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0742 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Klebsiella phage Kp9 type I tail fiber protein gp42
全体 | 名称: Klebsiella phage Kp9 type I tail fiber protein gp42 |
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要素 |
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-超分子 #1: Klebsiella phage Kp9 type I tail fiber protein gp42
超分子 | 名称: Klebsiella phage Kp9 type I tail fiber protein gp42 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Trimer of tail fiber proteins |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella phage Kp9 (ファージ) |
-分子 #1: Tail fiber protein
分子 | 名称: Tail fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella phage Kp9 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 84.120445 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia (バクテリア) |
配列 | 文字列: MDQDIKTVIQ YPVGTTEFDI PFDYLSRKFV RVSLVSDDNR RLLSNITEYR YVSKTRVKLL VATTGFDRVE IRRFTSASER IVDFSDGSV LRANDLNVSQ LQSAHIAEEA RDAALLAMPE DDAGNLDARN RKIVRLAPGE AGTDAINKNQ LDTTLGEAGG I LSEVKDLQ ...文字列: MDQDIKTVIQ YPVGTTEFDI PFDYLSRKFV RVSLVSDDNR RLLSNITEYR YVSKTRVKLL VATTGFDRVE IRRFTSASER IVDFSDGSV LRANDLNVSQ LQSAHIAEEA RDAALLAMPE DDAGNLDARN RKIVRLAPGE AGTDAINKNQ LDTTLGEAGG I LSEVKDLQ KDMEDYLQNW GDDTTAIRGV LWVYNQGSAV GGETSFVITK EGPVLAVPYI EINGSRQYRG WHYEYDLGSK TI TLAKPLS AGDLVVCTTA ETTLPLADSL AGPTGASQIG TANGLNVQIA LDNLRSGVNV LDFMTFAERA AVLNYTGTND NSE AFRKAF ATGSRQIIVP PGRYHVKDVE IPSKVKLFGT YSYKPYNVTS DASFGTDGTI IRKVAGADNM FLWNTACAAE GVMF DGRDR TSPAIQSKSG GKISVGFFKC GFYRFDRVGN RRGAYIGCSF QFCNFNQNNI GIYNTVDGNH IGCTINANKS HGVML ETGA NSNTFTNCRN EWNEGDNWNF YGATSIQVIN ELCDRAFGYG FRISNSSVTL INVNIRRSAR TAASGAASAQ IYFESS TLK MIGVNSSVGG DDTGGSITEP SPDYFFRMAG TSEGRLEISD SRLTGYTVGL ISGTARPSVI RVINSPGWED TINEGVA RI SGGRPYIGTM PTATGPANVS PAVLGLSCGG VNTYDNDMFD IHLTIRNTNN GGHNGAILTV LLYREGGAAR ATIVRVDS R SNAVGEGDVN STSADPQQVY QVSVEVTSND ASTFNLLVST KSDNSASYRF RAKVKP |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 81000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 124 |
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得られたモデル | PDB-7xy1: |