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万見
- EMDB-33248: Cryo-EM structure of DHEA-ADGRG2-BT-Gs complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33248
タイトルCryo-EM structure of DHEA-ADGRG2-BT-Gs complex
マップデータThe map of DHEA-ADGRG2-BT-Gs complex
試料
  • 複合体: Adhesion G-protein coupled receptor G2
    • 複合体: Adhesion G-protein
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: NB35
      • タンパク質・ペプチド: NB35
    • 複合体: Adhesion G-protein coupled receptor G2
      • タンパク質・ペプチド: Adhesion G-protein coupled receptor G2
  • リガンド: 3-BETA-HYDROXY-5-ANDROSTEN-17-ONE
  • リガンド: water
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate cyclase-activating G protein-coupled bile acid receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating serotonin receptor signaling pathway / regulation of skeletal muscle contraction / PKA activation in glucagon signalling / spermatid development / hair follicle placode formation / developmental growth / intracellular transport / D1 dopamine receptor binding / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress ...adenylate cyclase-activating G protein-coupled bile acid receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating serotonin receptor signaling pathway / regulation of skeletal muscle contraction / PKA activation in glucagon signalling / spermatid development / hair follicle placode formation / developmental growth / intracellular transport / D1 dopamine receptor binding / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / activation of adenylate cyclase activity / Hedgehog 'off' state / cellular response to acidic pH / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / cellular response to glucagon stimulus / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase activator activity / trans-Golgi network membrane / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / response to prostaglandin E / bone development / platelet aggregation / G protein-coupled receptor activity / cognition / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / sensory perception of smell / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G-protein beta-subunit binding / G alpha (12/13) signalling events / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / extracellular vesicle / sensory perception of taste / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / G protein activity / fibroblast proliferation / Ca2+ pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Ras protein signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / apical plasma membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / GTP binding / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / ADGRG2, N-terminal domain / : / ADGRG2-like, GAIN domain / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GAIN domain superfamily / : / GPS motif / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / GAIN-B domain profile. ...: / ADGRG2, N-terminal domain / : / ADGRG2-like, GAIN domain / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GAIN domain superfamily / : / GPS motif / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / GAIN-B domain profile. / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adhesion G-protein coupled receptor G2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Camelus bactrianus (フタコブラクダ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Guo SC / Xiao P / Lin H / Sun JP / Yu X
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92057121 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32130055 中国
National Science Foundation (NSF, China)81825022 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)ZR2021ZD18 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Structures of the ADGRG2-G complex in apo and ligand-bound forms.
著者: Hui Lin / Peng Xiao / Rui-Qian Bu / Shengchao Guo / Zhao Yang / Daopeng Yuan / Zhong-Liang Zhu / Chuan-Xin Zhang / Qing-Tao He / Chao Zhang / Yu-Qi Ping / Ru-Jia Zhao / Chuan-Shun Ma / Chang- ...著者: Hui Lin / Peng Xiao / Rui-Qian Bu / Shengchao Guo / Zhao Yang / Daopeng Yuan / Zhong-Liang Zhu / Chuan-Xin Zhang / Qing-Tao He / Chao Zhang / Yu-Qi Ping / Ru-Jia Zhao / Chuan-Shun Ma / Chang-Hao Liu / Xiao-Ning Zhang / Dan Jiang / Shaohui Huang / Yue-Tong Xi / Dao-Lai Zhang / Chen-Yang Xue / Bai-Sheng Yang / Jian-Yuan Li / Hao-Cheng Lin / Xu-Hui Zeng / Han Zhao / Wen-Ming Xu / Fan Yi / Zhongmin Liu / Jin-Peng Sun / Xiao Yu /
要旨: Adhesion G protein-coupled receptors are elusive in terms of their structural information and ligands. Here, we solved the cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) structure of apo-ADGRG2, an ...Adhesion G protein-coupled receptors are elusive in terms of their structural information and ligands. Here, we solved the cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) structure of apo-ADGRG2, an essential membrane receptor for maintaining male fertility, in complex with a G trimer. Whereas the formations of two kinks were determinants of the active state, identification of a potential ligand-binding pocket in ADGRG2 facilitated the screening and identification of dehydroepiandrosterone (DHEA), dehydroepiandrosterone sulfate and deoxycorticosterone as potential ligands of ADGRG2. The cryo-EM structures of DHEA-ADGRG2-G provided interaction details for DHEA within the seven transmembrane domains of ADGRG2. Collectively, our data provide a structural basis for the activation and signaling of ADGRG2, as well as characterization of steroid hormones as ADGRG2 ligands, which might be used as useful tools for further functional studies of the orphan ADGRG2.
履歴
登録2022年4月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33248.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33248.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The map of DHEA-ADGRG2-BT-Gs complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.176 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.176 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.176 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.071 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.017
最小 - 最大-0.038292993 - 0.09666449
平均 (標準偏差)0.000014265903 (±0.0021055462)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.176 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_33248_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: The half1 map of DHEA-ADGRG2-BT-Gs complex

ファイルemd_33248_half_map_1.map
注釈The half1 map of DHEA-ADGRG2-BT-Gs complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: The half2 map of DHEA-ADGRG2-BT-Gs complex

ファイルemd_33248_half_map_2.map
注釈The half2 map of DHEA-ADGRG2-BT-Gs complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Adhesion G-protein coupled receptor G2

全体名称: Adhesion G-protein coupled receptor G2
要素
  • 複合体: Adhesion G-protein coupled receptor G2
    • 複合体: Adhesion G-protein
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: NB35
      • タンパク質・ペプチド: NB35
    • 複合体: Adhesion G-protein coupled receptor G2
      • タンパク質・ペプチド: Adhesion G-protein coupled receptor G2
  • リガンド: 3-BETA-HYDROXY-5-ANDROSTEN-17-ONE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Adhesion G-protein coupled receptor G2

超分子名称: Adhesion G-protein coupled receptor G2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 130 KDa

+
超分子 #2: Adhesion G-protein

超分子名称: Adhesion G-protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Camelus bactrianus (フタコブラクダ)

+
超分子 #3: NB35

超分子名称: NB35 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
超分子 #4: Adhesion G-protein coupled receptor G2

超分子名称: Adhesion G-protein coupled receptor G2 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5

+
分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.683434 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE ...文字列:
MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE YQLIDCAQYF LDKIDVIKQA DYVPSDQDLL RCRVLTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGAQR DERRKWIQCF ND VTAIIFV VASSSYNMVI REDNQTNRLQ AALKLFDSIW NNKWLRDTSV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK IEDYFPEFAR YTT PEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRDEFL RISTASGDGR HYCYPHFTCA VDTENIRRVF NDCRDIIQRM HLRQYELL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

+
分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.48916 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MHHHHHHLEV LFQGPGSSQS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR ...文字列:
MHHHHHHLEV LFQGPGSSQS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR FLDDNQIVTS SGDTTCALWD IETGQQTTTF TGHTGDVMSL SLAPDTRLFV SGACDASAKL WDVREGMCRQ TF TGHESDI NAICFFPNGN AFATGSDDAT CRLFDLRADQ ELMTYSHDNI ICGITSVSFS KSGRLLLAGY DDFNCNVWDA LKA DRAGVL AGHDNRVSCL GVTDDGMAVA TGSWDSFLKI WN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

+
分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.375332 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列:
NTASIAQARK LVEQLKMEAN IDRIKVSKAA ADLMAYCEAH AKEDPLLTPV PASENPFR

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: NB35

分子名称: NB35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
分子量理論値: 13.885439 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSS

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分子 #5: Adhesion G-protein coupled receptor G2

分子名称: Adhesion G-protein coupled receptor G2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: The C-terminal (892-916) is due to the replacement of GPR120 tail.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.662309 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: PSQMMALTFI TYIGCGLSSI FLSVTLVTYI AFEKIRRDYP SKILIQLCAA LLLLNLIFLL DSWIALYNTR GFCIAVAVFL HYFLLVSFT WMGLEAFHMY LALVKVFNTY IRKYILKFCI VGWGIPAVVV SIVLTISPDN YGIGSYGKFP NGTPDDFCWI N SNVVFYIT ...文字列:
PSQMMALTFI TYIGCGLSSI FLSVTLVTYI AFEKIRRDYP SKILIQLCAA LLLLNLIFLL DSWIALYNTR GFCIAVAVFL HYFLLVSFT WMGLEAFHMY LALVKVFNTY IRKYILKFCI VGWGIPAVVV SIVLTISPDN YGIGSYGKFP NGTPDDFCWI N SNVVFYIT VVGYFCVIFL LNVSMFIVVL VQLCRIKKKK QLGAQRKTSI QDLRSIAGLT FLLGITWGFA FFAWGPVNVT FM YLFAIFN TLQGFFIFIF YCAAKENVRK QWRRYLCCGK LFWFPEKGAI LTDTSVKRND LSIISG

UniProtKB: Adhesion G-protein coupled receptor G2

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分子 #6: 3-BETA-HYDROXY-5-ANDROSTEN-17-ONE

分子名称: 3-BETA-HYDROXY-5-ANDROSTEN-17-ONE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: AND
分子量理論値: 288.424 Da
Chemical component information

ChemComp-AND:
3-BETA-HYDROXY-5-ANDROSTEN-17-ONE / ホルモン*YM

+
分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 IS (4k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3sn6

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1039271
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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