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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3292 | |||||||||
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タイトル | Sub-tomogram averaging of Lassa virus glycoprotein spike from virus-like particles at pH 5 | |||||||||
![]() | Sub-tomogram average of the glycoprotein spike trimer | |||||||||
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![]() | lassa virus / membrane protein / glycoprotein / receptor binding / membrane fusion | |||||||||
機能・相同性 | ![]() host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.4 Å | |||||||||
![]() | Li S / Zhaoyang S / Pryce R / Parsy M-L / Fehling SK / Schlie K / Siebert CA / Garten W / Bowden TA / Strecker T / Huiskonen JT | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Acidic pH-Induced Conformations and LAMP1 Binding of the Lassa Virus Glycoprotein Spike. 著者: Sai Li / Zhaoyang Sun / Rhys Pryce / Marie-Laure Parsy / Sarah K Fehling / Katrin Schlie / C Alistair Siebert / Wolfgang Garten / Thomas A Bowden / Thomas Strecker / Juha T Huiskonen / ![]() ![]() 要旨: Lassa virus is an enveloped, bi-segmented RNA virus and the most prevalent and fatal of all Old World arenaviruses. Virus entry into the host cell is mediated by a tripartite surface spike complex, ...Lassa virus is an enveloped, bi-segmented RNA virus and the most prevalent and fatal of all Old World arenaviruses. Virus entry into the host cell is mediated by a tripartite surface spike complex, which is composed of two viral glycoprotein subunits, GP1 and GP2, and the stable signal peptide. Of these, GP1 binds to cellular receptors and GP2 catalyzes fusion between the viral envelope and the host cell membrane during endocytosis. The molecular structure of the spike and conformational rearrangements induced by low pH, prior to fusion, remain poorly understood. Here, we analyzed the three-dimensional ultrastructure of Lassa virus using electron cryotomography. Sub-tomogram averaging yielded a structure of the glycoprotein spike at 14-Å resolution. The spikes are trimeric, cover the virion envelope, and connect to the underlying matrix. Structural changes to the spike, following acidification, support a viral entry mechanism dependent on binding to the lysosome-resident receptor LAMP1 and further dissociation of the membrane-distal GP1 subunits. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 4.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Sub-tomogram average of the glycoprotein spike trimer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Purified Lassa virus VLPs at pH 5
全体 | 名称: Purified Lassa virus VLPs at pH 5 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Purified Lassa virus VLPs at pH 5
超分子 | 名称: Purified Lassa virus VLPs at pH 5 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Unfixed virus-like particles / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Lassa virus
超分子 | 名称: Lassa virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Lassa mammarenavirus / NCBI-ID: 11620 / 生物種: Lassa virus / Sci species strain: Josiah / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Lassa mammarenavirus |
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宿主 | 生物種: ![]() |
Host system | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 5.2 詳細: 50 mM buffer of succinic acid, dihydrogen phosphate and glycine (2:7:7) |
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グリッド | 詳細: Grids (Cflat CF-2/1-2C-T) were glow-discharged for 15 s. 6-nm gold particles were added. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 3 seconds before plunging. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 80 K / 最高: 120 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 160,000 times magnification. |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF QUANTUM LS エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
詳細 | Super-resolution counting mode |
日付 | 2014年9月25日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 16 / 平均電子線量: 60 e/Å2 詳細: Each image is a tilt series of 19 movies, acquired at 5 degree intervals. Each movie consists of 8 frames. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.8 µm / 倍率(公称値): 160000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -45 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 45 ° |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: B |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, Segger |
詳細 | The GP1 subunit was fitted to different density segments of the spike. 1000 evenly rotated fits were considered. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation |
得られたモデル | ![]() PDB-5ft2: |