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- EMDB-32188: Matrix arm of deactive state CI from Q10 dataset -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32188
タイトルMatrix arm of deactive state CI from Q10 dataset
マップデータ
試料
  • 複合体: Respiratory complex I
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 10種
キーワードmammalian / mitochondrial / respiratory / complex I / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / protein lipoylation / RHOG GTPase cycle / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / cellular response to oxygen levels / ubiquinone-6 biosynthetic process / Mitochondrial protein degradation / gliogenesis ...Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / protein lipoylation / RHOG GTPase cycle / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / cellular response to oxygen levels / ubiquinone-6 biosynthetic process / Mitochondrial protein degradation / gliogenesis / mitochondrial large ribosomal subunit / neural precursor cell proliferation / cardiac muscle tissue development / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / cellular respiration / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / apoptotic mitochondrial changes / : / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / : / ATP synthesis coupled electron transport / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ATP metabolic process / response to cAMP / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of protein phosphorylation / brain development / negative regulation of cell growth / mitochondrial intermembrane space / fatty acid biosynthetic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / positive regulation of fibroblast proliferation / FMN binding / nervous system development / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / nuclear body / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / GRIM-19 / GRIM-19 protein ...NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / : / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Complex 1 LYR protein domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / Complex 1 protein (LYR family) / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Acyl carrier protein (ACP) / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Phosphopantetheine attachment site / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Phosphopantetheine attachment site. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Thioredoxin-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / pig (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gu JK / Yang MJ
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0504600 and 2016YFA0501100 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31625008 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32030056, 21532004 and 31570733 and 31800620 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: The coupling mechanism of mammalian mitochondrial complex I.
著者: Jinke Gu / Tianya Liu / Runyu Guo / Laixing Zhang / Maojun Yang /
要旨: Mammalian respiratory complex I (CI) is a 45-subunit, redox-driven proton pump that generates an electrochemical gradient across the mitochondrial inner membrane to power ATP synthesis in ...Mammalian respiratory complex I (CI) is a 45-subunit, redox-driven proton pump that generates an electrochemical gradient across the mitochondrial inner membrane to power ATP synthesis in mitochondria. In the present study, we report cryo-electron microscopy structures of CI from Sus scrofa in six treatment conditions at a resolution of 2.4-3.5 Å, in which CI structures of each condition can be classified into two biochemical classes (active or deactive), with a notably higher proportion of active CI particles. These structures illuminate how hydrophobic ubiquinone-10 (Q10) with its long isoprenoid tail is bound and reduced in a narrow Q chamber comprising four different Q10-binding sites. Structural comparisons of active CI structures from our decylubiquinone-NADH and rotenone-NADH datasets reveal that Q10 reduction at site 1 is not coupled to proton pumping in the membrane arm, which might instead be coupled to Q10 oxidation at site 2. Our data overturn the widely accepted previous proposal about the coupling mechanism of CI.
履歴
登録2021年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2023年6月7日-
現状2023年6月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32188.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32188.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 330 pix.
= 354.486 Å		1.07 Å/pix.
x 330 pix.
= 354.486 Å		1.07 Å/pix.
x 330 pix.
= 354.486 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0742 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0236
最小 - 最大-0.083130464 - 0.22952995
平均 (標準偏差)0.0002029601 (±0.0039076046)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 354.48602 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Respiratory complex I

全体名称: Respiratory complex I
要素
  • 複合体: Respiratory complex I
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
  • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
  • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
  • タンパク質・ペプチド: Complex I-20kD
  • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein, mitochondrial
  • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase ubiquinone 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
  • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
  • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
  • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
  • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL
  • リガンド: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
  • リガンド: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Respiratory complex I

超分子名称: Respiratory complex I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #4-#5, #7-#8, #10-#11, #15-#16, #18
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
分子 #1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 50.052129 KDa
配列文字列: MLAARRLLGG SLPARVSVRF SGDTTAPKKT SFGSLKDEDR IFTNLYGRHD WRLKGAQSRG DWYKTKEILL KGPDWILGEV KTSGLRGRG GAGFPTGLKW SFMNKPSDGR PKYLVVNADE GEPGTCKDRE IIRHDPHKLV EGCLVGGRAM GARAAYIYIR G EFYNEASN ...文字列:
MLAARRLLGG SLPARVSVRF SGDTTAPKKT SFGSLKDEDR IFTNLYGRHD WRLKGAQSRG DWYKTKEILL KGPDWILGEV KTSGLRGRG GAGFPTGLKW SFMNKPSDGR PKYLVVNADE GEPGTCKDRE IIRHDPHKLV EGCLVGGRAM GARAAYIYIR G EFYNEASN LQVAIREAYE AGLIGKNACG SGYDFDVFVV RGAGAYICGE ETALIESIEG KQGKPRLKPP FPADVGVFGC PT TVANVET VAVSPTICRR GGAWFASFGR ERNSGTKLFN ISGHVNHPCT VEEEMSVPLK ELIEKHAGGV IGGWDNLLAV IPG GSSTPL IPKSVCETVL MDFDALVQAQ TGLGTAAVIV MDRSTDIVKA IARLIEFYKH ESCGQCTPCR EGVDWMNKVM ARFV KGDAR PAEIDSLWEI SKQIEGHTIC ALGDGAAWPV QGLIRHFRPE LEERMQQFAL QHQ

+
分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 23.893281 KDa
配列文字列: MRCLSTPMLL RALAQAQAAH AGHPSARTLH SSAVAATYKF VNMREPSMDM KSVTDRAAQT LLWTELVRGL GMTLSYLFRE PATINYPFE KGPLSPRFRG EHALRRYPSG EERCIACKLC EAVCPAQAIT IEAEPRADGS RRTTRYDIDM TKCIYCGFCQ E ACPVDAIV ...文字列:
MRCLSTPMLL RALAQAQAAH AGHPSARTLH SSAVAATYKF VNMREPSMDM KSVTDRAAQT LLWTELVRGL GMTLSYLFRE PATINYPFE KGPLSPRFRG EHALRRYPSG EERCIACKLC EAVCPAQAIT IEAEPRADGS RRTTRYDIDM TKCIYCGFCQ E ACPVDAIV EGPNFEFSTE THEELLYNKE KLLNNGDKWE AEIAANIQAD YLYR

+
分子 #3: Complex I-20kD

分子名称: Complex I-20kD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 21.79534 KDa
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MGAAVQVRFV HPSAATDSPS SQPAVSQAGA VVSKPTTLPS SRGEYVVAKL DDLVNWARRS SLWPMTFGLA CCAVEMMHMA APRYDMDRF GVVFRASPRQ SDVMIVAGTL TNKMAPALRK VYDQMPEPRY VVSMGSCANG GGYYHYSYSV VRGCDRIVPV D IYVPGCPP TAEALLYGIL QLQRKIKREK RLRIWYRR

+
分子 #4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 14.953313 KDa
配列文字列:
MAASGLPRAA AAAGTSVKPI FSRDMNEAKR RVRELYRAWY REVPNTVHLF QLDISVKQGR DKVREMFMKN AHVTDPRVVD LLVIKGKME LEETINVWKQ RTHIMRFFHE TEAPRPTDFL SKFYVGHDP

+
分子 #5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 11.099798 KDa
配列文字列:
MAAAAASRGI RAKLGLREIR IHLCQRSPGS QGVRDFIEKR YVELKKANPD LPILIRECSD VQPKLWARYA FGQEKNVSLN NFSADQVTR TLENVLSGKA

+
分子 #6: Acyl carrier protein, mitochondrial

分子名称: Acyl carrier protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 17.308186 KDa
配列文字列:
MAARVLCACV RRLPAAFAPL PRIPTVVAAR PLSTTLFPTG AQARSRALQP ALVLAQAPGG VTQLCRRYSD APPLTLEAIK DRVLYVLKL YDKIDPEKLS VNSHFMKDLG LDSLDQVEII MAMEDEFGFE IPDIDAEKLM CPQEIVDYIA DKKDVYE

+
分子 #7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 13.32159 KDa
配列文字列:
MAGLLKKTTG LVGLAVCETP HERLKILYTK ILDVLGQIPK NAAYRKYTEQ ITNEKLGMVK AEPDVKKLEE QLQGGQIEEV ILQAENELS LARKMLRWKP WEPLVEEPPA NQWKWPI

+
分子 #8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 12.64859 KDa
配列文字列:
MASATRVIQL LRNWASGRDL QAKLQLRYQE ISKRTQPPPK LPVGPSHKLS NNYYCTRDGR REAMPPSIVM SSQKVLASGK PAESSAVAE TEKKAVTPAP PIKRWELSKD QPYL

+
分子 #9: NADH dehydrogenase ubiquinone 1 alpha subcomplex subunit 9, mitoc...

分子名称: NADH dehydrogenase ubiquinone 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 42.493168 KDa
配列文字列: MAAAVHPRVV RAVPMSRSCL AAVATSVSYG PPQRQLHHAL IPHGKGGRSS VSGIVATVFG ATGFLGRYVV NHLGRMGSQV IVPYRCEPY DTMHLRPMGD LGQIIFMEWN GKDKDSIRKV VEHSNVVINL VGREWETKNF DFEDVFVKIP HAIAQVSKEA G VEKLIHIS ...文字列:
MAAAVHPRVV RAVPMSRSCL AAVATSVSYG PPQRQLHHAL IPHGKGGRSS VSGIVATVFG ATGFLGRYVV NHLGRMGSQV IVPYRCEPY DTMHLRPMGD LGQIIFMEWN GKDKDSIRKV VEHSNVVINL VGREWETKNF DFEDVFVKIP HAIAQVSKEA G VEKLIHIS HLNADIKSPS RYLRSKAVGE KEVRAAFPEA TIIKPSDIFG REDRFLNYFA SMRWFGGVPL ISLGKETVKQ PV YIVDVSK GIINAIKDPD AKGKTFAFVG PNRYLLFDLV QYIFAVAYRP FLPYPLPHFA YRWVGRLFEV SPFEPWTTRD KVE RVHMSD MTLPHLPGLE DLGIQATPLE LKAIEVLRRH RTYRWLTSEM EDVKPAKTVN

+
分子 #10: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 12.1728 KDa
配列文字列:
MAASLLLRQG RARALKTVLL EGGVFRGLAP AVSLSAESGR NEKERPPNPK KQSPPKKPTP AAAAAEPFDN STYRNLQHHE YSTYTFLDL NVELSKFRMP QPSSGRQSPR H

+
分子 #11: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 19.746514 KDa
配列文字列:
MAAVSMSVAL KQALWGRRAA AVGAVSVSKV PTRLLSTSTW RLAQDQTQDT QLIAVDEKLD ITTLTGVPEE HIKTRKVRIF VPARNNMQS GVNNTKKWKM EFDTRERWEN PLMGWSSTAD PLSNLVLTFS TKEDAVAFAE KNGWSFDVEE RKVPKPKSKS Y GANFSWNK RTRVSTK

+
分子 #12: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 78.670328 KDa
配列文字列: MLRIPVTRAL IGLSKSPKGC VRTTATAASN LIEVFVDGQS VMVEPGTTVL QACEKVGMQI PRFCYHERLS VAGNCRMCLV EIEKAPKVV AACAMPVMKG WNILTNSEKS KKAREGVMEF LLANHPLDCP ICDQGGECDL QDQSMMFGSD RSRFLEGKRA V EDKNIGPL ...文字列:
MLRIPVTRAL IGLSKSPKGC VRTTATAASN LIEVFVDGQS VMVEPGTTVL QACEKVGMQI PRFCYHERLS VAGNCRMCLV EIEKAPKVV AACAMPVMKG WNILTNSEKS KKAREGVMEF LLANHPLDCP ICDQGGECDL QDQSMMFGSD RSRFLEGKRA V EDKNIGPL VKTIMTRCIQ CTRCIRFASE IAGVDDLGTT GRGNDMQVGT YIEKMFMSEL SGNIIDICPV GALTSKPYAF TA RPWETRK TESIDVMDAV GSNIVVSTRT GEVMRILPRM HEDINEEWIS DKTRFAYDGL KRQRLTQPMI RNEKGLLTYT TWE DALSRV AGMLQSFQGN DVAAIAGGLV DAEALVALKD LLNRVDSDSL CTEEVFPTAG AGTDLRSNYL LNTTIAGVEE ADVI LLVGT NPRFEAPLFN ARIRKSWLHN DLKVALIGSP VDLTYRYDHL GDSPKILQDI ASGNHPFSQI LKEAKKPMVV LGSSA LQRS DGTAILAAVS NIAQNIRLSS GVTGDWKVMN ILHRIASQVA ALDLGYKPGV EAIRKNPPKV LFLLGADGGC ITRQDL PKD CFIIYQGHHG DVGAPMADVI LPGAAYTEKS ATYVNTEGRA QQTKVAVTPP GLAREDWKII RALSEIAGMT LPYDTLD QV RSRLEEVSPN LVRYDDVEGA NYFQQANELS KLVNQQLLAD PLVPPQLTIK DFYMTDSISR ASQTMAKCVK AVTEGI

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分子 #13: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 17.162439 KDa
配列文字列:
MELVQVLRRG LQQVSGHGGL RGYLRVLFRA NDVRVGTLVG EDKYGNKYYE DNKQFFGRHR WVIYTTEMNG RDTFWDVDGS MVPPEWHRW LHCMTDDPPT TKPPTARKYI WTNHKFNVSG TPQQYVPYST TRKKIQEWVP PSTPYK

+
分子 #14: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 27.439533 KDa
配列文字列: MFLTAALRAR ATGFTAQWGR HVRNLHKTAV QNGAGGALFV HRDTPENNPD TPFDFTPENY KRIEAIVKNY PEGHKAAAVL PVLDLAQRQ NGWLPISAMN KVAEILQVPP MRVYEVATFY TMYNRKPVGK YHIQVCTTTP CMLRNSDSIL EAIQKKLGIK V GETTPDKL ...文字列:
MFLTAALRAR ATGFTAQWGR HVRNLHKTAV QNGAGGALFV HRDTPENNPD TPFDFTPENY KRIEAIVKNY PEGHKAAAVL PVLDLAQRQ NGWLPISAMN KVAEILQVPP MRVYEVATFY TMYNRKPVGK YHIQVCTTTP CMLRNSDSIL EAIQKKLGIK V GETTPDKL FTLIEVECLG ACVNAPMVQI NDNYYEDLTP KDIEEIIDEL KAGKIPKPGP RSGRFSCEPA GGLTSLTEPP KG PGFGVQA GL

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分子 #15: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 30.241416 KDa
配列文字列: MAAAAAARGC WRGLVGPAAV ARVSGRPSVL LLPVRKESAA ADTRPTIRPR NDVVHKQLSA FGQYVAEILP KYVQQVQVSC FNELEIFIH PDGVIPVLTF LRDHTNAQFK SLADLTAVDV PTRQNRFEIV YNLLSLRFNS RIRVKTYTDE LTPIESSVTV Y KAANWYER ...文字列:
MAAAAAARGC WRGLVGPAAV ARVSGRPSVL LLPVRKESAA ADTRPTIRPR NDVVHKQLSA FGQYVAEILP KYVQQVQVSC FNELEIFIH PDGVIPVLTF LRDHTNAQFK SLADLTAVDV PTRQNRFEIV YNLLSLRFNS RIRVKTYTDE LTPIESSVTV Y KAANWYER EIWDMFGVFF ANHPDLRRIL TDYGFEGHPF RKDFPLSGYV ELRYDDEVKR VVAEPVELAQ EFRKFDLNSP WE AFPAYRQ PPEDLKLEAG DKKPETK

+
分子 #16: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 53.735777 KDa
配列文字列: MVPVSLWRGK MAALRALCSL RGVAAQVLRP GAGARLPIQP SRGARQWQPD VEWAEQFGGA VMYPTKETAH WKPPPWNDVD PPKDTLVSN LTLNFGPQHP AAHGVLRLVM ELSGEMVRKC DPHIGLLH(2MR)G TEKLIEYKTY LQALPYFDRL DYVSMMC NE ...文字列:
MVPVSLWRGK MAALRALCSL RGVAAQVLRP GAGARLPIQP SRGARQWQPD VEWAEQFGGA VMYPTKETAH WKPPPWNDVD PPKDTLVSN LTLNFGPQHP AAHGVLRLVM ELSGEMVRKC DPHIGLLH(2MR)G TEKLIEYKTY LQALPYFDRL DYVSMMC NE QAYSLAVEKL LNIQPPPRAQ WIRVLFGEIT RLLNHIMAVT THALDIGAMT PFFWMFEERE KMFEFYERVS GARMHAAY I RPGGVHQDLP LGLLDDIYEF SKNFSFRIDE LEEMLTNNRI WRNRTVDIGV VTAEDALNYG FSGVMLRGSG IQWDLRKTQ PYDVYDQVEF DVPIGSRGDC YDRYLCRVEE MRQSLRIISQ CLNKMPPGEI KVDDAKVSPP KRAEMKTSME SLIHHFKLYT EGYQVPPGA TYTAIEAPKG EFGVYLVSDG SSRPYRCKIK APGFAHLAGL DKMSKGHMLA DVVAIIGTQD IVFGEVDR

+
分子 #17: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 13.34895 KDa
配列文字列:
MAAVTFLRLL GRSGAGARNL LGGSRCFGVR TSPTGEKVTH TGQAYDDGDY RRVRFSDRQK EVNENFAIDL IAEQPVSEVG SRVISCDGG GGALGHPRVY INLDKETKTG TCGYCGLQFR QPHH

+
分子 #18: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 16.911611 KDa
配列文字列:
MAASKVKQDM PPPGGYGPID YKRNLPRRGL SGYSMFAVGI GTLLFGYWSM MKWNRERRRL QIEDFEARIA LMPLFQAEKD RRVLQMLRE NLEEEAIIMK DVPDWKVGES VFHTTRWVTP MMGELYGLRT NEEILSATYG FIWYT

+
分子 #19: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #20: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

+
分子 #21: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

+
分子 #22: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,...

分子名称: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL
タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: PLX
分子量理論値: 767.132 Da
Chemical component information

ChemComp-PLX:
(9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL / リン脂質*YM

+
分子 #23: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...

分子名称: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: 8Q1
分子量理論値: 540.651 Da
Chemical component information

ChemComp-8Q1:
S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate

+
分子 #24: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 1 / 式: NDP
分子量理論値: 745.421 Da
Chemical component information

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

+
分子 #25: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #26: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #27: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #28: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 193234
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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