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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31432 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the minimal protein-only RNase P from Aquifex aeolicus reveals structural insight into precursor tRNA recognition and catalysis | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | RNA-free ribonuclease P / PINc domain ribonuclease / リボヌクレアーゼP / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / PIN-like domain superfamily / RNA-free ribonuclease P 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Teramoto T / Koyasu T / Adachi N / Kawasaki M / Moriya T / Numata T / Senda T / Kakuta Y | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2021 タイトル: Minimal protein-only RNase P structure reveals insights into tRNA precursor recognition and catalysis. 著者: Takamasa Teramoto / Takeshi Koyasu / Naruhiko Adachi / Masato Kawasaki / Toshio Moriya / Tomoyuki Numata / Toshiya Senda / Yoshimitsu Kakuta / 要旨: Ribonuclease P (RNase P) is an endoribonuclease that catalyzes the processing of the 5' leader sequence of precursor tRNA (pre-tRNA). Ribonucleoprotein RNase P and protein-only RNase P (PRORP) in ...Ribonuclease P (RNase P) is an endoribonuclease that catalyzes the processing of the 5' leader sequence of precursor tRNA (pre-tRNA). Ribonucleoprotein RNase P and protein-only RNase P (PRORP) in eukaryotes have been extensively studied, but the mechanism by which a prokaryotic nuclease recognizes and cleaves pre-tRNA is unclear. To gain insights into this mechanism, we studied homologs of Aquifex RNase P (HARPs), thought to be enzymes of approximately 23 kDa comprising only this nuclease domain. We determined the cryo-EM structure of Aq880, the first identified HARP enzyme. The structure unexpectedly revealed that Aq880 consists of both the nuclease and protruding helical (PrH) domains. Aq880 monomers assemble into a dimer via the PrH domain. Six dimers form a dodecamer with a left-handed one-turn superhelical structure. The structure also revealed that the active site of Aq880 is analogous to that of eukaryotic PRORPs. The pre-tRNA docking model demonstrated that 5' processing of pre-tRNAs is achieved by two adjacent dimers within the dodecamer. One dimer is responsible for catalysis, and the PrH domains of the other dimer are responsible for pre-tRNA elbow recognition. Our study suggests that HARPs measure an invariant distance from the pre-tRNA elbow to cleave the 5' leader sequence, which is analogous to the mechanism of eukaryotic PRORPs and the ribonucleoprotein RNase P. Collectively, these findings shed light on how different types of RNase P enzymes utilize the same pre-tRNA processing. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31432.map.gz | 93.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31432-v30.xml emd-31432.xml | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31432_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31432.png | 110.1 KB | ||
マスクデータ | emd_31432_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_31432_additional_1.map.gz emd_31432_half_map_1.map.gz emd_31432_half_map_2.map.gz | 78.2 MB 79.4 MB 79.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31432 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31432 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7f3eMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11072 (タイトル: Minimal protein-only RNase P structure reveals insights into tRNA precursor recognition and catalysis Data size: 2.0 TB Data #1: Minimal protein-only RNase P structure reveals insights into tRNA precursor recognition and catalysis [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31432.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_31432_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_31432_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_31432_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_31432_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Aq880 dodecamer
全体 | 名称: Aq880 dodecamer |
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要素 |
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-超分子 #1: Aq880 dodecamer
超分子 | 名称: Aq880 dodecamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: homo dodecamer |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 組換プラスミド: pE_SUMO |
分子量 | 理論値: 270 KDa |
-分子 #1: Aq880
分子 | 名称: Aq880 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GGATS is derived from plasmid / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GGATSMDVFV LDTSVFTNPE IYRTFEEDQR GAMETFIHLA LNSRAEFYMP TSVYTEMRKI MDVGELWAEF EMVVKIRSPR RFQLTVPADF LYEFIEELRY RINKGLRIAE EHTREASGCE DVGKLIARLR EKYREALRQG ILDSKEDVDV LLLAYELDGV LVSADEGLRT ...文字列: GGATSMDVFV LDTSVFTNPE IYRTFEEDQR GAMETFIHLA LNSRAEFYMP TSVYTEMRKI MDVGELWAEF EMVVKIRSPR RFQLTVPADF LYEFIEELRY RINKGLRIAE EHTREASGCE DVGKLIARLR EKYREALRQG ILDSKEDVDV LLLAYELDGV LVSADEGLRT WADKIGIKLI DPKNFKNILE SLVRHRF |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5.0 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: The grid was washed by acetone prior to use. | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time was 5 seconds (blot force 20). | ||||||||
詳細 | This sample was mono-disperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TALOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2370 / 平均露光時間: 48.62 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |