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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31233 | |||||||||
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タイトル | Engineered Hepatitis B virus core antigen T=3 | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 | Staphylococcus aureus != Hepatitis B virus adr/Japan/Nishioka/1983 Staphylococcus aureus
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / IgG binding / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hepatitis B virus genotype C subtype adr (strain Japan/adr4/1983) (ウイルス) / Hepatitis B virus adr/Japan/Nishioka/1983 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Jeong H / Heo Y / Yoo Y / Ryu B / Yun J / Cho H / Lee W | |||||||||
引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021 タイトル: Structural and Functional Characterizations of Cancer Targeting Nanoparticles Based on Hepatitis B Virus Capsid. 著者: Yunseok Heo / Hyeongseop Jeong / Youngki Yoo / Ji-Hye Yun / Bumhan Ryu / Young-Je Cha / Bo-Ram Lee / Ye-Eun Jeon / Jongmin Kim / Sojin Jeong / Eunji Jo / Jae-Sung Woo / Jeewon Lee / Hyun-Soo Cho / Weontae Lee / 要旨: Cancer targeting nanoparticles have been extensively studied, but stable and applicable agents have yet to be developed. Here, we report stable nanoparticles based on hepatitis B core antigen (HBcAg) ...Cancer targeting nanoparticles have been extensively studied, but stable and applicable agents have yet to be developed. Here, we report stable nanoparticles based on hepatitis B core antigen (HBcAg) for cancer therapy. HBcAg monomers assemble into spherical capsids of 180 or 240 subunits. HBcAg was engineered to present an affibody for binding to human epidermal growth factor receptor 1 (EGFR) and to present histidine and tyrosine tags for binding to gold ions. The HBcAg engineered to present affibody and tags (HAF) bound specifically to EGFR and exterminated the EGFR-overexpressing adenocarcinomas under alternating magnetic field (AMF) after binding with gold ions. Using cryogenic electron microscopy (cryo-EM), we obtained the molecular structures of recombinant HAF and found that the overall structure of HAF was the same as that of HBcAg, except with the affibody on the spike. Therefore, HAF is viable for cancer therapy with the advantage of maintaining a stable capsid form. If the affibody in HAF is replaced with a specific sequence to bind to another targetable disease protein, the nanoparticles can be used for drug development over a wide spectrum. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31233.map.gz | 328.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31233-v30.xml emd-31233.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31233.png | 90.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31233 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31233 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31233_validation.pdf.gz | 532.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31233_full_validation.pdf.gz | 532.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31233_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31233_validation.cif.gz | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31233 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31233 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Staphylococcus aureus
全体 | 名称: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
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要素 |
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-超分子 #1: Hepatitis B virus adr/Japan/Nishioka/1983
超分子 | 名称: Hepatitis B virus adr/Japan/Nishioka/1983 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: virus core antigen / NCBI-ID: 482133 / 生物種: Hepatitis B virus adr/Japan/Nishioka/1983 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Capsid protein,Immunoglobulin G-binding protein A
分子 | 名称: Capsid protein,Immunoglobulin G-binding protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: MHHHHHHMASSLRQILDSQKMEWRSNAGGSGGGSGGGTGGGGGGYYYYYY (expression tag) DIDPYKEFGASVELLSFLPSDFFPSIRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMNLATWVGSNLED (P69706, residues 2-78) GGGGSGGGGT (linker) ...詳細: MHHHHHHMASSLRQILDSQKMEWRSNAGGSGGGSGGGTGGGGGGYYYYYY (expression tag) DIDPYKEFGASVELLSFLPSDFFPSIRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMNLATWVGSNLED (P69706, residues 2-78) GGGGSGGGGT (linker) LE (enzyme sitelinker) VDNKFNKEMWAAWEEIRNLPNLNGWQMTAFIASLVDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK (P38507, residues 212-269 => modified) EF (linker) VDNKFNKEMWAAWEEIRNLPNLNGWQMTAFIASLVDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK (P38507, residues 212-269 => modified) GS (enzyme sitelinker) GGGGSGGGG (linker) SRELVVSYVNVNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV (P69706, residues 81-149) コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis B virus genotype C subtype adr (strain Japan/adr4/1983) (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 36.803078 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHHHHHHMAS SLRQILDSQK MEWRSNAGGS GGGSGGGTGG GGGGYYYYYY DIDPYKEFGA SVELLSFLPS DFFPSIRDLL DTASALYRE ALESPEHCSP HHTALRQAIL CWGELMNLAT WVGSNLEDGG GGSGGGGTLE VDNKFNKEMW AAWEEIRNLP N LNGWQMTA ...文字列: MHHHHHHMAS SLRQILDSQK MEWRSNAGGS GGGSGGGTGG GGGGYYYYYY DIDPYKEFGA SVELLSFLPS DFFPSIRDLL DTASALYRE ALESPEHCSP HHTALRQAIL CWGELMNLAT WVGSNLEDGG GGSGGGGTLE VDNKFNKEMW AAWEEIRNLP N LNGWQMTA FIASLVDDPS QSANLLAEAK KLNDAQAPKE FVDNKFNKEM WAAWEEIRNL PNLNGWQMTA FIASLVDDPS QS ANLLAEA KKLNDAQAPK GSGGGGSGGG GSRELVVSYV NVNMGLKIRQ LLWFHISCLT FGRETVLEYL VSFGVWIRTP PAY RPPNAP ILSTLPETTV V |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 50321 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |