EMDB-31083: 1.70 A cryo-EM structure of streptavidin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-31083

タイトル

1.70 A cryo-EM structure of streptavidin

マップデータ

試料

複合体: Streptavidin
- タンパク質・ペプチド: Streptavidin
リガンド: BIOTIN
リガンド: water

キーワード

STREPTAVIDIN / CYTOSOLIC PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Hiraizumi M / Yamashita K / Nishizawa T / Kotecha A / Nureki O

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.70 A cryo-EM structure of streptavidin using all frames (corresponding to 70 e/A^2 total dose)
著者: Hiraizumi M

履歴

登録	2021年3月21日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2021年4月28日	-
マップ公開	2021年4月28日	-
更新	2024年6月5日	-
現状	2024年6月5日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.045 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（半径に従い着色）表面レベル: 0.045 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードあてはめたモデルとの重ね合わせ原子モデル: PDB-7efc 表面レベル: 0.045 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル原子モデルPDB-7efc Jmolによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_31083.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_31083.map.gz	11.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-31083-v30.xml emd-31083.xml	15.2 KB 15.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_31083_fsc.xml	14.1 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_31083.png	180.4 KB
マスクデータ	emd_31083_msk_1.map	12.9 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-31083.cif.gz	5.1 KB
その他	emd_31083_half_map_1.map.gz emd_31083_half_map_2.map.gz	11.1 MB 11.1 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31083 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31083	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_31083_validation.pdf.gz	845 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_31083_full_validation.pdf.gz	844.5 KB	表示
XML形式データ	emd_31083_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	emd_31083_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31083 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31083	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7efcMC 31084C 7efdC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	31084 30913 20907 6vds-d 22030 1cg5-d 3rr2-d 5vpy-d 6bg2-1 5eui-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_31083.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.74 Å/pix. x 150 pix. = 111.051 Å	0.74 Å/pix. x 150 pix. = 111.051 Å	0.74 Å/pix. x 150 pix. = 111.051 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.74034 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大	-0.08954617 - 0.19007336
平均 (標準偏差)	0.0005887976 (±0.007845457)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	150	150	150
Spacing	150	150	150

セル

A=B=C: 111.051 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	0.74034	0.74034	0.74034
M x/y/z	150	150	150
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	111.051	111.051	111.051
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	0	0	0
NX/NY/NZ	342	342	342
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	150	150	150
D min/max/mean	-0.090	0.190	0.001

-
マスク #1

ファイル

emd_31083_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_31083_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_31083_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Streptavidin

全体	名称: Streptavidin
要素	複合体: Streptavidin タンパク質・ペプチド: Streptavidin リガンド: BIOTIN リガンド: water

-
超分子 #1: Streptavidin

超分子	名称: Streptavidin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Streptomyces avidinii (バクテリア)

-
分子 #1: Streptavidin

分子	名称: Streptavidin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Streptomyces avidinii (バクテリア)
分子量	理論値: 18.849672 KDa
配列	文字列: MRKIVVAAIA VSLTTVSITA SASADPSKDS KAQVSAAEAG ITGTWYNQLG STFIVTAGAD GALTGTYESA VGNAESRYVL TGRYDSAPA TDGSGTALGW TVAWKNNYRN AHSATTWSGQ YVGGAEARIN TQWLLTSGTT EANAWKSTLV GHDTFTKVKP S AASIDAAK KAGVNNGNPL DAVQQ UniProtKB: Streptavidin

-
分子 #2: BIOTIN

分子	名称: BIOTIN / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: BTN
分子量	理論値: 244.311 Da
Chemical component information	ChemComp-BTN: BIOTIN

-
分子 #3: water

分子	名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 39 / 式: HOH
分子量	理論値: 18.015 Da
Chemical component information	ChemComp-HOH: WATER

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	1 mg/mL
緩衝液	pH: 7.2
グリッド	モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4053 / 平均電子線量: 70.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	想定した対称性 - 点群: D₂ (2回x2回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 153976
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル

PDB ID	Chain
5n7x	chain_id: M, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
1mk5	chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

精密化

空間: RECIPROCAL

得られたモデル

PDB-7efc:
1.70 A cryo-EM structure of streptavidin

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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