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万見
- EMDB-31013: CryoEM structure of human Kv4.2-DPP6S complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31013
タイトルCryoEM structure of human Kv4.2-DPP6S complex
マップデータmap E
試料
  • 細胞: human Kv4.2-DPP6S complex
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2
    • タンパク質・ペプチド: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2
機能・相同性
機能・相同性情報


Kv4.2-KChIP2 channel complex / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / membrane repolarization / Voltage gated Potassium channels / regulation of potassium ion transmembrane transport / postsynaptic specialization membrane / anchoring junction / action potential ...Kv4.2-KChIP2 channel complex / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / membrane repolarization / Voltage gated Potassium channels / regulation of potassium ion transmembrane transport / postsynaptic specialization membrane / anchoring junction / action potential / regulation of heart contraction / neuronal cell body membrane / voltage-gated potassium channel activity / plasma membrane raft / locomotor rhythm / GABA-ergic synapse / potassium channel regulator activity / neuronal action potential / potassium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / sensory perception of pain / serine-type peptidase activity / muscle contraction / protein localization to plasma membrane / protein homooligomerization / cellular response to hypoxia / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / dendritic spine / neuronal cell body / glutamatergic synapse / proteolysis / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv4.2 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4 / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Potassium channel, voltage dependent, Kv4, C-terminal / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3399) / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain ...Potassium channel, voltage dependent, Kv4.2 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4 / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Potassium channel, voltage dependent, Kv4, C-terminal / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3399) / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6 / Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Kise Y / Nureki O
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis of gating modulation of Kv4 channel complexes.
著者: Yoshiaki Kise / Go Kasuya / Hiroyuki H Okamoto / Daichi Yamanouchi / Kan Kobayashi / Tsukasa Kusakizako / Tomohiro Nishizawa / Koichi Nakajo / Osamu Nureki /
要旨: Modulation of voltage-gated potassium (Kv) channels by auxiliary subunits is central to the physiological function of channels in the brain and heart. Native Kv4 tetrameric channels form ...Modulation of voltage-gated potassium (Kv) channels by auxiliary subunits is central to the physiological function of channels in the brain and heart. Native Kv4 tetrameric channels form macromolecular ternary complexes with two auxiliary β-subunits-intracellular Kv channel-interacting proteins (KChIPs) and transmembrane dipeptidyl peptidase-related proteins (DPPs)-to evoke rapidly activating and inactivating A-type currents, which prevent the backpropagation of action potentials. However, the modulatory mechanisms of Kv4 channel complexes remain largely unknown. Here we report cryo-electron microscopy structures of the Kv4.2-DPP6S-KChIP1 dodecamer complex, the Kv4.2-KChIP1 and Kv4.2-DPP6S octamer complexes, and Kv4.2 alone. The structure of the Kv4.2-KChIP1 complex reveals that the intracellular N terminus of Kv4.2 interacts with its C terminus that extends from the S6 gating helix of the neighbouring Kv4.2 subunit. KChIP1 captures both the N and the C terminus of Kv4.2. In consequence, KChIP1 would prevent N-type inactivation and stabilize the S6 conformation to modulate gating of the S6 helices within the tetramer. By contrast, unlike the reported auxiliary subunits of voltage-gated channel complexes, DPP6S interacts with the S1 and S2 helices of the Kv4.2 voltage-sensing domain, which suggests that DPP6S stabilizes the conformation of the S1-S2 helices. DPP6S may therefore accelerate the voltage-dependent movement of the S4 helices. KChIP1 and DPP6S do not directly interact with each other in the Kv4.2-KChIP1-DPP6S ternary complex. Thus, our data suggest that two distinct modes of modulation contribute in an additive manner to evoke A-type currents from the native Kv4 macromolecular complex.
履歴
登録2021年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月13日-
マップ公開2021年10月13日-
更新2022年2月16日-
現状2022年2月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7e8b
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7e8b
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31013.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31013.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 139.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map E
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.043739304 - 0.091944315
平均 (標準偏差)0.00032865084 (±0.002437122)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ332332332
Spacing332332332
セルA=B=C: 332.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z332332332
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.000332.000332.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS332332332
D min/max/mean-0.0440.0920.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_31013_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_31013_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_31013_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human Kv4.2-DPP6S complex

全体名称: human Kv4.2-DPP6S complex
要素
  • 細胞: human Kv4.2-DPP6S complex
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2
    • タンパク質・ペプチド: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2

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超分子 #1: human Kv4.2-DPP6S complex

超分子名称: human Kv4.2-DPP6S complex / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6

分子名称: Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 86.392797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: WKGIAIALLV ILVICSLIVT SVILLTPAED NSLSQKKKVT VEDLFSEDFK IHDPEAKWIS DTEFIYREQK GTVRLWNVET NTSTVLIEG KKIESLRAIR YEISPDREYA LFSYNVEPIY QHSYTGYYVL SKIPHGDPQS LDPPEVSNAK LQYAGWGPKG Q QLIFIFEN ...文字列:
WKGIAIALLV ILVICSLIVT SVILLTPAED NSLSQKKKVT VEDLFSEDFK IHDPEAKWIS DTEFIYREQK GTVRLWNVET NTSTVLIEG KKIESLRAIR YEISPDREYA LFSYNVEPIY QHSYTGYYVL SKIPHGDPQS LDPPEVSNAK LQYAGWGPKG Q QLIFIFEN NIYYCAHVGK QAIRVVSTGK EGVIYNGLSD WLYEEEILKT HIAHWWSPDG TRLAYAAIND SRVPIMELPT YT GSIYPTV KPYHYPKAGS ENPSISLHVI GLNGPTHDLE MMPPDDPRMR EYYITMVKWA TSTKVAVTWL NRAQNVSILT LCD ATTGVC TKKHEDESEA WLHRQNEEPV FSKDGRKFFF IRAIPQGGRG KFYHITVSSS QPNSSNDNIQ SITSGDWDVT KILA YDEKG NKIYFLSTED LPRRRQLYSA NTVGNFNRQC LSCDLVENCT YFSASFSHSM DFFLLKCEGP GVPMVTVHNT TDKKK MFDL ETNEHVKKAI NDRQMPKVEY RDIEIDDYNL PMQILKPATF TDTTHYPLLL VVDGTPGSQS VAEKFEVSWE TVMVSS HGA VVVKCDGRGS GFQGTKLLHE VRRRLGLLEE KDQMEAVRTM LKEQYIDRTR VAVFGKDYGG YLSTYILPAK GENQGQT FT CGSALSPITD FKLYASAFSE RYLGLHGLDN RAYEMTKVAH RVSALEEQQF LIIHPTADEK IHFQHTAELI TQLIRGKA N YSLQIYPDES HYFTSSSLKQ HLYRSIINFF VECFRI

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分子 #2: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2

分子名称: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.297133 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DALIVLNVSG TRFQTWQDTL ERYPDTLLGS SERDFFYHPE TQQYFFDRDP DIFRHILNFY RTGKLHYPRH ECISAYDEEL AFFGLIPEI IGDCCYEEYK DRRRENAERL QDDADTDTAG ESALPTMTAR QRVWRAFENP HTSTMALVFY YVTGFFIAVS V IANVVETV ...文字列:
DALIVLNVSG TRFQTWQDTL ERYPDTLLGS SERDFFYHPE TQQYFFDRDP DIFRHILNFY RTGKLHYPRH ECISAYDEEL AFFGLIPEI IGDCCYEEYK DRRRENAERL QDDADTDTAG ESALPTMTAR QRVWRAFENP HTSTMALVFY YVTGFFIAVS V IANVVETV PCGSSPGHIK ELPCGERYAV AFFCLDTACV MIFTVEYLLR LAAAPSRYRF VRSVMSIIDV VAILPYYIGL VM TDNEDVS GAFVTLRVFR VFRIFKFSRH SQGLRILGYT LKSCASELGF LLFSLTMAII IFATVMFYAE KGSSASKFTS IPA AFWYTI VTMTTLGYGD MVPKTIAGKI FGSICSLSGV LVIALPVPVI VSNFSRIYHQ NQRADKRRAQ KKARLARIRA AK

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分子 #3: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2

分子名称: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.167953 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DALIVLNVSG TRFQTWQDTL ERYPDTLLGS SERDFFYHPE TQQYFFDRDP DIFRHILNFY RTGKLHYPRH ECISAYDEEL AFFGLIPEI IGDCCYEEYK DRRRENAERL QDDADTDTAG ESALPTMTAR QRVWRAFENP HTSTMALVFY YVTGFFIAVS V IANVVETV ...文字列:
DALIVLNVSG TRFQTWQDTL ERYPDTLLGS SERDFFYHPE TQQYFFDRDP DIFRHILNFY RTGKLHYPRH ECISAYDEEL AFFGLIPEI IGDCCYEEYK DRRRENAERL QDDADTDTAG ESALPTMTAR QRVWRAFENP HTSTMALVFY YVTGFFIAVS V IANVVETV PCGSSPGHIK ELPCGERYAV AFFCLDTACV MIFTVEYLLR LAAAPSRYRF VRSVMSIIDV VAILPYYIGL VM TDNEDVS GAFVTLRVFR VFRIFKFSRH SQGLRILGYT LKSCASELGF LLFSLTMAII IFATVMFYAE KGSSASKFTS IPA AFWYTI VTMTTLGYGD MVPKTIAGKI FGSICSLSGV LVIALPVPVI VSNFSRIYHQ NQRADKRRAQ KKARLARIRA A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91974
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7e8b:
CryoEM structure of human Kv4.2-DPP6S complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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