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- EMDB-30650: Cryo-EM structure of the Ams1 and Nbr1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30650
タイトルCryo-EM structure of the Ams1 and Nbr1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Ams1 and Nbr1 fusion protein
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-mannosidase,ZZ-type zinc finger-containing protein P35G2.11c,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water
キーワードglycoside hydrolase / signaling protein / HYDROLASE / autophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-oligosaccharide 1,6-alpha-mannosidase activity / mannosyl-oligosaccharide 1,3-alpha-mannosidase activity / NVT complex / Lysosomal oligosaccharide catabolism / alpha-mannosidase / fungal-type vacuole lumen / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / alpha-mannosidase activity / mannose metabolic process / oligosaccharide catabolic process ...mannosyl-oligosaccharide 1,6-alpha-mannosidase activity / mannosyl-oligosaccharide 1,3-alpha-mannosidase activity / NVT complex / Lysosomal oligosaccharide catabolism / alpha-mannosidase / fungal-type vacuole lumen / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / alpha-mannosidase activity / mannose metabolic process / oligosaccharide catabolic process / fungal-type vacuole membrane / phagophore assembly site / cargo receptor activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / multivesicular body / cell chemotaxis / ubiquitin binding / macroautophagy / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / periplasmic space / DNA damage response / Golgi apparatus / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Next to BRCA1, central domain / Ig-like domain from next to BRCA1 gene / Glycosyl hydrolases family 38, C-terminal beta sandwich domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 38, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 38, C-terminal / Glycoside hydrolase family 38, central domain / Glycoside hydrolase family 38, central domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 38 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal domain ...Next to BRCA1, central domain / Ig-like domain from next to BRCA1 gene / Glycosyl hydrolases family 38, C-terminal beta sandwich domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 38, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 38, C-terminal / Glycoside hydrolase family 38, central domain / Glycoside hydrolase family 38, central domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 38 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal domain / Alpha mannosidase middle domain / Alpha mannosidase, middle domain / Glycoside hydrolase 38, N-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase families 57/38, central domain superfamily / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / ZZ-type zinc finger-containing protein P35G2.11c / Alpha-mannosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhang J / Ye K
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071199, 91940302 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37010201 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFA0504600 中国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2021
タイトル: Molecular and structural mechanisms of ZZ domain-mediated cargo selection by Nbr1.
著者: Ying-Ying Wang / Jianxiu Zhang / Xiao-Man Liu / Yulu Li / Jianhua Sui / Meng-Qiu Dong / Keqiong Ye / Li-Lin Du /
要旨: In selective autophagy, cargo selectivity is determined by autophagy receptors. However, it remains scarcely understood how autophagy receptors recognize specific protein cargos. In the fission yeast ...In selective autophagy, cargo selectivity is determined by autophagy receptors. However, it remains scarcely understood how autophagy receptors recognize specific protein cargos. In the fission yeast Schizosaccharomyces pombe, a selective autophagy pathway termed Nbr1-mediated vacuolar targeting (NVT) employs Nbr1, an autophagy receptor conserved across eukaryotes including humans, to target cytosolic hydrolases into the vacuole. Here, we identify two new NVT cargos, the mannosidase Ams1 and the aminopeptidase Ape4, that bind competitively to the first ZZ domain of Nbr1 (Nbr1-ZZ1). High-resolution cryo-EM analyses reveal how a single ZZ domain recognizes two distinct protein cargos. Nbr1-ZZ1 not only recognizes the N-termini of cargos via a conserved acidic pocket, similar to other characterized ZZ domains, but also engages additional parts of cargos in a cargo-specific manner. Our findings unveil a single-domain bispecific mechanism of autophagy cargo recognition, elucidate its underlying structural basis, and expand the understanding of ZZ domain-mediated protein-protein interactions.
履歴
登録2020年10月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月14日-
マップ公開2021年7月14日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7dd9
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7dd9
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30650.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30650.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.13593148 - 0.22804797
平均 (標準偏差)0.00021372364 (±0.0056550563)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.800332.800332.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1360.2280.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_30650_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_30650_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_30650_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ams1 and Nbr1 fusion protein

全体名称: Ams1 and Nbr1 fusion protein
要素
  • 複合体: Ams1 and Nbr1 fusion protein
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-mannosidase,ZZ-type zinc finger-containing protein P35G2.11c,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Ams1 and Nbr1 fusion protein

超分子名称: Ams1 and Nbr1 fusion protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: The fusion protein comprises of the full-length Ams1, a linker sequence (GFKKASSSDNKEQ), residues 53-180 of Nbr1, and maltose binding protein (MBP).
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
分子量理論値: 520 KDa

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分子 #1: Alpha-mannosidase,ZZ-type zinc finger-containing protein P35G2.11...

分子名称: Alpha-mannosidase,ZZ-type zinc finger-containing protein P35G2.11c,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The fusion protein comprises of the full-length Ams1, a linker sequence (GFKKASSSDNKEQ), residues 53-180 of Nbr1, and maltose binding protein (MBP).
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: alpha-mannosidase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 178.601281 KDa
組換発現生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
配列文字列: MTLFPVLNNT PVGKQVDSIY ESRLDQFLSE GQYRDFNLPS VYDHARIDNP SGDVNNDLSK GFVDLKVYRV PDLSRPSFNE VVGHKKFDE TASKGDTFGP SWATFWFEVH IRLPKSWAKY EQVIFQWNCD NEGLVYSQDG VPLQAFSGSE RTDFILPDSW K TTEDTFYI ...文字列:
MTLFPVLNNT PVGKQVDSIY ESRLDQFLSE GQYRDFNLPS VYDHARIDNP SGDVNNDLSK GFVDLKVYRV PDLSRPSFNE VVGHKKFDE TASKGDTFGP SWATFWFEVH IRLPKSWAKY EQVIFQWNCD NEGLVYSQDG VPLQAFSGSE RTDFILPDSW K TTEDTFYI EMACNGMFGT GAGSQIAPPD PNRYFTLTKA DLVAPNLPAM ALAYDFLLMQ QCVKQLPSNC WQKYKARQIC ND IMNTFHP NDLSTINECR NLAKAFLGND IDSEAVFEKN NDKANVFAIG HCHIDTAWLW PFAETRRKIV RSWATQMNIM DRY PEYQFV CSQALQYLWL KEDHPDVFEK LKEYVNQNKF IPIGGSWVEH DTNIPNGESL IRQFLLGQHF FEKEFGVRCR TFWL PDTFG YSSQIPQICR LCGMDRFLTQ KLSWNNINSF PTSTFNWVAL DGSQVICHMP PANTYTADTN VNDVLHSIDQ HKNLV NDQA GLLVFGIGDG GGGPTPEMLE KLRRCKGIAN TVGYLPNVKL GNTVDEFFDG ILKRTNAGQT LPSWNGELYF EFHRGT YTT QAELKKLMRK VEIALHDAEY VSTLASIFSK DYSYPKESLQ DLWRDTLLCQ FHDVLPGSCI EMVYKDAIPI MSKVLKN TE ALLWQAIEQL GFKKASSSDN KEQLCLLNTL PWNVRGVITE TEENKLVYFE SCDGKGILTA AHTSLKHPAA AYQKDDNF I LVNDHLRVTI APNGLILSLF DLHKEREILD LKSGKNHAGA NQYVLFEDTP LSWQAWDTEV FSLEKYEVLD KGKVSIKES GPLRASVVVD IPISELSHMK ATISLEGYND CSEFTGVNFT CEVDWHESCK FLKVEFPVDI HSEFASYETQ FGITKRPTHY NTSWDVAKF EVCHQKFADY SDFTYGVSVL NDCKYGFSTH GNLMRLSLLR SPKQPDAHAD MGKHTIRYAV YPHSKPLDSS T VRAAHKFN SNFRLLTRAS DTANLDIFDA FQLVGEPNVI LSHIKMAEKG KSIILRVYES LGGKSRARLV IKSLTVASVT KC NGLEEDL EELCTLKSND YYEVPIELRA FEIATFKVNL GFKKASSSDN KEQPTLRSSS VACNTCLKII RNDSFHCTKC FDF DVCRDC YAKQAFLHPC PKPHFVLVRS SIPSVASLTC SVNSMSVSPQ SNFMYAICDH CEQPIHNVRY KCSVCDDYDI CESC LTDNS HSNTHAFVRI TKAKIEEGKL VIWINGDKGY NGLAEVGKKF EKDTGIKVTV EHPDKLEEKF PQVAATGDGP DIIFW AHDR FGGYAQSGLL AEITPDKAFQ DKLYPFTWDA VRYNGKLIAY PIAVEALSLI YNKDLLPNPP KTWEEIPALD KELKAK GKS ALMFNLQEPY FTWPLIAADG GYAFKYENGK YDIKDVGVDN AGAKAGLTFL VDLIKNKHMN ADTDYSIAEA AFNKGET AM TINGPWAWSN IDTSKVNYGV TVLPTFKGQP SKPFVGVLSA GINAASPNKE LAKEFLENYL LTDEGLEAVN KDKPLGAV A LKSYEEELAK DPRIAATMEN AQKGEIMPNI PQMSAFWYAV RTAVINAASG RQTVDEALKD AQT

UniProtKB: Alpha-mannosidase, ZZ-type zinc finger-containing protein P35G2.11c, Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 949 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTris-HClTris hydrochloride
150.0 mMNaClSodium chloride
5.0 mMMgCl2Magnesium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Tridiem 4K / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 2430 / 平均露光時間: 8.9 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

30021

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta) / 使用した粒子像数: 296884
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7dd9:
Cryo-EM structure of the Ams1 and Nbr1 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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