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- EMDB-30501: Cryo-EM structure of human TLR7 in complex with UNC93B1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30501
タイトルCryo-EM structure of human TLR7 in complex with UNC93B1
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of TLR7 and UNC93B1
    • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 7
    • タンパク質・ペプチド: Protein unc-93 homolog B1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


UNC93B1 deficiency - HSE / Toll Like Receptor 7/8 (TLR7/8) Cascade / toll-like receptor 7 signaling pathway / T cell antigen processing and presentation / I-kappaB phosphorylation / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / Toll-like receptor binding / toll-like receptor 3 signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway ...UNC93B1 deficiency - HSE / Toll Like Receptor 7/8 (TLR7/8) Cascade / toll-like receptor 7 signaling pathway / T cell antigen processing and presentation / I-kappaB phosphorylation / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / Toll-like receptor binding / toll-like receptor 3 signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / siRNA binding / early phagosome / endolysosome membrane / Trafficking and processing of endosomal TLR / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-12 production / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / regulation of protein phosphorylation / intracellular protein transport / cell morphogenesis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / transmembrane signaling receptor activity / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / double-stranded RNA binding / defense response to virus / Potential therapeutics for SARS / membrane => GO:0016020 / single-stranded RNA binding / lysosome / receptor complex / endosome membrane / endosome / inflammatory response / immune response / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein unc-93 homolog B1 / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Toll-like receptor / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...Protein unc-93 homolog B1 / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Toll-like receptor / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein unc-93 homolog B1 / Toll-like receptor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Ohto U / Ishida H / Shimizu T
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of Toll-like receptors in complex with UNC93B1.
著者: Hanako Ishida / Jinta Asami / Zhikuan Zhang / Tomohiro Nishizawa / Hideki Shigematsu / Umeharu Ohto / Toshiyuki Shimizu /
要旨: Nucleic acid-sensing Toll-like receptors (TLRs) play a pivotal role in innate immunity by recognizing foreign DNA and RNA. Compartmentalization of these TLRs in the endosome limits their activation ...Nucleic acid-sensing Toll-like receptors (TLRs) play a pivotal role in innate immunity by recognizing foreign DNA and RNA. Compartmentalization of these TLRs in the endosome limits their activation by self-derived nucleic acids and reduces the possibility of autoimmune reactions. Although chaperone Unc-93 homolog B1, TLR signaling regulator (UNC93B1) is indispensable for the trafficking of TLRs from the endoplasmic reticulum to the endosome, mechanisms of UNC93B1-mediated TLR regulation remain largely unknown. Here, we report two cryo-EM structures of human and mouse TLR3-UNC93B1 complexes and a human TLR7-UNC93B1 complex. UNC93B1 exhibits structural similarity to the major facilitator superfamily transporters. Both TLRs interact with the UNC93B1 amino-terminal six-helix bundle through their transmembrane and luminal juxtamembrane regions, but the complexes of TLR3 and TLR7 with UNC93B1 differ in their oligomerization state. The structural information provided here should aid in designing compounds to combat autoimmune diseases.
履歴
登録2020年9月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月6日-
マップ公開2021年1月6日-
更新2021年2月24日-
現状2021年2月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7cyn
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30501.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30501.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.245 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.016 / ムービー #1: 0.016
最小 - 最大-0.012433902 - 0.04099079
平均 (標準偏差)1.5544258e-05 (±0.00317263)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2451.2451.245
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.000249.000249.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0120.0410.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of TLR7 and UNC93B1

全体名称: Complex of TLR7 and UNC93B1
要素
  • 複合体: Complex of TLR7 and UNC93B1
    • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 7
    • タンパク質・ペプチド: Protein unc-93 homolog B1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of TLR7 and UNC93B1

超分子名称: Complex of TLR7 and UNC93B1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Toll-like receptor 7

分子名称: Toll-like receptor 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 121.060586 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVFPMWTLKR QILILFNIIL ISKLLGARWF PKTLPCDVTL DVPKNHVIVD CTDKHLTEIP GGIPTNTTNL TLTINHIPDI SPASFHRLD HLVEIDFRCN CVPIPLGSKN NMCIKRLQIK PRSFSGLTYL KSLYLDGNQL LEIPQGLPPS LQLLSLEANN I FSIRKENL ...文字列:
MVFPMWTLKR QILILFNIIL ISKLLGARWF PKTLPCDVTL DVPKNHVIVD CTDKHLTEIP GGIPTNTTNL TLTINHIPDI SPASFHRLD HLVEIDFRCN CVPIPLGSKN NMCIKRLQIK PRSFSGLTYL KSLYLDGNQL LEIPQGLPPS LQLLSLEANN I FSIRKENL TELANIEILY LGQNCYYRNP CYVSYSIEKD AFLNLTKLKV LSLKDNNVTA VPTVLPSTLT ELYLYNNMIA KI QEDDFNN LNQLQILDLS GNCPRCYNAP FPCAPCKNNS PLQIPVNAFD ALTELKVLRL HSNSLQHVPP RWFKNINKLQ ELD LSQNFL AKEIGDAKFL HFLPSLIQLD LSFNFELQVY RASMNLSQAF SSLKSLKILR IRGYVFKELK SFNLSPLHNL QNLE VLDLG TNFIKIANLS MFKQFKRLKV IDLSVNKISP SGDSSEVGFC SNARTSVESY EPQVLEQLHY FRYDKYARSC RFKNK EASF MSVNESCYKY GQTLDLSKNS IFFVKSSDFQ HLSFLKCLNL SGNLISQTLN GSEFQPLAEL RYLDFSNNRL DLLHST AFE ELHKLEVLDI SSNSHYFQSE GITHMLNFTK NLKVLQKLMM NDNDISSSTS RTMESESLRT LEFRGNHLDV LWREGDN RY LQLFKNLLKL EELDISKNSL SFLPSGVFDG MPPNLKNLSL AKNGLKSFSW KKLQCLKNLE TLDLSHNQLT TVPERLSN C SRSLKNLILK NNQIRSLTKY FLQDAFQLRY LDLSSNKIQM IQKTSFPENV LNNLKMLLLH HNRFLCTCDA VWFVWWVNH TEVTIPYLAT DVTCVGPGAH KGQSVISLDL YTCELDLTNL ILFSLSISVS LFLMVMMTAS HLYFWDVWYI YHFCKAKIKG YQRLISPDC CYDAFIVYDT KDPAVTEWVL AELVAKLEDP REKHFNLCLE ERDWLPGQPV LENLSQSIQL SKKTVFVMTD K YAKTENFK IAFYLSHQRL MDEKVDVIIL IFLEKPFQKS KFLQLRKRLC GSSVLEWPTN PQAHPYFWQC LKNALATDNH VA YSQVFKE TV

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分子 #2: Protein unc-93 homolog B1

分子名称: Protein unc-93 homolog B1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.695969 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEAEPPLYPM AGAAGPQGDE DLLGVPDGPE APLDELVGAY PNYNEEEEER RYYRRKRLGV LKNVLAASAG GMLTYGVYLG LLQMQLILH YDETYREVKY GNMGLPDIDS KMLMGINVTP IAALLYTPVL IRFFGTKWMM FLAVGIYALF VSTNYWERYY T LVPSAVAL ...文字列:
MEAEPPLYPM AGAAGPQGDE DLLGVPDGPE APLDELVGAY PNYNEEEEER RYYRRKRLGV LKNVLAASAG GMLTYGVYLG LLQMQLILH YDETYREVKY GNMGLPDIDS KMLMGINVTP IAALLYTPVL IRFFGTKWMM FLAVGIYALF VSTNYWERYY T LVPSAVAL GMAIVPLWAS MGNYITRMAQ KYHEYSHYKE QDGQGMKQRP PRGSHAPYLL VFQAIFYSFF HLSFACAQLP MI YFLNHYL YDLNHTLYNV QSCGTNSHGI LSGFNKTVLR TLPRSGNLIV VESVLMAVAF LAMLLVLGLC GAAYRPTEEI DLR SVGWGN IFQLPFKHVR DYRLRHLVPF FIYSGFEVLF ACTGIALGYG VCSVGLERLA YLLVAYSLGA SAASLLGLLG LWLP RPVPL VAGAGVHLLL TFILFFWAPV PRVLQHSWIL YVAAALWGVG SALNKTGLST LLGILYEDKE RQDFIFTIYH WWQAV AIFT VYLGSSLHMK AKLAVLLVTL VAAAVSYLRM EQKLRRGVAP RQPRIPRPQH KVRGYRYLEE DNSDESDAEG EHGDGA EEE APPAGPRPGP EPAGLGRRPC PYEQAQGGDG PEEQ

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 0.2 M NaCl, and 0.01% GDN
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 175000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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