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万見
- EMDB-30434: Lovastatin nonaketide synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30434
タイトルLovastatin nonaketide synthase
マップデータlovB cryoEM map with C2 symmetry
試料
  • 複合体: Lovastatin nonaketide synthase
    • タンパク質・ペプチド: Lovastatin nonaketide synthase, polyketide synthase component
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
キーワードpolyketide synthase / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


malonyl-CoA metabolic process / lovastatin nonaketide synthase / lovastatin nonaketide synthase activity / lovastatin biosynthetic process / polyketide synthase activity / NADPH oxidation / polyketide biosynthetic process / S-adenosylmethionine metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / fatty acid synthase activity ...malonyl-CoA metabolic process / lovastatin nonaketide synthase / lovastatin nonaketide synthase activity / lovastatin biosynthetic process / polyketide synthase activity / NADPH oxidation / polyketide biosynthetic process / S-adenosylmethionine metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / fatty acid synthase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / methylation / oxidoreductase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Condensation domain / Condensation domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain ...: / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Condensation domain / Condensation domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Lovastatin nonaketide synthase, polyketide synthase component
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus terreus (カビ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Wang J / Wang Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)31470830 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the biosynthesis of lovastatin.
著者: Jialiang Wang / Jingdan Liang / Lu Chen / Wei Zhang / Liangliang Kong / Chao Peng / Chen Su / Yi Tang / Zixin Deng / Zhijun Wang /
要旨: Statins are effective cholesterol-lowering drugs. Lovastatin, one of the precursors of statins, is formed from dihydromonacolin L (DML), which is synthesized by lovastatin nonaketide synthase (LovB), ...Statins are effective cholesterol-lowering drugs. Lovastatin, one of the precursors of statins, is formed from dihydromonacolin L (DML), which is synthesized by lovastatin nonaketide synthase (LovB), with the assistance of a separate trans-acting enoyl reductase (LovC). A full DML synthesis comprises 8 polyketide synthetic cycles with about 35 steps. The assembling of the LovB-LovC complex, and the structural basis for the iterative and yet permutative functions of the megasynthase have remained a mystery. Here, we present the cryo-EM structures of the LovB-LovC complex at 3.60 Å and the core LovB at 2.91 Å resolution. The domain organization of LovB is an X-shaped face-to-face dimer containing eight connected domains. The binding of LovC laterally to the malonyl-acetyl transferase domain allows the completion of a L-shaped catalytic chamber consisting of six active domains. This architecture and the structural details of the megasynthase provide the basis for the processing of the intermediates by the individual catalytic domains. The detailed architectural model provides structural insights that may enable the re-engineering of the megasynthase for the generation of new statins.
履歴
登録2020年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月13日-
マップ公開2021年1月13日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7cpx
  • 表面レベル: 0.016
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30434.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30434.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈lovB cryoEM map with C2 symmetry
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0075 / ムービー #1: 0.016
最小 - 最大-0.10426191 - 0.17728955
平均 (標準偏差)0.00017817336 (±0.0034254037)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 350.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z350.000350.000350.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.1040.1770.000

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添付データ

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ハーフマップ: half map1

ファイルemd_30434_half_map_1.map
注釈half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map2

ファイルemd_30434_half_map_2.map
注釈half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lovastatin nonaketide synthase

全体名称: Lovastatin nonaketide synthase
要素
  • 複合体: Lovastatin nonaketide synthase
    • タンパク質・ペプチド: Lovastatin nonaketide synthase, polyketide synthase component
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

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超分子 #1: Lovastatin nonaketide synthase

超分子名称: Lovastatin nonaketide synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Aspergillus terreus (カビ)
分子量理論値: 335 kDa/nm

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分子 #1: Lovastatin nonaketide synthase, polyketide synthase component

分子名称: Lovastatin nonaketide synthase, polyketide synthase component
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: lovastatin nonaketide synthase
由来(天然)生物種: Aspergillus terreus (カビ)
分子量理論値: 336.446656 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAQSMYPNEP IVVVGSGCRF PGDANTPSKL WELLQHPRDV QSRIPKERFD VDTFYHPDGK HHGRTNAPYA YVLQDDLGAF DAAFFNIQA GEAESMDPQH RLLLETVYEA VTNAGMRIQD LQGTSTAVYV GVMTHDYETV STRDLESIPT YSATGVAVSV A SNRISYFF ...文字列:
MAQSMYPNEP IVVVGSGCRF PGDANTPSKL WELLQHPRDV QSRIPKERFD VDTFYHPDGK HHGRTNAPYA YVLQDDLGAF DAAFFNIQA GEAESMDPQH RLLLETVYEA VTNAGMRIQD LQGTSTAVYV GVMTHDYETV STRDLESIPT YSATGVAVSV A SNRISYFF DWHGPSMTID TACSSSLVAV HLAVQQLRTG QSSMAIAAGA NLILGPMTFV LESKLSMLSP SGRSRMWDAG AD GYARGEA VCSVVLKTLS QALRDGDTIE CVIRETGVNQ DGRTTGITMP NHSAQEALIK ATYAQAGLDI TKAEDRCQFF EAH GTGTPA GDPQEAEAIA TAFFGHEQVA RSDGNERAPL FVGSAKTVVG HTEGTAGLAG LMKASFAVRH GVIPPNLLFD KISP RVAPF YKNLRIPTEA TQWPALPPGQ PRRASVNSFG FGGTNAHAII EEYMEPEQNQ LRVSNNEDCP PMTGVLSLPL VLSAK SQRS LKIMMEEMLQ FLQSHPEIHL HDLTWSLLRK RSVLPFRRAI VGHSHETIRR ALEDAIEDGI VSSDFTTEVR GQPSVL GIF TGQGAQWPGM LKNLIEASPY VRNIVRELDD SLQSLPEKYR PSWTLLDQFM LEGEASNVQY ATFSQPLCCA VQIVLVR LL EAARIRFTAV VGHSSGEIAC AFAAGLISAS LAIRIAYLRG VVSAGGARGT PGAMLAAGMS FEEAQEICEL DAFEGRIC V AASNSPDSVT FSGDANAIDH LKGMLEDEST FARLLKVDTA YHSHHMLPCA DPYMQALEEC GCAVADAGSP AGSVPWYSS VDAENRQMAA RDVTAKYWKD NLVSPVLFSH AVQRAVVTHK ALDIGIEVGC HPALKSPCVA TIKDVLSGVD LAYTGCLERG KNDLDSFSR ALAYLWERFG ASSFDADEFM RAVAPDRPCM SVSKLLPAYP WDRSRRYWVE SRATRHHLRG PKPHLLLGKL S EYSTPLSF QWLNFVRPRD IEWLDGHALQ GQTVFPAAGY IVMAMEAALM IAGTHAKQVK LLEILDMSID KAVIFDDEDS LV ELNLTAD VSRNAGEAGS MTISFKIDSC LSKEGNLSLS AKGQLALTIE DVNPRTTSAS DQHHLPPPEE EHPHMNRVNI NAF YHELGL MGYNYSKDFR RLHNMQRADL RASGTLDFIP LMDEGNGCPL LLHPASLDVA FQTVIGAYSS PGDRRLRCLY VPTH VDRIT LVPSLCLATA ESGCEKVAFN TINTYDKGDY LSGDIVVFDA EQTTLFQVEN ITFKPFSPPD ASTDHAMFAR WSWGP LTPD SLLDNPEYWA TAQDKEAIPI IERIVYFYIR SFLSQLTLEE RQQAAFHLQK QIEWLEQVLA SAKEGRHLWY DPGWEN DTE AQIEHLCTAN SYHPHVRLVQ RVGQHLLPTV RSNGNPFDLL DHDGLLTEFY TNTLSFGPAL HYARELVAQI AHRYQSM DI LEIGAGTGGA TKYVLATPQL GFNSYTYTDI STGFFEQARE QFAPFEDRMV FEPLDIRRSP AEQGFEPHAY DLIIASNV L HATPDLEKTM AHARSLLKPG GQMVILEITH KEHTRLGFIF GLFADWWAGV DDGRCTEPFV SFDRWDAILK RVGFSGVDS RTTDRDANLF PTSVFSTHAI DATVEYLDAP LASSGTVKDS YPPLVVVGGQ TPQSQRLLND IKAIMPPRPL QTYKRLVDLL DAEELPMKS TFVMLTELDE ELFAGLTEET FEATKLLLTY ASNTVWLTEN AWVQHPHQAS TIGMLRSIRR EHPDLGVHVL D VDAVETFD ATFLVEQVLR LEEHTDELAS STTWTQEPEV SWCKGRPWIP RLKRDLARNN RMNSSRRPIY EMIDSSRAPV AL QTARDSS SYFLESAETW FVPESVQQME TKTIYVHFSC PHALRVQALG FFYLVQGHVQ EGNREVPVVA LAERNASIVH VRP DYIYTE ADNNLSEGGG SLMVTVLAAA VLAETVISTA KCLGVTDSIL VLNPPSICGQ MLLHAGEEIG LQVHLATTSG NRSS VSAGD AKSWLTLHAR DTDWHLRRVL PRGVQALVDL SADQSCEGLT QRMMKVLMPG CAHYRAADLF TDTVSTELHS GSRHQ ASLP AAYWEHVVSL ARQGLPSVSE GWEVMPCTQF AAHADKTRPD LSTVISWPRE SDEATLPTRV RSIDAETLFA ADKTYL LVG LTGDLGRSLG RWMVQHGACH IVLTSRNPQV NPKWLAHVEE LGGRVTVLSM DVTSQNSVEA GLAKLKDLHL PPVGGIA FG PLVLQDVMLN NMELPMMEMV LNPKVEGVRI LHEKFSDPTS SNPLDFFVMF SSIVAVMGNP GQANYSAANC YLQALAQQ R VASGLAASTI DIGAVYGVGF VTRAELEEDF NAIRFMFDSV EEHELHTLFA EAVVAGRRAV HQQEQQRKFA TVLDMADLE LTTGIPPLDP ALKDRITFFD DPRIGNLKIP EYRGAKAGEG AAGSKGSVKE QLLQATNLDQ VRQIVIDGLS AKLQVTLQIP DGESVHPTI PLIDQGVDSL GAVTVGTWFS KQLYLDLPLL KVLGGASITD LANEAAARLP PSSIPLVAAT DGGAESTDNT S ENEVSGRE DTDLSAAATI TEPSSADEDD TEPGDEDVPR SHHPLSLGQE YSWRIQQGAE DPTVFNNTIG MFMKGSIDLK RL YKALRAV LRRHEIFRTG FANVDENGMA QLVFGQTKNK VQTIQVSDRA GAEEGYRQLV QTRYNPAAGD TLRLVDFFWG QDD HLLVVA YHRLVGDGST TENIFVEAGQ LYDGTSLSPH VPQFADLAAR QRAMLEDGRM EEDLAYWKKM HYRPSSIPVL PLMR PLVGN SSRSDTPNFQ HCGPWQQHEA VARLDPMVAF RIKERSRKHK ATPMQFYLAA YQVLLARLTD STDLTVGLAD TNRAT VDEM AAMGFFANLL PLRFRDFRPH ITFGEHLIAT RDLVREALQH ARVPYGVLLD QLGLEVPVPT SNQPAPLFQA VFDYKQ GQA ESGTIGGAKI TEVIATRERT PYDVVLEMSD DPTKDPLLTA KLQSSRYEAH HPQAFLESYM SLLSMFSMNP ALKLAHV HH HHHH

UniProtKB: Lovastatin nonaketide synthase, polyketide synthase component

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分子 #2: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: NAP
分子量理論値: 743.405 Da
Chemical component information

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE
詳細This sample was homogenous

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 205047
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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