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- PDB-7cpx: Lovastatin nonaketide synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cpx
タイトルLovastatin nonaketide synthase
要素Lovastatin nonaketide synthase, polyketide synthase component
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / polyketide synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


malonyl-CoA metabolic process / lovastatin nonaketide synthase / lovastatin nonaketide synthase activity / lovastatin biosynthetic process / : / polyketide synthase activity / polyketide biosynthetic process / S-adenosylmethionine metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups ...malonyl-CoA metabolic process / lovastatin nonaketide synthase / lovastatin nonaketide synthase activity / lovastatin biosynthetic process / : / polyketide synthase activity / polyketide biosynthetic process / S-adenosylmethionine metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / methylation / oxidoreductase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain ...Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Acyl transferase domain superfamily / Thiolase/Chalcone synthase / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Vaccinia Virus protein VP39 / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Lovastatin nonaketide synthase, polyketide synthase component
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus terreus (カビ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Wang, J. / Wang, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31470830 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the biosynthesis of lovastatin.
著者: Jialiang Wang / Jingdan Liang / Lu Chen / Wei Zhang / Liangliang Kong / Chao Peng / Chen Su / Yi Tang / Zixin Deng / Zhijun Wang /
要旨: Statins are effective cholesterol-lowering drugs. Lovastatin, one of the precursors of statins, is formed from dihydromonacolin L (DML), which is synthesized by lovastatin nonaketide synthase (LovB), ...Statins are effective cholesterol-lowering drugs. Lovastatin, one of the precursors of statins, is formed from dihydromonacolin L (DML), which is synthesized by lovastatin nonaketide synthase (LovB), with the assistance of a separate trans-acting enoyl reductase (LovC). A full DML synthesis comprises 8 polyketide synthetic cycles with about 35 steps. The assembling of the LovB-LovC complex, and the structural basis for the iterative and yet permutative functions of the megasynthase have remained a mystery. Here, we present the cryo-EM structures of the LovB-LovC complex at 3.60 Å and the core LovB at 2.91 Å resolution. The domain organization of LovB is an X-shaped face-to-face dimer containing eight connected domains. The binding of LovC laterally to the malonyl-acetyl transferase domain allows the completion of a L-shaped catalytic chamber consisting of six active domains. This architecture and the structural details of the megasynthase provide the basis for the processing of the intermediates by the individual catalytic domains. The detailed architectural model provides structural insights that may enable the re-engineering of the megasynthase for the generation of new statins.
履歴
登録2020年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年1月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年1月13日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年1月13日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年1月13日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年1月13日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年1月13日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年1月13日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年1月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年1月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / database_2
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-30434
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lovastatin nonaketide synthase, polyketide synthase component
B: Lovastatin nonaketide synthase, polyketide synthase component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)674,3804
ポリマ－672,8932
非ポリマー1,4872
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area12320 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area150830 Å2

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要素

#1: タンパク質 Lovastatin nonaketide synthase, polyketide synthase component / LNKS / Lovastatin biosynthesis cluster protein B


分子量: 336446.656 Da / 分子数: 2 / 変異: G1884Q, Q1885A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: lovB / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9Y8A5, lovastatin nonaketide synthase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Lovastatin nonaketide synthase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 335 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Aspergillus terreus (カビ)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was homogenous
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
8PHENIXモデル精密化
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 205047 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00170284
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.478126916
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.94628394
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0385478
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00210548

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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