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万見
- EMDB-30341: Consensus mutated xCT-CD98hc complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30341
タイトルConsensus mutated xCT-CD98hc complex
マップデータMain map
試料
  • 複合体: Consensus mutated xCT-CD98hc complex
    • タンパク質・ペプチド: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Consensus mutated Anionic Amino Acid Transporter Light Chain, Xc- System
機能・相同性
機能・相同性情報


cystine:glutamate antiporter activity / regulation of neutrophil apoptotic process / L-kynurenine transmembrane transport / L-kynurenine transmembrane transporter activity / regulation of cysteine metabolic process / regulation of glutathione biosynthetic process / regulation of glutamate metabolic process / regulation of melanin biosynthetic process / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / L-cystine transport ...cystine:glutamate antiporter activity / regulation of neutrophil apoptotic process / L-kynurenine transmembrane transport / L-kynurenine transmembrane transporter activity / regulation of cysteine metabolic process / regulation of glutathione biosynthetic process / regulation of glutamate metabolic process / regulation of melanin biosynthetic process / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / L-cystine transport / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / apical pole of neuron / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / dipeptide import across plasma membrane / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / regulation of protein transport / isoleucine transport / phenylalanine transport / methionine transport / L-amino acid transmembrane transporter activity / valine transport / L-leucine transmembrane transporter activity / calcium:sodium antiporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / proline transport / L-glutamate transmembrane transport / glutathione transmembrane transport / amino acid transmembrane transport / regulation of cellular response to oxidative stress / ventricular system development / lens fiber cell differentiation / intracellular glutamate homeostasis / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / L-glutamate import across plasma membrane / Tryptophan catabolism / striatum development / astrocyte projection / exogenous protein binding / anchoring junction / limb development / Basigin interactions / negative regulation of ferroptosis / response to redox state / microvillus membrane / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / lung alveolus development / amino acid transport / regulation of synapse organization / adult behavior / response to exogenous dsRNA / tryptophan transport / glutathione metabolic process / basal plasma membrane / response to nicotine / brush border membrane / modulation of chemical synaptic transmission / visual learning / response to organic cyclic compound / platelet aggregation / response to toxic substance / calcium ion transport / double-stranded RNA binding / melanosome / apical part of cell / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / cellular response to oxidative stress / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / symbiont entry into host cell / protein heterodimerization activity / apical plasma membrane / lysosomal membrane / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
L-type amino acid transporter / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain ...L-type amino acid transporter / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid transporter heavy chain SLC3A2 / Cystine/glutamate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Oda K / Lee Y / Takemoto M / Yamashita K / Nishizawa T / Nureki O
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2020
タイトル: Consensus mutagenesis approach improves the thermal stability of system x transporter, xCT, and enables cryo-EM analyses.
著者: Kazumasa Oda / Yongchan Lee / Pattama Wiriyasermkul / Yoko Tanaka / Mizuki Takemoto / Keitaro Yamashita / Shushi Nagamori / Tomohiro Nishizawa / Osamu Nureki /
要旨: System x is an amino acid antiporter that imports L-cystine into cells and exports intracellular L-glutamate, at a 1:1 ratio. As L-cystine is an essential precursor for glutathione synthesis, system ...System x is an amino acid antiporter that imports L-cystine into cells and exports intracellular L-glutamate, at a 1:1 ratio. As L-cystine is an essential precursor for glutathione synthesis, system x supports tumor cell growth through glutathione-based oxidative stress resistance and is considered as a potential therapeutic target for cancer treatment. System x consists of two subunits, the light chain subunit SLC7A11 (xCT) and the heavy chain subunit SLC3A2 (also known as CD98hc or 4F2hc), which are linked by a conserved disulfide bridge. Although the recent structures of another SLC7 member, L-type amino acid transporter 1 (LAT1) in complex with CD98hc, have provided the structural basis toward understanding the amino acid transport mechanism, the detailed molecular mechanism of xCT remains unknown. To revealthe molecular mechanism, we performed single-particle analyses of the xCT-CD98hc complex. As wild-type xCT-CD98hc displayed poor stability and could not be purified to homogeneity, we applied a consensus mutagenesis approach to xCT. The consensus mutated construct exhibited increased stability as compared to the wild-type, and enabled the cryoelectron microscopy (cryo-EM) map to be obtained at 6.2 Å resolution by single-particle analysis. The cryo-EM map revealed sufficient electron density to assign secondary structures. In the xCT structure, the hash and arm domains are well resolved, whereas the bundle domain shows some flexibility. CD98hc is positioned next to the xCT transmembrane domain. This study provides the structural basis of xCT, and our consensus-based strategy could represent a good choice toward solving unstable protein structures.
履歴
登録2020年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月9日-
マップ公開2020年12月9日-
更新2020年12月16日-
現状2020年12月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ccs
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ccs
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30341.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30341.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.48 Å/pix.
x 180 pix.
= 265.601 Å		1.48 Å/pix.
x 180 pix.
= 265.601 Å		1.48 Å/pix.
x 180 pix.
= 265.601 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.47556 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022 / ムービー #1: 0.027
最小 - 最大-0.047360767 - 0.09613854
平均 (標準偏差)0.000430362 (±0.0037140287)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 265.6008 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.47556111111111.47556111111111.4755611111111
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z265.601265.601265.601
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ107107101
NX/NY/NZ267267267
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0470.0960.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_30341_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half2

ファイルemd_30341_half_map_1.map
注釈Half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half1

ファイルemd_30341_half_map_2.map
注釈Half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Consensus mutated xCT-CD98hc complex

全体名称: Consensus mutated xCT-CD98hc complex
要素
  • 複合体: Consensus mutated xCT-CD98hc complex
    • タンパク質・ペプチド: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Consensus mutated Anionic Amino Acid Transporter Light Chain, Xc- System

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超分子 #1: Consensus mutated xCT-CD98hc complex

超分子名称: Consensus mutated xCT-CD98hc complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量実験値: 120 KDa

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分子 #1: 4F2 cell-surface antigen heavy chain

分子名称: 4F2 cell-surface antigen heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.069625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GSELQPPEAS IAVVSIPRQL PGSHSEAGVQ GLSAGDDSEL GSHCVAQTGL ELLASGDPLP SASQNAEMIE TGSDCVTQAG LQLLASSDP PALASKNAEV TGTMSQDTEV DMKEVELNEL EPEKQPMNAA SGAAMSLAGA EKNGLVKIKV AEDEAEAAAA A KFTGLSKE ...文字列:
GSELQPPEAS IAVVSIPRQL PGSHSEAGVQ GLSAGDDSEL GSHCVAQTGL ELLASGDPLP SASQNAEMIE TGSDCVTQAG LQLLASSDP PALASKNAEV TGTMSQDTEV DMKEVELNEL EPEKQPMNAA SGAAMSLAGA EKNGLVKIKV AEDEAEAAAA A KFTGLSKE ELLKVAGSPG WVRTRWALLL LFWLGWLGML AGAVVIIVRA PRCRELPAQK WWHTGALYRI GDLQAFQGHG AG NLAGLKG RLDYLSSLKV KGLVLGPIHK NQKDDVAQTD LLQIDPNFGS KEDFDSLLQS AKKKSIRVIL DLTPNYRGEN SWF STQVDT VATKVKDALE FWLQAGVDGF QVRDIENLKD ASSFLAEWQN ITKGFSEDRL LIAGTNSSDL QQILSLLESN KDLL LTSSY LSDSGSTGEH TKSLVTQYLN ATGNRWCSWS LSQARLLTSF LPAQLLRLYQ LMLFTLPGTP VFSYGDEIGL DAAAL PGQP MEAPVMLWDE SSFPDIPGAV SANMTVKGQS EDPGSLLSLF RRLSDQRSKE RSLLHGDFHA FSAGPGLFSY IRHWDQ NER FLVVLNFGDV GLSAGLQASD LPASASLPAK ADLLLSTQPG REEGSPLELE RLKLEPHEGL LLRFPYAA

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分子 #2: Consensus mutated Anionic Amino Acid Transporter Light Chain, Xc-...

分子名称: Consensus mutated Anionic Amino Acid Transporter Light Chain, Xc- System
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.933852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVRKPVVSTI SKGGYLQGNV NGRLPSLGSK EPPGQEKVQL KREITLLDGV SLIVGTIIGA GIFVSPKGVL KNTGSVGLSL VIWAVCGVL SLFGALCYAE LGTTIPKSGG AYLYILETFG PLPAFLRGWN ELLIIRPAST AVISLAFGNY ILEPFFPTCE P PELAIKLL ...文字列:
MVRKPVVSTI SKGGYLQGNV NGRLPSLGSK EPPGQEKVQL KREITLLDGV SLIVGTIIGA GIFVSPKGVL KNTGSVGLSL VIWAVCGVL SLFGALCYAE LGTTIPKSGG AYLYILETFG PLPAFLRGWN ELLIIRPAST AVISLAFGNY ILEPFFPTCE P PELAIKLL AAVGILLLTV LNSLSVKWSA RVQDFFTAAK LLALLIIIVP GVVQLIKGQT QNFKDAFEGS DPSIGGLPLA FY SGLYAYV GWDYLNFVTE EVKNPEKNIP LAIVISMPIV TVAYVLTNVA YFTTLSPEEL LLSNAVAVTF GERLLGNFSW AVP IFVALS CFGSLNGSLF AMSRLFYVAA REGHLPKILS MIHVRRHTPL PALIVSGPLT AIMLFLGDLF SLINFMSFGT WLFY GLVVA GLIYLRYKKP DLHRPIKVPL FIPILFLLTC LFLVAVSLYS DPVNCGIGFV IILTGVPVYF LFVYWDKKPK WFRRI SEKI TRHLQLLLEV VPEEDKLDYK DDDDK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 49.76 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: This pdb entry contains an issue about peptide linkage (bond outlier). Residues GLU A 213 and LEU A 214 that are next to each other are not properly linked: distance between C and N is 3.35. ...詳細: This pdb entry contains an issue about peptide linkage (bond outlier). Residues GLU A 213 and LEU A 214 that are next to each other are not properly linked: distance between C and N is 3.35. This was introduced upon the fitting of the homology model into the low resolution cryo-EM map by using Rosetta. The model has not undergone any further structure refinement.
使用した粒子像数: 86395
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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