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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2986 | |||||||||
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タイトル | The structure of the COPI coat linkage I | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the COPI coat linkage I | |||||||||
試料 |
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キーワード | COPI / coatomer / coated vesicles | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cerebellar Purkinje cell layer maturation / protein localization to cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / protein localization to axon / VxPx cargo-targeting to cilium / Intra-Golgi traffic / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / Golgi localization ...cerebellar Purkinje cell layer maturation / protein localization to cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / protein localization to axon / VxPx cargo-targeting to cilium / Intra-Golgi traffic / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / Golgi localization / COPI-coated vesicle / pancreatic juice secretion / regulation of Golgi organization / organelle membrane contact site / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / Golgi vesicle transport / positive regulation of mitochondrial fusion / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / organelle transport along microtubule / regulation of fatty acid metabolic process / establishment of Golgi localization / Golgi to plasma membrane transport / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / pigmentation / Golgi-associated vesicle / positive regulation of mitochondrial fission / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / adult locomotory behavior / small monomeric GTPase / establishment of localization in cell / intracellular protein transport / macroautophagy / protein kinase C binding / hormone activity / protein transport / growth cone / Golgi membrane / axon / GTPase activity / mRNA binding / neuronal cell body / GTP binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular space / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Dodonova SO / Diestelkoetter-Bachert P / von Appen A / Hagen WJH / Beck R / Beck M / Wieland F / Briggs JAG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2015 タイトル: VESICULAR TRANSPORT. A structure of the COPI coat and the role of coat proteins in membrane vesicle assembly. 著者: S O Dodonova / P Diestelkoetter-Bachert / A von Appen / W J H Hagen / R Beck / M Beck / F Wieland / J A G Briggs / 要旨: Transport of material within cells is mediated by trafficking vesicles that bud from one cellular compartment and fuse with another. Formation of a trafficking vesicle is driven by membrane coats ...Transport of material within cells is mediated by trafficking vesicles that bud from one cellular compartment and fuse with another. Formation of a trafficking vesicle is driven by membrane coats that localize cargo and polymerize into cages to bend the membrane. Although extensive structural information is available for components of these coats, the heterogeneity of trafficking vesicles has prevented an understanding of how complete membrane coats assemble on the membrane. We combined cryo-electron tomography, subtomogram averaging, and cross-linking mass spectrometry to derive a complete model of the assembled coat protein complex I (COPI) coat involved in traffic between the Golgi and the endoplasmic reticulum. The highly interconnected COPI coat structure contradicted the current "adaptor-and-cage" understanding of coated vesicle formation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2986.map.gz | 28.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2986-v30.xml emd-2986.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_2986_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_2986.jpg | 178.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2986 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2986 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2986_validation.pdf.gz | 255.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2986_full_validation.pdf.gz | 254.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2986_validation.xml.gz | 10.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2986 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2986 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2986.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the COPI coat linkage I | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.019 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : COPI coat linkage I on the membrane
全体 | 名称: COPI coat linkage I on the membrane |
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要素 |
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-超分子 #1000: COPI coat linkage I on the membrane
超分子 | 名称: COPI coat linkage I on the membrane / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The COPI coated vesicles were formed in an in vitro reconstituted budding reaction, which was plunge-frozen without further purification. Number unique components: 2 |
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-分子 #1: Coat protein 1
分子 | 名称: Coat protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: COPI / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse / 細胞中の位置: Golgi, cytoplasm |
分子量 | 理論値: 560 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: pFBDM |
配列 | InterPro: Coatomer subunit alpha, Coatomer beta' subunit (COPB2), Coatomer, epsilon subunit, Coatomer beta subunit (COPB1), Coatomer delta subunit, Coatomer gamma subunit, AP complex, mu/sigma subunit |
-分子 #2: ADP-ribosylation factor 1
分子 | 名称: ADP-ribosylation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Arf1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Yeast / 細胞中の位置: Golgi |
分子量 | 理論値: 20 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換細胞: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pOW12 |
配列 | UniProtKB: ADP-ribosylation factor 1 / InterPro: Small GTPase superfamily, ARF type |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 50 mM HEPES, 50 mM KAc, 1mM MgCl2 |
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グリッド | 詳細: C-Flat Multihole 3C-50 grids glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER 手法: The grids were glow discharged for 1 min at 20 mA. 5 ul of 10 nm fiducial gold was added to 40 ul of reaction mix. The reaction mix with the in vitro formed coated vesicles was applied to a ...手法: The grids were glow discharged for 1 min at 20 mA. 5 ul of 10 nm fiducial gold was added to 40 ul of reaction mix. The reaction mix with the in vitro formed coated vesicles was applied to a grid. The grid was blotted for 12 seconds at room temperature before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 89 K / 最高: 91 K / 平均: 90 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GATAN GIF 2002 エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2014年2月7日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN / 平均電子線量: 45 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 42000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER Tilt series - Axis1 - Min angle: -45 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | The crystal structure (chains A and B) was fitted into the EM map using global search option in Chimera software. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation |
得られたモデル | PDB-5a1v: |