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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | LRRC8A(T48D):C conformation 2 top focus | |||||||||
![]() | LRRC8A(T48D):C conformation 1 top focus | |||||||||
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![]() | ion channel / volume-regulation / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / cell volume homeostasis ...Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / cell volume homeostasis / protein hexamerization / monoatomic anion transport / response to osmotic stress / monoatomic ion channel complex / fat cell differentiation / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation / chloride transmembrane transport / electron transport chain / positive regulation of insulin secretion / spermatogenesis / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / lysosomal membrane / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | |||||||||
![]() | Kern DM / Brohawn SG | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for assembly and lipid-mediated gating of LRRC8A:C volume-regulated anion channels. 著者: David M Kern / Julia Bleier / Somnath Mukherjee / Jennifer M Hill / Anthony A Kossiakoff / Ehud Y Isacoff / Stephen G Brohawn / ![]() 要旨: Leucine-rich repeat-containing protein 8 (LRRC8) family members form volume-regulated anion channels activated by hypoosmotic cell swelling. LRRC8 channels are ubiquitously expressed in vertebrate ...Leucine-rich repeat-containing protein 8 (LRRC8) family members form volume-regulated anion channels activated by hypoosmotic cell swelling. LRRC8 channels are ubiquitously expressed in vertebrate cells as heteromeric assemblies of LRRC8A (SWELL1) and LRRC8B-E subunits. Channels of different subunit composition have distinct properties that explain the functional diversity of LRRC8 currents across cell types. However, the basis for heteromeric LRRC8 channel assembly and function is unknown. Here we leverage a fiducial-tagging strategy to determine single-particle cryo-EM structures of heterohexameric LRRC8A:C channels in multiple conformations. Compared to homomers, LRRC8A:C channels show pronounced differences in architecture due to heterotypic LRR interactions that displace subunits away from the conduction axis and poise the channel for activation. Structures and functional studies further reveal that lipids embedded in the channel pore block ion conduction in the closed state. These results provide insight into determinants for heteromeric LRRC8 channel assembly, activity and gating by lipids. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 259.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 45.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 138.2 MB 254.4 MB 254.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8f7bMC ![]() 8dr8C ![]() 8draC ![]() 8dreC ![]() 8drkC ![]() 8drnC ![]() 8droC ![]() 8drqC ![]() 8ds3C ![]() 8ds9C ![]() 8dsaC ![]() 8f74C ![]() 8f75C ![]() 8f77C ![]() 8f79C ![]() 8f7dC ![]() 8f7eC ![]() 8f7jC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | LRRC8A(T48D):C conformation 1 top focus | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.048 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: LRRC8A(T48D):C conformation 1 top focus unsharpened
ファイル | emd_28901_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | LRRC8A(T48D):C conformation 1 top focus unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: LRRC8A(T48D):C conformation 1 top focus
ファイル | emd_28901_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | LRRC8A(T48D):C conformation 1 top focus | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: LRRC8A(T48D):C conformation 1 top focus
ファイル | emd_28901_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | LRRC8A(T48D):C conformation 1 top focus | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : LRRC8A:C
全体 | 名称: LRRC8A:C |
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要素 |
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-超分子 #1: LRRC8A:C
超分子 | 名称: LRRC8A:C / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 620 KDa |
-分子 #1: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562
分子 | 名称: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 105.544086 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MIPVTELRYF ADTQPAYRIL KPWWDVFTDY ISIVMLMIAV FGGTLQVDQD KMICLPCKWV TKDSCNDSFR GWAASSADLE DNWETLNDN LKVIEKADNA AQVKDALTKM RAAALDAQKA TPPKLEDKSP DSPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK V KEAQAAAE ...文字列: MIPVTELRYF ADTQPAYRIL KPWWDVFTDY ISIVMLMIAV FGGTLQVDQD KMICLPCKWV TKDSCNDSFR GWAASSADLE DNWETLNDN LKVIEKADNA AQVKDALTKM RAAALDAQKA TPPKLEDKSP DSPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK V KEAQAAAE QLKTTRNAYI QKYLDTGPTG IKYDLDRHQY NYVDAVCYEN RLHWFAKYFP YLVLLHTLIF LACSNFWFKF PR TSSKLEH FVSILLKCFD SPWTTRALSE TVVEESDPKP AFSKMNGSMD KKSSTVSEDV EATVPMLQRT KSRIEQGIVD RSE TGVLDK KEGEQAKALF EKVKKFRTHV EEGDIVYRLY MRQTIIKVIK FALIICYTVY YVHNIKFDVD CTVDIESLTG YRTY RCAHP LATLFKILAS FYISLVIFYG LICMYTLWWM LRRSLKKYSF ESIREESSYS DIPDVKNDFA FMLHLIDQYD PLYSK RFAV FLSEVSENKL RQLNLNNEWT LDKLRQRLTK NAQDKLELHL FMLSGIPDTV FDLVELEVLK LELIPDVTIP PSIAQL TGL KELWLYHTAA KIEAPALAFL RENLRALHIK FTDIKEIPLW IYSLKTLEEL HLTGNLSAEN NRYIVIDGLR ELKRLKV LR LKSNLSKLPQ VVTDVGVHLQ KLSINNEGTK LIVLNSLKKM VNLTELELIR CDLERIPHSI FSLHNLQEID LKDNNLKT I EEIISFQHLH RLTCLKLWYN HIAYIPIQIG NLTNLERLYL NRNKIEKIPT QLFYCRKLRY LDLSHNNLTF LPADIGLLQ NLQNLAVTAN RIEALPPELF QCRKLRALHL GNNVLQSLPS RVGELTNLTQ IELRGNRLEC LPVELGECPL LKRSGLVVEE DLFSTLPPE VKERLWRADK EQASNSLEVL FQ |
-分子 #2: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
分子 | 名称: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 93.624594 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MIPVTEFRQF SEQQPAFRVL KPWWDVFTDY LSVAMLMIGV FGCTLQVMQD KIICLPKRVQ PAQNHSSVPN VSQAVISTTP LPPPKPSPT NPATVEMKGL KTDLDLQQYS FINQMCYERA LHWYAKYFPY LVLIHTLVFM LCSNFWFKFP GSSSKIEHFI S ILGKCFDS ...文字列: MIPVTEFRQF SEQQPAFRVL KPWWDVFTDY LSVAMLMIGV FGCTLQVMQD KIICLPKRVQ PAQNHSSVPN VSQAVISTTP LPPPKPSPT NPATVEMKGL KTDLDLQQYS FINQMCYERA LHWYAKYFPY LVLIHTLVFM LCSNFWFKFP GSSSKIEHFI S ILGKCFDS PWTTRALSEV SGEDSEEKDN RKNNMNRSGT IQSGPEGNLV RSQSLKSIPE KFVVDKSAAG ALDKKEGEQA KA LFEKVKK FRLHVEEGDI LYAMYVRQTV LKVIKFLIII AYNSALVSKV QFTVDCNVDI QDMTGYKNFS CNHTMAHLFS KLS FCYLCF VSIYGLTCLY TLYWLFYRSL REYSFEYVRQ ETGIDDIPDV KNDFAFMLHM IDQYDPLYSK RFAVFLSEVS ENKL KQLNL NNEWTPDKLR QKLQTNAHNR LELPLIMLSG LPDTVFEITE LQSLKLEIIK NVMIPATIAQ LDNLQELCLH QCSVK IHSA ALSFLKENLK VLSVKFDDMR ELPPWMYGLR NLEELYLVGS LSHDISKNVT LESLRDLKSL KILSIKSNVS KIPQAV VDV SSHLQKMCVH NDGTKLVMLN NLKKMTNLTE LELVHCDLER IPHAVFSLLS LQELDLKENN LKSIEEIVSF QHLRKLT VL KLWYNSIAYI PEHIKKLTSL ERLFFSHNKV EVLPSHLFLC NKIRYLDLSY NDIRFIPPEI GVLQSLQYFS ITCNKVES L PDELYFCKKL KTLKIGKNSL SVLSPKIGNL LFLSYLDIKG NHFEVLPPEL GDCRALKRAG LVVEDALFET LPSDVREQM KADSNSENLY FQG |
-分子 #3: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
分子 | 名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 17 / 式: PEE |
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分子量 | 理論値: 744.034 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PEE: |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71566 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |