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- EMDB-2784: Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2784
タイトルArchitecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex
マップデータPol II-DNA/RNA
試料
  • 試料: Pol II-DNA/RNA
  • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • DNA: x 2種
  • RNA: x 1種
キーワードtranscription / transcription initiation / RNA polymerase II / General Transcription Factors
機能・相同性
機能・相同性情報


RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes ...RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / termination of RNA polymerase III transcription / RNA-templated transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Dual incision in TC-NER / positive regulation of translational initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / translesion synthesis / transcription-coupled nucleotide-excision repair / translation initiation factor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / mRNA transcription by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / mRNA processing / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase activity / peroxisome / single-stranded DNA binding / ribosome biogenesis / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / single-stranded RNA binding / nucleotide binding / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily ...DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 ...DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Plaschka C / Lariviere L / Wenzeck L / Hemann M / Tegunov D / Petrotchenko EV / Borchers CH / Baumeister W / Herzog F / Villa E / Cramer P
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core initiation complex.
著者: C Plaschka / L Larivière / L Wenzeck / M Seizl / M Hemann / D Tegunov / E V Petrotchenko / C H Borchers / W Baumeister / F Herzog / E Villa / P Cramer /
要旨: The conserved co-activator complex Mediator enables regulated transcription initiation by RNA polymerase (Pol) II. Here we reconstitute an active 15-subunit core Mediator (cMed) comprising all ...The conserved co-activator complex Mediator enables regulated transcription initiation by RNA polymerase (Pol) II. Here we reconstitute an active 15-subunit core Mediator (cMed) comprising all essential Mediator subunits from Saccharomyces cerevisiae. The cryo-electron microscopic structure of cMed bound to a core initiation complex was determined at 9.7 Å resolution. cMed binds Pol II around the Rpb4-Rpb7 stalk near the carboxy-terminal domain (CTD). The Mediator head module binds the Pol II dock and the TFIIB ribbon and stabilizes the initiation complex. The Mediator middle module extends to the Pol II foot with a 'plank' that may influence polymerase conformation. The Mediator subunit Med14 forms a 'beam' between the head and middle modules and connects to the tail module that is predicted to bind transcription activators located on upstream DNA. The Mediator 'arm' and 'hook' domains contribute to a 'cradle' that may position the CTD and TFIIH kinase to stimulate Pol II phosphorylation.
履歴
登録2014年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年10月29日-
マップ公開2015年2月4日-
更新2015年3月4日-
現状2015年3月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.019
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  • 原子モデル: PDB-4v1m
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2784.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2784.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 81.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pol II-DNA/RNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 280 pix.
= 378. Å		1.35 Å/pix.
x 280 pix.
= 378. Å		1.35 Å/pix.
x 280 pix.
= 378. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.019 / ムービー #1: 0.019
最小 - 最大-0.04966678 - 0.10112445
平均 (標準偏差)0.00006485 (±0.00348376)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 378.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z378.000378.000378.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-32-96
NX/NY/NZ8165193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0500.1010.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pol II-DNA/RNA

全体名称: Pol II-DNA/RNA
要素
  • 試料: Pol II-DNA/RNA
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 1
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 2
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 3
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 5
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 4
  • DNA: template DNA
  • DNA: nontemplate DNA
  • RNA: RNA

+
超分子 #1000: Pol II-DNA/RNA

超分子名称: Pol II-DNA/RNA / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 15
分子量理論値: 570 KDa

+
分子 #1: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RPO21 RPB1 RPB220 SUA8 YDL140C D2150 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 192 KDa / 理論値: 192 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

+
分子 #2: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: RPB2 RPB150 RPO22 YOR151C / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 139 KDa / 理論値: 139 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

+
分子 #3: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: RPB3 YIL021W / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 35 KDa / 理論値: 35 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #4: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: RPB4 YJL140W J0654 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 25 KDa / 理論値: 25 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

+
分子 #5: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 1

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: RPB5 RPA7 RPC9 YBR154C YBR1204 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 25 KDa / 理論値: 25 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #6: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 2

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: RPO26 RPB6 YPR187W P9677.8 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 18 KDa / 理論値: 18 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #7: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / Name.synonym: RPB7 YDR404C D9509.22 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 19 KDa / 理論値: 19 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

+
分子 #8: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 3

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / Name.synonym: RPB8 YOR224C YOR50-14 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 17 KDa / 理論値: 17 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / Name.synonym: RPB9 YGL070C / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 14 KDa / 理論値: 14 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #10: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 5

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / Name.synonym: RPB10 YOR210W / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 8 KDa / 理論値: 8 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #11: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / Name.synonym: RPB11 YOL005C / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 13 KDa / 理論値: 13 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

+
分子 #12: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 4

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / Name.synonym: RPC10 RPB12 YHR143W-A YHR143BW / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 8 KDa / 理論値: 8 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

+
分子 #13: template DNA

分子名称: template DNA / タイプ: dna / ID: 13 / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
CGAGAACAGT AGCACGCTGT GTATATAATA GTGTGTTGTA CATAGCGGAG GTCGGTGGGG CACAACTGCG CT

+
分子 #14: nontemplate DNA

分子名称: nontemplate DNA / タイプ: dna / ID: 14 / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
AGCGCAGTTG TGCTATGATA TTTTTATGTA TGTACAACAC ACTATTATAT ACACAGCGTG CTACTGTTCT CG

+
分子 #15: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 15 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
AUAUCA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 25 mM HEPES-KOH pH 7.5, 180 mM Potassium acetate, 5 % Glycerol, 5 mM DTT
グリッド詳細: Lacey carbon copper grids (Quantifoil)
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER
手法: Grids were glow-discharged for 20 s before deposition of 4 microliters sample and incubated for 30 s. Grids were washed twice with 4 microliters distilled water, blotted, and then vitrified.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 2972 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 37169 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were picked using EMAN2 and were processed using RELION 1.2.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION, 1.2
詳細: The density was filtered according to local resolution and further a temperature factor of minus 240 A2 was applied.
使用した粒子像数: 14777

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4a3d


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: E / Chain - #4 - Chain ID: F / Chain - #5 - Chain ID: H / Chain - #6 - Chain ID: I / Chain - #7 - Chain ID: J / Chain - #8 - Chain ID: K / Chain - #9 - Chain ID: L
ソフトウェア名称: SITUS
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4v1m:
Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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