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万見
- EMDB-27011: Cutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27011
タイトルCutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, head domain only in the local refined map
マップデータ30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, head domain only in the local refined mapリボソーム
試料
  • 複合体: 30S subunit head domain from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 3種
キーワードribosome (リボソーム) / sarecycline / acne (尋常性痤瘡) / ANTIBIOTIC (抗生物質)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding ...ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S5, bacterial-type / KHドメイン / K homology RNA-binding domain ...Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S5, bacterial-type / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / KHドメイン / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS13
類似検索 - 構成要素
生物種Cutibacterium acnes (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Lomakin IB / Devarkar SC / Bunick CG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Almirall, LLC 米国
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Sarecycline inhibits protein translation in Cutibacterium acnes 70S ribosome using a two-site mechanism.
著者: Ivan B Lomakin / Swapnil C Devarkar / Shivali Patel / Ayman Grada / Christopher G Bunick /
要旨: Acne vulgaris is a chronic disfiguring skin disease affecting ∼1 billion people worldwide, often having persistent negative effects on physical and mental health. The Gram-positive anaerobe, ...Acne vulgaris is a chronic disfiguring skin disease affecting ∼1 billion people worldwide, often having persistent negative effects on physical and mental health. The Gram-positive anaerobe, Cutibacterium acnes is implicated in acne pathogenesis and is, therefore, a main target for antibiotic-based acne therapy. We determined a 2.8-Å resolution structure of the 70S ribosome of Cutibacterium acnes by cryogenic electron microscopy and discovered that sarecycline, a narrow-spectrum antibiotic against Cutibacterium acnes, may inhibit two active sites of this bacterium's ribosome in contrast to the one site detected previously on the model ribosome of Thermus thermophilus. Apart from the canonical binding site at the mRNA decoding center, the second binding site for sarecycline exists at the nascent peptide exit tunnel, reminiscent of the macrolides class of antibiotics. The structure also revealed Cutibacterium acnes-specific features of the ribosomal RNA and proteins. Unlike the ribosome of the Gram-negative bacterium Escherichia coli, Cutibacterium acnes ribosome has two additional proteins, bS22 and bL37, which are also present in the ribosomes of Mycobacterium smegmatis and Mycobacterium tuberculosis. We show that bS22 and bL37 have antimicrobial properties and may be involved in maintaining the healthy homeostasis of the human skin microbiome.
#1: ジャーナル: To be published
タイトル: The structure of the Cutibacterium acnes 70S ribosome
著者: Lomakin IB / Devarkar SC / Grada A / Bunick CG
履歴
登録2022年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月15日-
マップ公開2023年3月15日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27011.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27011.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, head domain only in the local refined map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.51722646 - 1.2212384
平均 (標準偏差)0.00025542837 (±0.030647634)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 363.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, head domain...

ファイルemd_27011_half_map_1.map
注釈30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, head domain only in the local refined map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, head domain...

ファイルemd_27011_half_map_2.map
注釈30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, head domain only in the local refined map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 30S subunit head domain from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA ...

全体名称: 30S subunit head domain from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
要素
  • 複合体: 30S subunit head domain from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
    • RNA: 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Zリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
  • リガンド: Sarecycline
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: 30S subunit head domain from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA ...

超分子名称: 30S subunit head domain from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)

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分子 #1: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 498.742875 KDa
配列文字列: UUUUUCAUUG GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CUUAACACAU GCAAGUCGAA CGGAAAGGCC CUGCUUUUG UGGGGUGCUC GAGUGGCGAA CGGGUGAGUA ACACGUGAGU AACCUGCCCU UGACUUUGGG AUAACUUCAG G AAACUGGG ...文字列:
UUUUUCAUUG GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CUUAACACAU GCAAGUCGAA CGGAAAGGCC CUGCUUUUG UGGGGUGCUC GAGUGGCGAA CGGGUGAGUA ACACGUGAGU AACCUGCCCU UGACUUUGGG AUAACUUCAG G AAACUGGG GCUAAUACCG GAUAGGAGCU CCUGCUGCAU GGUGGGGGUU GGAAAGUUUC GGCGGUUGGG GAUGGACUCG CG GCUUAUC AGCUUGUUGG UGGGGUAGUG GCUUACCAAG GCUUUGACGG GUAGCCGGCC UGAGAGGGUG ACCGGCCACA UUG GGACUG AGAUACGGCC CAGACUCCUA CGGGAGGCAG CAGUGGGGAA UAUUGCACAA UGGGCGGAAG CCUGAUGCAG CAAC GCCGC GUGCGGGAUG ACGGCCUUCG GGUUGUAAAC CGCUUUCGCC UGUGACGAAG CGUGAGUGAC GGUAAUGGGU AAAGA AGCA CCGGCUAACU ACG(PSU)GCCAGC AGCC(G7M)CGGUG AUACGUAGGG UGCGAGCGUU GUCCGGAUUU AUUGGGCG U AAAGGGCUCG UAGGUGGUUG AUCGCGUCGG AAGUGUAAUC UUGGGGCUUA ACCCUGAGCG UGCUUUCGAU ACGGGUUGA CUUGAGGAAG GUAGGGGAGA AUGGAAUUCC UGGUGGAGCG GUGGAAUGCG CAGAUAUCAG GAGGAACACC AGUGGCGAAG GCGGUUCUC UGGGCCUUUC CUGACGCUGA GGAGCGAAAG CGUGGGGAGC GAACAGGCUU AGAUACCCUG GUAGUCCACG C UGUAAACG GUGGGUACUA GGUGUGGGGU CCAUUCCACG GGUUCCGUGC CGUAGCUAAC GCUUUAAGUA CCCCGCCUGG GG AGUACGG CCGCAAGGCU AAAACUCAAA GGAAUUGACG GGGCCCCGCA CAAGCGGCGG AGCAUGCGGA UUAAUUCGAU (2MG)(5MC)AACGCGU AGAACCUUAC CUGGGUUUGA CAUGGAUCGG GAGUGCUCAG AGAUGGGUGU GCCUCUUUUG GGG UCGGUU CACAGGUGGU GCAUGGCUGU CGUCAGCUCG UGUCGUGAGA UGUUGGGUUA AGUCCCGCAA CGAGCGCAAC CCUU GUUCA CUGUUGCCAG CACGUUAUGG UGGGGACUCA GUGGAGACCG CCGGGGUCAA CUCGGAGGAA GGUGGGGAUG ACGUC AAGU CAUCAUGCCC CUUAUGUCCA GGGCUUCACG CAUGCUACAA UGGCUGGUAC AGAGAGUGGC GAGCCUGUGA GGGUGA GCG AAUCUCGGAA AGCCGGUCUC AGUUCGGAUU GGGGUCUGCA ACUCGACCUC AUGAAGUCGG AGUCGCUAGU AAUCGCA GA UCAGCAACGC UGCGGUGAAU ACGUUCCCGG GGCUUGUACA CAC(5MC)G(4OC)C(5MC)GU (5MC)AAGUCAUGA AA GUUGGUA ACACCCGAAG CCGGUGGCCU AACCGUUGUG GGGGAGCCGU CGAAGGUGGG ACUGGUGAUU AGGACUAAGU CG (UR3)AACAAG GUAGCCGUAC C(2MG)G(MA6)(MA6)GGUGC GGCUGGAUCA CCUCCUUUCU AAGGAG

GENBANK: GENBANK: CP059593.1

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 22.603695 KDa
配列文字列: MSGTQRRGGG AGGERRGRDN RRGQNDRNRN QNEYLERVVA INRVAKVVQG GRRFSFTALV VVGDGEGSVG VGYGKAKEVP AAIAKAVEE AKKHFFKVPL VGRTITHPVI GEKAAGVVML RPASPGTGVI AGGSARAVLE CAGVHDVLAK SLGSSNAINV V HATVDALQ ...文字列:
MSGTQRRGGG AGGERRGRDN RRGQNDRNRN QNEYLERVVA INRVAKVVQG GRRFSFTALV VVGDGEGSVG VGYGKAKEVP AAIAKAVEE AKKHFFKVPL VGRTITHPVI GEKAAGVVML RPASPGTGVI AGGSARAVLE CAGVHDVLAK SLGSSNAINV V HATVDALQ QLEEPEEVAR RRGKSVEDIA PAAMLRARKE ADEAAAAARM EEKAGVN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 29.728719 KDa
配列文字列: MGQKINPHGF RLGVTTDHKT RWYAEKQYAE LVGEDVKIRE WLHKNLERAG LSSIEIERRS ERVTIFLYAA RPGIVIGRNG AEAERVRGE LEKLTGKQIQ LNILEVKSPE TDAQLVAQGI AEQLAARVAF RRAMRKAQQS AMNAGALGIR IKCSGRLGGA E MSRSEGYR ...文字列:
MGQKINPHGF RLGVTTDHKT RWYAEKQYAE LVGEDVKIRE WLHKNLERAG LSSIEIERRS ERVTIFLYAA RPGIVIGRNG AEAERVRGE LEKLTGKQIQ LNILEVKSPE TDAQLVAQGI AEQLAARVAF RRAMRKAQQS AMNAGALGIR IKCSGRLGGA E MSRSEGYR EGRVPLHTLR ADIDYGFFEA RTTFGRIGVK VWIYKGDVTG TRAERAAQKA ARQAAQGGRG GRGGNRRGRG DR PDRRGGR RRAEAAKQSA ETPAPQTENA GA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 17.615482 KDa
配列文字列:
MPRKGPAPKR PVMVDPVYGS PLVSQLVSKI LLDGKKTVAQ NIVYTALEGC RAKNNTDPVQ TLKRALDNIK PSLEVKSRRV GGATYQVPV EVKPARQTTL AMRWLVNFSR ERREKTMAER LMNEILDASN GLGASVKRRE DTHKMAEANR AFAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 18.630139 KDa
配列文字列:
MTDTPTENLE NTEVTPFTEG DREIAYRTDS NPTVAAGDSK RPAMIAPGAA TGRRKEAIAR VRITPGSGQW KINGRTLEDY FPNKVHQQI VTEPFATAGV EGAYDVIARI GGGGVTGQAG ALRLGIARAL NNVDPEASRP ALKKAGMLTR DARVKERKKA G LKKARKAP QYSKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 11.750766 KDa
配列文字列:
MAGQKIRIRL RAYDHEVIDS SARKIVDTVT RTGAKVAGPV PLPTEKNVFC VIRSPHKYKD SREHFEMRTH KRLIDILEPT PKTVDSLMR LDLPAGVDIE IKLP

UniProtKB: 30S ribosomal protein S10

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 14.030231 KDa
配列文字列:
MARLIGVDLP RDKRLEVALT YIYGIGRTRA TETLKATGIS GDLRVHELTD DQLVALRDHI EANYHVEGDL RREVAADIRR KIEIGTYQG RRHRSGLPVR GQRTRTNART RKGKRKAVAK KKAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 6.924359 KDa
配列文字列:
MAKTALKVKA ARKPKFGVRA YTRCQRCGRP HSVYRKFGLC RICLREMAHA GQLPGVTKSS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 10.536264 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGPF VDEHLAKKVT AQNEAGTHNV IKTWSRRSMV TPDMIGHTIG VHDGRKHVPV FVTESMVGHK LGEFAPTRTF KGHVKDDKK ARRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #10: Sarecycline

分子名称: Sarecycline / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: V7A
分子量理論値: 487.502 Da
Chemical component information

ChemComp-V7A:
Sarecycline / 薬剤, 抗生剤*YM / Sarecycline

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 12 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #12: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.1 sec. / 平均電子線量: 30.56 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1108852
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Ab-initio
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Local Refinement / 使用した粒子像数: 70853
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8cvo:
Cutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, head domain only in the local refined map

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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