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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex, from focused classification and refinement (I-B) | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() translational initiation / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Basu RS / Sherman MB / Gagnon MG | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Compact IF2 allows initiator tRNA accommodation into the P site and gates the ribosome to elongation 著者: Basu RS / Sherman MB / Gagnon MG | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 255.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 182.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 512 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 254.9 MB 474.7 MB 474.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7untMC ![]() 7unqC ![]() 7unrC ![]() 7unuC ![]() 7unvC ![]() 7unwC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.7 TB Data #1: Unaligned multiframe micrographs of the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to IF2 collected on Gatan K3 in Super Resolution [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S...
ファイル | emd_26632_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex (I-B). Sharpened map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S...
ファイル | emd_26632_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex (I-B). Half-map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S...
ファイル | emd_26632_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex (I-B). Half-map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome ...
全体 | 名称: Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex, from focused classification and refinement (I-B) |
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要素 |
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-超分子 #1: Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome ...
超分子 | 名称: Compact IF2-GDP bound to the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex, from focused classification and refinement (I-B) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Translation initiation factor IF-2
分子 | 名称: Translation initiation factor IF-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 91.049641 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTQVTVKELA QVVDTPVERL LLQMRDAGLP HTSAEQVVTD SEKQALLTHL KGSHGDRASE PRKITLQRKT TTTLKVGGSK TVSVEVRKK KTYVKRSPDE IEAERQRELE EQRAAEEAER LKAEEAAARQ RAEEEARKAE EAARAKAAQE AAATAGAEPA V VADVAVAE ...文字列: MTQVTVKELA QVVDTPVERL LLQMRDAGLP HTSAEQVVTD SEKQALLTHL KGSHGDRASE PRKITLQRKT TTTLKVGGSK TVSVEVRKK KTYVKRSPDE IEAERQRELE EQRAAEEAER LKAEEAAARQ RAEEEARKAE EAARAKAAQE AAATAGAEPA V VADVAVAE PVAKPAAVEE RKKEEPRRVP KRDEDDDRRD RKHTQHRPSV KEKEKVPAPR VAPRSTDEES DGYRRGGRGG KS KLKKRNQ HGFQNPTGPI VREVNIGETI TVAELAAQMS VKGAEVVKFM FKMGSPVTIN QVLDQETAQL VAEELGHKVK LVS ENALEE QLAESLKFEG EAVTRAPVVT VMGHVDHGKT SLLDYIRRAK VAAGEAGGIT QHIGAYHVET ERGMVTFLDT PGHA AFTAM RARGAQATDI VILVVAADDG VMPQTQEAVQ HAKAAGVPIV VAVNKIDKPE ANPDNIKNGL AALDVIPEEW GGDAP FVPV SAKLGTGVDE LLEAVLLQAE VLELKATPSA PGRGVVVESR LDKGRGPVAT VLVQDGTLRQ GDMVLVGINY GRVRAM LDE NGKPIKEAGP SIPVEILGLD GTPDAGDEMT VVADEKKARE VALFRQGKFR EVKLARAHAG KLENIFENMG QEEKKTL NI VLKADVRGSL EALQGSLSGL GNDEVQVRVV GGGVGGITES DANLALASNA VLFGFNVRAD AGARKIVEAE GLDMRYYN V IYDIIEDVKK ALTGMLGSDL RENILGIAEV RDVFRSPKFG AIAGCMVTEG MVHRNRPIRV LRDDVVIFEG ELESLRRFK DDVAEVRAGM ECGIGVKSYN DVKVGDKIEV FEKVEVARSL UniProtKB: Translation initiation factor IF-2 |
-分子 #2: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GDP |
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分子量 | 理論値: 443.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-GDP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8056 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 31.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 878576 |
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初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 24614 |