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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26611 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Composite cryo-EM density map of the 8-nm repeat of the human sperm tip singlet microtubule | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | cilia / microtubule / sperm / cell motility / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 axonemal microtubule doublet inner sheath / Post-chaperonin tubulin folding pathway / axoneme assembly / axonemal microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis ...axonemal microtubule doublet inner sheath / Post-chaperonin tubulin folding pathway / axoneme assembly / axonemal microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Intraflagellar transport / neuron projection arborization / cytoskeleton-dependent intracellular transport / cerebellar cortex morphogenesis / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / dentate gyrus development / Gap junction assembly / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / pyramidal neuron differentiation / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Kinesins / Hedgehog 'off' state / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / centrosome cycle / motor behavior / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / natural killer cell mediated cytotoxicity / response to L-glutamate / ciliary base / smoothened signaling pathway / intercellular bridge / regulation of synapse organization / MHC class I protein binding / startle response / cytoplasmic microtubule / locomotory exploration behavior / Recycling pathway of L1 / microtubule polymerization / microtubule-based process / sperm flagellum / RHO GTPases activate IQGAPs / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / condensed chromosome / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / homeostasis of number of cells within a tissue / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cellular response to calcium ion / AURKA Activation by TPX2 / acrosomal vesicle / adult locomotory behavior / ciliary basal body / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / intracellular protein transport / RHO GTPases Activate Formins / neuron migration / synapse organization / visual learning / neuromuscular junction / PKR-mediated signaling / recycling endosome / cerebral cortex development / mitotic spindle / structural constituent of cytoskeleton / memory / microtubule cytoskeleton organization / Aggrephagy / HCMV Early Events / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Separation of Sister Chromatids / calcium-dependent protein binding / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / azurophil granule lumen / microtubule cytoskeleton / double-stranded RNA binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / unfolded protein binding / extracellular vesicle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitotic cell cycle / gene expression / microtubule binding / neuron apoptotic process / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Gui M / Croft JT / Zabeo D / Acharya V / Kollman JM / Burgoyne T / Hoog JL / Brown A | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, スウェーデン, 6件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: SPACA9 is a lumenal protein of human ciliary singlet and doublet microtubules. 著者: Miao Gui / Jacob T Croft / Davide Zabeo / Vajradhar Acharya / Justin M Kollman / Thomas Burgoyne / Johanna L Höög / Alan Brown / 要旨: The cilium-centrosome complex contains triplet, doublet, and singlet microtubules. The lumenal surfaces of each microtubule within this diverse array are decorated by microtubule inner proteins ...The cilium-centrosome complex contains triplet, doublet, and singlet microtubules. The lumenal surfaces of each microtubule within this diverse array are decorated by microtubule inner proteins (MIPs). Here, we used single-particle cryo-electron microscopy methods to build atomic models of two types of human ciliary microtubule: the doublet microtubules of multiciliated respiratory cells and the distal singlet microtubules of monoflagellated human spermatozoa. We discover that SPACA9 is a polyspecific MIP capable of binding both microtubule types. SPACA9 forms intralumenal striations in the B tubule of respiratory doublet microtubules and noncontinuous spirals in sperm singlet microtubules. By acquiring new and reanalyzing previous cryo-electron tomography data, we show that SPACA9-like intralumenal striations are common features of different microtubule types in animal cilia. Our structures provide detailed references to help rationalize ciliopathy-causing mutations and position cryo-EM as a tool for the analysis of samples obtained directly from ciliopathy patients. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26611.map.gz | 373.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26611-v30.xml emd-26611.xml | 35.5 KB 35.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26611_fsc.xml | 17.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26611.png | 133.6 KB | ||
マスクデータ | emd_26611_msk_1.map | 421.9 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-26611.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_26611_additional_1.map.gz emd_26611_additional_2.map.gz emd_26611_additional_3.map.gz emd_26611_additional_4.map.gz emd_26611_additional_5.map.gz emd_26611_additional_6.map.gz emd_26611_additional_7.map.gz emd_26611_additional_8.map.gz emd_26611_half_map_1.map.gz emd_26611_half_map_2.map.gz | 48.6 MB 47.7 MB 337.9 MB 84.2 MB 47.6 MB 47.6 MB 48.3 MB 48.6 MB 340.4 MB 340.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26611 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26611 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26611_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26611_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26611_validation.xml.gz | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26611_validation.cif.gz | 33 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26611 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26611 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7un1MC 7ungC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26611.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.843 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
+マスク #1
+追加マップ: local refined map
+追加マップ: local refined map
+追加マップ: unsharpened consensus map
+追加マップ: unsharpened stitched map
+追加マップ: local refined map
+追加マップ: local refined map
+追加マップ: local refined map
+追加マップ: local refined map
+ハーフマップ: #2
+ハーフマップ: #1
-試料の構成要素
-全体 : Singlet microtubule and associated SPACA9
全体 | 名称: Singlet microtubule and associated SPACA9 |
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要素 |
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-超分子 #1: Singlet microtubule and associated SPACA9
超分子 | 名称: Singlet microtubule and associated SPACA9 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Sperm acrosome-associated protein 9
分子 | 名称: Sperm acrosome-associated protein 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 33 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.208977 KDa |
配列 | 文字列: MNEVKESLRS IEQKYKLFQQ QQLTFTAALE HCRENAHDKI RPISSIGQVQ SYMEHYCNSS TDRRVLLMFL DICSELNKLC QHFEAVHSG TPVTNNLLEK CKTLVSQSND LSSLRAKYPH DVVNHLSCDE ARNHYGGVVS LIPLILDLMK EWIAHSEKLP R KVLQHVSE ...文字列: MNEVKESLRS IEQKYKLFQQ QQLTFTAALE HCRENAHDKI RPISSIGQVQ SYMEHYCNSS TDRRVLLMFL DICSELNKLC QHFEAVHSG TPVTNNLLEK CKTLVSQSND LSSLRAKYPH DVVNHLSCDE ARNHYGGVVS LIPLILDLMK EWIAHSEKLP R KVLQHVSE PQAHQESTRG AARPAQAIGT QPRATKHKCR QLTKASLKPR GCSKPPWRPP GGKL UniProtKB: Sperm acrosome-associated protein 9 |
-分子 #2: Tubulin beta-4B chain
分子 | 名称: Tubulin beta-4B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 38 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.877824 KDa |
配列 | 文字列: MREIVHLQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY YNEATGGKYV PRAVLVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列: MREIVHLQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY YNEATGGKYV PRAVLVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATAEEEGE FEEEAEEEVA UniProtKB: Tubulin beta-4B chain |
-分子 #3: Tubulin alpha-1A chain
分子 | 名称: Tubulin alpha-1A chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 38 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 50.188441 KDa |
配列 | 文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIGQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY UniProtKB: Tubulin alpha-1A chain |
-分子 #4: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 38 / 式: GDP |
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分子量 | 理論値: 443.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-GDP: |
-分子 #5: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 38 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-分子 #6: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 38 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | Filaments |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |