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- EMDB-2530: Tomographic subvolume average of EFF-1 fusogen on extracellular v... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2530
タイトルTomographic subvolume average of EFF-1 fusogen on extracellular vesicles
マップデータTomographic subvolume average of EFF-1 fusion protein on extracellular vesicles
試料
  • 試料: Epithelial fusion failure 1 (EFF-1) Isoform A on extracellular vesicles
  • タンパク質・ペプチド: Epithelial fusion failure 1, isoform a
キーワードcell-cell fusion / extracellular fusion / membrane fusion / fusogen / pre-fusion state
機能・相同性
機能・相同性情報


post-embryonic body morphogenesis / nematode male tail mating organ morphogenesis / fusogenic activity / EFF-1 complex / nematode pharyngeal muscle development / nematode male tail tip morphogenesis / : / cell-cell fusion / vulval development / egg-laying behavior ...post-embryonic body morphogenesis / nematode male tail mating organ morphogenesis / fusogenic activity / EFF-1 complex / nematode pharyngeal muscle development / nematode male tail tip morphogenesis / : / cell-cell fusion / vulval development / egg-laying behavior / syncytium formation by cell-cell fusion / plasma membrane => GO:0005886 / embryonic body morphogenesis / cell-cell contact zone / locomotion / morphogenesis of an epithelium / kinase activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell-cell fusogen EFF/AFF / Cell-cell fusogen EFF/AFF, domain 3 / Type I membrane glycoproteins cell-cell fusogen
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.2 Å
データ登録者Zeev-Ben-Mordehai T / Vasishtan D / Siebert CA / Grunewald K
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: The full-length cell-cell fusogen EFF-1 is monomeric and upright on the membrane.
著者: Tzviya Zeev-Ben-Mordehai / Daven Vasishtan / C Alistair Siebert / Kay Grünewald /
要旨: Fusogens are membrane proteins that remodel lipid bilayers to facilitate membrane merging. Although several fusogen ectodomain structures have been solved, structural information on full-length, ...Fusogens are membrane proteins that remodel lipid bilayers to facilitate membrane merging. Although several fusogen ectodomain structures have been solved, structural information on full-length, natively membrane-anchored fusogens is scarce. Here we present the electron cryo microscopy three-dimensional reconstruction of the Caenorhabditis elegans epithelial fusion failure 1 (EFF-1) protein natively anchored in cell-derived membrane vesicles. This reveals a membrane protruding, asymmetric, elongated monomer. Flexible fitting of a protomer of the EFF-1 crystal structure, which is homologous to viral class-II fusion proteins, shows that EFF-1 has a hairpin monomeric conformation before fusion. These structural insights, when combined with our observations of membrane-merging intermediates between vesicles, enable us to propose a model for EFF-1 mediated fusion. This process, involving identical proteins on both membranes to be fused, follows a mechanism that shares features of SNARE-mediated fusion while using the structural building blocks of the unilaterally acting class-II viral fusion proteins.
履歴
登録2013年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年1月15日-
マップ公開2014年8月27日-
更新2016年3月9日-
現状2016年3月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 18.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 18.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4cyl
  • 表面レベル: 18.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2530.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2530.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomographic subvolume average of EFF-1 fusion protein on extracellular vesicles
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.8 Å/pix.
x 90 pix.
= 342. Å		3.8 Å/pix.
x 90 pix.
= 342. Å		3.8 Å/pix.
x 90 pix.
= 342. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 18.800000000000001 / ムービー #1: 18.8
最小 - 最大-38.063011170000003 - 34.33685303
平均 (標準偏差)-2.66537809 (±3.18243027)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 342.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.83.83.8
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z342.000342.000342.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-38.06334.337-2.665

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Epithelial fusion failure 1 (EFF-1) Isoform A on extracellular ve...

全体名称: Epithelial fusion failure 1 (EFF-1) Isoform A on extracellular vesicles
要素
  • 試料: Epithelial fusion failure 1 (EFF-1) Isoform A on extracellular vesicles
  • タンパク質・ペプチド: Epithelial fusion failure 1, isoform a

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超分子 #1000: Epithelial fusion failure 1 (EFF-1) Isoform A on extracellular ve...

超分子名称: Epithelial fusion failure 1 (EFF-1) Isoform A on extracellular vesicles
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Monomer / Number unique components: 1
分子量理論値: 87 KDa

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分子 #1: Epithelial fusion failure 1, isoform a

分子名称: Epithelial fusion failure 1, isoform a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: EFF-1a / 詳細: Proteins on extracellular vesicles / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 別称: Golden Hamster / 細胞: BHK 21 / Organelle: Extracellular vesicles / 細胞中の位置: Extracellular vesicles
分子量理論値: 87 KDa
組換発現生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 組換細胞: BHK 21 / 組換プラスミド: pCAGGS
配列UniProtKB: EFF-1A
GO: GO: 0045026, syncytium formation by cell-cell fusion, plasma membrane => GO:0005886, extracellular region, identical protein binding

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 25mM HEPES, 130mM NaCl
グリッド詳細: Holey carbon on top of 200 mesh gold grid.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 80 K / 最高: 100 K / 平均: 85 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 115,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: +1 to -1 mradians
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan Quantum 964
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2013年3月3日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 30 µm / 実像数: 78 / 平均電子線量: 60 e/Å2 / 詳細: 2 tomograms each created from 39 projection images / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 78950 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 95000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Subtomograms were selected using a semi-automated picking algorithm
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 801
最終 3次元分類クラス数: 1
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ok8


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Fitting of a class II dengue virus E protein (monomer) to show similarity to class II fusion proteins
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4cyl:
Tomographic subvolume average of EFF-1 fusogen on extracellular vesicles

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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