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万見
- EMDB-25138: Structure of ATP7B in state 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25138
タイトルStructure of ATP7B in state 1
マップデータATP7B State 1
試料
  • 複合体: ATP7B
    • タンパク質・ペプチド: P-type Cu(+) transporter
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: TETRAFLUOROALUMINATE ION
キーワードCopper transport / Wilson disease / METAL TRANSPORT / Translocase
機能・相同性
機能・相同性情報


Ion transport by P-type ATPases / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / trans-Golgi network / copper ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain ...Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
P-type Cu(+) transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Bitter RM / Oh SC
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS109307 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA008748 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structure of the Wilson disease copper transporter ATP7B.
著者: Ryan M Bitter / SeCheol Oh / Zengqin Deng / Suhaila Rahman / Richard K Hite / Peng Yuan /
要旨: ATP7A and ATP7B, two homologous copper-transporting P1B-type ATPases, play crucial roles in cellular copper homeostasis, and mutations cause Menkes and Wilson diseases, respectively. ATP7A/B contains ...ATP7A and ATP7B, two homologous copper-transporting P1B-type ATPases, play crucial roles in cellular copper homeostasis, and mutations cause Menkes and Wilson diseases, respectively. ATP7A/B contains a P-type ATPase core consisting of a membrane transport domain and three cytoplasmic domains, the A, P, and N domains, and a unique amino terminus comprising six consecutive metal-binding domains. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of frog ATP7B in a copper-free state. Interacting with both the A and P domains, the metal-binding domains are poised to exert copper-dependent regulation of ATP hydrolysis coupled to transmembrane copper transport. A ring of negatively charged residues lines the cytoplasmic copper entrance that is presumably gated by a conserved basic residue sitting at the center. Within the membrane, a network of copper-coordinating ligands delineates a stepwise copper transport pathway. This work provides the first glimpse into the structure and function of ATP7 proteins and facilitates understanding of disease mechanisms and development of rational therapies.
履歴
登録2021年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月16日-
マップ公開2022年3月16日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7si6
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25138.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25138.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ATP7B State 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.85 Å/pix.
x 121 pix.
= 102.85 Å		0.85 Å/pix.
x 117 pix.
= 99.45 Å		0.85 Å/pix.
x 175 pix.
= 148.75 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-14.194874 - 22.521519999999999
平均 (標準偏差)0.000000000013116 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin128121122
サイズ117175121
Spacing121117175
セルA: 102.850006 Å / B: 99.450005 Å / C: 148.75 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.850.850.85
M x/y/z121117175
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z102.85099.450148.750
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ122128121
NX/NY/NZ121117175
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS121128122
NC/NR/NS175117121
D min/max/mean-14.19522.5220.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ATP7B

全体名称: ATP7B
要素
  • 複合体: ATP7B
    • タンパク質・ペプチド: P-type Cu(+) transporter
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: TETRAFLUOROALUMINATE ION

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超分子 #1: ATP7B

超分子名称: ATP7B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)

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分子 #1: P-type Cu(+) transporter

分子名称: P-type Cu(+) transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type Cu+ transporter
由来(天然)生物種: Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
分子量理論値: 159.678672 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MFPKRILDEE EGVQLLSTEN EKCSTKRRSS PQFCVNNTFS DSPVSVWKEA KKPSCAFDNR GYEGSPDDLC SLPDDVGSVV VAIQGMTCQ SCVQSIEGRI SKVSGVVGIN VCLEQNNAIV NYLQTEITPH KICEEIEDMG FDASLSEQSG MPSSVKSSYY G DNVIKIRV ...文字列:
MFPKRILDEE EGVQLLSTEN EKCSTKRRSS PQFCVNNTFS DSPVSVWKEA KKPSCAFDNR GYEGSPDDLC SLPDDVGSVV VAIQGMTCQ SCVQSIEGRI SKVSGVVGIN VCLEQNNAIV NYLQTEITPH KICEEIEDMG FDASLSEQSG MPSSVKSSYY G DNVIKIRV EGMTCQSCVN TIEGKIGKIQ GVQKIKVSLT GQEAVITYQS HIIQAEDLRK YIEDMGFEAS IKNKPDPTKL GT IDIERLQ NSIAENHSGH TNSNTVTLGI DGMHCKSCVH NIEGYVSGLA GIQSIRVSLK NKNAVVCLSQ GSTSLLSLKE SIE NLPPGK FKVTLPVGVE KGQSLARNST HSSHRDQSMG GNIAIISIGG MTCQSCVSSI ENMISQRKGV LHILVSLDEG NGNI FYNPC ETNAEELRAA IEDMGFHSTL VSDNSPSISC SEYNSKEEEN KQTPPKATRQ ISGSRDYILD VLPKKSHPDF ANEKY DTAP EKCFLQITGM TCISCVSNIE RNLKKKDGIV SVLVALMSGK AEVKFYPDRI EPLEIAQLVE DLGFGASVME DYTASD GNV ELIITGMTCA SCVHNIESRL MRTPGILQAS VALATCKAQV KFDPEIVGPR DIIRIIEGIG FQASLAKRDP TAHKLDH KE EIKQWRNSFL FSLLFGIPVI ILMIYMLAAN KDHHNTMVLD RNIVPGLSII NLVFFILCTF VQTLGGRYFY VQAYKSLK H KATNMDVLIV LATTIAYIYS VVILTVAMVE KADKSPETFF DTPPMLFMFI ALGRWLEHIA KSKTSEALAK LISLQATEA AVVTFGANQI ILREEQVAVE LVQRGDIVKV VPGGKFPVDG KVIEGTSMAD ESLITGEPMP VRKKPGSMVI AGSINAHGTV LVEATHVGS ETTLAQIVKL VEEAQMSKAP IQQLADKISG YFVPFIIIIS VVTLVTWIII GFVNFDIIIK YFPSYSKNIS K TEVIIRVA FQTSITVLSI ACPCALGLAT PTAVMVGTGV AAQNGILIKG GEPLEMAHKI KAVMFDKTGT ITHGVPKVMR VL LLGDVVK MPLKRMLAVV GTAEASSEHP LGMAVTKYCK EELGTELLGY CTDFQAVPGC GISCKVNNIE SVLVQNEEGL NEQ NSYRNS LIGTTDSSLI ITPELLGAQA PLAHTVLIGN REWMRRNGLH ISTDVDEAMS SHEMKGQTAV LVAIDGELCG MIAI ADTVK QEAALAVHTL KSMGIDVVLI TGDNRKTAKA IATQVGIKKV FAEVLPSHKV AKVQALQSDN KRVAMVGDGV NDSPA LARA DVGIAIGTGT DVAIEAADIV LIRNDLLDVV ASIHLSKRTV RRIRLNFVFA LIYNLLGIPI AAGVFMPAGL VLQPWM GSA AMAASSVSVV LSSLQLKCYR KPDSDRYEAR AQGHMKPLTP SQISVHIGMD DRWRDLPKTK AWDQISYISQ VSRASQK PK RHGSLVEQQD KWSLLINETH EDQMI

UniProtKB: P-type Cu(+) transporter

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #3: TETRAFLUOROALUMINATE ION

分子名称: TETRAFLUOROALUMINATE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ALF
分子量理論値: 102.975 Da
Chemical component information

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl
5.0 mMMgCl2
10.0 mMNaF
0.5 mMADP
1.0 mMAlCl3
40.0 micromolarGDN
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1889296
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 138790
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類詳細: Iterative heterogeneous classification in cryosparc.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3rfu


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7si6:
Structure of ATP7B in state 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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