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万見
- EMDB-2510: Cryo-EM of the Sec61-complex bound to the idle 80S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2510
タイトルCryo-EM of the Sec61-complex bound to the idle 80S ribosome
マップデータ3D-Reconstruction of an idle 80S-Sec61 complex.
試料
  • 試料: Canis familiaris Sec61 bound to an idle wheat germ 80S ribosome
  • 複合体: Triticum aestivum 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Sec61
キーワードCo-translational protein translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane ...Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / protein transmembrane transporter activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / phospholipid binding / ribosome binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. ...Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Protein transport protein Sec61 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ) / Canis lupus familiaris (イヌ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Gogala M / Becker T / Beatrix B / Barrio-Garcia C / Berninghausen O / Beckmann R
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structures of the Sec61 complex engaged in nascent peptide translocation or membrane insertion.
著者: Marko Gogala / Thomas Becker / Birgitta Beatrix / Jean-Paul Armache / Clara Barrio-Garcia / Otto Berninghausen / Roland Beckmann /
要旨: The biogenesis of secretory as well as transmembrane proteins requires the activity of the universally conserved protein-conducting channel (PCC), the Sec61 complex (SecY complex in bacteria). In ...The biogenesis of secretory as well as transmembrane proteins requires the activity of the universally conserved protein-conducting channel (PCC), the Sec61 complex (SecY complex in bacteria). In eukaryotic cells the PCC is located in the membrane of the endoplasmic reticulum where it can bind to translating ribosomes for co-translational protein transport. The Sec complex consists of three subunits (Sec61α, β and γ) and provides an aqueous environment for the translocation of hydrophilic peptides as well as a lateral opening in the Sec61α subunit that has been proposed to act as a gate for the membrane partitioning of hydrophobic domains. A plug helix and a so-called pore ring are believed to seal the PCC against ion flow and are proposed to rearrange for accommodation of translocating peptides. Several crystal and cryo-electron microscopy structures revealed different conformations of closed and partially open Sec61 and SecY complexes. However, in none of these samples has the translocation state been unambiguously defined biochemically. Here we present cryo-electron microscopy structures of ribosome-bound Sec61 complexes engaged in translocation or membrane insertion of nascent peptides. Our data show that a hydrophilic peptide can translocate through the Sec complex with an essentially closed lateral gate and an only slightly rearranged central channel. Membrane insertion of a hydrophobic domain seems to occur with the Sec complex opening the proposed lateral gate while rearranging the plug to maintain an ion permeability barrier. Taken together, we provide a structural model for the basic activities of the Sec61 complex as a protein-conducting channel.
履歴
登録2013年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年11月27日-
マップ公開2014年2月5日-
更新2014年9月10日-
現状2014年9月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4cg7
  • 表面レベル: 0.32
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4cg7
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2510-emp...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2510.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D-Reconstruction of an idle 80S-Sec61 complex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.363 Å		1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.363 Å		1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.363 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2374 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.23 / ムービー #1: 0.23
最小 - 最大-0.63504815 - 1.35633743
平均 (標準偏差)0.00174596 (±0.10751566)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-184-184-183
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 455.36322 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.23739945652171.23739945652171.2373994565217
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z455.363455.363455.363
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-184-184-183
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-0.6351.3560.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Canis familiaris Sec61 bound to an idle wheat germ 80S ribosome

全体名称: Canis familiaris Sec61 bound to an idle wheat germ 80S ribosome
要素
  • 試料: Canis familiaris Sec61 bound to an idle wheat germ 80S ribosome
  • 複合体: Triticum aestivum 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Sec61

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超分子 #1000: Canis familiaris Sec61 bound to an idle wheat germ 80S ribosome

超分子名称: Canis familiaris Sec61 bound to an idle wheat germ 80S ribosome
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One Sec61 binds to one 80S ribosome / Number unique components: 2

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超分子 #1: Triticum aestivum 80S ribosome

超分子名称: Triticum aestivum 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Wheat germ 80S ribosome / 詳細: Data-subset resulted from computational sorting / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 別称: Wheat Germ

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分子 #1: Sec61

分子名称: Sec61 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog
分子量理論値: 69.9 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 30 mM Hepes/KOH 7.6, 10 mM Mg(OAc)2, 180 mM KOAC/HAc pH 7.6, 0.3 % Digitonin, 1 mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil grids pre-coated with 2 nm carbon on top
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2011年7月17日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 9805 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 148721 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using SIGNATURE, classified using MAPPOS and processed with SPIDER
CTF補正詳細: On 3D-volume (SPIDER)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, Signature, MAPPOS / 使用した粒子像数: 162655

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2wwb

ソフトウェア名称: Chimera, Coot, MDFF
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-4cg7:
Cryo-EM of the Sec61-complex bound to the idle 80S ribosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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