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万見
- EMDB-24735: Cryo-EM structure of the needle filament-tip complex of the Salmo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24735
タイトルCryo-EM structure of the needle filament-tip complex of the Salmonella type III secretion injectisome
マップデータNeedle filament-tip complex of the Salmonella type III secretion injectisome
試料
  • 複合体: The needle complex with tip
    • タンパク質・ペプチド: Protein PrgI
    • タンパク質・ペプチド: Cell invasion protein SipD
キーワードprotein secretion / bacterial pathogenesis / organelle assembly / CELL INVASION
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / : / cell surface / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Type III secretion systems tip complex components / BipD-like superfamily / Type III secretion systems tip complex components / Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell invasion protein SipD / SPI-1 type 3 secretion system needle filament protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Guo EZ / Galan JE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI030492 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the needle filament tip complex of the type III secretion injectisome.
著者: Emily Z Guo / Jorge E Galán /
要旨: Type III secretion systems are multiprotein molecular machines required for the virulence of several important bacterial pathogens. The central element of these machines is the injectisome, a ∼5-Md ...Type III secretion systems are multiprotein molecular machines required for the virulence of several important bacterial pathogens. The central element of these machines is the injectisome, a ∼5-Md multiprotein structure that mediates the delivery of bacterially encoded proteins into eukaryotic target cells. The injectisome is composed of a cytoplasmic sorting platform, and a membrane-embedded needle complex, which is made up of a multiring base and a needle-like filament that extends several nanometers from the bacterial surface. The needle filament is capped at its distal end by another substructure known as the tip complex, which is crucial for the translocation of effector proteins through the eukaryotic cell plasma membrane. Here we report the cryo-EM structure of the Typhimurium needle tip complex docked onto the needle filament tip. Combined with a detailed analysis of structurally guided mutants, this study provides major insight into the assembly and function of this essential component of the type III secretion protein injection machine.
履歴
登録2021年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月10日-
マップ公開2021年11月10日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0435
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0435
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7rye
  • 表面レベル: 0.0435
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24735.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24735.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Needle filament-tip complex of the Salmonella type III secretion injectisome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.715 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0435 / ムービー #1: 0.0435
最小 - 最大-0.0940567 - 0.17814146
平均 (標準偏差)0.0005739318 (±0.0063521964)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 308.7 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.7151.7151.715
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z308.700308.700308.700
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ45440
NX/NY/NZ103105148
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0940.1780.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The needle complex with tip

全体名称: The needle complex with tip
要素
  • 複合体: The needle complex with tip
    • タンパク質・ペプチド: Protein PrgI
    • タンパク質・ペプチド: Cell invasion protein SipD

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超分子 #1: The needle complex with tip

超分子名称: The needle complex with tip / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: SL1344

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分子 #1: Protein PrgI

分子名称: Protein PrgI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 19 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
分子量理論値: 8.864868 KDa
配列文字列:
MATPWSGYLD DVSAKFDTGV DNLQTQVTEA LDKLAAKPSD PALLAAYQSK LSEYNLYRNA QSNTVKVFKD IDAAIIQNFR

UniProtKB: SPI-1 type 3 secretion system needle filament protein

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分子 #2: Cell invasion protein SipD

分子名称: Cell invasion protein SipD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
分子量理論値: 37.141148 KDa
配列文字列: MLNIQNYSAS PHPGIVAERP QTPSASEHVE TAVVPSTTEH RGTDIISLSQ AATKIHQAQQ TLQSTPPISE ENNDERTLAR QQLTSSLNA LAKSGVSLSA EQNENLRSAF SAPTSALFSA SPMAQPRTTI SDAEIWDMVS QNISAIGDSY LGVYENVVAV Y TDFYQAFS ...文字列:
MLNIQNYSAS PHPGIVAERP QTPSASEHVE TAVVPSTTEH RGTDIISLSQ AATKIHQAQQ TLQSTPPISE ENNDERTLAR QQLTSSLNA LAKSGVSLSA EQNENLRSAF SAPTSALFSA SPMAQPRTTI SDAEIWDMVS QNISAIGDSY LGVYENVVAV Y TDFYQAFS DILSKMGGWL LPGKDGNTVK LDVTSLKNDL NSLVNKYNQI NSNTVLFPAQ SGSGVKVATE AEARQWLSEL NL PNSCLKS YGSGYVVTVD LTPLQKMVQD IDGLGAPGKD SKLEMDNAKY QAWQSGFKAQ EENMKTTLQT LTQKYSNANS LYD NLVKVL SSTISSSLET AKSFLQG

UniProtKB: Cell invasion protein SipD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTris-HClTris Hydrochloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.03 kPa / 詳細: 25 mAmp
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

20046

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 27737
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 85
得られたモデル

PDB-7rye:
Cryo-EM structure of the needle filament-tip complex of the Salmonella type III secretion injectisome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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