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- EMDB-23904: RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23904
タイトルRNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1)
マップデータPIC1
試料
  • 複合体: RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1)
    • 複合体: Pol II + TFIIB
      • タンパク質・ペプチド: x 13種
    • 複合体: DNA+TBP+TFIIE+TFIIF
      • タンパク質・ペプチド: x 5種
      • DNA: x 2種
    • 複合体: TFIIH
      • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / positive regulation of mitotic recombination / TFIIH-class transcription factor complex binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding ...regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / positive regulation of mitotic recombination / TFIIH-class transcription factor complex binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIE complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA translocase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / regulation of transcription by RNA polymerase III / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / transcription factor TFIIF complex / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIH core complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / transcription factor TFIIH holo complex / 転写開始前複合体 / DNA binding, bending / DNA duplex unwinding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / poly(A)+ mRNA export from nucleus / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / 3'-5' DNA helicase activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / : / : / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA polymerase II complex binding / protein phosphatase activator activity / ATPase activator activity / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Dual incision in TC-NER / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III activity / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II activity / RNA polymerase II, core complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / translation initiation factor binding / TBP-class protein binding / DNA helicase activity / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / disordered domain specific binding / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / ヘリカーゼ / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / damaged DNA binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain ...: / Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / TFA2 Winged helix domain 2 / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Helicase-like, DEXD box c2 type / ATP-dependent helicase, C-terminal / DEAD2 / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / DEAD_2 / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / DEXDc2 / HELICc2 / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Transcription initiation factor IIF, beta subunit / TFIIF beta subunit, HTH domain / TFIIF, beta subunit, N-terminal / TFIIF, beta subunit HTH domain / TFIIF, beta subunit N-terminus / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) / Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA結合タンパク質 / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / TBP domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription initiation factor IIE subunit beta / RPB4 isoform 1 / TFA1 isoform 1 / RPC10 isoform 1 / TFG2 isoform 1 / RPB3 isoform 1 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 ...Transcription initiation factor IIE subunit beta / RPB4 isoform 1 / TFA1 isoform 1 / RPC10 isoform 1 / TFG2 isoform 1 / RPB3 isoform 1 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RPB11 isoform 1 / RPB10 isoform 1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 / DNA-directed RNA polymerase subunit / TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor IIB / Transcription initiation factor IIF subunit alpha / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Yang C / Fujiwara R / Kim HJ / Gorbea Colon JJ / Steimle S / Garcia BA / Murakami K
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM123233 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA196539 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG031862 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD023592 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Structural visualization of de novo transcription initiation by Saccharomyces cerevisiae RNA polymerase II.
著者: Chun Yang / Rina Fujiwara / Hee Jong Kim / Pratik Basnet / Yunye Zhu / Jose J Gorbea Colón / Stefan Steimle / Benjamin A Garcia / Craig D Kaplan / Kenji Murakami /
要旨: Previous structural studies of the initiation-elongation transition of RNA polymerase II (pol II) transcription have relied on the use of synthetic oligonucleotides, often artificially discontinuous ...Previous structural studies of the initiation-elongation transition of RNA polymerase II (pol II) transcription have relied on the use of synthetic oligonucleotides, often artificially discontinuous to capture pol II in the initiating state. Here, we report multiple structures of initiation complexes converted de novo from a 33-subunit yeast pre-initiation complex (PIC) through catalytic activities and subsequently stalled at different template positions. We determine that PICs in the initially transcribing complex (ITC) can synthesize a transcript of ∼26 nucleotides before transitioning to an elongation complex (EC) as determined by the loss of general transcription factors (GTFs). Unexpectedly, transition to an EC was greatly accelerated when an ITC encountered a downstream EC stalled at promoter proximal regions and resulted in a collided head-to-end dimeric EC complex. Our structural analysis reveals a dynamic state of TFIIH, the largest of GTFs, in PIC/ITC with distinct functional consequences at multiple steps on the pathway to elongation.
履歴
登録2021年4月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月2日-
マップ公開2022年2月2日-
更新2022年2月16日-
現状2022年2月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0164
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7ml0
  • 表面レベル: 0.0164
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23904.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23904.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 416.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PIC1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0164 / ムービー #1: 0.0164
最小 - 最大0.0 - 0.087269686
平均 (標準偏差)0.0003089125 (±0.0022727044)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-56-163-142
サイズ443515479
Spacing515443479
セルA: 545.89996 Å / B: 469.58 Å / C: 507.73996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z515443479
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z545.900469.580507.740
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-163-56-142
NC/NR/NS515443479
D min/max/mean0.0000.0870.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1)

全体名称: RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1)
要素
  • 複合体: RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1)
    • 複合体: Pol II + TFIIB
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunitポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3ポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4ポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1RNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7ポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3RNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9ポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5RNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11ポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4RNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIB
    • 複合体: DNA+TBP+TFIIE+TFIIF
      • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIF subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIF subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIE subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIE subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
      • DNA: template strand DNA
      • DNA: non-template strand DNA
    • 複合体: TFIIH
      • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunitポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4ポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
      • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1
      • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター

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超分子 #1: RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1)

超分子名称: RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#28
詳細: composite map assembled from 3 independently refined domains
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #2: Pol II + TFIIB

超分子名称: Pol II + TFIIB / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #3: DNA+TBP+TFIIE+TFIIF

超分子名称: DNA+TBP+TFIIE+TFIIF / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #14-#20
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #4: TFIIH

超分子名称: TFIIH / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #21-#28
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 191.821578 KDa
配列文字列: MVGQQYSSAP LRTVKEVQFG LFSPEEVRAI SVAKIRFPET MDETQTRAKI GGLNDPRLGS IDRNLKCQTC QEGMNECPGH FGHIDLAKP VFHVGFIAKI KKVCECVCMH CGKLLLDEHN ELMRQALAIK DSKKRFAAIW TLCKTKMVCE TDVPSEDDPT Q LVSRGGCG ...文字列:
MVGQQYSSAP LRTVKEVQFG LFSPEEVRAI SVAKIRFPET MDETQTRAKI GGLNDPRLGS IDRNLKCQTC QEGMNECPGH FGHIDLAKP VFHVGFIAKI KKVCECVCMH CGKLLLDEHN ELMRQALAIK DSKKRFAAIW TLCKTKMVCE TDVPSEDDPT Q LVSRGGCG NTQPTIRKDG LKLVGSWKKD RATGDADEPE LRVLSTEEIL NIFKHISVKD FTSLGFNEVF SRPEWMILTC LP VPPPPVR PSISFNESQR GEDDLTFKLA DILKANISLE TLEHNGAPHH AIEEAESLLQ FHVATYMDND IAGQPQALQK SGR PVKSIR ARLKGKEGRI RGNLMGKRVD FSARTVISGD PNLELDQVGV PKSIAKTLTY PEVVTPYNID RLTQLVRNGP NEHP GAKYV IRDSGDRIDL RYSKRAGDIQ LQYGWKVERH IMDNDPVLFN RQPSLHKMSM MAHRVKVIPY STFRLNLSVT SPYNA DFDG DEMNLHVPQS EETRAELSQL CAVPLQIVSP QSNKPCMGIV QDTLCGIRKL TLRDTFIELD QVLNMLYWVP DWDGVI PTP AIIKPKPLWS GKQILSVAIP NGIHLQRFDE GTTLLSPKDN GMLIIDGQII FGVVEKKTVG SSNGGLIHVV TREKGPQ VC AKLFGNIQKV VNFWLLHNGF STGIGDTIAD GPTMREITET IAEAKKKVLD VTKEAQANLL TAKHGMTLRE SFEDNVVR F LNEARDKAGR LAEVNLKDLN NVKQMVMAGS KGSFINIAQM SACVGQQSVE GKRIAFGFVD RTLPHFSKDD YSPESKGFV ENSYLRGLTP QEFFFHAMGG REGLIDTAVK TAETGYIQRR LVKALEDIMV HYDNTTRNSL GNVIQFIYGE DGMDAAHIEK QSLDTIGGS DAAFEKRYRV DLLNTDHTLD PSLLESGSEI LGDLKLQVLL DEEYKQLVKD RKFLREVFVD GEANWPLPVN I RRIIQNAQ QTFHIDHTKP SDLTIKDIVL GVKDLQENLL VLRGKNEIIQ NAQRDAVTLF CCLLRSRLAT RRVLQEYRLT KQ AFDWVLS NIEAQFLRSV VHPGEMVGVL AAQSIGEPAT QMTLNTFHFA GVASKKVTSG VPRLKEILNV AKNMKTPSLT VYL EPGHAA DQEQAKLIRS AIEHTTLKSV TIASEIYYDP DPRSTVIPED EEIIQLHFSL LDEEAEQSFD QQSPWLLRLE LDRA AMNDK DLTMGQVGER IKQTFKNDLF VIWSEDNDEK LIIRCRVVRP KSLDAETEAE EDHMLKKIEN TMLENITLRG VENIE RVVM MKYDRKVPSP TGEYVKEPEW VLETDGVNLS EVMTVPGIDP TRIYTNSFID IMEVLGIEAG RAALYKEVYN VIASDG SYV NYRHMALLVD VMTTQGGLTS VTRHGFNRSN TGALMRCSFE ETVEILFEAG ASAELDDCRG VSENVILGQM APIGTGA FD VMIDEESLVK YMPEQKITEI EDGQDGGVTP YSNESGLVNA DLDVKDELMF SPLVDSGSND AMAGGFTAYG GADYGEAT S PFGAYGEAPT SPGFGVSSPG FSPTSPTYSP TSPAYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPA YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSY SPTSPNYSPT SPSYSPTSPG YSPGSPAYSP KQDEQKHNEN ENSR

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 138.937297 KDa
配列文字列: MSDLANSEKY YDEDPYGFED ESAPITAEDS WAVISAFFRE KGLVSQQLDS FNQFVDYTLQ DIICEDSTLI LEQLAQHTTE SDNISRKYE ISFGKIYVTK PMVNESDGVT HALYPQEARL RNLTYSSGLF VDVKKRTYEA IDVPGRELKY ELIAEESEDD S ESGKVFIG ...文字列:
MSDLANSEKY YDEDPYGFED ESAPITAEDS WAVISAFFRE KGLVSQQLDS FNQFVDYTLQ DIICEDSTLI LEQLAQHTTE SDNISRKYE ISFGKIYVTK PMVNESDGVT HALYPQEARL RNLTYSSGLF VDVKKRTYEA IDVPGRELKY ELIAEESEDD S ESGKVFIG RLPIMLRSKN CYLSEATESD LYKLKECPFD MGGYFIINGS EKVLIAQERS AGNIVQVFKK AAPSPISHVA EI RSALEKG SRFISTLQVK LYGREGSSAR TIKATLPYIK QDIPIVIIFR ALGIIPDGEI LEHICYDVND WQMLEMLKPC VED GFVIQD RETALDFIGR RGTALGIKKE KRIQYAKDIL QKEFLPHITQ LEGFESRKAF FLGYMINRLL LCALDRKDQD DRDH FGKKR LDLAGPLLAQ LFKTLFKKLT KDIFRYMQRT VEEAHDFNMK LAINAKTITS GLKYALATGN WGEQKKAMSS RAGVS QVLN RYTYSSTLSH LRRTNTPIGR DGKLAKPRQL HNTHWGLVCP AETPEGQACG LVKNLSLMSC ISVGTDPMPI ITFLSE WGM EPLEDYVPHQ SPDATRVFVN GVWHGVHRNP ARLMETLRTL RRKGDINPEV SMIRDIREKE LKIFTDAGRV YRPLFIV ED DESLGHKELK VRKGHIAKLM ATEYQDIEGG FEDVEEYTWS SLLNEGLVEY IDAEEEESIL IAMQPEDLEP AEANEEND L DVDPAKRIRV SHHATTFTHC EIHPSMILGV AASIIPFPDH NQSPRNTYQS AMGKQAMGVF LTNYNVRMDT MANILYYPQ KPLGTTRAME YLKFRELPAG QNAIVAIACY SGYNQEDSMI MNQSSIDRGL FRSLFFRSYM DQEKKYGMSI TETFEKPQRT NTLRMKHGT YDKLDDDGLI APGVRVSGED VIIGKTTPIS PDEEELGQRT AYHSKRDAST PLRSTENGIV DQVLVTTNQD G LKFVKVRV RTTKIPQIGD KFASRHGQKG TIGITYRRED MPFTAEGIVP DLIINPHAIP SRMTVAHLIE CLLSKVAALS GN EGDASPF TDITVEGISK LLREHGYQSR GFEVMYNGHT GKKLMAQIFF GPTYYQRLRH MVDDKIHARA RGPMQVLTRQ PVE GRSRDG GLRFGEMERD CMIAHGAASF LKERLMEASD AFRVHICGIC GLMTVIAKLN HNQFECKGCD NKIDIYQIHI PYAA KLLFQ ELMAMNITPR LYTDRSRDF

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 35.330457 KDa
配列文字列: MSEEGPQVKI REASKDNVDF ILSNVDLAMA NSLRRVMIAE IPTLAIDSVE VETNTTVLAD EFIAHRLGLI PLQSMDIEQL EYSRDCFCE DHCDKCSVVL TLQAFGESES TTNVYSKDLV IVSNLMGRNI GHPIIQDKEG NGVLICKLRK GQELKLTCVA K KGIAKEHA ...文字列:
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+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 25.451191 KDa
配列文字列: MNVSTSTFQT RRRRLKKVEE EENAATLQLG QEFQLKQINH QGEEEELIAL NLSEARLVIK EALVERRRAF KRSQKKHKKK HLKHENAND ETTAVEDEDD DLDEDDVNAD DDDFMHSETR EKELESIDVL LEQTTGGNNK DLKNTMQYLT NFSRFRDQET V GAVIQLLK ...文字列:
MNVSTSTFQT RRRRLKKVEE EENAATLQLG QEFQLKQINH QGEEEELIAL NLSEARLVIK EALVERRRAF KRSQKKHKKK HLKHENAND ETTAVEDEDD DLDEDDVNAD DDDFMHSETR EKELESIDVL LEQTTGGNNK DLKNTMQYLT NFSRFRDQET V GAVIQLLK STGLHPFEVA QLGSLACDTA DEAKTLIPSL NNKISDDELE RILKELSNLE TLY

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分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 25.117094 KDa
配列文字列: MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESIS KFPDMGSLWV EFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS AMKLVPSIPP ATIETFNEAA LVVNITHHEL VPKHIRLSSD E KRELLKRY ...文字列:
MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESIS KFPDMGSLWV EFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS AMKLVPSIPP ATIETFNEAA LVVNITHHEL VPKHIRLSSD E KRELLKRY RLKESQLPRI QRADPVALYL GLKRGEVVKI IRKSETSGRY ASYRICM

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 17.931834 KDa
配列文字列:
MSDYEEAFND GNENFEDFDV EHFSDEETYE EKPQFKDGET TDANGKTIVT GGNGPEDFQQ HEQIRRKTLK EKAIPKDQRA TTPYMTKYE RARILGTRAL QISMNAPVFV DLEGETDPLR IAMKELAEKK IPLVIRRYLP DGSFEDWSVE ELIVDL

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 19.081053 KDa
配列文字列:
MFFIKDLSLN ITLHPSFFGP RMKQYLKTKL LEEVEGSCTG KFGYILCVLD YDNIDIQRGR ILPTDGSAEF NVKYRAVVFK PFKGEVVDG TVVSCSQHGF EVQVGPMKVF VTKHLMPQDL TFNAGSNPPS YQSSEDVITI KSRIRVKIEG CISQVSSIHA I GSIKEDYL GAI

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 16.525363 KDa
配列文字列:
MSNTLFDDIF QVSEVDPGRY NKVCRIEAAS TTQDQCKLTL DINVELFPVA AQDSLTVTIA SSLNLEDTPA NDSSATRSWR PPQAGDRSL ADDYDYVMYG TAYKFEEVSK DLIAVYYSFG GLLMRLEGNY RNLNNLKQEN AYLLIRR

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 14.308161 KDa
配列文字列:
MTTFRFCRDC NNMLYPREDK ENNRLLFECR TCSYVEEAGS PLVYRHELIT NIGETAGVVQ DIGSDPTLPR SDRECPKCHS RENVFFQSQ QRRKDTSMVL FFVCLSCSHI FTSDQKNKRT QFS

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 8.290732 KDa
配列文字列:
MIVPVRCFSC GKVVGDKWES YLNLLQEDEL DEGTALSRLG LKRYCCRRMI LTHVDLIEKF LRYNPLEKRD

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 13.633493 KDa
配列文字列:
MNAPDRFELF LLGEGESKLK IDPDTKAPNA VVITFEKEDH TLGNLIRAEL LNDRKVLFAA YKVEHPFFAR FKLRIQTTEG YDPKDALKN ACNSIINKLG ALKTNFETEW NLQTLAADDA F

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 7.729969 KDa
配列文字列:
MSREGFQIPT NLDAAAAGTS QARTATLKYI CAECSSKLSL SRTDAVRCKD CGHRILLKAR TKRLVQFEAR

+
分子 #13: Transcription initiation factor IIB

分子名称: Transcription initiation factor IIB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 38.25734 KDa
配列文字列: MMTRESIDKR AGRRGPNLNI VLTCPECKVY PPKIVERFSE GDVVCALCGL VLSDKLVDTR SEWRTFSNDD HNGDDPSRVG EASNPLLDG NNLSTRIGKG ETTDMRFTKE LNKAQGKNVM DKKDNEVQAA FAKITMLCDA AELPKIVKDC AKEAYKLCHD E KTLKGKSM ...文字列:
MMTRESIDKR AGRRGPNLNI VLTCPECKVY PPKIVERFSE GDVVCALCGL VLSDKLVDTR SEWRTFSNDD HNGDDPSRVG EASNPLLDG NNLSTRIGKG ETTDMRFTKE LNKAQGKNVM DKKDNEVQAA FAKITMLCDA AELPKIVKDC AKEAYKLCHD E KTLKGKSM ESIMAASILI GCRRAEVART FKEIQSLIHV KTKEFGKTLN IMKNILRGKS EDGFLKIDTD NMSGAQNLTY IP RFCSHLG LPMQVTTSAE YTAKKCKEIK EIAGKSPITI AVVSIYLNIL LFQIPITAAK VGQTLQVTEG TIKSGYKILY EHR DKLVDP QLIANGVVSL DNLPGVEKK

+
分子 #14: Transcription initiation factor IIF subunit alpha

分子名称: Transcription initiation factor IIF subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 82.32057 KDa
配列文字列: MSRRNPPGSR NGGGPTNASP FIKRDRMRRN FLRMRMGQNG SNSSSPGVPN GDNSRGSLVK KDDPEYAEER EKMLLQIGVE ADAGRSNVK VKDEDPNEYN EFPLRAIPKE DLENMRTHLL KFQSKKKINP VTDFHLPVRL HRKDTRNLQF QLTRAEIVQR Q KEISEYKK ...文字列:
MSRRNPPGSR NGGGPTNASP FIKRDRMRRN FLRMRMGQNG SNSSSPGVPN GDNSRGSLVK KDDPEYAEER EKMLLQIGVE ADAGRSNVK VKDEDPNEYN EFPLRAIPKE DLENMRTHLL KFQSKKKINP VTDFHLPVRL HRKDTRNLQF QLTRAEIVQR Q KEISEYKK KAEQERSTPN SGGMNKSGTV SLNNTVKDGS QTPTVDSVTK DNTANGVNSS IPTVTGSSVP PASPTTVSAV ES NGLSNGS TSAANGLDGN ASTANLANGR PLVTKLEDAG PAEDPTKVGM VKYDGKEVTN EPEFEEGTMD PLADVAPDGG GRA KRGNLR RKTRQLKVLD ENAKKLRFEE FYPWVMEDFD GYNTWVGSYE AGNSDSYVLL SVEDDGSFTM IPADKVYKFT ARNK YATLT IDEAEKRMDK KSGEVPRWLM KHLDNIGTTT TRYDRTRRKL KAVADQQAMD EDDRDDNSEV ELDYDEEFAD DEEAP IIDG NEQENKESEQ RIKKEMLQAN AMGLRDEEAP SENEEDELFG EKKIDEDGER IKKALQKTEL AALYSSDENE INPYLS ESD IENKENESPV KKEEDSDTLS KSKRSSPKKQ QKKATNAHVH KEPTLRVKSI KNCVIILKGD KKILKSFPEG EWNPQTT KA VDSSNNASNT VPSPIKQEEG LNSTVAEREE TPAPTITEKD IIEAIGDGKV NIKEFGKFIR RKYPGAENKK LMFAIVKK L CRKVGNDHME LKKE

+
分子 #15: Transcription initiation factor IIF subunit beta

分子名称: Transcription initiation factor IIF subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 46.684492 KDa
配列文字列: MSSGSAGAPA LSNNSTNSVA KEKSGNISGD EYLSQEEEVF DGNDIENNET KVYEESLDLD LERSNRQVWL VRLPMFLAEK WRDRNNLHG QELGKIRINK DGSKITLLLN ENDNDSIPHE YDLELTKKVV ENEYVFTEQN LKKYQQRKKE LEADPEKQRQ A YLKKQERE ...文字列:
MSSGSAGAPA LSNNSTNSVA KEKSGNISGD EYLSQEEEVF DGNDIENNET KVYEESLDLD LERSNRQVWL VRLPMFLAEK WRDRNNLHG QELGKIRINK DGSKITLLLN ENDNDSIPHE YDLELTKKVV ENEYVFTEQN LKKYQQRKKE LEADPEKQRQ A YLKKQERE EELKKKQQQQ KRRNNRKKFN HRVMTDRDGR DRYIPYVKTI PKKTAIVGTV CHECQVMPSM NDPNYHKIVE QR RNIVKLN NKERITTLDE TVGVTMSHTG MSMRSDNSNF LKVGREKAKS NIKSIRMPKK EILDYLFKLF DEYDYWSLKG LKE RTRQPE AHLKECLDKV ATLVKKGPYA FKYTLRPEYK KLKEEERKAT LGELADEQTG SAGDNAQGDA EADLEDEIEM EDVV

+
分子 #16: Transcription initiation factor IIE subunit alpha

分子名称: Transcription initiation factor IIE subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 54.804809 KDa
配列文字列: MDRPIDDIVK NLLKFVVRGF YGGSFVLVLD AILFHSVLAE DDLKQLLSIN KTELGPLIAR LRSDRLISIH KQREYPPNSK SVERVYYYV KYPHAIDAIK WKVHQVVQRL KDDLDKNSEP NGYMCPICLT KYTQLEAVQL LNFDRTEFLC SLCDEPLVED D SGKKNKEK ...文字列:
MDRPIDDIVK NLLKFVVRGF YGGSFVLVLD AILFHSVLAE DDLKQLLSIN KTELGPLIAR LRSDRLISIH KQREYPPNSK SVERVYYYV KYPHAIDAIK WKVHQVVQRL KDDLDKNSEP NGYMCPICLT KYTQLEAVQL LNFDRTEFLC SLCDEPLVED D SGKKNKEK QDKLNRLMDQ IQPIIDSLKK IDDSRIEENT FEIALARLIP PQNQSHAAYT YNPKKGSTMF RPGDSAPLPN LM GTALGND SSRRAGANSQ ATLHINITTA SDEVAQRELQ ERQAEEKRKQ NAVPEWHKQS TIGKTALGRL DNEEEFDPVV TAS AMDSIN PDNEPAQETS YQNNRTLTEQ EMEERENEKT LNDYYAALAK KQAKLNKEEE EEEEEEEDEE EEEEEEMEDV MDDN DETAR ENALEDEFED VTDTAGTAKT ESNTSNDVKQ ESINDKTEDA VNATATASGP SANAKPNDGD DDDDDDDDEM DIEFE DV

+
分子 #17: Transcription initiation factor IIE subunit beta

分子名称: Transcription initiation factor IIE subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 37.050434 KDa
配列文字列: MSKNRDPLLA NLNAFKSKVK SAPVIAPAKV GQKKTNDTVI TIDGNTRKRT ASERAQENTL NSAKNPVLVD IKKEAGSNSS NAISLDDDD DDEDFGSSPS KKVRPGSIAA AALQANQTDI SKSHDSSKLL WATEYIQKKG KPVLVNELLD YLSMKKDDKV I ELLKKLDR ...文字列:
MSKNRDPLLA NLNAFKSKVK SAPVIAPAKV GQKKTNDTVI TIDGNTRKRT ASERAQENTL NSAKNPVLVD IKKEAGSNSS NAISLDDDD DDEDFGSSPS KKVRPGSIAA AALQANQTDI SKSHDSSKLL WATEYIQKKG KPVLVNELLD YLSMKKDDKV I ELLKKLDR IEFDPKKGTF KYLSTYDVHS PSELLKLLRS QVTFKGISCK DLKDGWPQCD ETINQLEEDS KILVLRTKKD KT PRYVWYN SGGNLKCIDE EFVKMWENVQ LPQFAELPRK LQDLGLKPAS VDPATIKRQT KRVEVKKKRQ RKGKITNTHM TGI LKDYSH RV

+
分子 #18: TATA-box-binding protein

分子名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 27.042275 KDa
配列文字列: MADEERLKEF KEANKIVFDP NTRQVWENQN RDGTKPATTF QSEEDIKRAA PESEKDTSAT SGIVPTLQNI VATVTLGCRL DLKTVALHA RNAEYNPKRF AAVIMRIREP KTTALIFASG KMVVTGAKSE DDSKLASRKY ARIIQKIGFA AKFTDFKIQN I VGSCDVKF ...文字列:
MADEERLKEF KEANKIVFDP NTRQVWENQN RDGTKPATTF QSEEDIKRAA PESEKDTSAT SGIVPTLQNI VATVTLGCRL DLKTVALHA RNAEYNPKRF AAVIMRIREP KTTALIFASG KMVVTGAKSE DDSKLASRKY ARIIQKIGFA AKFTDFKIQN I VGSCDVKF PIRLEGLAFS HGTFSSYEPE LFPGLIYRMV KPKIVLLIFV SGKIVLTGAK QREEIYQAFE AIYPVLSEFR KM

+
分子 #21: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 89.899047 KDa
配列文字列: MKFYIDDLPV LFPYPKIYPE QYNYMCDIKK TLDVGGNSIL EMPSGTGKTV SLLSLTIAYQ MHYPEHRKII YCSRTMSEIE KALVELENL MDYRTKELGY QEDFRGLGLT SRKNLCLHPE VSKERKGTVV DEKCRRMTNG QAKRKLEEDP EANVELCEYH E NLYNIEVE ...文字列:
MKFYIDDLPV LFPYPKIYPE QYNYMCDIKK TLDVGGNSIL EMPSGTGKTV SLLSLTIAYQ MHYPEHRKII YCSRTMSEIE KALVELENL MDYRTKELGY QEDFRGLGLT SRKNLCLHPE VSKERKGTVV DEKCRRMTNG QAKRKLEEDP EANVELCEYH E NLYNIEVE DYLPKGVFSF EKLLKYCEEK TLCPYFIVRR MISLCNIIIY SYHYLLDPKI AERVSNEVSK DSIVIFDEAH NI DNVCIES LSLDLTTDAL RRATRGANAL DERISEVRKV DSQKLQDEYE KLVQGLHSAD ILTDQEEPFV ETPVLPQDLL TEA IPGNIR RAEHFVSFLK RLIEYLKTRM KVLHVISETP KSFLQHLKQL TFIERKPLRF CSERLSLLVR TLEVTEVEDF TALK DIATF ATLISTYEEG FLLIIEPYEI ENAAVPNPIM RFTCLDASIA IKPVFERFSS VIITSGTISP LDMYPRMLNF KTVLQ KSYA MTLAKKSFLP MIITKGSDQV AISSRFEIRN DPSIVRNYGS MLVEFAKITP DGMVVFFPSY LYMESIVSMW QTMGIL DEV WKHKLILVET PDAQETSLAL ETYRKACSNG RGAILLSVAR GKVSEGIDFD HQYGRTVLMI GIPFQYTESR ILKARLE FM RENYRIREND FLSFDAMRHA AQCLGRVLRG KDDYGVMVLA DRRFSRKRSQ LPKWIAQGLS DADLNLSTDM AISNTKQF L RTMAQPTDPK DQEGVSVWSY EDLIKHQNSR KDQGGFIENE NKEGEQDEDE DEDIEMQ

+
分子 #22: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 58.551285 KDa
配列文字列: MSHSGAAIFE KVSGIIAINE DVSPAELTWR STDGDKVHTV VLSTIDKLQA TPASSEKMML RLIGKVDESK KRKDNEGNEV VPKPQRHMF SFNNRTVMDN IKMTLQQIIS RYKDADIYEE KRRREESAQH TETPMSSSSV TAGTPTPHLD TPQLNNGAPL I NTAKLDDS ...文字列:
MSHSGAAIFE KVSGIIAINE DVSPAELTWR STDGDKVHTV VLSTIDKLQA TPASSEKMML RLIGKVDESK KRKDNEGNEV VPKPQRHMF SFNNRTVMDN IKMTLQQIIS RYKDADIYEE KRRREESAQH TETPMSSSSV TAGTPTPHLD TPQLNNGAPL I NTAKLDDS LSKEKLLTNL KLQQSLLKGN KVLMKVFQET VINAGLPPSE FWSTRIPLLR (UNK)FAL(UNK)(UNK)SQK (UNK)GP(UNK)(UNK)V(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)P(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)NLSREKI LNIFENYPIV KKAYTDNVPK NFKEPEFWAR FFSSKLFRKL (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)L (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)F(UNK)(UNK)K (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)LLHPVK KII(UNK)LDGNIQ DDP VVRG(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)VDIL KGMNRLSEKM IM(UNK)LK(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)RV IT(UNK)IKINAKQ A(UNK)H(UNK)(UNK)(UNK)EVKS TLPIDLLE S CRMLHTTCCE FLKHFAIH(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)QKQASTVK KLYNHLKDCI EKLNELFQDV LNGDGESMSN TCT AYLKPV LNSITLATHK YDEYFNEYNN NSN

+
分子 #23: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 37.430348 KDa
配列文字列: MDAISDPTFK HARSRKQVTE ESPSLLTVII EIAPKLWTTF DEEGNEKGSI IKVLEALIVF LNAHLAFNSA NKVAVIAAYS QGIKYLYPE STSALKASES ENKTRSDLKI INS(UNK)(UNK)YRRFR NVDETLVEEI YKLFELEKKQ IEQNSQRSTL AGA MSAGLT ...文字列:
MDAISDPTFK HARSRKQVTE ESPSLLTVII EIAPKLWTTF DEEGNEKGSI IKVLEALIVF LNAHLAFNSA NKVAVIAAYS QGIKYLYPE STSALKASES ENKTRSDLKI INS(UNK)(UNK)YRRFR NVDETLVEEI YKLFELEKKQ IEQNSQRSTL AGA MSAGLT YVNRISKESV TTSLKSRLLV LTCGSGSSKD EIFQYIPIMN CIFSATKMKC PIDVVKIGGS KESTFLQQTT DATN GVYLH VESTEGLIQY LATAMFIDPS LRPIIVKPNH GSVDFRTSCY LTGRVVAVGF ICSVCLCVLS IIPPGNKCPA CDSQF DEHV IAKLKRKPVV PRLKAKKKVT KP

+
分子 #24: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 52.024664 KDa
配列文字列: MAPVVISESE EDEDRVAITR RTKRQVHFDG EGDDRVDQQQ QQHSSSHRDR DKHVQRKKKK RLSNRNLQGS NGGYAWEDEI KRSWDLVKV DDEGDMASLV ASIVEARKKR TAKKNITPYQ RGIIRSLILT LDCSEAMLEK DLRPNRHAMI IQYAIDFVHE F FDQNPISQ ...文字列:
MAPVVISESE EDEDRVAITR RTKRQVHFDG EGDDRVDQQQ QQHSSSHRDR DKHVQRKKKK RLSNRNLQGS NGGYAWEDEI KRSWDLVKV DDEGDMASLV ASIVEARKKR TAKKNITPYQ RGIIRSLILT LDCSEAMLEK DLRPNRHAMI IQYAIDFVHE F FDQNPISQ MGIIIMRNGL AQLVSQVSGN PQDHIDALKS IRKQEPKGNP SLQNALEMAR GLLLPVPAHC TREVLIVFGS LS TTDPGDI HQTIDSLVSE KIRVKVLGLS AQVAICKELC KATNYGDESF YKILLDETHL KELFNEAVTP LPVNKINKGF TLV KMGFPT RIFEDTPTFC SCHSKLVYGG YFCPNCHSKV CSLPTVCPCC DLMLILSTHL ARSYHHLMPL KTFAEVPTTE KFRS EDCFS CQSRFP(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)S RYR CEDCKQ EFCVDCDVFI HEILHNCPGC ESKPVIT

+
分子 #25: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2

分子名称: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 58.602312 KDa
配列文字列: MSDYSLKHSV TQYLEEIPQQ VQNRLYTSPA TCLAIYRILP PLAKFFIMAM VFNENEVPLL DLDKWVNSNG KLQFQNAIKS MKSLHLLIP NKSSGTLMIN LNPTFKISLR NALTGGEVQN SFGVVVEENV VSLDLLDEYS ANKWETILHF MVGTPLAKIP S EKVLNLLK ...文字列:
MSDYSLKHSV TQYLEEIPQQ VQNRLYTSPA TCLAIYRILP PLAKFFIMAM VFNENEVPLL DLDKWVNSNG KLQFQNAIKS MKSLHLLIP NKSSGTLMIN LNPTFKISLR NALTGGEVQN SFGVVVEENV VSLDLLDEYS ANKWETILHF MVGTPLAKIP S EKVLNLLK HSKLMEEVNS TGEFKITNEG FQFLLQEINS QLWTLLLQYL KMIETSKMDL VDVLHFIFML GALEVGKAYK ID ALSETQR IMLQDMRDYG LVFQKHSNDS IFYPTKLALM LTSDTKTIRS ASNAMDSVLR QNREEPSVNE DGANGKSTTD ITT SDDLNK AGLKNQDIPD GSLIVETNFK IYSYSNSPLQ IAVLSLFVHL KARFVNMVLG QITRESIRRA LTNGITADQI IAYL ETHAH PQMRRLAEEK LEKKLELDPN CKEPLQVLPP TVVDQIRLWQ LELDRVITYE GSLYSDFETS QEYNLLSKYA QDIGV LLWK DDKKKKFFIS KEGNSQVLDF AKRKLKKKQ

+
分子 #26: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 8.24349 KDa
配列文字列:
MARARKGALV QCDPSIKALI LQIDAKMSDI VLEELDDTHL LVNPSKVEFV KHELNRLLSK NIYNPMDEEE NQ

+
分子 #27: BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1

分子名称: BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 38.188438 KDa
配列文字列: MLMDEYEENK DMCPICKTDR YLSPDVKFLV NPECYHRICE SCVDRIFSLG PAQCPYKGCD KILRKNKFKT QIFDDVEVEK EVDIRKRVF NVFNKTIDDF NGDLVEYNKY LEEVEDIIYK LDHGIDVAKT EEKLRTYEEL NKQLIMNNLE RSRTEIESFE Q RQKFEKEM ...文字列:
MLMDEYEENK DMCPICKTDR YLSPDVKFLV NPECYHRICE SCVDRIFSLG PAQCPYKGCD KILRKNKFKT QIFDDVEVEK EVDIRKRVF NVFNKTIDDF NGDLVEYNKY LEEVEDIIYK LDHGIDVAKT EEKLRTYEEL NKQLIMNNLE RSRTEIESFE Q RQKFEKEM KLKKRLLERQ IEEEERMNKE WTKKEIVNRL STTTQDINET IEGVKNTVKL KKSSARRKLE ELNRVLKNNP YF NSNVNVQ NSRLKDAVPF TPFNGDREAH PRFTLKGSVY NDPFIKDLEH RKEFIASGFN TNYAYERVLT EAFMGLGCVI SEE L

+
分子 #28: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 95.461664 KDa
配列文字列: MTDVEGYQPK SKGKIFPDMG ESFFSSDEDS PATDAEIDEN YDDNRETSEG RGERDTGAMV TGLKKPRKKT KSSRHTAADS SMNQMDAKD KALLQDTNSD IPADFVPDSV SGMFRSHDFS YLRLRPDHAS RPLWISPSDG RIILESFSPL AEQAQDFLVT I AEPISRPS ...文字列:
MTDVEGYQPK SKGKIFPDMG ESFFSSDEDS PATDAEIDEN YDDNRETSEG RGERDTGAMV TGLKKPRKKT KSSRHTAADS SMNQMDAKD KALLQDTNSD IPADFVPDSV SGMFRSHDFS YLRLRPDHAS RPLWISPSDG RIILESFSPL AEQAQDFLVT I AEPISRPS HIHEYKITAY SLYAAVSVGL ETDDIISVLD RLSKVPVAES IINFIKGATI SYGKVKLVIK HNRYFVETTQ AD ILQMLLN DSVIGPLRID SDHQVQPPED VLQQQLQQTA GKPATNVNPN DVEAVFSAVI GGDNEREEED DDIDAVHSFE IAN ESVEVV KKRCQEIDYP VLEEYDFRND HRNPDLDIDL KPSTQIRPYQ EKSLSKMFGN GRARSGIIVL PCGAGKTLVG ITAA CTIKK SVIVLCTSSV SVMQWRQQFL QWCTLQPENC AVFTSDNKEM FQTESGLVVS TYSMVANTRN RSHDSQKVMD FLTGR EWGF IILDEVHVVP AAMFRRVVST IAAHAKLGLT ATLVREDDKI GDLNFLIGPK LYEANWMELS QKGHIANVQC AEVWCP MTA EFYQEYLRET ARKRMLLYIM NPTKFQACQF LIQYHERRGD KIIVFSDNVY ALQEYALKMG KPFIYGSTPQ QERMNIL QN FQYNDQINTI FLSKVGDTSI DLPEATCLIQ ISSHYGSRRQ EAQRLGRILR AKRRNDEGFN AFFYSLVSKD TQEMYYST K RQAFLVDQGY AFKVITHLHG MENIPNLAYA SPRERRELLQ EVLLKNEEAA GIEVGDDADN SVGRGSNGHK RFKSKAVRG EGSLSGLAGG EDMAYMEYST NKNKELKEHH PLIRKMYYKN LKK

+
分子 #19: template strand DNA

分子名称: template strand DNA / タイプ: dna / ID: 19 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 20.240033 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC) (DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG) (DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA) (DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC) (DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG) (DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA) (DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT) (DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)

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分子 #20: non-template strand DNA

分子名称: non-template strand DNA / タイプ: dna / ID: 20 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 20.436189 KDa
配列文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC) ...文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT) (DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT) (DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)

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分子 #29: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 17 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #30: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #31: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: Final map is a composite of 3 separately refined domains.
使用した粒子像数: 137466
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5oqj

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7ml0:
RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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