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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23710 | |||||||||
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タイトル | 6-Deoxyerythronolide B synthase (DEBS) hybrid module (M3/1) in complex with antibody fragment 1B2 | |||||||||
![]() | M3-1TE | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() 6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / macrolide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity ...6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / macrolide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Cogan DP / Zhang K / Chiu W / Khosla C | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mapping the catalytic conformations of an assembly-line polyketide synthase module. 著者: Dillon P Cogan / Kaiming Zhang / Xiuyuan Li / Shanshan Li / Grigore D Pintilie / Soung-Hun Roh / Charles S Craik / Wah Chiu / Chaitan Khosla / ![]() ![]() ![]() 要旨: Assembly-line polyketide synthases, such as the 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS), are large enzyme factories prized for their ability to produce specific and complex polyketide products. By ...Assembly-line polyketide synthases, such as the 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS), are large enzyme factories prized for their ability to produce specific and complex polyketide products. By channeling protein-tethered substrates across multiple active sites in a defined linear sequence, these enzymes facilitate programmed small-molecule syntheses that could theoretically be harnessed to access countless polyketide product structures. Using cryogenic electron microscopy to study DEBS module 1, we present a structural model describing this substrate-channeling phenomenon. Our 3.2- to 4.3-angstrom-resolution structures of the intact module reveal key domain-domain interfaces and highlight an unexpected module asymmetry. We also present the structure of a product-bound module that shines light on a recently described “turnstile” mechanism for transient gating of active sites along the assembly line. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 136.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 122 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 408.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 408.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | M3-1TE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Complex between DEBS M3/1TE and antibody fragment 1B2
全体 | 名称: Complex between DEBS M3/1TE and antibody fragment 1B2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex between DEBS M3/1TE and antibody fragment 1B2
超分子 | 名称: Complex between DEBS M3/1TE and antibody fragment 1B2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 430 KDa |
-分子 #1: 6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4,EryAI,6-de...
分子 | 名称: 6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4,EryAI,6-deoxyerythronolide-B synthase EryA3, modules 5 and 6 chimera タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 6-deoxyerythronolide-B synthase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 187.835422 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASTDSEKVA EYLRRATLDL RAARQRIREL ESDPIAIVSM ACRLPGGVNT PQRLWELLRE GGETLSGFPT DRGWDLARLH HPDPDNPGT SYVDKGGFLD DAAGFDAEFF GVSPREAAAM DPQQRLLLET SWELVENAGI DPHSLRGTAT GVFLGVAKFG Y GEDTAAAE ...文字列: MASTDSEKVA EYLRRATLDL RAARQRIREL ESDPIAIVSM ACRLPGGVNT PQRLWELLRE GGETLSGFPT DRGWDLARLH HPDPDNPGT SYVDKGGFLD DAAGFDAEFF GVSPREAAAM DPQQRLLLET SWELVENAGI DPHSLRGTAT GVFLGVAKFG Y GEDTAAAE DVEGYSVTGV APAVASGRIS YTMGLEGPSI SVDTACSSSL VALHLAVESL RKGESSMAVV GGAAVMATPG VF VDFSRQR ALAADGRSKA FGAGADGFGF SEGVTLVLLE RLSEARRNGH EVLAVVRGSA LNQDGASNGL SAPSGPAQRR VIR QALESC GLEPGDVDAV EAHGTGTALG DPIEANALLD TYGRDRDADR PLWLGSVKSN IGHTQAAAGV TGLLKVVLAL RNGE LPATL HVEEPTPHVD WSSGGVALLA GNQPWRRGER TRRARVSAFG ISGTNAHVIV EEAPEREHRE TTAHDGRPVP LVVSA RTTA ALRAQAAQIA ELLERPDADL AGVGLGLATT RARHEHRAAV VASTREEAVR GLREIAAGAA TADAVVEGVT EVDGRN VVF LFPGQGSQWA GMGAELLSSS PVFAGKIRAC DESMAPMQDW KVSDVLRQAP GAPGLDRVDV VQPVLFAVMV SLAELWR SY GVEPAAVVGH SQGEIAAAHV AGALTLEDAA KLVVGRSRLM RSLSGEGGMA AVALGEAAVR ERLRPWQDRL SVAAVNGP R SVVVSGEPGA LRAFSEDCAA EGIRVRDIDV DYASHSPQIE RVREELLETT GDIAPRPARV TFHSTVESRS MDGTELDAR YWYRNLRETV RFADAVTRLA ESGYDAFIEV SPHPVVVQAV EEAVEEADGA EDAVVVGSLH RDGGDLSAFL RSMATAHVSG VDIRWDVAL PGAAPFALPT YPFQRKRYWL QPAAPAAASD ELAYRIEWRP TGAGEPARLD GTWLVAKYAG TADETSTAAR E ALESAGAR VRELVVDARC GRDELAERLR SVGEVAGVLS LLAVDEAEPE EAPLALASLA DTLSLVQAMV SAELGCPLWT VT ESAVATG PFERVRNAAH GALWGVGRVI ALENPAVWGG LVDVPAGSVA ELARHLAAVV SGGAGEDQLA LRADGVYGRR WVR AAAPAT DDEWKPTGTV LVTGGTGGVG GQIARWLARR GAPHLLLVSR SGPDADGAGE LVAELEALGA RTTVAACDVT DRES VRELL GGIGDDVPLS AVFHAAATLD DGTVDTLTGE RIERASRAKV LGARNLHELT RELDLTAFVL FSSFASAFGA PGLGG YAPG NAYLDGLAQQ RRSDGLPATA VAWGTWAGSG MAEGPVADRF RRHGVIEMPP ETACRALQNA LDRAEVCPIV IDVRWD RFL LAYTAQRPTR LFDEIDDARR AAPQAAAEPR VGALASLPAP EREKALFELV RSHAAAVLGH ASAERVPADQ AFAELGV DS LSALELRNRL GAATGVRLPT TTVFDHPDVR TLAAHLAAEL GSGTPAREAS SALRDGYRQA GVSGRVRSYL DLLAGLSD F REHFDGSDGF SLDLVDMADG PGEVTVICCA GTAAISGPHE FTRLAGALRG IAPVRAVPQP GYEEGEPLPS SMAAVAAVQ ADAVIRTQGD KPFVVAGHSA GALMAYALAT ELLDRGHPPR GVVLIDVYPP GHQDAMNAWL EELTATLFDR ETVRMDDTRL TALGAYDRL TGQWRPRETG LPTLLVSAGE PMGPWPDDSW KPTWPFEHDT VAVPGDHFTM VQEHADAIAR HIDAWLGGGN S SSVDKLAA ALEHHHHHH |
-分子 #2: 1B2 (heavy chain)
分子 | 名称: 1B2 (heavy chain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.447611 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAEVQLVQSG GGLVQPGRSL RLSCTASGFT FGDYAMSWVR QAPGKGLEWV GFIRSKAYGG TTEYAASVKG RFTISRDDSK SIAYLQMNS LKTEDTAVYY CTRGGTLFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列: MAEVQLVQSG GGLVQPGRSL RLSCTASGFT FGDYAMSWVR QAPGKGLEWV GFIRSKAYGG TTEYAASVKG RFTISRDDSK SIAYLQMNS LKTEDTAVYY CTRGGTLFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCAALVP RGSAHHHHHH AA DYKDDDD KA |
-分子 #3: 1B2 (light chain)
分子 | 名称: 1B2 (light chain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.715832 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: LFAIPLVVPF YSHSALDVVM TQSPLSLPVT PGEPASISCR SSQSLLHSNG YNYLDWYLQK PGQSPQLLIY LGSNRASGVP DRFSGSGSG TDFTLKISRV EAEDVGVYYC MQSLQTPRLT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN N FYPRGAKV ...文字列: LFAIPLVVPF YSHSALDVVM TQSPLSLPVT PGEPASISCR SSQSLLHSNG YNYLDWYLQK PGQSPQLLIY LGSNRASGVP DRFSGSGSG TDFTLKISRV EAEDVGVYYC MQSLQTPRLT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN N FYPRGAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 10 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 3974 / 平均露光時間: 8.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |