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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23662 | |||||||||
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タイトル | Complex of SARS-CoV-2 receptor binding domain with the Fab fragments of neutralizing antibodies REGN10985 and REGN10989 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou Y / Romero Hernandez A / Saotome K / Franklin MC | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2021 タイトル: The monoclonal antibody combination REGEN-COV protects against SARS-CoV-2 mutational escape in preclinical and human studies. 著者: Richard Copin / Alina Baum / Elzbieta Wloga / Kristen E Pascal / Stephanie Giordano / Benjamin O Fulton / Anbo Zhou / Nicole Negron / Kathryn Lanza / Newton Chan / Angel Coppola / Joyce Chiu ...著者: Richard Copin / Alina Baum / Elzbieta Wloga / Kristen E Pascal / Stephanie Giordano / Benjamin O Fulton / Anbo Zhou / Nicole Negron / Kathryn Lanza / Newton Chan / Angel Coppola / Joyce Chiu / Min Ni / Yi Wei / Gurinder S Atwal / Annabel Romero Hernandez / Kei Saotome / Yi Zhou / Matthew C Franklin / Andrea T Hooper / Shane McCarthy / Sara Hamon / Jennifer D Hamilton / Hilary M Staples / Kendra Alfson / Ricardo Carrion / Shazia Ali / Thomas Norton / Selin Somersan-Karakaya / Sumathi Sivapalasingam / Gary A Herman / David M Weinreich / Leah Lipsich / Neil Stahl / Andrew J Murphy / George D Yancopoulos / Christos A Kyratsous / 要旨: Monoclonal antibodies against SARS-CoV-2 are a clinically validated therapeutic option against COVID-19. Because rapidly emerging virus mutants are becoming the next major concern in the fight ...Monoclonal antibodies against SARS-CoV-2 are a clinically validated therapeutic option against COVID-19. Because rapidly emerging virus mutants are becoming the next major concern in the fight against the global pandemic, it is imperative that these therapeutic treatments provide coverage against circulating variants and do not contribute to development of treatment-induced emergent resistance. To this end, we investigated the sequence diversity of the spike protein and monitored emergence of virus variants in SARS-COV-2 isolates found in COVID-19 patients treated with the two-antibody combination REGEN-COV, as well as in preclinical in vitro studies using single, dual, or triple antibody combinations, and in hamster in vivo studies using REGEN-COV or single monoclonal antibody treatments. Our study demonstrates that the combination of non-competing antibodies in REGEN-COV provides protection against all current SARS-CoV-2 variants of concern/interest and also protects against emergence of new variants and their potential seeding into the population in a clinical setting. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23662.map.gz | 53 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23662-v30.xml emd-23662.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23662.png | 126.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23662 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23662 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23662_validation.pdf.gz | 434.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23662_full_validation.pdf.gz | 434 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23662_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23662_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23662 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23662 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23662.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of SARS-CoV-2 receptor binding domain with the Fab fragme...
全体 | 名称: Complex of SARS-CoV-2 receptor binding domain with the Fab fragments of neutralizing antibodies REGN10985 and REGN10989 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of SARS-CoV-2 receptor binding domain with the Fab fragme...
超分子 | 名称: Complex of SARS-CoV-2 receptor binding domain with the Fab fragments of neutralizing antibodies REGN10985 and REGN10989 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-分子 #1: REGN10989 antibody Fab fragment light chain
分子 | 名称: REGN10989 antibody Fab fragment light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.709975 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG TYNYVSWYQQ HPGKAPKLMI FDVSNRPSGV SDRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYY CSSFTTSSTV VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列: QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG TYNYVSWYQQ HPGKAPKLMI FDVSNRPSGV SDRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYY CSSFTTSSTV VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS |
-分子 #2: REGN10989 antibody Fab fragment heavy chain
分子 | 名称: REGN10989 antibody Fab fragment heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.815834 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYIFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGW INPNSGGANY AQKFQGRVTL TRDTSITTVY MELSRLRFD DTAVYYCARG SRYDWNQNNW FDPWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYIFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGW INPNSGGANY AQKFQGRVTL TRDTSITTVY MELSRLRFD DTAVYYCARG SRYDWNQNNW FDPWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDK T |
-分子 #3: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 28.437902 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: RVQPTESIVR FPNITNLCPF GEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSASFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEV RQIAPGQTGK IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNNLDSKVGG NYNYLYRLFR KSNLKPFERD ISTEIYQAGS T PCNGVEGF ...文字列: RVQPTESIVR FPNITNLCPF GEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSASFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEV RQIAPGQTGK IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNNLDSKVGG NYNYLYRLFR KSNLKPFERD ISTEIYQAGS T PCNGVEGF NCYFPLQSYG FQPTNGVGYQ PYRVVVLSFE LLHAPATVCG PKKSTNLVKN KCVNFEQKLI SEEDLGGEQK LI SEEDLHH HHHH |
-分子 #4: REGN10985 antibody Fab fragment light chain
分子 | 名称: REGN10985 antibody Fab fragment light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.89518 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVHWYQQ LPGTAPKLLI YGNSNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSYDSSLSG SYVFGTGTKV TVLGQPKAAP SVTLFPPSSE ELQANKATLV CLISDFYPGA VTVAWKADSS P VKAGVETT ...文字列: QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVHWYQQ LPGTAPKLLI YGNSNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSYDSSLSG SYVFGTGTKV TVLGQPKAAP SVTLFPPSSE ELQANKATLV CLISDFYPGA VTVAWKADSS P VKAGVETT TPSKQSNNKY AASSYLSLTP EQWKSHRSYS CQVTHEGSTV EKTVAPTECS |
-分子 #5: REGN10985 antibody Fab fragment heavy chain
分子 | 名称: REGN10985 antibody Fab fragment heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.857811 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVQPGRSLRL SCAASGFTFD DYAMHWVRQA PGKGLEWVSG ISWNRGSIGY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMSSLRAE DTALYYCAKD GERWDSVVVP SARNGMDVWG QGTTVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列: EVQLVESGGG LVQPGRSLRL SCAASGFTFD DYAMHWVRQA PGKGLEWVSG ISWNRGSIGY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMSSLRAE DTALYYCAKD GERWDSVVVP SARNGMDVWG QGTTVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP KSCDKT |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 146054 |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |