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- EMDB-23521: Prefusion RSV F glycoprotein bound by neutralizing site V-directe... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23521
タイトルPrefusion RSV F glycoprotein bound by neutralizing site V-directed antibody ADI-14442
マップデータTrimeric prefusion RSV F protein bound by three copies of Fab ADI-14442
試料
  • 複合体: Trimeric prefusion RSV F glycoprotein bound by three molecules of Fab ADI-14442.
    • 複合体: Trimeric prefusion RSV F glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • 複合体: Fab ADI-14442
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of human antibody Fab ADI-14442
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of human antibody Fab ADI-14442
キーワードfusion / immunoglobulin / public clonotype / convergent recognition / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated induction of syncytium formation / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gilman MSA / McLellan JS
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2021
タイトル: Vaccination with prefusion-stabilized respiratory syncytial virus fusion protein induces genetically and antigenically diverse antibody responses.
著者: Maryam Mukhamedova / Daniel Wrapp / Chen-Hsiang Shen / Morgan S A Gilman / Tracy J Ruckwardt / Chaim A Schramm / Larissa Ault / Lauren Chang / Alexandrine Derrien-Colemyn / Sarah A M Lucas / ...著者: Maryam Mukhamedova / Daniel Wrapp / Chen-Hsiang Shen / Morgan S A Gilman / Tracy J Ruckwardt / Chaim A Schramm / Larissa Ault / Lauren Chang / Alexandrine Derrien-Colemyn / Sarah A M Lucas / Amy Ransier / Samuel Darko / Emily Phung / Lingshu Wang / Yi Zhang / Scott A Rush / Bharat Madan / Guillaume B E Stewart-Jones / Pamela J Costner / LaSonji A Holman / Somia P Hickman / Nina M Berkowitz / Nicole A Doria-Rose / Kaitlyn M Morabito / Brandon J DeKosky / Martin R Gaudinski / Grace L Chen / Michelle C Crank / John Misasi / Nancy J Sullivan / Daniel C Douek / Peter D Kwong / Barney S Graham / Jason S McLellan / John R Mascola /
要旨: An effective vaccine for respiratory syncytial virus (RSV) is an unrealized public health goal. A single dose of the prefusion-stabilized fusion (F) glycoprotein subunit vaccine (DS-Cav1) ...An effective vaccine for respiratory syncytial virus (RSV) is an unrealized public health goal. A single dose of the prefusion-stabilized fusion (F) glycoprotein subunit vaccine (DS-Cav1) substantially increases serum-neutralizing activity in healthy adults. We sought to determine whether DS-Cav1 vaccination induces a repertoire mirroring the pre-existing diversity from natural infection or whether antibody lineages targeting specific epitopes predominate. We evaluated RSV F-specific B cell responses before and after vaccination in six participants using complementary B cell sequencing methodologies and identified 555 clonal lineages. DS-Cav1-induced lineages recognized the prefusion conformation of F (pre-F) and were genetically diverse. Expressed antibodies recognized all six antigenic sites on the pre-F trimer. We identified 34 public clonotypes, and structural analysis of two antibodies from a predominant clonotype revealed a common mode of recognition. Thus, vaccination with DS-Cav1 generates a diverse polyclonal response targeting the antigenic sites on pre-F, supporting the development and advanced testing of pre-F-based vaccines against RSV.
履歴
登録2021年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月16日-
マップ公開2021年6月16日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.04
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lue
  • 表面レベル: 0.04
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7lue
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23521.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23521.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Trimeric prefusion RSV F protein bound by three copies of Fab ADI-14442
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 322.5 Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 322.5 Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 322.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.075 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.16903993 - 0.24221794
平均 (標準偏差)0.00013314525 (±0.004291453)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 322.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0751.0751.075
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z322.500322.500322.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.1690.2420.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Trimeric prefusion RSV F glycoprotein bound by three molecules of...

全体名称: Trimeric prefusion RSV F glycoprotein bound by three molecules of Fab ADI-14442.
要素
  • 複合体: Trimeric prefusion RSV F glycoprotein bound by three molecules of Fab ADI-14442.
    • 複合体: Trimeric prefusion RSV F glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • 複合体: Fab ADI-14442
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of human antibody Fab ADI-14442
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of human antibody Fab ADI-14442

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超分子 #1: Trimeric prefusion RSV F glycoprotein bound by three molecules of...

超分子名称: Trimeric prefusion RSV F glycoprotein bound by three molecules of Fab ADI-14442.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Single molecule of trimeric respiratory syncytial virus fusion protein ectodomain (RSV F) stabilized in the prefusion conformation and fused to the T4 fibritin (foldon) trimerization motif is ...詳細: Single molecule of trimeric respiratory syncytial virus fusion protein ectodomain (RSV F) stabilized in the prefusion conformation and fused to the T4 fibritin (foldon) trimerization motif is bound by three molecules of Fab ADI-14442.
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)

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超分子 #2: Trimeric prefusion RSV F glycoprotein

超分子名称: Trimeric prefusion RSV F glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: Single molecule of trimeric respiratory syncytial virus fusion protein ectodomain (RSV F) stabilized in the prefusion conformation and fused to the T4 fibritin (foldon) trimerization motif.
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)

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超分子 #3: Fab ADI-14442

超分子名称: Fab ADI-14442 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
詳細: Three molecules of Fab ADI-14442, each composed of a heavy and a light chain, are bound to a single molecule of trimeric respiratory syncytial virus fusion protein ectodomain (RSV F) ...詳細: Three molecules of Fab ADI-14442, each composed of a heavy and a light chain, are bound to a single molecule of trimeric respiratory syncytial virus fusion protein ectodomain (RSV F) stabilized in the prefusion conformation and fused to the T4 fibritin (foldon) trimerization motif.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
分子量理論値: 61.132672 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QNITEEFYQS TCSAVSKGYL SALRTGWYTS VITIELSNIK EIKCNGTDAK VKLIKQELDK YKNAVTELQL LMQSTPATNN RARRELPRF MNYTLNNAKK TNVTLSKKRK RRFLGFLLGV GSAIASGVAV SKVLHLEGEV NKIKSALLST NKAVVSLSNG V SVLTSKVL ...文字列:
QNITEEFYQS TCSAVSKGYL SALRTGWYTS VITIELSNIK EIKCNGTDAK VKLIKQELDK YKNAVTELQL LMQSTPATNN RARRELPRF MNYTLNNAKK TNVTLSKKRK RRFLGFLLGV GSAIASGVAV SKVLHLEGEV NKIKSALLST NKAVVSLSNG V SVLTSKVL DLKNYIDKQL LPIVNKQSCS IPNIETVIEF QQKNNRLLEI TREFSVNAGV TTPVSTYMLT NSELLSLIND MP ITNDQKK LMSNNVQIVR QQSYSIMSII KEEVLAYVVQ LPLYGVIDTP CWKLHTSPLC TTNTKEGSNI CLTRTDRGWY CDN AGSVSF FPQAETCKVQ SNRVFCDTMN SLTLPSEVNL CNVDIFNPKY DCKIMTSKTD VSSSVITSLG AIVSCYGKTK CTAS NKNRG IIKTFSNGCD YVSNKGVDTV SVGNTLYYVN KQEGKSLYVK GEPIINFYDP LVFPSDEFDA SISQVNEKIN QSLAF IRKS DELLSAIGGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLGSLEV LFQGPGHHHH HHHHSAWSHP QFEK

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #2: Heavy chain of human antibody Fab ADI-14442

分子名称: Heavy chain of human antibody Fab ADI-14442 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.805615 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGSE VKKPGASVKV SCKASGYRFS NYGISWVRQA PGQGLEWMGW ISAYNGNIKY GNNLQGRVTV TTDTSTATAY MEVRSLTSD DTAVYYCARD VPADGVHFMD VWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLVQSGSE VKKPGASVKV SCKASGYRFS NYGISWVRQA PGQGLEWMGW ISAYNGNIKY GNNLQGRVTV TTDTSTATAY MEVRSLTSD DTAVYYCARD VPADGVHFMD VWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCD

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分子 #3: Light chain of human antibody Fab ADI-14442

分子名称: Light chain of human antibody Fab ADI-14442 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.100822 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DVVMTQSPLS LPVTLGQPAS ISCRSSQSLV HSDTNTYLNW FQQRPGQSPR RLIYKVSNRD SGVPDRFSGS GSGTTFTLKI SRVEAEDVG IYYCMQGSHW APTFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
DVVMTQSPLS LPVTLGQPAS ISCRSSQSLV HSDTNTYLNW FQQRPGQSPR RLIYKVSNRD SGVPDRFSGS GSGTTFTLKI SRVEAEDVG IYYCMQGSHW APTFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClSodium chloride
2.0 mMNH2C(CH2OH)3HClTRIS hydrochloride
0.02 %NaN3Sodium azide
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Ab initio model generated using stochastic gradient descent
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / ソフトウェア - 詳細: beta / 使用した粒子像数: 371323
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / ソフトウェア - 詳細: beta
詳細: Ab initio model generated using stochastic gradient descent
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / ソフトウェア - 詳細: beta
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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