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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23339 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of E. coli P pilus tip assembly intermediate PapC-PapD-PapK-PapG in the first conformation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Cryo-EM / Uropathogenic Escherichia coli / chaperone-usher / P pilus / CHAPERONE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / chaperone-mediated protein folding / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / cell adhesion / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Du M / Yuan Z | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Processive dynamics of the usher assembly platform during uropathogenic Escherichia coli P pilus biogenesis. 著者: Minge Du / Zuanning Yuan / Glenn T Werneburg / Nadine S Henderson / Hemil Chauhan / Amanda Kovach / Gongpu Zhao / Jessica Johl / Huilin Li / David G Thanassi / 要旨: Uropathogenic Escherichia coli assemble surface structures termed pili or fimbriae to initiate infection of the urinary tract. P pili facilitate bacterial colonization of the kidney and ...Uropathogenic Escherichia coli assemble surface structures termed pili or fimbriae to initiate infection of the urinary tract. P pili facilitate bacterial colonization of the kidney and pyelonephritis. P pili are assembled through the conserved chaperone-usher pathway. Much of the structural and functional understanding of the chaperone-usher pathway has been gained through investigations of type 1 pili, which promote binding to the bladder and cystitis. In contrast, the structural basis for P pilus biogenesis at the usher has remained elusive. This is in part due to the flexible and variable-length P pilus tip fiber, creating structural heterogeneity, and difficulties isolating stable P pilus assembly intermediates. Here, we circumvent these hindrances and determine cryo-electron microscopy structures of the activated PapC usher in the process of secreting two- and three-subunit P pilus assembly intermediates, revealing processive steps in P pilus biogenesis and capturing new conformational dynamics of the usher assembly machine. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23339.map.gz | 4.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23339-v30.xml emd-23339.xml | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23339.png | 128 KB | ||
Filedesc metadata | emd-23339.cif.gz | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23339 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23339 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23339_validation.pdf.gz | 396.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23339_full_validation.pdf.gz | 396 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23339_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23339_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23339 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23339 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23339.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.029 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PapCDKG
全体 | 名称: PapCDKG |
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要素 |
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-超分子 #1: PapCDKG
超分子 | 名称: PapCDKG / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: P fimbrial usher protein PapC
分子 | 名称: P fimbrial usher protein PapC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 88.746297 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: VEFNTDVLDA ADKKNIDFTR FSEAGYVLPG QYLLDVIVNG QSISPASLQI SFVEPQSSGD KAEKKLPQAC LTSDMVRLMG LTAESLDKV VYWHDGQCAD FHGLPGVDIR PDTGAGVLRI NMPQARLEYS DATWLPPSRW DDGIPGLMLD YNLNGTVSRN Y QGGDSHQF ...文字列: VEFNTDVLDA ADKKNIDFTR FSEAGYVLPG QYLLDVIVNG QSISPASLQI SFVEPQSSGD KAEKKLPQAC LTSDMVRLMG LTAESLDKV VYWHDGQCAD FHGLPGVDIR PDTGAGVLRI NMPQARLEYS DATWLPPSRW DDGIPGLMLD YNLNGTVSRN Y QGGDSHQF SYNGTVGGNL GPWRLRADYQ GSQEQSRYNG EKTTNRNFTW SRFYLFRAIP RWRANLTLGE NNINSDIFRS WS YTGASLE SDDRMLPPRL RGYAPQITGI AETNARVVVS QQGRVLYDSM VPAGPFSIQD LDSSVRGRLD VEVIEQNGRK KTF QVDTAS VPYLTRPGQV RYKLVSGRSR GYGHETEGPV FATGEASWGL SNQWSLYGGA VLAGDYNALA AGAGWDLGVP GTLS ADITQ SVARIEGERT FQGKSWRLSY SKRFDNADAD ITFAGYRFSE RNYMTMEQYL NARYRNDYSS REKEMYTVTL NKNVA DWNT SFNLQYSRQT YWDIRKTDYY TVSVNRYFNV FGLQGVAVGL SASRSKYLGR DNDSAYLRIS VPLGTGTASY SGSMSN DRY VNMAGYTDTF NDGLDSYSLN AGLNSGGGLT SQRQINAYYS HRSPLANLSA NIASLQKGYT SFGVSASGGA TITGKDA AL HAGGMSGGTR LLVDTDGVGG VPVDGGQVVT NRWGTGVVTD ISSYYRNTTS VDLKRLPDDV EATRSVVESA LTEGAIGY R KFSVLKGKRL FAILRLADGS QPPFGASVTS EKGRELGMVA DEGLAWLSGV TPGETLSVNW DGKIQCQVNV PETAISDQQ LLLPCTPQK UniProtKB: UNIPROTKB: A0A773A954 |
-分子 #2: Chaperone protein PapD
分子 | 名称: Chaperone protein PapD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 26.833746 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIRKKILMAA IPLFVISGAD AAVSLDRTRA VFDGSEKSMT LDISNDNKQL PYLAQAWIEN ENQEKIITGP VIATPPVQRL EPGAKSMVR LSTTPDISKL PQDRESLFYF NLREIPPRSE KANVLQIALQ TKIKLFYRPA AIKTRPNEVW QDQLILNKVS G GYRIENPT ...文字列: MIRKKILMAA IPLFVISGAD AAVSLDRTRA VFDGSEKSMT LDISNDNKQL PYLAQAWIEN ENQEKIITGP VIATPPVQRL EPGAKSMVR LSTTPDISKL PQDRESLFYF NLREIPPRSE KANVLQIALQ TKIKLFYRPA AIKTRPNEVW QDQLILNKVS G GYRIENPT PYYVTVIGLG GSEKQAEEGE FETVMLSPRS EQTVKSANYN TPYLSYINDY GGRPVLSFIC NGSRCSVKKE K UniProtKB: Chaperone protein PapD |
-分子 #3: Fimbrial adapter PapK
分子 | 名称: Fimbrial adapter PapK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 18.895492 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIKSTGALLL FAALSAGQAI ASDVAFRGNL LDRPCHVSGD SLNKHVVFKT RASRDFWYPP GRSPTESFVI RLENCHATAV GKIVTLTFK GTEEAALPGH LKVTGVNAGR LGIALLDTDG SSLLKPGTSH NKGQGEKVTG NSLELPFGAY VVATPEALRT K SVVPGDYE ATATFELTYR UniProtKB: Fimbrial adapter PapK |
-分子 #4: P fimbria tip G-adhesin PapG-II
分子 | 名称: P fimbria tip G-adhesin PapG-II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 37.62057 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKWFPALLF SLCVSGESSA WNNIVFYSLG DVNSYQGGNV VITQRPQFIT SWRPGIATVT WNQCNGPGFA DGFWAYYREY IAWVVFPKK VMTQNGYPLF IEVHNKGSWS EENTGDNDSY FFLKGYKWDE RAFDAGNLCQ KPGETTRLTE KFDDIIFKVA L PADLPLGD ...文字列: MKKWFPALLF SLCVSGESSA WNNIVFYSLG DVNSYQGGNV VITQRPQFIT SWRPGIATVT WNQCNGPGFA DGFWAYYREY IAWVVFPKK VMTQNGYPLF IEVHNKGSWS EENTGDNDSY FFLKGYKWDE RAFDAGNLCQ KPGETTRLTE KFDDIIFKVA L PADLPLGD YSVKIPYTSG MQRHFASYLG ARFKIPYNVA KTLPRENEML FLFKNIGGCR PSAQSLEIKH GDLSINSANN HY AAQTLSV SCDVPANIRF MLLRNTTPTY SHGKKFSVGL GHGWDSIVSV NGVDTGETTM RWYKAGTQNL TIGSRLYGES SKI QPGVLS GSATLLMILP UniProtKB: P fimbria tip G-adhesin PapG-II |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 227396 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-7lhg: |