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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23124 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron microcospy reconstruction of CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 HIV Env | |||||||||
![]() | Final sharpened map of CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 HIV Env | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
![]() | Edwards RJ / Acharya P | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Fab-dimerized glycan-reactive antibodies are a structural category of natural antibodies. 著者: Wilton B Williams / R Ryan Meyerhoff / R J Edwards / Hui Li / Kartik Manne / Nathan I Nicely / Rory Henderson / Ye Zhou / Katarzyna Janowska / Katayoun Mansouri / Sophie Gobeil / Tyler ...著者: Wilton B Williams / R Ryan Meyerhoff / R J Edwards / Hui Li / Kartik Manne / Nathan I Nicely / Rory Henderson / Ye Zhou / Katarzyna Janowska / Katayoun Mansouri / Sophie Gobeil / Tyler Evangelous / Bhavna Hora / Madison Berry / A Yousef Abuahmad / Jordan Sprenz / Margaret Deyton / Victoria Stalls / Megan Kopp / Allen L Hsu / Mario J Borgnia / Guillaume B E Stewart-Jones / Matthew S Lee / Naomi Bronkema / M Anthony Moody / Kevin Wiehe / Todd Bradley / S Munir Alam / Robert J Parks / Andrew Foulger / Thomas Oguin / Gregory D Sempowski / Mattia Bonsignori / Celia C LaBranche / David C Montefiori / Michael Seaman / Sampa Santra / John Perfect / Joseph R Francica / Geoffrey M Lynn / Baptiste Aussedat / William E Walkowicz / Richard Laga / Garnett Kelsoe / Kevin O Saunders / Daniela Fera / Peter D Kwong / Robert A Seder / Alberto Bartesaghi / George M Shaw / Priyamvada Acharya / Barton F Haynes / ![]() ![]() 要旨: Natural antibodies (Abs) can target host glycans on the surface of pathogens. We studied the evolution of glycan-reactive B cells of rhesus macaques and humans using glycosylated HIV-1 envelope (Env) ...Natural antibodies (Abs) can target host glycans on the surface of pathogens. We studied the evolution of glycan-reactive B cells of rhesus macaques and humans using glycosylated HIV-1 envelope (Env) as a model antigen. 2G12 is a broadly neutralizing Ab (bnAb) that targets a conserved glycan patch on Env of geographically diverse HIV-1 strains using a unique heavy-chain (V) domain-swapped architecture that results in fragment antigen-binding (Fab) dimerization. Here, we describe HIV-1 Env Fab-dimerized glycan (FDG)-reactive bnAbs without V-swapped domains from simian-human immunodeficiency virus (SHIV)-infected macaques. FDG Abs also recognized cell-surface glycans on diverse pathogens, including yeast and severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike. FDG precursors were expanded by glycan-bearing immunogens in macaques and were abundant in HIV-1-naive humans. Moreover, FDG precursors were predominately mutated IgMIgDCD27, thus suggesting that they originated from a pool of antigen-experienced IgM or marginal zone B cells. #1: ![]() タイトル: Fab-dimerized glycan-reactive antibodies neutralize HIV and are prevalent in humans and rhesus macaques 著者: Williams WB / Meyerhoff RR / Edwards RJ / Li H / Nicely NI / Henderson R / Zhou Y / Janowska K / Mansouri K / Manne K / Stalls V / Hsu AL / Borgnia MJ / Stewart-Jones G / Lee MS / Bronkema N ...著者: Williams WB / Meyerhoff RR / Edwards RJ / Li H / Nicely NI / Henderson R / Zhou Y / Janowska K / Mansouri K / Manne K / Stalls V / Hsu AL / Borgnia MJ / Stewart-Jones G / Lee MS / Bronkema N / Perfect J / Moody MA / Wiehe K / Bradley T / Kepler TB / Alam SM / Foulger A / Bonsignori M / LaBranche CC / Montefiori DC / Seaman M / Santra S / Francica JR / Lynn GM / Aussedat B / Walkowicz WE / Laga R / Kelso G / Saunders KO / Fera D / Kwong PD / Seder RA / Bartesaghi A / Shaw GM / Acharya P / Haynes BF | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 30.3 KB 30.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 204.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() ![]() | 64 MB 64 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 31.8 MB 4.6 MB 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 503.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 502.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Final sharpened map of CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 HIV Env | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0665 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map of CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 HIV Env
ファイル | emd_23124_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map of CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 HIV Env | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local resolution of of CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 HIV Env...
ファイル | emd_23124_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Local resolution of of CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 HIV Env | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map A of CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 HIV Env
ファイル | emd_23124_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map A of CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 HIV Env | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map B of CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 HIV Env
ファイル | emd_23124_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map B of CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 HIV Env | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 unliganded trimer...
全体 | 名称: HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 unliganded trimer in the presence of but not bound to DH898.1 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 unliganded trimer...
超分子 | 名称: HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 unliganded trimer in the presence of but not bound to DH898.1 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: CH848 10.17 |
組換発現 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 209.7 KDa |
-分子 #1: CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 - gp120
分子 | 名称: CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 - gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDARA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELVLGNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL ICSNATVKNG TVEEMKNCSF NTTTEIRDKE KKEYALFYKP DIVPLSETNN TSEYRLINCN T SACTQACP ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDARA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELVLGNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL ICSNATVKNG TVEEMKNCSF NTTTEIRDKE KKEYALFYKP DIVPLSETNN TSEYRLINCN T SACTQACP KVTFEPIPIH YCAPAGYAIL KCNDETFNGT GPCSNVSTVQ CTHGIRPVVS TQLLLNGSLA EKEIVIRSEN LT NNAKIII VHLHTPVEIV CTRPNNNTRK SVRIGPGQTF YATGDIIGDI KQAHCNISEE KWNDTLQKVG IELQKHFPNK TIK YNQSAG GDMEITTHSF NCGGEFFYCN TSNLFNGTYN GTYISTNSSA NSTSTITLQC RIKQIINMWQ GVGRCMYAPP IAGN ITCRS NITGLLLTRD GGTNSNETET FRPAGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG R |
-分子 #2: CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 - gp41
分子 | 名称: CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 - gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: FLGFLGAAGS TMGAASMTLT VQARNLLSGI VQQQSNLLRA PEAQQHLLKL TVWGIKQLQA RVLAVERYLR DQQLLGIWGC SGKLICCTN VPWNSSWSNR NLSEIWDNMT WLQWDKEISN YTQIIYGLLE ESQNQQEKNE QDLLALD |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: Glow discharged for 30 s in PELCO easiGlow(TM). | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP 詳細: 2.5 microliter of smaple applied to grid and incubated for 30 seconds in chamber, blotted for 2.5 seconds, and plunge frozen in liquid ethane. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 93.15 K / 最高: 93.15 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3230 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 62.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |