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- EMDB-23084: Outer dynein arm docking complex bound to doublet microtubules fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23084
タイトルOuter dynein arm docking complex bound to doublet microtubules from C. reinhardtii
マップデータcomposite map of ODA-DC bound to doublet microtubules
試料
  • 複合体: ODA docking complex
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha
    • タンパク質・ペプチド: Dynein gamma chain, flagellar outer arm
    • タンパク質・ペプチド: Outer dynein arm-docking complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Outer dynein arm protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Outer dynein arm-docking complex protein DC3
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードdynein / microtubule / cilia / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


outer dynein arm / outer dynein arm assembly / cilium movement involved in cell motility / axonemal dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / motile cilium / dynein intermediate chain binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton ...outer dynein arm / outer dynein arm assembly / cilium movement involved in cell motility / axonemal dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / motile cilium / dynein intermediate chain binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / calcium ion binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / ODAD1 central coiled coil region / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain 3, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / P-loop containing dynein motor region ...: / ODAD1 central coiled coil region / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain 3, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Outer dynein arm protein 1 / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Tubulin alpha-1 chain / Dynein gamma chain, flagellar outer arm / Outer dynein arm-docking complex protein DC3
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Walton T / Wu H
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of a microtubule-bound axonemal dynein.
著者: Travis Walton / Hao Wu / Alan Brown /
要旨: Axonemal dyneins are tethered to doublet microtubules inside cilia to drive ciliary beating, a process critical for cellular motility and extracellular fluid flow. Axonemal dyneins are evolutionarily ...Axonemal dyneins are tethered to doublet microtubules inside cilia to drive ciliary beating, a process critical for cellular motility and extracellular fluid flow. Axonemal dyneins are evolutionarily and biochemically distinct from cytoplasmic dyneins that transport cargo, and the mechanisms regulating their localization and function are poorly understood. Here, we report a single-particle cryo-EM reconstruction of a three-headed axonemal dynein natively bound to doublet microtubules isolated from cilia. The slanted conformation of the axonemal dynein causes interaction of its motor domains with the neighboring dynein complex. Our structure shows how a heterotrimeric docking complex specifically localizes the linear array of axonemal dyneins to the doublet microtubule by directly interacting with the heavy chains. Our structural analysis establishes the arrangement of conserved heavy, intermediate and light chain subunits, and provides a framework to understand the roles of individual subunits and the interactions between dyneins during ciliary waveform generation.
履歴
登録2020年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kzo
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7kzo
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23084.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23084.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 93 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈composite map of ODA-DC bound to doublet microtubules
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大0.0 - 0.121121824
平均 (標準偏差)0.00035386693 (±0.0029214069)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ290290290
Spacing290290290
セルA=B=C: 394.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z290290290
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z394.400394.400394.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS290290290
D min/max/mean0.0000.1210.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23084_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: mask for focused refinement of DC1/2

ファイルemd_23084_additional_1.map
注釈mask for focused refinement of DC1/2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: half map 1 for focused refinement of gamma HC N-terminal tail

ファイルemd_23084_additional_10.map
注釈half map 1 for focused refinement of gamma HC N-terminal tail
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: focused refinement of gamma HC N-terminal tail

ファイルemd_23084_additional_11.map
注釈focused refinement of gamma HC N-terminal tail
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: half map 2 for focused refinement of gamma HC N-terminal tail

ファイルemd_23084_additional_12.map
注釈half map 2 for focused refinement of gamma HC N-terminal tail
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: refinement of entire ODA-DC

ファイルemd_23084_additional_13.map
注釈refinement of entire ODA-DC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: half map 2 for refinement of entire ODA-DC

ファイルemd_23084_additional_14.map
注釈half map 2 for refinement of entire ODA-DC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: half map 1 for refinement of entire ODA-DC

ファイルemd_23084_additional_15.map
注釈half map 1 for refinement of entire ODA-DC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: half map 1 for focused refinement of DC1/2

ファイルemd_23084_additional_2.map
注釈half map 1 for focused refinement of DC1/2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: half map 2 for focused refinement of DC1/2

ファイルemd_23084_additional_3.map
注釈half map 2 for focused refinement of DC1/2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: focused refinement of DC1/2

ファイルemd_23084_additional_4.map
注釈focused refinement of DC1/2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: half map 1 for focused refinement of DC3

ファイルemd_23084_additional_5.map
注釈half map 1 for focused refinement of DC3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: mask for focused refinement of DC3

ファイルemd_23084_additional_6.map
注釈mask for focused refinement of DC3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: half map 2 for focused refinement of DC3

ファイルemd_23084_additional_7.map
注釈half map 2 for focused refinement of DC3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: focused refinement of DC3

ファイルemd_23084_additional_8.map
注釈focused refinement of DC3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: mask for focused refinement of gamma HC N-terminal tail

ファイルemd_23084_additional_9.map
注釈mask for focused refinement of gamma HC N-terminal tail
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ODA docking complex

全体名称: ODA docking complex
要素
  • 複合体: ODA docking complex
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha
    • タンパク質・ペプチド: Dynein gamma chain, flagellar outer arm
    • タンパク質・ペプチド: Outer dynein arm-docking complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Outer dynein arm protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Outer dynein arm-docking complex protein DC3
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: ODA docking complex

超分子名称: ODA docking complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
詳細: ODA-DC bound to doublet microtubules showing contacts with the N-terminal tail of heavy chain gamma
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
分子 #1: Tubulin beta

分子名称: Tubulin beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.665809 KDa
配列文字列: MREIVHIQGG QCGNQIGAKF WEVVSDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY FNEATGGRYV PRAILMDLEP GTMDSVRSGP YGQIFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQVCHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRMMLTFS ...文字列:
MREIVHIQGG QCGNQIGAKF WEVVSDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY FNEATGGRYV PRAILMDLEP GTMDSVRSGP YGQIFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQVCHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRMMLTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENADE CMVLDNEALY DICFRTLKLT TPTFGDLNHL ISAVMSGITC CL RFPGQLN ADLRKLAVNL IPFPRLHFFM VGFTPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMWDAK NMMCAADPRH GRYLTASALF RGR MSTKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKSSVCDI PPKGLKMSAT FIGNSTAIQE MFKRVSEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDASAEEEGE FEGEEEEA

UniProtKB: Tubulin beta-1/beta-2 chain

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分子 #2: Tubulin alpha

分子名称: Tubulin alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.638008 KDa
配列文字列: MREVISIHIG QAGIQVGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCIFLDL EPTVVDEVRT GTYRQLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLAL DRIRKLADNC TGLQGFLVFN AVGGGTGSGL GSLLLERLSV D YGKKSKLG ...文字列:
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UniProtKB: Tubulin alpha-1 chain

+
分子 #3: Dynein gamma chain, flagellar outer arm

分子名称: Dynein gamma chain, flagellar outer arm / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 513.491406 KDa
配列文字列: MALDNRHRLI VGKLAEAFGL PENVIEKTLT QDKQAVNSFF TPAGPPSLVF VYQVKEDKLK DGSVGPVDNK PTLHRIGPHE RIHNSVYFT RLNPKGINEK TLEADMGSGE LSVLWALENF KAIVSDLYLP IMQEQQQWGK MSTEYLEDFL SSTAKFGSML T EAVATVSG ...文字列:
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UniProtKB: Dynein gamma chain, flagellar outer arm

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分子 #4: Outer dynein arm-docking complex subunit 1

分子名称: Outer dynein arm-docking complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 83.51818 KDa
配列文字列: MAQKSTLKLP RLRTKEELLK TSPELCKLLG EDSDDGRSMS PFTAPPPAGT VKPPSRGLPA VSTKATKGPG MDTPRGLGEE ELTEEELLR LELEKIKNER QVLLDSIKLV KAQAGTAGGE AQQNDIKALR RELELKKAKL NELHEDVRRK ENVLNKQRDD T TDASRLTP ...文字列:
MAQKSTLKLP RLRTKEELLK TSPELCKLLG EDSDDGRSMS PFTAPPPAGT VKPPSRGLPA VSTKATKGPG MDTPRGLGEE ELTEEELLR LELEKIKNER QVLLDSIKLV KAQAGTAGGE AQQNDIKALR RELELKKAKL NELHEDVRRK ENVLNKQRDD T TDASRLTP GELSEEQAYI QQLQDEMKQI DEELVEAEAK NRLYYLLGER TRREHLAMDM KVRASQQLKK DSADDLYTLT AH FNEMRAA KEQAERELAR MKRMLEETRV DWQKKLRERR REVRELKKRQ QKQLERERKM REKQLERERQ ERELQAKLKM EQD SYEMRV AALAPKVEAM EHSWNRIRTI SGADTPEEVL AYWEGLKAKE EQMRSLVSLA EQRESSAKSE IAALLENRSG MYEK GSAAA ADVGEGSEER ATLITEVERN MEGAKGKFNK LRSVCIGAEQ GLRSLQERLM IALEEIHPDQ LRASHMKGGH DAKAR GKGA ASAGARRGSA HAHTPDRNKR GPATGSRSQS PALVPHSPAG DKPSSPLHGT SPEHGHEPIP EGAEELAGEA EMVSPL GAD GNTIDDEHFF PELPELLTSV TDRLNRVLVL AAELDAQEPA GAGEDGLPLS GEPGADGAEG AAPASPSRGA PEGLSES ER TLVKGMNRRT WTGAPLLETI NASPSEAALT LNIKRKKGKK KEQQVQPDLN RILGYTGSDV EEEEPESEEE TEEEANKD D GVVDRDYIKL RALKMSQRLA NQQRAIKV

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #5: Outer dynein arm protein 1

分子名称: Outer dynein arm protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 62.292305 KDa
配列文字列: MPSADATRGG GSAGSMGKGT LGAGDTLGHK SVLDKQRAAI EKLRAQNEQL KTELLLENKF SVRPGDPFAQ ALINRLQDEG DMLARKIVL EMRKTKMLDQ QLSEMGSTLT TTRNNMGGIF SAKEQSTAVQ KRIKLLENRL EKAYVKYNQS ITHNKQLRES I NNLRRERI ...文字列:
MPSADATRGG GSAGSMGKGT LGAGDTLGHK SVLDKQRAAI EKLRAQNEQL KTELLLENKF SVRPGDPFAQ ALINRLQDEG DMLARKIVL EMRKTKMLDQ QLSEMGSTLT TTRNNMGGIF SAKEQSTAVQ KRIKLLENRL EKAYVKYNQS ITHNKQLRES I NNLRRERI MFESIQSNLE RELAKLKRDM ADMIQQANGA FEAREKAIGE MNALKAQADK EQQGFEEEWR QLTTIIEEDK KE RERARAQ ELAMRERETQ ELLKMGTLSS AEKKKRITKG SWNVGYNKAM AQNVAAEKVE MYGQAFKRIQ DATGIEDIDQ LVN TFLAAE DQNYTLFNYV NEVNQEIEKL EDQINIMRGE INKYRETGRE LDMTKSRELT EEEARLAASE AQSQLYEKRT DSAL SMTTA LKAGINDLFE RIGCNTPAVR DLLGEEGVTE ANLTAYLGII EQRTNEILQI YAKRKAQQGT DGLAEALLAQ PLTQP GNRI IIEPPSTTQE EEVEGLEPEP VEEDRPLTRE HLESKVQRTL PRKLETAIKV RPAGADATGG KRGSPTRR

UniProtKB: Outer dynein arm protein 1

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分子 #6: Outer dynein arm-docking complex protein DC3

分子名称: Outer dynein arm-docking complex protein DC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 21.371311 KDa
配列文字列:
MASAAARERY ARKNEQNELE RAFNTIDSKG DKKIDAEELT ELFLRLGHKP KRGEVEDMIW EVDEDCDGCI SLLEFQTLYT RCRDDKTGY EPRGLFNVVE FVMNDKNNQG FITLEEAMQI MYLRYGRAEL DMQLEQVFGT ADLNSGKILT LTEFLHCLHT N QVKQLLNR VTAKTYKAPP PPQKRK

UniProtKB: Outer dynein arm-docking complex protein DC3

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分子 #7: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 7 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 7 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #9: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 8 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度20 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
30.0 mMHEPES
25.0 mMKCl
5.0 mMMgSO4
0.5 mMEGTA
10.0 mMATP
0.75 mMCaCl2

詳細: Buffer also contained 1x Protease Arrest (G-Biosciences)
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 2.5 ul of splayed axoneme solution was then dispensed onto glow-discharged C-Flat 1.2/1.3-4Cu grids inside a Vitrobot Mark IV under 100% humidity. After a 10 s delay time, cryo-EM samples ...詳細: 2.5 ul of splayed axoneme solution was then dispensed onto glow-discharged C-Flat 1.2/1.3-4Cu grids inside a Vitrobot Mark IV under 100% humidity. After a 10 s delay time, cryo-EM samples were prepared by first blotting for 10 s with blot force set to 16 and immediately plunged into liquid ethane..
詳細Splayed axonemes isolated from Chlamydomonas reinhardtii flagella.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 25 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 20524 / 平均露光時間: 3.7 sec. / 平均電子線量: 61.48 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 82.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 0 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: The composite map was generated from three focused refinements of the full ODA-DC map. The three focused refinements centered on DC1/2 (3.1 A), DC3 (3.2 A), and heavy chain gamma (3.2 A).
使用した粒子像数: 485694
Segment selection選択した数: 5584147 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6u42

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7kzo:
Outer dynein arm docking complex bound to doublet microtubules from C. reinhardtii

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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