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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23084 | |||||||||
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タイトル | Outer dynein arm docking complex bound to doublet microtubules from C. reinhardtii | |||||||||
マップデータ | composite map of ODA-DC bound to doublet microtubules | |||||||||
試料 |
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キーワード | dynein / microtubule / cilia / MOTOR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 outer dynein arm / axonemal dynein complex / outer dynein arm assembly / cilium movement involved in cell motility / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / motile cilium / dynein intermediate chain binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton ...outer dynein arm / axonemal dynein complex / outer dynein arm assembly / cilium movement involved in cell motility / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / motile cilium / dynein intermediate chain binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / calcium ion binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Walton T / Wu H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure of a microtubule-bound axonemal dynein. 著者: Travis Walton / Hao Wu / Alan Brown / 要旨: Axonemal dyneins are tethered to doublet microtubules inside cilia to drive ciliary beating, a process critical for cellular motility and extracellular fluid flow. Axonemal dyneins are evolutionarily ...Axonemal dyneins are tethered to doublet microtubules inside cilia to drive ciliary beating, a process critical for cellular motility and extracellular fluid flow. Axonemal dyneins are evolutionarily and biochemically distinct from cytoplasmic dyneins that transport cargo, and the mechanisms regulating their localization and function are poorly understood. Here, we report a single-particle cryo-EM reconstruction of a three-headed axonemal dynein natively bound to doublet microtubules isolated from cilia. The slanted conformation of the axonemal dynein causes interaction of its motor domains with the neighboring dynein complex. Our structure shows how a heterotrimeric docking complex specifically localizes the linear array of axonemal dyneins to the doublet microtubule by directly interacting with the heavy chains. Our structural analysis establishes the arrangement of conserved heavy, intermediate and light chain subunits, and provides a framework to understand the roles of individual subunits and the interactions between dyneins during ciliary waveform generation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23084.map.gz | 3.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23084-v30.xml emd-23084.xml | 56.3 KB 56.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23084.png | 112.2 KB | ||
マスクデータ | emd_23084_msk_1.map | 93 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-23084.cif.gz | 11.2 KB | ||
その他 | emd_23084_additional_1.map.gz emd_23084_additional_10.map.gz emd_23084_additional_11.map.gz emd_23084_additional_12.map.gz emd_23084_additional_13.map.gz emd_23084_additional_14.map.gz emd_23084_additional_15.map.gz emd_23084_additional_2.map.gz emd_23084_additional_3.map.gz emd_23084_additional_4.map.gz emd_23084_additional_5.map.gz emd_23084_additional_6.map.gz emd_23084_additional_7.map.gz emd_23084_additional_8.map.gz emd_23084_additional_9.map.gz | 305.5 KB 83.4 MB 84 MB 83.4 MB 8.1 MB 83.7 MB 83.6 MB 83.7 MB 83.5 MB 84.2 MB 83.5 MB 236.3 KB 83.5 MB 84.1 MB 305.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23084 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23084 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23084_validation.pdf.gz | 437.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23084_full_validation.pdf.gz | 437 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23084_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23084_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23084 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23084 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23084.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 93 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | composite map of ODA-DC bound to doublet microtubules | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
+マスク #1
+追加マップ: mask for focused refinement of DC1/2
+追加マップ: half map 1 for focused refinement of gamma HC N-terminal tail
+追加マップ: focused refinement of gamma HC N-terminal tail
+追加マップ: half map 2 for focused refinement of gamma HC N-terminal tail
+追加マップ: refinement of entire ODA-DC
+追加マップ: half map 2 for refinement of entire ODA-DC
+追加マップ: half map 1 for refinement of entire ODA-DC
+追加マップ: half map 1 for focused refinement of DC1/2
+追加マップ: half map 2 for focused refinement of DC1/2
+追加マップ: focused refinement of DC1/2
+追加マップ: half map 1 for focused refinement of DC3
+追加マップ: mask for focused refinement of DC3
+追加マップ: half map 2 for focused refinement of DC3
+追加マップ: focused refinement of DC3
+追加マップ: mask for focused refinement of gamma HC N-terminal tail
-試料の構成要素
+全体 : ODA docking complex
+超分子 #1: ODA docking complex
+分子 #1: Tubulin beta
+分子 #2: Tubulin alpha
+分子 #3: Dynein gamma chain, flagellar outer arm
+分子 #4: Outer dynein arm-docking complex subunit 1
+分子 #5: Outer dynein arm protein 1
+分子 #6: Outer dynein arm-docking complex protein DC3
+分子 #7: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #8: MAGNESIUM ION
+分子 #9: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 20 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Buffer also contained 1x Protease Arrest (G-Biosciences) | |||||||||||||||||||||
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: 15 mA | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 2.5 ul of splayed axoneme solution was then dispensed onto glow-discharged C-Flat 1.2/1.3-4Cu grids inside a Vitrobot Mark IV under 100% humidity. After a 10 s delay time, cryo-EM samples ...詳細: 2.5 ul of splayed axoneme solution was then dispensed onto glow-discharged C-Flat 1.2/1.3-4Cu grids inside a Vitrobot Mark IV under 100% humidity. After a 10 s delay time, cryo-EM samples were prepared by first blotting for 10 s with blot force set to 16 and immediately plunged into liquid ethane.. | |||||||||||||||||||||
詳細 | Splayed axonemes isolated from Chlamydomonas reinhardtii flagella. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 25 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 20524 / 平均露光時間: 3.7 sec. / 平均電子線量: 61.48 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 82.0 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 0 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) 詳細: The composite map was generated from three focused refinements of the full ODA-DC map. The three focused refinements centered on DC1/2 (3.1 A), DC3 (3.2 A), and heavy chain gamma (3.2 A). 使用した粒子像数: 485694 |
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Segment selection | 選択した数: 5584147 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-7kzo: |