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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22839 | |||||||||
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タイトル | BDBV-289 bound to EBOV GPdMuc Makona | |||||||||
マップデータ | Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody Fab BDBV-289 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / extracellular region / membrane / Virion spike glycoprotein / Virion spike glycoprotein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Ebola virus (エボラウイルス) / Zaire ebolavirus (エボラウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Murin CD / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Convergence of a common solution for broad ebolavirus neutralization by glycan cap-directed human antibodies. 著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / ...著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / Jeffrey Copps / Tanwee Alkutkar / Andrew I Flyak / Alexander Bukreyev / James E Crowe / Andrew B Ward / 要旨: Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of ...Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of their epitopes and basis for neutralization are not well understood. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of diverse glycan cap antibodies that variably synergize with GP base-binding antibodies. These structures describe a conserved site of vulnerability that anchors the mucin-like domains (MLDs) to the glycan cap, which we call the MLD anchor and cradle. Antibodies that bind to the MLD cradle share common features, including use of IGHV1-69 and IGHJ6 germline genes, which exploit hydrophobic residues and form β-hairpin structures to mimic the MLD anchor, disrupt MLD attachment, destabilize GP quaternary structure, and block cleavage events required for receptor binding. Our results provide a molecular basis for ebolavirus neutralization by broadly reactive glycan cap antibodies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22839.map.gz | 7.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22839-v30.xml emd-22839.xml | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22839_fsc.xml | 10.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22839.png | 54.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22839 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22839 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22839_validation.pdf.gz | 362.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22839_full_validation.pdf.gz | 362.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22839_validation.xml.gz | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22839_validation.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22839 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22839 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22839.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody Fab BDBV-289 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of Ebola virus GP (mucin-deleted Makona strain) bound to ...
全体 | 名称: Complex of Ebola virus GP (mucin-deleted Makona strain) bound to BDBV-289 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of Ebola virus GP (mucin-deleted Makona strain) bound to ...
超分子 | 名称: Complex of Ebola virus GP (mucin-deleted Makona strain) bound to BDBV-289 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: Fab and GP expressed in HEK 293F cells, complexed and purified by size exclusion chromatography |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293F / 組換プラスミド: pPPI4 and AbVec |
-分子 #1: Virion spike glycoprotein
分子 | 名称: Virion spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus (エボラウイルス) |
分子量 | 理論値: 34.978613 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARSIPLG VIHNSTLQVS DVDKLVCRDK LSSTNQLRSV GLNLEGNGVA TDVPSVTKR WGFRSGVPPK VVNYEAGEWA ENCYNLEIKK PDGSECLPAA PDGIRGFPRC RYVHKVSGTG PCAGDFAFHK E GAFFLYDR ...文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARSIPLG VIHNSTLQVS DVDKLVCRDK LSSTNQLRSV GLNLEGNGVA TDVPSVTKR WGFRSGVPPK VVNYEAGEWA ENCYNLEIKK PDGSECLPAA PDGIRGFPRC RYVHKVSGTG PCAGDFAFHK E GAFFLYDR LASTVIYRGT TFAEGVVAFL ILPQAKKDFF SSHPLREPVN ATEDPSSGYY STTIRYQATG FGTNETEYLF EV DNLTYVQ LESRFTPQFL LQLNETIYAS GKRSNTTGKL IWKVNPEIDT TIGEWAFWET KKNLTRKIRS EELSFT |
-分子 #2: Antibody Fab heavy chain (HC) BDBV-289
分子 | 名称: Antibody Fab heavy chain (HC) BDBV-289 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 26.864316 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MELGLRWVFL VAILEGVQCQ VQLVQSGAEV KKPGSSVKVS CKASGATFGS DTVTWVRQAP GQGLEWMGGI IPFFGEANYA QRFQGRVTI TADKSTNTAY MELSSLRSED TAVYFCARQI NEMATFGEIH YYTYMDVWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA P SSKSTSGG ...文字列: MELGLRWVFL VAILEGVQCQ VQLVQSGAEV KKPGSSVKVS CKASGATFGS DTVTWVRQAP GQGLEWMGGI IPFFGEANYA QRFQGRVTI TADKSTNTAY MELSSLRSED TAVYFCARQI NEMATFGEIH YYTYMDVWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA P SSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TK VDKRVEP KSCD |
-分子 #3: Antibody Fab light chain (LC) BDBV-289
分子 | 名称: Antibody Fab light chain (LC) BDBV-289 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.725422 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGWSCIILFL VATATGVHGS ELTQDPAVSV ALGQTVRITC QGDSLRNYYA SWYQQKPRQA PVLVFYGKNN RPSGIPDRFS GSSSGNTAS LTISGAQAED EADYYCNSRD SSSNHLVFGG GTKLTVLSQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF Y PGAVTVAW ...文字列: MGWSCIILFL VATATGVHGS ELTQDPAVSV ALGQTVRITC QGDSLRNYYA SWYQQKPRQA PVLVFYGKNN RPSGIPDRFS GSSSGNTAS LTISGAQAED EADYYCNSRD SSSNHLVFGG GTKLTVLSQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF Y PGAVTVAW KADSSPVKAG VETTTPSKQS NNKYAASSYL SLTPEQWKSH RSYSCQVTHE GSTVEKTVAP TEC |
-分子 #4: Virion spike glycoprotein
分子 | 名称: Virion spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Zaire ebolavirus (エボラウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.158592 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: NNNTHHQDTG EESASSGKLG LITNTIAGVA GLITGGRRTR REVIVNAQPK CNPNLHYWTT QDEGAAIGLA WIPYFGPAAE GIYTEGLMH NQDGLICGLR QLANETTQAL QLFLRATTEL RTFSILNRKA IDFLLQRWGG TCHILGPDCC IEPHDWTKNI T DKIDQIIH ...文字列: NNNTHHQDTG EESASSGKLG LITNTIAGVA GLITGGRRTR REVIVNAQPK CNPNLHYWTT QDEGAAIGLA WIPYFGPAAE GIYTEGLMH NQDGLICGLR QLANETTQAL QLFLRATTEL RTFSILNRKA IDFLLQRWGG TCHILGPDCC IEPHDWTKNI T DKIDQIIH DDDDKAGWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEK |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 9 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |