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万見
- EMDB-22774: Cryo-EM structure of the Sec complex from T. lanuginosus, wild-ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22774
タイトルCryo-EM structure of the Sec complex from T. lanuginosus, wild-type, class with Sec62, plug-open conformation
マップデータunsharpened, lowpass-filtered map
試料
  • 複合体: Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex from T. lanuginosus
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport channel Sec61 complex, alpha subunit (Sec61)
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport channel Sec61 complex, gamma subunit (Sss1)
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport channel Sec61 complex, beta subunit (Sbh1)
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec63
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec66/Sec71
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec72
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec62
キーワードSec61 / translocon / endoplasmic reticulum / protein translocation / Sec62 / Sec63 / channel / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / cytosol to endoplasmic reticulum transport / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane ...misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / cytosol to endoplasmic reticulum transport / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / filamentous growth / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / peptide transmembrane transporter activity / nuclear inner membrane / retrograde protein transport, ER to cytosol / protein transmembrane transporter activity / ERAD pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell periphery / ribosome binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translocation protein Sec66 / Preprotein translocase subunit Sec66 / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Nt-dnaJ domain signature. ...Translocation protein Sec66 / Preprotein translocase subunit Sec66 / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / DnaJ domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocation protein SEC63 / Protein transport protein SEC61 / Translocation protein SEC66 / Protein transport protein SSS1 / Translocation protein SEC72 / Protein transport protein SBH1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomyces lanuginosus (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Itskanov S / Park E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Stepwise gating of the Sec61 protein-conducting channel by Sec63 and Sec62.
著者: Samuel Itskanov / Katie M Kuo / James C Gumbart / Eunyong Park /
要旨: Many proteins are transported into the endoplasmic reticulum by the universally conserved Sec61 channel. Post-translational transport requires two additional proteins, Sec62 and Sec63, but their ...Many proteins are transported into the endoplasmic reticulum by the universally conserved Sec61 channel. Post-translational transport requires two additional proteins, Sec62 and Sec63, but their functions are poorly defined. In the present study, we determined cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of several variants of Sec61-Sec62-Sec63 complexes from Saccharomyces cerevisiae and Thermomyces lanuginosus and show that Sec62 and Sec63 induce opening of the Sec61 channel. Without Sec62, the translocation pore of Sec61 remains closed by the plug domain, rendering the channel inactive. We further show that the lateral gate of Sec61 must first be partially opened by interactions between Sec61 and Sec63 in cytosolic and luminal domains, a simultaneous disruption of which completely closes the channel. The structures and molecular dynamics simulations suggest that Sec62 may also prevent lipids from invading the channel through the open lateral gate. Our study shows how Sec63 and Sec62 work together in a hierarchical manner to activate Sec61 for post-translational protein translocation.
履歴
登録2020年10月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月6日-
マップ公開2021年1月6日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.385
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.385
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kal
  • 表面レベル: 0.385
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22774.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22774.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened, lowpass-filtered map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 256 pix.
= 291.84 Å		1.14 Å/pix.
x 256 pix.
= 291.84 Å		1.14 Å/pix.
x 256 pix.
= 291.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.385 / ムービー #1: 0.385
最小 - 最大-0.50120264 - 1.4630853
平均 (標準偏差)0.0045695836 (±0.05733145)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 291.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.141.141.14
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z291.840291.840291.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.5011.4630.005

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22774_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map

ファイルemd_22774_additional_1.map
注釈Sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_22774_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_22774_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex fro...

全体名称: Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex from T. lanuginosus
要素
  • 複合体: Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex from T. lanuginosus
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport channel Sec61 complex, alpha subunit (Sec61)
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport channel Sec61 complex, gamma subunit (Sss1)
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport channel Sec61 complex, beta subunit (Sbh1)
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec63
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec66/Sec71
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec72
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec62

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超分子 #1: Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex fro...

超分子名称: Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex from T. lanuginosus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類)

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分子 #1: Protein transport channel Sec61 complex, alpha subunit (Sec61)

分子名称: Protein transport channel Sec61 complex, alpha subunit (Sec61)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類)
分子量理論値: 52.42743 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
配列文字列: MSGLRFLDLI KPFTPLLPEV AAPETKVPFN QKLMWTGLTL LIFLVMSQMP LYGIVSSDTS DPLYWLRMML ASNRGTLMEL GITPIISSG MVFQLLAGTH LIDVNLDLKT DRELYQTAQK LFAIILSFGQ ACVHVLTGLY GQPSDLGAGI CVLLIVQLVV A GLVVILLD ...文字列:
MSGLRFLDLI KPFTPLLPEV AAPETKVPFN QKLMWTGLTL LIFLVMSQMP LYGIVSSDTS DPLYWLRMML ASNRGTLMEL GITPIISSG MVFQLLAGTH LIDVNLDLKT DRELYQTAQK LFAIILSFGQ ACVHVLTGLY GQPSDLGAGI CVLLIVQLVV A GLVVILLD ELLQKGYGLG SGISLFIATN ICESIVWKAF SPTTINTGRG PEFEGAIIAL FHLLLTWPDK QRALREAFYR QS LPNIMNL LATLLVFAAV IYLQGFRVEI PVKSARQRGV RGSYPVRLFY TSNMPIMLQS ALCSNVFLIS QMLYSRFSDN LLV RLLGVW EPREGSAQLH AASGIAYYMS PPLNFKEALL DPVHTVVYIT FMLVACALFS KTWIEVSGSS PRDVAKQLKD QGLV MAGHR EQSMYKELKR VIPTAAAFGG ACIGALSVAS DLLGALGSGT GILLAVTIIY GYFEMAAREG DFGQGLRGLV PGNGS

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分子 #2: Protein transport channel Sec61 complex, gamma subunit (Sss1)

分子名称: Protein transport channel Sec61 complex, gamma subunit (Sss1)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類)
分子量理論値: 7.852352 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
配列文字列:
MSEQVQELLD IPRDFLKDGM QFIHKCQKPD RKEFKKVCQA VAIGFVAMGA IGYIVKLVHI PINNILVAGS

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分子 #3: Protein transport channel Sec61 complex, beta subunit (Sbh1)

分子名称: Protein transport channel Sec61 complex, beta subunit (Sbh1)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類)
分子量理論値: 12.491097 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
配列文字列:
MASSGAESGS ESKSPNPGAG SGPGSASGSS AGVIRPSSPT PPGGPRAAIR RRAAADHKES LRNARPSSTR AAGAGGSSGT MLKLYTDES PGLRVDPVVV LVLSLCFIFS VVGLHVIAKI TRKFSS

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分子 #4: Protein transport protein Sec63

分子名称: Protein transport protein Sec63 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類)
分子量理論値: 79.976703 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
配列文字列: GGSGGSGGSG GSGGSMSSRE YNYDENGQFF PFFVLTLTGL VTLPLTYSLL KPPKKVESTA PRIKSDFKPQ HDDIIQNQKR KRLRKERRV KRAIAVVVGW AIIGYMVYLI IVTRRTAPKI WDPYEILGIS RSADERAIAR RYKRLSLLYH PDKVRPDPSK N ETMEMLNQ ...文字列:
GGSGGSGGSG GSGGSMSSRE YNYDENGQFF PFFVLTLTGL VTLPLTYSLL KPPKKVESTA PRIKSDFKPQ HDDIIQNQKR KRLRKERRV KRAIAVVVGW AIIGYMVYLI IVTRRTAPKI WDPYEILGIS RSADERAIAR RYKRLSLLYH PDKVRPDPSK N ETMEMLNQ RFVELTKAYK ALTDEEIRNN YLQYGHPDGK QSYSIGIALP KLIIEEGSGK YVLMLYASLL GILLPYIVGR WW YGSQRYT REKVLAASAG NMFREYEGTM IGGPIVNALS TGEEYKEMLS GPKAEEGLAK VEKKVLALDE KILSAKDREV LRK IDNPVR RKALALLWAY LNRIDLEDPV LNEEKYEAGS IALSLTESFT AIALAFGNLI PIIGAYRISQ CIVQAISPGS SPLL QLPYF TPKVVESVEG ADVKTHLSVQ KYLDMPEERR RSLTVGPGLL TEDQYNSAIA VAKQLPLFAI SKAFFKVAGE RVVTP SSLV QLVIKGRIIP PGSTGVPDVT EKDLEDIDPD EADVNAIIGR KGATKPSGKS GDENDGDRVQ PPLAHAPYLP RDHPPR WHI FLADAKQGKI AVPPFTFTTF DKPIFDEQGK PTFNMQTLRM QFQAPPQVGN FSFVLHMISD SYMGFDVKQE ITLQVED PS KAAVLQEEDD ISEPDEDSIA GQMQALKTGV PPKKKKVVES DDDESDTEGD EEDTSETDTE TDTDEEGSGT GENLYFQ

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分子 #5: Protein transport protein Sec66/Sec71

分子名称: Protein transport protein Sec66/Sec71 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類)
分子量理論値: 27.555285 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
配列文字列: MDWLTLVVPF AYLGVLIGCL ATFSSLYRRR KAAKAASLEP WFPPHLQRDI YHSLLHLDQQ QQNEKKTRVP ETVLKAALLR RAAEDIKRV MAIREQKQAL ALLLQRGSVG DELWQRFLRA EKEMEDEVRD VVAEANSYAP NWGQVIFQSA REMDANATYR A RMEEYQAT ...文字列:
MDWLTLVVPF AYLGVLIGCL ATFSSLYRRR KAAKAASLEP WFPPHLQRDI YHSLLHLDQQ QQNEKKTRVP ETVLKAALLR RAAEDIKRV MAIREQKQAL ALLLQRGSVG DELWQRFLRA EKEMEDEVRD VVAEANSYAP NWGQVIFQSA REMDANATYR A RMEEYQAT VAEERAWWDK KRASIQEGFM KELDAEKERP ATAASTATNT TSTTSDDDAV LVEAEKEGTS SPAPGKKKKK GK KGS

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分子 #6: Protein transport protein Sec72

分子名称: Protein transport protein Sec72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類)
分子量理論値: 23.382234 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
配列文字列: MSSDLDTYTH YPLHLDPSSK AVSLATTEGQ TPAQTEAVEA ELQQLNALHR SLISLDPPNV PPPPLPINPK RSAQITKLKE TANTAYKRG NHGEAVRLYS YAIEMAAGRP GWEPVNLARE ELSGLYANRA QAHMAQQMWP EGWVDAKCSV ESKPVGNAKG W WRGGKCLV ...文字列:
MSSDLDTYTH YPLHLDPSSK AVSLATTEGQ TPAQTEAVEA ELQQLNALHR SLISLDPPNV PPPPLPINPK RSAQITKLKE TANTAYKRG NHGEAVRLYS YAIEMAAGRP GWEPVNLARE ELSGLYANRA QAHMAQQMWP EGWVDAKCSV ESKPVGNAKG W WRGGKCLV EMGRYDEARA WIEQALGIEG PASDGGKELA ALLEEIKAGS QRRQGS

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分子 #7: Protein transport protein Sec62

分子名称: Protein transport protein Sec62 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類)
分子量理論値: 44.460074 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
配列文字列: MAAPPPGMTP QQFAALQQHM QQQIAAEAAK RGMTVEEFSK MQREQLNAEA AKAGMTPEQY INQLRMRALQ QRAAMQQQMQ QQQQQGGQG QTQGQGQGQG QQGQGQPQVQ HVQHVQQQVS VNPNAPPNPK AIALAKWLRS QNLKARTCIL DGQRREMFKV K RALRALES ...文字列:
MAAPPPGMTP QQFAALQQHM QQQIAAEAAK RGMTVEEFSK MQREQLNAEA AKAGMTPEQY INQLRMRALQ QRAAMQQQMQ QQQQQGGQG QTQGQGQGQG QQGQGQPQVQ HVQHVQQQVS VNPNAPPNPK AIALAKWLRS QNLKARTCIL DGQRREMFKV K RALRALES PEYQKAAAKN KLLPPVTDRA SAENAFKLLP LSFLALRVSK VSSNYNKGKR VKGLWTVKVE QHQDTDPMTH YV WLYEGPQ WKQKALAAAF VIGIFAIVLF PLWPIMLRQG VWYLSVGMLG LLGLFFALAI VRLILFCVTV FVVPPGIWLF PNL FEDVGF IDSFKPLWAW NEKKKKPKKA KAAVSKSQEK GAAPTTAAPE APTATTTSSE AQPSSSSGTA SKRNLAASVE DAEE GS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 35 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 43860 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1632659 / 詳細: autopicked particles
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction from cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) / 詳細: cryoSPARC non-uniform refinement / 使用した粒子像数: 114704
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) / 詳細: Non-uniform refinement from cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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