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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22421 | ||||||||||||
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タイトル | ORC-DNA: Human Origin Recognition Complex (ORC) with DNA bound in the core | ||||||||||||
マップデータ | ORC-DNA: Human Origin Recognition Complex (ORC) with DNA bound in the core | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | replication / AAA+ / ORC / DNA-binding / cryoEM / replication-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / nuclear pre-replicative complex / inner kinetochore / DNA replication preinitiation complex / Activation of the pre-replicative complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling ...polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / nuclear pre-replicative complex / inner kinetochore / DNA replication preinitiation complex / Activation of the pre-replicative complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / neural precursor cell proliferation / Activation of ATR in response to replication stress / G1/S-Specific Transcription / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / protein polymerization / DNA replication initiation / glial cell proliferation / heterochromatin / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / chromosome, telomeric region / DNA replication / nuclear body / chromatin binding / centrosome / nucleotide binding / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Jaremko MJ / Joshua-Tor L | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: The dynamic nature of the human origin recognition complex revealed through five cryoEM structures. 著者: Matt J Jaremko / Kin Fan On / Dennis R Thomas / Bruce Stillman / Leemor Joshua-Tor / 要旨: Genome replication is initiated from specific origin sites established by dynamic events. The Origin Recognition Complex (ORC) is necessary for orchestrating the initiation process by binding to ...Genome replication is initiated from specific origin sites established by dynamic events. The Origin Recognition Complex (ORC) is necessary for orchestrating the initiation process by binding to origin DNA, recruiting CDC6, and assembling the MCM replicative helicase on DNA. Here we report five cryoEM structures of the human ORC (HsORC) that illustrate the native flexibility of the complex. The absence of ORC1 revealed a compact, stable complex of ORC2-5. Introduction of ORC1 opens the complex into several dynamic conformations. Two structures revealed dynamic movements of the ORC1 AAA+ and ORC2 winged-helix domains that likely impact DNA incorporation into the ORC core. Additional twist and pinch motions were observed in an open ORC conformation revealing a hinge at the ORC5·ORC3 interface that may facilitate ORC binding to DNA. Finally, a structure of ORC was determined with endogenous DNA bound in the core revealing important differences between human and yeast origin recognition. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22421.map.gz | 98.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22421-v30.xml emd-22421.xml | 24.5 KB 24.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22421.png | 146.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22421.cif.gz | 8.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22421 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22421 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22421.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ORC-DNA: Human Origin Recognition Complex (ORC) with DNA bound in the core | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : ORC-DNA
+超分子 #1: ORC-DNA
+分子 #1: Origin recognition complex subunit 1
+分子 #2: Origin recognition complex subunit 2
+分子 #3: Origin recognition complex subunit 3
+分子 #4: Origin recognition complex subunit 4
+分子 #5: Origin recognition complex subunit 5
+分子 #6: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*T)-3')
+分子 #7: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*T)-3')
+分子 #8: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #9: MAGNESIUM ION
+分子 #10: POTASSIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9068 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 231 / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient | ||||||||||||
得られたモデル | PDB-7jps: |
-原子モデル構築 2
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE |
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得られたモデル | PDB-7jps: |