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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22340 | |||||||||
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タイトル | Type IV-B CRISPR Complex | |||||||||
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![]() | CRISPR Complex / IMMUNE SYSTEM-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
![]() | Bravo JPK / Taylor DW | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of a type IV CRISPR-Cas ribonucleoprotein complex. 著者: Yi Zhou / Jack P K Bravo / Hannah N Taylor / Jurre A Steens / Ryan N Jackson / Raymond H J Staals / David W Taylor / ![]() ![]() 要旨: We reveal the cryo-electron microscopy structure of a type IV-B CRISPR ribonucleoprotein (RNP) complex (Csf) at 3.9-Å resolution. The complex best resembles the type III-A CRISPR Csm effector ...We reveal the cryo-electron microscopy structure of a type IV-B CRISPR ribonucleoprotein (RNP) complex (Csf) at 3.9-Å resolution. The complex best resembles the type III-A CRISPR Csm effector complex, consisting of a Cas7-like (Csf2) filament intertwined with a small subunit (Cas11) filament, but the complex lacks subunits for RNA processing and target DNA cleavage. Surprisingly, instead of assembling around a CRISPR-derived RNA (crRNA), the complex assembles upon heterogeneous RNA of a regular length arranged in a pseudo-A-form configuration. These findings provide a high-resolution glimpse into the assembly and function of enigmatic type IV CRISPR systems, expanding our understanding of class I CRISPR-Cas system architecture, and suggesting a function for type IV-B RNPs that may be distinct from other class 1 CRISPR-associated systems. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11 KB 11 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 86 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 349.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 349.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Csf CRISPR Complex
全体 | 名称: Csf CRISPR Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Csf CRISPR Complex
超分子 | 名称: Csf CRISPR Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Csf2 (Cas7)
分子 | 名称: Csf2 (Cas7) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 32.085174 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSWSHPQFEK GAMTLSTIRW DVDIIAQSSI VHRDDYTSVG SDTFTLFRRE KIIGPDGQIL QIPLISGSSF RGVLRRVGEA LTAEVLGYE DVALPVPAAH LLTNGGRLAK SAHPLTDEEE RNLKELLPQI AVFGGAASGR VMSGLLSVSK VLPEIAELAH L LPRPPHST ...文字列: MSWSHPQFEK GAMTLSTIRW DVDIIAQSSI VHRDDYTSVG SDTFTLFRRE KIIGPDGQIL QIPLISGSSF RGVLRRVGEA LTAEVLGYE DVALPVPAAH LLTNGGRLAK SAHPLTDEEE RNLKELLPQI AVFGGAASGR VMSGLLSVSK VLPEIAELAH L LPRPPHST PLLPAVLSVA DESFTHLPDH RPSTGGAPRT DHADGSPLGR FAIETLPAGT RLQTWARLDN ATEHQAAFFD NV LSTFAAH GHLGGRSAAG HGQVTATVTA TALRGSLPRP TVDWVNQLAD DRDAAIAALT RLT UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #3: Csf4 (Cas11)
分子 | 名称: Csf4 (Cas11) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 17.939254 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTTPTPTQVW RATVPELPPL VDEAGDTGSA TARAADTAER LLLLLHYSID WESSWVADPK HRKTYWDELL PGRVRRAAYR ADTLDRWWS EVAGQLGAPA PRHRDRRLEL ATLLREPALP VITVLRDSLP ALLLRVRIIA EAVAAQRGNN SAATSSADPN E PA UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #2: RNA (31-MER)
分子 | 名称: RNA (31-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 9.561382 KDa |
配列 | 文字列: AUUUUUUUUU AUUAUUUUUA UUUUUUAUUU U |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 296319 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |