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万見
- EMDB-22145: 10S myosin II (smooth muscle) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22145
タイトル10S myosin II (smooth muscle)
マップデータ10S myosin II (smooth muscle)
試料
  • 複合体: Smooth muscle myosin II
    • タンパク質・ペプチド: Myosin II heavy chain (smooth muscle)
    • タンパク質・ペプチド: Myosin light chain smooth muscle isoform
    • タンパク質・ペプチド: Myosin light chain 9
キーワードmotor protein / auto-inhibited form / 10 S conformation / CONTRACTILE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


myofibril assembly / myosin filament / actomyosin structure organization / myosin II complex / structural constituent of muscle / microfilament motor activity / myofibril / stress fiber / platelet aggregation / actin filament binding ...myofibril assembly / myosin filament / actomyosin structure organization / myosin II complex / structural constituent of muscle / microfilament motor activity / myofibril / stress fiber / platelet aggregation / actin filament binding / calcium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / : / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. ...: / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / : / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin-11 / EF-hand domain-containing protein / Myosin light chain smooth muscle isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Yang S / Craig R
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)R01AR072036 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)R01AR067279 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL139883 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the inhibited (10S) form of myosin II.
著者: Shixin Yang / Prince Tiwari / Kyoung Hwan Lee / Osamu Sato / Mitsuo Ikebe / Raúl Padrón / Roger Craig /
要旨: Myosin II is the motor protein that enables muscle cells to contract and nonmuscle cells to move and change shape. The molecule has two identical heads attached to an elongated tail, and can exist in ...Myosin II is the motor protein that enables muscle cells to contract and nonmuscle cells to move and change shape. The molecule has two identical heads attached to an elongated tail, and can exist in two conformations: 10S and 6S, named for their sedimentation coefficients. The 6S conformation has an extended tail and assembles into polymeric filaments, which pull on actin filaments to generate force and motion. In 10S myosin, the tail is folded into three segments and the heads bend back and interact with each other and the tail, creating a compact conformation in which ATPase activity, actin activation and filament assembly are all highly inhibited. This switched-off structure appears to function as a key energy-conserving storage molecule in muscle and nonmuscle cells, which can be activated to form functional filaments as needed-but the mechanism of its inhibition is not understood. Here we have solved the structure of smooth muscle 10S myosin by cryo-electron microscopy with sufficient resolution to enable improved understanding of the function of the head and tail regions of the molecule and of the key intramolecular contacts that cause inhibition. Our results suggest an atomic model for the off state of myosin II, for its activation and unfolding by phosphorylation, and for understanding the clustering of disease-causing mutations near sites of intramolecular interaction.
履歴
登録2020年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月2日-
マップ公開2020年12月2日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xe9
  • 表面レベル: 0.0125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22145.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22145.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈10S myosin II (smooth muscle)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 398.4 Å		1.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 398.4 Å		1.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 398.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.328 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0125 / ムービー #1: 0.0125
最小 - 最大-0.028260319 - 0.065150745
平均 (標準偏差)0.0001402507 (±0.001608689)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 398.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3281.3281.328
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z398.400398.400398.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0280.0650.000

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添付データ

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ハーフマップ: 10S myosin II (smooth muscle) half map

ファイルemd_22145_half_map_1.map
注釈10S myosin II (smooth muscle) half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 10S myosin II (smooth muscle) half map

ファイルemd_22145_half_map_2.map
注釈10S myosin II (smooth muscle) half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Smooth muscle myosin II

全体名称: Smooth muscle myosin II
要素
  • 複合体: Smooth muscle myosin II
    • タンパク質・ペプチド: Myosin II heavy chain (smooth muscle)
    • タンパク質・ペプチド: Myosin light chain smooth muscle isoform
    • タンパク質・ペプチド: Myosin light chain 9

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超分子 #1: Smooth muscle myosin II

超分子名称: Smooth muscle myosin II / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Whole myosin II isolated from turkey gizzard
由来(天然)生物種: Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) / 器官: gizzard / 組織: smooth muscle
分子量理論値: 530 KDa

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分子 #1: Myosin II heavy chain (smooth muscle)

分子名称: Myosin II heavy chain (smooth muscle) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: myosin ATPase
由来(天然)生物種: Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
分子量理論値: 229.14825 KDa
配列文字列: MSQKPLSDDE KFLFVDKNFV NNPLAQADWS AKKLVWVPSE KHGFEAASIK EEKGDEVTVE LQENGKKVTL SKDDIQKMNP PKFSKVEDM AELTCLNEAS VLHNLRERYF SGLIYTYSGL FCVVVNPYKQ LPIYSEKIID MYKGKKRHEM PPHIYAIADT A YRSMLQDR ...文字列:
MSQKPLSDDE KFLFVDKNFV NNPLAQADWS AKKLVWVPSE KHGFEAASIK EEKGDEVTVE LQENGKKVTL SKDDIQKMNP PKFSKVEDM AELTCLNEAS VLHNLRERYF SGLIYTYSGL FCVVVNPYKQ LPIYSEKIID MYKGKKRHEM PPHIYAIADT A YRSMLQDR EDQSILCTGE SGAGKTENTK KVIQYLAVVA SSHKGKKDTS ITQGPSFSYG ELEKQLLQAN PILEAFGNAK TV KNDNSSR FGKFIRINFD VTGYIVGANI ETYLLEKSRA IRQAKDERTF HIFYYLIAGA SEQMRNDLLL EGFNNYTFLS NGH VPIPAQ QDDEMFQETL EAMRIMGFTE EEQTSILRVV SSVLQLGNIV FKKERNTDQA SMPDNTAAQK VCHLMGINVT DFTR SILTP RIKVGRDVVQ KAQTKEQADF AIEALAKAKF ERLFRWILTR VNKALDKTKR QGASFLGILD IAGFEIFEIN SFEQL CINY TNEKLQQLFN HTMFILEQEE YQREGIEWNF IDFGLDLQPC IELIERPTNP PGVLALLDEE CWFPKATDTS FVEKLI QEQ GNHPKFQKSK QLKDKTEFCI LHYAGKVSYN ASAWLTKNMD PLNDNVTSLL NQSSDKFVAD LWKDVDRIVG LDQMAKM TE SSLPSSSKTK KGMFRTVGQL YKEQLTKLMT TLRNTNPNFV RCIIPNHEKR AGKLDAHLVL EQLRCNGVLE GIRICRQG F PNRIVFQEFR QRYEILAANA IPKGFMDGKQ ACILMIKALE LDPNLYRIGQ SKIFFRTGVL AHLEEERDLK ITDVIIAFQ AQCRGYLARK AFAKRQQQLT AMKVIQRNCA AYLKLRNWQW WRLFTKVKPL LQVTRQEEEM QAKDEELQRT KERQQKAEAE LKELEQKHT QLCEEKNLLQ EKLQAETELY AEAEEMRVRL AAKKQELEEI LHEMEARIEE EEERSQQLQA EKKKMQQQML D LEEQLEEE EAARQKLQLE KVTADGKIKK MEDDILIMED QNNKLTKERK LLEERVSDLT TNLAEEEEKA KNLTKLKNKH ES MISELEV RLKKEEKTRQ ELEKTKRKLE GESSDLHEQI AELQAQIAEL KAQLAKKEEE LQAALARLED ETSQKNNALK KIR ELESHI SDLQEDLESE KAARNKAEKQ KRDLGEELEA LKTELEDTLD TTATQQELRA KREQEVTVLK RALEEETRTH EAQV QEMRQ KHTQAVEELT EQLEQFKRAK ANLDKTKQTL EKDNADLANE VRSLSQAKQD VEHKKKKLEV QLQDLQSKYT DGERV RTEL NEKVHKLQIE VENVTSLLNE AESKNIKLTK DVATLGSQLQ DTQELLQEET RQKLNVTTKL RQLEDDKNSL QEQLDE EVE AKQNLERHIS TLTIQLSDSK KKLQEFTATI ETMEEGKKKF QREIESLTQQ FEEKAASYDK LEKTKNRLQQ ELDDLVV DL DNQRQLVSNL EKKQKKFDQM LAEEKNISSK YADERDRAEA EAREKETKAL SLARALEEAL EAKEELERTN KMLKAEME D LVSSKDDVGK NVHELEKSKR TLEQQVEEMK TQLEELEDEL QAAEDAKLRL EVNMQAMKSQ FERDLQARDE QNEEKRRQL LKQLHEHETE LEDERKQRAL AAAAKKKLEV DVKDLESQVD SVNKAREEAI KQLRKLQAQM KDYQRDLDDA RAAREEIFAT ARENEKKAK NLEAELIQLQ EDLAAAERAR KQADLEKEEM AEELASATSG RTSLQDDKRR LEARIAQLEE ELDEEHSNIE A MSDRMRKA VQQAEQLNNE LATERATAQK NENARQQLER QNKELRSKLQ EMEGAVKSKF KSTIAALEAK IASLEEQLEQ EA REKQAAA KTLRQKDKKL KDALLQVEDE KKQAEQYKDQ AEKGNLRLKQ LKRQLEEAEE ESQRINANRR KLQRELDEAT ESN DALGRE VAALKSKLRR GNEPVSFAPP RRSGGRRVIE NATDGGEQEI DGRDGDLNGK ASE

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分子 #2: Myosin light chain smooth muscle isoform

分子名称: Myosin light chain smooth muscle isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
分子量理論値: 16.989145 KDa
配列文字列:
MCDFSEEQTA EFKEAFQLFD RTGDGKILYS QCGDVMRALG QNPTNAEVMK VLGNPKSDEM NLKTLNFEQF LPMMQTIAKN KDQGCFEDY VEGLRVFDKE GNGTVMGAEI RHVLVTLGEK MTEEEVEQLV AGHEDSNGCI NYEELVRMVL SG

UniProtKB: Myosin light chain smooth muscle isoform

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分子 #3: Myosin light chain 9

分子名称: Myosin light chain 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
分子量理論値: 19.872244 KDa
配列文字列:
MSSKRAKAKT TKKRPQRATS NVFAMFDQSQ IQEFKEAFNM IDQNRDGFID KEDLHDMLAS MGKNPTDEYL EGMMSEAPGP INFTMFLTM FGEKLNGTDP EDVIRNAFAC FDEEASGFIH EDHLRELLTT MGDRFTDEEV DEMYREAPID KKGNFNYVEF T RILKHGAK DKDD

UniProtKB: EF-hand domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
0.15 MCH3COONasodium acetate
1.0 mMC14H24N2O10EGTA
2.5 mMMgCl2magnesium chloride
0.5 mMC10H16N5O13P3adenosine triphosphate
10.0 mMC7H15NO4SMOPS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The specimen was cross-linked in presence of 0.1% glutaraldehyde for 60 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 10951 / 平均電子線量: 43.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1765220
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: 3D reconstruction from negative staining
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 168613
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1i84

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2fxm

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6xe9:
10S myosin II (smooth muscle)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る