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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21929 | |||||||||
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タイトル | Human ER membrane protein complex in a lipid nanodisc, overall map | |||||||||
マップデータ | 'Overall' human EMC post-processed, sharpened, and masked map. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / Miscellaneous transport and binding events / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / magnesium ion transmembrane transporter activity ...extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / Miscellaneous transport and binding events / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / magnesium ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity / protein folding in endoplasmic reticulum / copper ion transport / autophagosome assembly / RHOA GTPase cycle / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of angiogenesis / early endosome membrane / carbohydrate binding / angiogenesis / early endosome / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Januszyk K / Tomaleri GP / Pleiner T / Voorhees RM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structural basis for membrane insertion by the human ER membrane protein complex. 著者: Tino Pleiner / Giovani Pinton Tomaleri / Kurt Januszyk / Alison J Inglis / Masami Hazu / Rebecca M Voorhees / 要旨: A defining step in the biogenesis of a membrane protein is the insertion of its hydrophobic transmembrane helices into the lipid bilayer. The nine-subunit endoplasmic reticulum (ER) membrane protein ...A defining step in the biogenesis of a membrane protein is the insertion of its hydrophobic transmembrane helices into the lipid bilayer. The nine-subunit endoplasmic reticulum (ER) membrane protein complex (EMC) is a conserved co- and posttranslational insertase at the ER. We determined the structure of the human EMC in a lipid nanodisc to an overall resolution of 3.4 angstroms by cryo-electron microscopy, permitting building of a nearly complete atomic model. We used structure-guided mutagenesis to demonstrate that substrate insertion requires a methionine-rich cytosolic loop and occurs via an enclosed hydrophilic vestibule within the membrane formed by the subunits EMC3 and EMC6. We propose that the EMC uses local membrane thinning and a positively charged patch to decrease the energetic barrier for insertion into the bilayer. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21929.map.gz | 11.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21929-v30.xml emd-21929.xml | 28.9 KB 28.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21929_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21929.png | 40.5 KB | ||
マスクデータ | emd_21929_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_21929_additional.map.gz emd_21929_half_map_1.map.gz emd_21929_half_map_2.map.gz | 98.3 MB 98.5 MB 98.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21929 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21929 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21929_validation.pdf.gz | 714.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21929_full_validation.pdf.gz | 714.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21929_validation.xml.gz | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21929_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21929 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21929 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21929.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 'Overall' human EMC post-processed, sharpened, and masked map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.836 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_21929_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Human EMC unprocessed, unsharpened, and unmasked 'overall' map.
ファイル | emd_21929_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Human EMC unprocessed, unsharpened, and unmasked 'overall' map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 'Overall' human EMC half map
ファイル | emd_21929_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 'Overall' human EMC half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 'Overall' human EMC half map
ファイル | emd_21929_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 'Overall' human EMC half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Human ER Membrane Protein Complex
+超分子 #1: Human ER Membrane Protein Complex
+分子 #1: ER membrane protein complex subunit 1
+分子 #2: ER membrane protein complex subunit 2
+分子 #3: ER membrane protein complex subunit 3
+分子 #4: ER Membrane Protein Complex Subunit 4
+分子 #5: Membrane magnesium transporter 1
+分子 #6: ER membrane protein complex subunit 6
+分子 #7: ER membrane protein complex subunit 7
+分子 #8: ER membrane protein complex subunit 8
+分子 #9: ER membrane protein complex subunit 10
+分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279 K | ||||||||||||
詳細 | Sample solubilized and purified in DDM, then reconstituted into lipid nanodisc. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 10 / 実像数: 6345 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 59.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 59808 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-6ww7: |