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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21853 | |||||||||
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タイトル | E. coli RNAPs70-SspA-gadA DNA complex | |||||||||
マップデータ | E. coli RNAPs70-SspA-gadA DNA unsharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase complex / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor antagonist complex / response to stress / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / response to starvation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity ...sigma factor antagonist complex / response to stress / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / response to starvation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / glutathione metabolic process / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / transcription antitermination / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli TA054 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å | |||||||||
データ登録者 | Travis BA / Brennan RG | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Structural Basis for Virulence Activation of Francisella tularensis. 著者: Brady A Travis / Kathryn M Ramsey / Samantha M Prezioso / Thomas Tallo / Jamie M Wandzilak / Allen Hsu / Mario Borgnia / Alberto Bartesaghi / Simon L Dove / Richard G Brennan / Maria A Schumacher / 要旨: The bacterium Francisella tularensis (Ft) is one of the most infectious agents known. Ft virulence is controlled by a unique combination of transcription regulators: the MglA-SspA heterodimer, PigR, ...The bacterium Francisella tularensis (Ft) is one of the most infectious agents known. Ft virulence is controlled by a unique combination of transcription regulators: the MglA-SspA heterodimer, PigR, and the stress signal, ppGpp. MglA-SspA assembles with the σ-associated RNAP holoenzyme (RNAPσ), forming a virulence-specialized polymerase. These factors activate Francisella pathogenicity island (FPI) gene expression, which is required for virulence, but the mechanism is unknown. Here we report FtRNAPσ-promoter-DNA, FtRNAPσ-(MglA-SspA)-promoter DNA, and FtRNAPσ-(MglA-SspA)-ppGpp-PigR-promoter DNA cryo-EM structures. Structural and genetic analyses show MglA-SspA facilitates σ binding to DNA to regulate virulence and virulence-enhancing genes. Our Escherichia coli RNAPσhomodimeric EcSspA structure suggests this is a general SspA-transcription regulation mechanism. Strikingly, our FtRNAPσ-(MglA-SspA)-ppGpp-PigR-DNA structure reveals ppGpp binding to MglA-SspA tethers PigR to promoters. PigR in turn recruits FtRNAP αCTDs to DNA UP elements. Thus, these studies unveil a unique mechanism for Ft pathogenesis involving a virulence-specialized RNAP that employs two (MglA-SspA)-based strategies to activate virulence genes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21853.map.gz | 96.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21853-v30.xml emd-21853.xml | 25.5 KB 25.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21853_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21853.png | 63.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21853.cif.gz | 8.6 KB | ||
その他 | emd_21853_additional_1.map.gz | 80.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21853 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21853 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21853_validation.pdf.gz | 655.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21853_full_validation.pdf.gz | 655.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21853_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21853_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21853 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21853 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21853.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | E. coli RNAPs70-SspA-gadA DNA unsharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: E. coli RNAPs70-SspA-gadA DNA unsharpened map
ファイル | emd_21853_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | E. coli RNAPs70-SspA-gadA DNA unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : E. coli RNAPs70SspA-gadA DNA complex
+超分子 #1: E. coli RNAPs70SspA-gadA DNA complex
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: RNA polymerase sigma factor RpoD
+分子 #10: Stringent starvation protein A
+分子 #6: DNA NT-strand
+分子 #7: DNA T-strand
+分子 #8: DNA NT-strand downstream
+分子 #9: DNA T-strand downstream
+分子 #11: MAGNESIUM ION
+分子 #12: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-6wmu: |