[日本語] English
万見
- EMDB-21546: NPC1 structure in GDN micelles at pH 8.0 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21546
タイトルNPC1 structure in GDN micelles at pH 8.0
マップデータ
試料
  • 複合体: NPC1 at pH 8.0
    • タンパク質・ペプチド: NPC intracellular cholesterol transporter 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
キーワードCholesterol Lysosome / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / lipid transporter activity / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / bile acid metabolic process ...cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / lipid transporter activity / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / bile acid metabolic process / programmed cell death / cholesterol transport / establishment of protein localization to membrane / adult walking behavior / cholesterol efflux / lysosomal transport / cholesterol binding / cellular response to steroid hormone stimulus / negative regulation of macroautophagy / protein glycosylation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / response to cadmium ion / negative regulation of TORC1 signaling / cholesterol metabolic process / neurogenesis / liver development / cholesterol homeostasis / macroautophagy / autophagy / endocytosis / transmembrane signaling receptor activity / nuclear envelope / late endosome membrane / signaling receptor activity / virus receptor activity / gene expression / lysosome / symbiont entry into host cell / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NPC1-like / : / NPC1, middle luminal domain / Niemann-Pick C1, N-terminal / Niemann-Pick C1 N terminus / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Protein patched/dispatched / Patched family / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NPC intracellular cholesterol transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Yan N / Qian HW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1420541 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Low-pH-Dependent Lysosomal Cholesterol Egress by NPC1 and NPC2.
著者: Hongwu Qian / Xuelan Wu / Ximing Du / Xia Yao / Xin Zhao / Joyce Lee / Hongyuan Yang / Nieng Yan /
要旨: Lysosomal cholesterol egress requires two proteins, NPC1 and NPC2, whose defects are responsible for Niemann-Pick disease type C (NPC). Here, we present systematic structural characterizations that ...Lysosomal cholesterol egress requires two proteins, NPC1 and NPC2, whose defects are responsible for Niemann-Pick disease type C (NPC). Here, we present systematic structural characterizations that reveal the molecular basis for low-pH-dependent cholesterol delivery from NPC2 to the transmembrane (TM) domain of NPC1. At pH 8.0, similar structures of NPC1 were obtained in nanodiscs and in detergent at resolutions of 3.6 Å and 3.0 Å, respectively. A tunnel connecting the N-terminal domain (NTD) and the transmembrane sterol-sensing domain (SSD) was unveiled. At pH 5.5, the NTD exhibits two conformations, suggesting the motion for cholesterol delivery to the tunnel. A putative cholesterol molecule is found at the membrane boundary of the tunnel, and TM2 moves toward formation of a surface pocket on the SSD. Finally, the structure of the NPC1-NPC2 complex at 4.0 Å resolution was obtained at pH 5.5, elucidating the molecular basis for cholesterol handoff from NPC2 to NPC1(NTD).
履歴
登録2020年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月17日-
マップ公開2020年6月17日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6w5s
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21546.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21546.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 240 pix.
= 267.36 Å		1.11 Å/pix.
x 240 pix.
= 267.36 Å		1.11 Å/pix.
x 240 pix.
= 267.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.114 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.21078092 - 0.28183684
平均 (標準偏差)-0.00008428435 (±0.005989468)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 267.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1141.1141.114
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z267.360267.360267.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ250250250
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.2110.282-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : NPC1 at pH 8.0

全体名称: NPC1 at pH 8.0
要素
  • 複合体: NPC1 at pH 8.0
    • タンパク質・ペプチド: NPC intracellular cholesterol transporter 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate

-
超分子 #1: NPC1 at pH 8.0

超分子名称: NPC1 at pH 8.0 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 150 KDa

-
分子 #1: NPC intracellular cholesterol transporter 1

分子名称: NPC intracellular cholesterol transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 146.083688 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTARGLALGL LLLLLCPAQV FSQSCVWYGE CGIAYGDKRY NCEYSGPPKP LPKDGYDLVQ ELCPGFFFGN VSLCCDVRQL QTLKDNLQL PLQFLSRCPS CFYNLLNLFC ELTCSPRQSQ FLNVTATEDY VDPVTNQTKT NVKELQYYVG QSFANAMYNA C RDVEAPSS ...文字列:
MTARGLALGL LLLLLCPAQV FSQSCVWYGE CGIAYGDKRY NCEYSGPPKP LPKDGYDLVQ ELCPGFFFGN VSLCCDVRQL QTLKDNLQL PLQFLSRCPS CFYNLLNLFC ELTCSPRQSQ FLNVTATEDY VDPVTNQTKT NVKELQYYVG QSFANAMYNA C RDVEAPSS NDKALGLLCG KDADACNATN WIEYMFNKDN GQAPFTITPV FSDFPVHGME PMNNATKGCD ESVDEVTAPC SC QDCSIVC GPKPQPPPPP APWTILGLDA MYVIMWITYM AFLLVFFGAF FAVWCYRKRY FVSEYTPIDS NIAFSVNASD KGE ASCCDP VSAAFEGCLR RLFTRWGSFC VRNPGCVIFF SLVFITACSS GLVFVRVTTN PVDLWSAPSS QARLEKEYFD QHFG PFFRT EQLIIRAPLT DKHIYQPYPS GADVPFGPPL DIQILHQVLD LQIAIENITA SYDNETVTLQ DICLAPLSPY NTNCT ILSV LNYFQNSHSV LDHKKGDDFF VYADYHTHFL YCVRAPASLN DTSLLHDPCL GTFGGPVFPW LVLGGYDDQN YNNATA LVI TFPVNNYYND TEKLQRAQAW EKEFINFVKN YKNPNLTISF TAERSIEDEL NRESDSDVFT VVISYAIMFL YISLALG HM KSCRRLLVDS KVSLGIAGIL IVLSSVACSL GVFSYIGLPL TLIVIEVIPF LVLAVGVDNI FILVQAYQRD ERLQGETL D QQLGRVLGEV APSMFLSSFS ETVAFFLGAL SVMPAVHTFS LFAGLAVFID FLLQITCFVS LLGLDIKRQE KNRLDIFCC VRGAEDGTSV QASESCLFRF FKNSYSPLLL KDWMRPIVIA IFVGVLSFSI AVLNKVDIGL DQSLSMPDDS YMVDYFKSIS QYLHAGPPV YFVLEEGHDY TSSKGQNMVC GGMGCNNDSL VQQIFNAAQL DNYTRIGFAP SSWIDDYFDW VKPQSSCCRV D NITDQFCN ASVVDPACVR CRPLTPEGKQ RPQGGDFMRF LPMFLSDNPN PKCGKGGHAA YSSAVNILLG HGTRVGATYF MT YHTVLQT SADFIDALKK ARLIASNVTE TMGINGSAYR VFPYSVFYVF YEQYLTIIDD TIFNLGVSLG AIFLVTMVLL GCE LWSAVI MCATIAMVLV NMFGVMWLWG ISLNAVSLVN LVMSCGISVE FCSHITRAFT VSMKGSRVER AEEALAHMGS SVFS GITLT KFGGIVVLAF AKSQIFQIFY FRMYLAMVLL GATHGLIFLP VLLSYIGPSV NKAKSCATEE RYKGTERERL LNFLE GSDE VDAGSHHHHH HHHHHGSVED YKDDDDK

UniProtKB: NPC intracellular cholesterol transporter 1

-
分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
分子 #6: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

-
分子 #7: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 813922
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る