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万見
- EMDB-21429: Density-fitted Model Structure of Antibody Variable Domains of Ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21429
タイトルDensity-fitted Model Structure of Antibody Variable Domains of TyTx11 in Complex with Typhoid Toxin
マップデータFull map
試料
  • 複合体: Complex of TyTx11 Fab with Typhoid toxin
    • 複合体: Typhoid toxin
      • タンパク質・ペプチド: Pertussis like toxin subunit B
      • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin-like subunit ArtA
      • タンパク質・ペプチド: Cytolethal distending toxin subunit B
    • 複合体: TyTx11 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Variable Domain of Kappa Chain of TyTx11 Antibody
      • タンパク質・ペプチド: Variable Domain of Heavy Chain of Antibody TyTx11
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / : / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / toxin activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cytolethal distending toxin B / Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Enterotoxin / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Pertussis like toxin subunit B / Pertussis-like toxin subunit ArtA / Cytolethal distending toxin S-CDT / Pertussis-like toxin subunit / Pertussis toxin-like subunit ArtA / Cytolethal distending toxin subunit B homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Nguyen T / Song J
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R03 AI135767 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM098621 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM116942 米国
引用ジャーナル: iScience / 年: 2021
タイトル: Mechanisms of typhoid toxin neutralization by antibodies targeting glycan receptor binding and nuclease subunits.
著者: Changhwan Ahn / Yi-An Yang / Durga P Neupane / Tri Nguyen / Angelene F Richards / Ji Hyun Sim / Nicholas J Mantis / Jeongmin Song /
要旨: Nearly all clinical isolates of Typhi, the cause of typhoid fever, are antibiotic resistant. All Typhi isolates secrete an AB exotoxin called typhoid toxin to benefit the pathogen during infection. ...Nearly all clinical isolates of Typhi, the cause of typhoid fever, are antibiotic resistant. All Typhi isolates secrete an AB exotoxin called typhoid toxin to benefit the pathogen during infection. Here, we demonstrate that antibiotic-resistant Typhi secretes typhoid toxin continuously during infection regardless of antibiotic treatment. We characterize typhoid toxin antibodies targeting glycan-receptor-binding PltB or nuclease CdtB, which neutralize typhoid toxin and , as demonstrated by using typhoid toxin secreted by antibiotic-resistant Typhi during human cell infection and lethal dose typhoid toxin challenge to mice. TyTx11 generated in this study neutralizes typhoid toxin effectively, comparable to TyTx4 that binds to all PltB subunits available per holotoxin. Cryoelectron microscopy explains that the binding of TyTx11 to CdtB makes this subunit inactive through CdtB catalytic-site conformational change. The identified toxin-neutralizing epitopes are conserved across all Typhi clinical isolates, offering critical insights into typhoid toxin-neutralizing strategies.
履歴
登録2020年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月24日-
マップ公開2021年2月24日-
更新2021年7月14日-
現状2021年7月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vx4
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21429.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21429.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.047669347 - 0.12601173
平均 (標準偏差)1.5912465e-06 (±0.0033823168)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 255.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.231.231.23
M x/y/z208208208
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z255.840255.840255.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ410410410
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS208208208
D min/max/mean-0.0480.1260.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21429_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: RELION 3 Postprocess Map

ファイルemd_21429_additional_1.map
注釈RELION 3 Postprocess Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: RELION 3 Postprocess Map - Masked

ファイルemd_21429_additional_2.map
注釈RELION 3 Postprocess Map - Masked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_21429_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_21429_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of TyTx11 Fab with Typhoid toxin

全体名称: Complex of TyTx11 Fab with Typhoid toxin
要素
  • 複合体: Complex of TyTx11 Fab with Typhoid toxin
    • 複合体: Typhoid toxin
      • タンパク質・ペプチド: Pertussis like toxin subunit B
      • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin-like subunit ArtA
      • タンパク質・ペプチド: Cytolethal distending toxin subunit B
    • 複合体: TyTx11 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Variable Domain of Kappa Chain of TyTx11 Antibody
      • タンパク質・ペプチド: Variable Domain of Heavy Chain of Antibody TyTx11

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超分子 #1: Complex of TyTx11 Fab with Typhoid toxin

超分子名称: Complex of TyTx11 Fab with Typhoid toxin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Map of Fab segment of IgG antibody TyTx11 in complex with purified Typhoid toxin

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超分子 #2: Typhoid toxin

超分子名称: Typhoid toxin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2, #4-#5 / 詳細: S. Typhi A2B5 toxin wild type
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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超分子 #3: TyTx11 Fab

超分子名称: TyTx11 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3 / 詳細: Fab segment of IgG antibody TyTx11
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 組換細胞: Hybridoma

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分子 #1: Variable Domain of Kappa Chain of TyTx11 Antibody

分子名称: Variable Domain of Kappa Chain of TyTx11 Antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞: Hybridoma
分子量理論値: 11.689935 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
DIQMTQSSSY LSVSQGDRVT ITCKASDHID NWLAWYQQKP GNAPRLLISG ATSLKTGLPS RFSGSGSGKD FSLSITNLQT EDVASYYCQ QYWRTPYTFG GGTKLEI

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分子 #2: Pertussis like toxin subunit B

分子名称: Pertussis like toxin subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
分子量理論値: 12.563042 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
EWTGDNTNAY YSDEVISELH VGQIDTSPYF CIKTVKANGS GTPVVACAVS KQSIWAPSFK ELLDQARYFY STGQSVRIHV QKNIWTYPL FVNTFSANAL VGLSSCSATQ CFGPK

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分子 #3: Variable Domain of Heavy Chain of Antibody TyTx11

分子名称: Variable Domain of Heavy Chain of Antibody TyTx11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 20.049723 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
EVQLQQSGPV LVKPGPSVKI SCKASGYSFI DYFMNWVMQS HGKSLEWIGR IDPYSGDTFY NQKFKGKATL TVDKSSTTAH MELRSLASE DSAVYYCARE VLNYYAMDYW GQGTSVTVSS AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSPWYI SFLKLNKIF(UNK) RE(UNK)

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分子 #4: Pertussis toxin-like subunit ArtA

分子名称: Pertussis toxin-like subunit ArtA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
分子量理論値: 25.117145 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: VDFVYRVDST PPDVIFRDGF SLLGYNRNFQ QFISGRSCSG GSSDSRYIAT TSSVNQTYAI ARAYYSRSTF KGNLYRYQIR ADNNFYSLL PSITYLETQG GHFNAYEKTM MRLQREYVST LSILPENIQK AVALVYDSAT GLVKDGVSTM NASYLGLSTT S NPGVIPFL ...文字列:
VDFVYRVDST PPDVIFRDGF SLLGYNRNFQ QFISGRSCSG GSSDSRYIAT TSSVNQTYAI ARAYYSRSTF KGNLYRYQIR ADNNFYSLL PSITYLETQG GHFNAYEKTM MRLQREYVST LSILPENIQK AVALVYDSAT GLVKDGVSTM NASYLGLSTT S NPGVIPFL PEPQTYTQQR IDAFGPLISS CFSIGSVCHS HRGQRADVYN MSFYDARPVI ELILSK

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分子 #5: Cytolethal distending toxin subunit B

分子名称: Cytolethal distending toxin subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
分子量理論値: 28.149777 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: NISDYKVMTW NLQGSSASTE SKWNVNVRQL LSGTAGVDIL MVQEAGAVPT SAVPTGRHIQ PFGVGIPIDE YTWNLGTTSR QDIRYIYHS AIDVGARRVN LAIVSRQRAD NVYVLRPTTV ASRPVIGIGL GNDVFLTAHA LASGGPDAAA IVRVTINFFR Q PQMRHLSW ...文字列:
NISDYKVMTW NLQGSSASTE SKWNVNVRQL LSGTAGVDIL MVQEAGAVPT SAVPTGRHIQ PFGVGIPIDE YTWNLGTTSR QDIRYIYHS AIDVGARRVN LAIVSRQRAD NVYVLRPTTV ASRPVIGIGL GNDVFLTAHA LASGGPDAAA IVRVTINFFR Q PQMRHLSW FLAGDFNRSP DRLENDLMTE HLERVVAVLA PTEPTQIGGG ILDYGVIVDR APYSQRVEAL RNPQLASDHY PV AFLARSC LEHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
15.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
150.0 mMNaClsodium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 2.0 second before plunging.
詳細Freshly prepared size-exclusion-chromatography purified complex of TyTx11 IgG and Typhoid toxin wild-type

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.7 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 63000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4k6l

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 61478
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4k6l


6gff

chain_id: K

1f11

chain_id: B
詳細Initial local fitting was done using Chimera and then Coot was used for rebuilding Fab variable domains into correct sequences. Refinement was performed using Real Space Refine in PHENIX and was iterated with manual building in Coot.
得られたモデル

PDB-6vx4:
Density-fitted Model Structure of Antibody Variable Domains of TyTx11 in Complex with Typhoid Toxin

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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