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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21371 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Single particle reconstruction of glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus based on data acquired in the presence of substantial aberrations | ||||||||||||||||||
マップデータ | Single particle reconstruction of glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus based on data acquired in the presence of substantial aberrations | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | glucose isomerase / ISOMERASE | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Streptomyces rubiginosus (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Bromberg R / Guo Y | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2020 タイトル: High-resolution cryo-EM reconstructions in the presence of substantial aberrations. 著者: Raquel Bromberg / Yirui Guo / Dominika Borek / Zbyszek Otwinowski / 要旨: Here, an analysis is performed of how uncorrected antisymmetric aberrations, such as coma and trefoil, affect cryo-EM single-particle reconstruction (SPR) results, and an analytical formula ...Here, an analysis is performed of how uncorrected antisymmetric aberrations, such as coma and trefoil, affect cryo-EM single-particle reconstruction (SPR) results, and an analytical formula quantifying information loss owing to their presence is inferred that explains why Fourier-shell coefficient-based statistics may report significantly overestimated resolution if these aberrations are not fully corrected. The analysis is validated with reference-based aberration refinement for two cryo-EM SPR data sets acquired with a 200 kV microscope in the presence of coma exceeding 40 µm, and 2.3 and 2.7 Å reconstructions for 144 and 173 kDa particles, respectively, were obtained. The results provide a description of an efficient approach for assessing information loss in cryo-EM SPR data acquired in the presence of higher order aberrations, and address inconsistent guidelines regarding the level of aberrations that is acceptable in cryo-EM SPR experiments. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: High-resolution cryo-EM reconstructions in the presence of substantial aberrations 著者: Bromberg R / Guo Y / Borek D / Otwinowski Z | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21371.map.gz | 1.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21371-v30.xml emd-21371.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21371.png | 148.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21371.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21371 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21371 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21371_validation.pdf.gz | 360.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21371_full_validation.pdf.gz | 359.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21371_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21371_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21371 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21371 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6vrsMC 6vsaC 6vscC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10360 (タイトル: 2.7 Angstrom cryo-EM reconstructions of glucose isomerase in the presence of substantial aberrations Data size: 1.0 TB Data #1: Unaligned multiframe data for xylose isomerase (glucose isomerase) [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21371.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single particle reconstruction of glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus based on data acquired in the presence of substantial aberrations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : glucose isomerase
全体 | 名称: glucose isomerase |
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要素 |
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-超分子 #1: glucose isomerase
超分子 | 名称: glucose isomerase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces rubiginosus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 172.9 KDa |
-分子 #1: xylose isomerase
分子 | 名称: xylose isomerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: xylose isomerase |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces rubiginosus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 43.283297 KDa |
配列 | 文字列: MNYQPTPEDR FTFGLWTVGW QGRDPFGDAT RRALDPVESV RRLAELGAHG VTFHDDDLIP FGSSDSEREE HVKRFRQALD DTGMKVPMA TTNLFTHPVF KDGGFTANDR DVRRYALRKT IRNIDLAVEL GAETYVAWGG REGAESGGAK DVRDALDRMK E AFDLLGEY ...文字列: MNYQPTPEDR FTFGLWTVGW QGRDPFGDAT RRALDPVESV RRLAELGAHG VTFHDDDLIP FGSSDSEREE HVKRFRQALD DTGMKVPMA TTNLFTHPVF KDGGFTANDR DVRRYALRKT IRNIDLAVEL GAETYVAWGG REGAESGGAK DVRDALDRMK E AFDLLGEY VTSQGYDIRF AIEPKPNEPR GDILLPTVGH ALAFIERLER PELYGVNPEV GHEQMAGLNF PHGIAQALWA GK LFHIDLN GQNGIKYDQD LRFGAGDLRA AFWLVDLLES AGYSGPRHFD FKPPRTEDFD GVWASAAGCM RNYLILKERA AAF RADPEV QEALRASRLD ELARPTAADG LQALLDDRSA FEEFDVDAAA ARGMAFERLD QLAMDHLLGA RG UniProtKB: Xylose isomerase |
-分子 #2: MANGANESE (II) ION
分子 | 名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: MN |
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分子量 | 理論値: 54.938 Da |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 16 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 40 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 名称: HEPES |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TALOS |
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アライメント法 | Basic - Residual tilt: 5.3 mrad |
詳細 | The goal of the experiment was to show that it is possible to perform high resolution reconstruction in the presence of higher order aberrations. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-200 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 202 / 平均露光時間: 100.0 sec. / 平均電子線量: 120.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | COOT was crucial as well. |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: REFMAC |
得られたモデル | PDB-6vrs: |