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万見
- PDB-6vrs: Single particle reconstruction of glucose isomerase from Streptom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vrs
タイトルSingle particle reconstruction of glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus based on data acquired in the presence of substantial aberrations
要素xylose isomerase
キーワードISOMERASE / glucose isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bromberg, R. / Guo, Y. / Borek, D. / Otwinowski, Z.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM117080 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM118619 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R21GM126406 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0019600 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用
ジャーナル: IUCrJ / 年: 2020
タイトル: High-resolution cryo-EM reconstructions in the presence of substantial aberrations.
著者: Raquel Bromberg / Yirui Guo / Dominika Borek / Zbyszek Otwinowski /
要旨: Here, an analysis is performed of how uncorrected antisymmetric aberrations, such as coma and trefoil, affect cryo-EM single-particle reconstruction (SPR) results, and an analytical formula ...Here, an analysis is performed of how uncorrected antisymmetric aberrations, such as coma and trefoil, affect cryo-EM single-particle reconstruction (SPR) results, and an analytical formula quantifying information loss owing to their presence is inferred that explains why Fourier-shell coefficient-based statistics may report significantly overestimated resolution if these aberrations are not fully corrected. The analysis is validated with reference-based aberration refinement for two cryo-EM SPR data sets acquired with a 200 kV microscope in the presence of coma exceeding 40 µm, and 2.3 and 2.7 Å reconstructions for 144 and 173 kDa particles, respectively, were obtained. The results provide a description of an efficient approach for assessing information loss in cryo-EM SPR data acquired in the presence of higher order aberrations, and address inconsistent guidelines regarding the level of aberrations that is acceptable in cryo-EM SPR experiments.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: High-resolution cryo-EM reconstructions in the presence of substantial aberrations
著者: Bromberg, R. / Guo, Y. / Borek, D. / Otwinowski, Z.
履歴
登録2020年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21371
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: xylose isomerase
B: xylose isomerase
C: xylose isomerase
D: xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,57312
ポリマ－173,1334
非ポリマー4408
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 2 - 388 / Label seq-ID: 2 - 388

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-1, -0.000246, -0.000207), (0.000246, -1, -3.9E-5), (-0.000207, -3.9E-5, 1)91.02138, 85.53458, 0.01184
3given(1), (1), (1)
4given(-1, 0.000169, 0.000241), (0.000169, 1, -0.000113), (-0.000241, -0.000113, -1)90.98003, 0.00166, 101.93268
5given(1), (1), (1)
6given(1, -3.7E-5, -1.3E-5), (-3.7E-5, -1, -1.7E-5), (-1.3E-5, 1.7E-5, -1)0.00259, 85.54288, 101.91992
7given(1), (1), (1)
8given(1, 7.7E-5, -3.4E-5), (7.7E-5, -1, 0.000152), (-3.4E-5, -0.000152, -1)-0.00074, 85.52891, 101.9242
9given(1), (1), (1)
10given(-1, -0.000213, 0.000219), (-0.000213, 1, 5.8E-5), (-0.000219, 5.8E-5, -1)90.99798, 0.01026, 101.92677
11given(1), (1), (1)
12given(-1, -0.000136, 0.000253), (0.000136, -1, 9.4E-5), (0.000253, 9.4E-5, 1)90.99215, 85.52562, -0.0187

-
要素

#1: タンパク質
xylose isomerase / glucose isomerase


分子量: 43283.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: glucose isomerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.1729 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分濃度: 20 mM / 名称: HEPES
試料濃度: 40 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS TALOS
詳細: The goal of the experiment was to show that it is possible to perform high resolution reconstruction in the presence of higher order aberrations.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / Residual tilt: 5.3 mradians
撮影平均露光時間: 100 sec. / 電子線照射量: 120 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 202
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 200 / 利用したフレーム数/画像: 1-200

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0257 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cisTEM粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cisTEMCTF補正
7MOLREPモデルフィッティング
9cisTEM初期オイラー角割当
13REFMACモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 114522
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61909 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 詳細: We used the approach implemented in cisTEM. / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: REFMAC / 詳細: COOT was crucial as well.
原子モデル構築PDB-ID: 5VR0

5vr0


Accession code: 5VR0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 2.7→100.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / SU B: 11.452 / SU ML: 0.218 / ESU R: 0.417
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.245 --
obs0.245 79487 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 80.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å2-0 Å20.01 Å2
2--1.57 Å2-0 Å2
3----2.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 12208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.01212472
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.6021.63916884
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.40551544
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg32.24820.784816
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.633151960
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg16.59515140
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1150.21508
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0080.0210140
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it5.4177.4136188
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it8.60811.1477728
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it7.0818.3746284
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined16.00146781
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

数: 3046 / Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.87

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A1.05
22B1.08
33C0.35
44D0.38
55A1.02
66B1.04
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.745 5855 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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