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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21302 | ||||||||||||
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タイトル | Human Diacylglycerol Acyltransferase 1 in complex with oleoyl-CoA | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | diacylglycerol acyltransferase 1 / MBOAT / oleoyl-CoA / ER / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retinol O-fatty-acyltransferase / 2-acylglycerol O-acyltransferase activity / retinol O-fatty-acyltransferase activity / monoacylglycerol biosynthetic process / Triglyceride biosynthesis / diacylglycerol metabolic process / triglyceride biosynthetic process / Acyl chain remodeling of DAG and TAG / long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / diacylglycerol O-acyltransferase ...retinol O-fatty-acyltransferase / 2-acylglycerol O-acyltransferase activity / retinol O-fatty-acyltransferase activity / monoacylglycerol biosynthetic process / Triglyceride biosynthesis / diacylglycerol metabolic process / triglyceride biosynthetic process / Acyl chain remodeling of DAG and TAG / long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / diacylglycerol O-acyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase activity / very-low-density lipoprotein particle assembly / lipid storage / triglyceride metabolic process / acyltransferase activity / fatty acid homeostasis / specific granule membrane / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang L / Qian H | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structure and mechanism of human diacylglycerol O-acyltransferase 1. 著者: Lie Wang / Hongwu Qian / Yin Nian / Yimo Han / Zhenning Ren / Hanzhi Zhang / Liya Hu / B V Venkataram Prasad / Arthur Laganowsky / Nieng Yan / Ming Zhou / 要旨: Diacylglycerol O-acyltransferase 1 (DGAT1) synthesizes triacylglycerides and is required for dietary fat absorption and fat storage in humans. DGAT1 belongs to the membrane-bound O-acyltransferase ...Diacylglycerol O-acyltransferase 1 (DGAT1) synthesizes triacylglycerides and is required for dietary fat absorption and fat storage in humans. DGAT1 belongs to the membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) superfamily, members of which are found in all kingdoms of life and are involved in the acylation of lipids and proteins. How human DGAT1 and other mammalian members of the MBOAT family recognize their substrates and catalyse their reactions is unknown. The absence of three-dimensional structures also hampers rational targeting of DGAT1 for therapeutic purposes. Here we present the cryo-electron microscopy structure of human DGAT1 in complex with an oleoyl-CoA substrate. Each DGAT1 protomer has nine transmembrane helices, eight of which form a conserved structural fold that we name the MBOAT fold. The MBOAT fold in DGAT1 forms a hollow chamber in the membrane that encloses highly conserved catalytic residues. The chamber has separate entrances for each of the two substrates, fatty acyl-CoA and diacylglycerol. DGAT1 can exist as either a homodimer or a homotetramer and the two forms have similar enzymatic activity. The N terminus of DGAT1 interacts with the neighbouring protomer and these interactions are required for enzymatic activity. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21302.map.gz | 28.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21302-v30.xml emd-21302.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21302_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21302.png | 266.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21302.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_21302_half_map_1.map.gz emd_21302_half_map_2.map.gz | 28.3 MB 28.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21302 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21302 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21302_validation.pdf.gz | 785.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21302_full_validation.pdf.gz | 785.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21302_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21302_validation.cif.gz | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21302 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21302 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21302.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.114 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_21302_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_21302_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human diacylglycerol acyltransferase 1 in complex with oleoyl-CoA
全体 | 名称: human diacylglycerol acyltransferase 1 in complex with oleoyl-CoA |
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要素 |
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-超分子 #1: human diacylglycerol acyltransferase 1 in complex with oleoyl-CoA
超分子 | 名称: human diacylglycerol acyltransferase 1 in complex with oleoyl-CoA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Diacylglycerol O-acyltransferase 1
分子 | 名称: Diacylglycerol O-acyltransferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: diacylglycerol O-acyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 55.339133 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MGDRGSSRRR RTGSRPSSHG GGGPAAAEEE VRDAAAGPDV GAAGDAPAPA PNKDGDAGVG SGHWELRCHR LQDSLFSSDS GFSNYRGIL NWCVVMLILS NARLFLENLI KYGILVDPIQ VVSLFLKDPY SWPAPCLVIA ANVFAVAAFQ VEKRLAVGAL T EQAGLLLH ...文字列: MGDRGSSRRR RTGSRPSSHG GGGPAAAEEE VRDAAAGPDV GAAGDAPAPA PNKDGDAGVG SGHWELRCHR LQDSLFSSDS GFSNYRGIL NWCVVMLILS NARLFLENLI KYGILVDPIQ VVSLFLKDPY SWPAPCLVIA ANVFAVAAFQ VEKRLAVGAL T EQAGLLLH VANLATILCF PAAVVLLVES ITPVGSLLAL MAHTILFLKL FSYRDVNSWC RRARAKAASA GKKASSAAAP HT VSYPDNL TYRDLYYFLF APTLCYELNF PRSPRIRKRF LLRRILEMLF FTQLQVGLIQ QWMVPTIQNS MKPFKDMDYS RII ERLLKL AVPNHLIWLI FFYWLFHSCL NAVAELMQFG DREFYRDWWN SESVTYFWQN WNIPVHKWCI RHFYKPMLRR GSSK WMART GVFLASAFFH EYLVSVPLRM FRLWAFTGMM AQIPLAWFVG RFFQGNYGNA AVWLSLIIGQ PIAVLMYVHD YYVLN YEAP AAEA UniProtKB: Diacylglycerol O-acyltransferase 1 |
-分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-分子 #3: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...
分子 | 名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: P5S |
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分子量 | 理論値: 792.075 Da |
Chemical component information | ChemComp-P5S: |
-分子 #4: S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydrox...
分子 | 名称: S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza- ...名称: S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (9Z)-octadec-9-enethioate (non-preferred name) タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: 3VV |
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分子量 | 理論値: 1.03198 KDa |
Chemical component information | ChemComp-3VV: |
-分子 #5: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
分子 | 名称: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: AV0 |
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分子量 | 理論値: 1.005188 KDa |
Chemical component information | ChemComp-AV0: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 20 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 305 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |