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- EMDB-21226: Negative stain reconstruction of the yeast exocyst octameric complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21226
タイトルNegative stain reconstruction of the yeast exocyst octameric complex.
マップデータPurified yeast exocyst complex stained with uranyl acetate and reconstructed in Relion and cryoSPARC.Fitted PDBs are equivalent to PDB:5YFP and based on DOI: 10.2210/pdb5YFP/pdb.
試料
  • 複合体: NEGATIVE STAIN MAP OF THE YEAST EXOCYST COMPLEX
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC3
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC5
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC6
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC8
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC10
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC15
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component EXO70
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component EXO84
キーワードEXOCYST / COILED-COIL / EXOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle tethering involved in exocytosis / exocyst assembly / exocyst localization / negative regulation of SNARE complex assembly / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / prospore membrane / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip ...vesicle tethering involved in exocytosis / exocyst assembly / exocyst localization / negative regulation of SNARE complex assembly / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / prospore membrane / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis / spliceosomal complex assembly / exocytosis / Rho protein signal transduction / transport vesicle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / SNARE binding / cell periphery / intracellular protein transport / protein localization / small GTPase binding / protein transport / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exocyst complex subunit Sec15, C-terminal / : / : / : / : / Exocyst complex component EXOC6/Sec15, N-terminal / Exocyst complex component Sec8 C-terminal / Exocyst complex component Sec10, N-terminal / Exocyst complex component EXOC6/Sec15 / Exocyst complex component Sec10-like ...Exocyst complex subunit Sec15, C-terminal / : / : / : / : / Exocyst complex component EXOC6/Sec15, N-terminal / Exocyst complex component Sec8 C-terminal / Exocyst complex component Sec10, N-terminal / Exocyst complex component EXOC6/Sec15 / Exocyst complex component Sec10-like / Exocyst complex component EXOC6/Sec15, C-terminal, domain 1 / Exocyst complex component EXOC3/Sec6, C-terminal domain / Exocyst complex subunit Sec15 C-terminal / Exocyst complex component Sec10-like, alpha-helical bundle / Exocyst complex component Sec8, N-terminal / Exocyst complex component EXOC3/Sec6 / Exocyst complex component EXOC2/Sec5 / Exocyst complex component EXOC2/Sec5, N-terminal domain / Exocyst complex component Sec8/EXOC4 / Exocyst complex component Sec8 N-terminal / Exocyst complex component Sec6 / Exocyst complex component Sec5 / Exocyst component Exo84, C-terminal / Exocyst complex component Exo84 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 2 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 1 / Exocyst component 84 C-terminal / Exocyst complex component Exo70 N-terminal / Exocyst complex subunit Exo70, C-terminal / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component Sec3, PIP2-binding N-terminal domain / : / Vps51/EXO84/COG1 N-terminal / Exocyst complex component Sec3, coiled-coil / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Exocyst complex component Exo70 / EXOC6/PINT-1/Sec15/Tip20, C-terminal, domain 2 / Exo70 exocyst complex subunit C-terminal / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Exocyst complex component EXO70 / Exocyst complex component SEC15 / Exocyst complex component SEC6 / Exocyst complex component SEC8 / Exocyst complex component SEC3 / Exocyst complex component EXO84 / Exocyst complex component SEC5 / Exocyst complex component SEC10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Frost A / Munson M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2R01GM068803 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Subunit connectivity, assembly determinants and architecture of the yeast exocyst complex.
著者: Margaret R Heider / Mingyu Gu / Caroline M Duffy / Anne M Mirza / Laura L Marcotte / Alexandra C Walls / Nicholas Farrall / Zhanna Hakhverdyan / Mark C Field / Michael P Rout / Adam Frost / Mary Munson /
要旨: The exocyst is a hetero-octameric complex that has been proposed to serve as the tethering complex for exocytosis, although it remains poorly understood at the molecular level. Here, we purified ...The exocyst is a hetero-octameric complex that has been proposed to serve as the tethering complex for exocytosis, although it remains poorly understood at the molecular level. Here, we purified endogenous exocyst complexes from Saccharomyces cerevisiae and showed that they are stable and consist of all eight subunits with equal stoichiometry. Using a combination of biochemical and auxin induced-degradation experiments in yeast, we mapped the subunit connectivity, identified two stable four-subunit modules within the octamer and demonstrated that several known exocyst-binding partners are not necessary for exocyst assembly and stability. Furthermore, we visualized the structure of the yeast complex by using negative-stain electron microscopy; our results indicate that the exocyst exists predominantly as a stable, octameric complex with an elongated architecture that suggests that the subunits are contiguous helical bundles packed together into a bundle of long rods.
履歴
登録2020年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月29日-
マップ公開2020年7月29日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vkl
  • 表面レベル: 4.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21226.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21226.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Purified yeast exocyst complex stained with uranyl acetate and reconstructed in Relion and cryoSPARC.Fitted PDBs are equivalent to PDB:5YFP and based on DOI: 10.2210/pdb5YFP/pdb.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.871 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.1 / ムービー #1: 4.1
最小 - 最大-2.171029 - 11.401691
平均 (標準偏差)0.028356869 (±0.40476105)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 734.976 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.8712.8712.871
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z734.976734.976734.976
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.17111.4020.028

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NEGATIVE STAIN MAP OF THE YEAST EXOCYST COMPLEX

全体名称: NEGATIVE STAIN MAP OF THE YEAST EXOCYST COMPLEX
要素
  • 複合体: NEGATIVE STAIN MAP OF THE YEAST EXOCYST COMPLEX
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC3
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC5
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC6
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC8
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC10
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC15
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component EXO70
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component EXO84

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超分子 #1: NEGATIVE STAIN MAP OF THE YEAST EXOCYST COMPLEX

超分子名称: NEGATIVE STAIN MAP OF THE YEAST EXOCYST COMPLEX / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Exocyst complex component SEC3

分子名称: Exocyst complex component SEC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 154.889547 KDa
配列文字列: MRSSKSPFKR KSHSRETSHD ENTSFFHKRT ISGSSAHHSR NVSQGAVPSS APPVSGGNYS HKRNVSRASN SSQTSNFLAE QYERDRKAI INCCFSRPDH KTGEPPNNYI THVRIIEDSK FPSSRPPPDS KLENKKKRLL ILSAKPNNAK LIQIHKAREN S DGSFQIGR ...文字列:
MRSSKSPFKR KSHSRETSHD ENTSFFHKRT ISGSSAHHSR NVSQGAVPSS APPVSGGNYS HKRNVSRASN SSQTSNFLAE QYERDRKAI INCCFSRPDH KTGEPPNNYI THVRIIEDSK FPSSRPPPDS KLENKKKRLL ILSAKPNNAK LIQIHKAREN S DGSFQIGR TWQLTELVRV EKDLEISEGF ILTMSKKYYW ETNSAKERTV FIKSLITLYI QTFEGHVPEL VNWDLSLFYL DE RSYQRAV ITNRPGSVSP IKSPTSNFTT NTTQSVGSVP FSAPTERTRR SETESVNPVS TPASVEYHAG MKSLNKAPYS SNS TLNEVN KRYELEQQQQ QEEAELRRLE EQKRLQLQKE NEMKRLEEER RIKQEERKRQ MELEHQRQLE EEERKRQMEL EAKK QMELK RQRQFEEEQR LKKERELLEI QRKQREQETA ERLKKEEQEA LAKKEEEEKS KRNKVDNESY TQEINGKVDN LLEDL NAVL AEETETTPTM QNGTYVPERS TARAHDQLKK PLNIAKVESL GGSDLNDSIS LSDEIAGLNT SNLSGEDQDE KNDLSF EKG DEVRYSNNFE GEAPHVYHEV SIIQEEAPAV SQKLILPEEN NESEALIESK EEIKTMENID DEVLLEILTD INWSIED DA DSMIERIDLR LAETEYLFNQ NLLSLQKIGP NIRPYEDKVN DECHRIIPTL SLFLMEMSNF SNDIENVESQ DNGLQVES A NKKLLWNTLD ELLKTVSLDE ISLNQLLECP IREKNLPWME NQLNLLLKAF QAIGSDGNEV EYNLREISGL KQRLQFYEK VTKIFLNRIV EEMQKKFSNI RGQDISHDQM IRILTTLLIF SPLILFCKEI SQKSYQAIVE NWNVSIQPVY MELWTKKISQ LQGIDTNDE KMNELSLSQL LNEWDTFRKE RKTNDINPVF KNSFSLLTEC LQTMRQECIV YQNFVEVFFH ISSKHNFEEY I KHFNDPDA PPILLDTVKV MQSDREAAVI ETQLVSRIFQ PIVTRLSSYF VELVKAEPTV APALTFYLEN EIKSLESSNH EF LLSAVTR MYTQIKQVWS DNVEEQVLHF ERISNATTNG EILPGILDLP VGLKNSEDLF QFAKRSMDIK DTDEGYESIE LMN SSFRKL SIAATRSITH KEVNSSINPN LSDTAALNND YMETISLLVN SNWLTEMLSM LNFNKDGIFD TSLQNVKKVF DVEK ESYAS FLLRDTMPKL TAFVYGVSNI IENTNNVNMT NPSRWAAYSR QNLENILLAY TSHEIETLVK RLHTHMVNDF GYHQE NAIN NVLCDKLWSC IQGQTVSLYL KLYTVIDKHY RGTNIRFTKN DIISAFEEYK NA

UniProtKB: Exocyst complex component SEC3

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分子 #2: Exocyst complex component SEC5

分子名称: Exocyst complex component SEC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 112.236875 KDa
配列文字列: MDRFQIGDEQ LLRFYQLKTI NPTHSWAQDS SKLNNEEATS NELGVETSFD ILKDFKYGNQ ISIDKESRAY LNDESLSYIR DPLNGQEMS KELQHLPNDS MRLNYLVNSK QFNVKAFLRD MHKQDSFNDL NNSLDRLDSD IQDQSIHLKQ LVGKNFTKYV K IKNKLDQI ...文字列:
MDRFQIGDEQ LLRFYQLKTI NPTHSWAQDS SKLNNEEATS NELGVETSFD ILKDFKYGNQ ISIDKESRAY LNDESLSYIR DPLNGQEMS KELQHLPNDS MRLNYLVNSK QFNVKAFLRD MHKQDSFNDL NNSLDRLDSD IQDQSIHLKQ LVGKNFTKYV K IKNKLDQI YKEFDEKTNE KNQCDSPKEN QINVESLNKK VDEVIRTTTF KLKPLMDNYQ KILNYQATKK FIELNKFYFN LP KSLKRCL TNNDFNEFII EYSKGLTLRR RFNQSSDASQ SLVIKRIWTQ IENLLVTYKD LIWNSLINSN FNIDQPQETI LSL FSKLLN LENFINNNQR ESESGNKNTT SSSNENPILR WMSIKMNGFQ NELNELSGHM ISKIIHSQRL ILQNNTNQDK SQGC VELSY YLKINQLFQI ISDTGKDSEG LKSTVEPNKV NTISGTSYLN LNCQPSSQGL TDSPTIIEMW LLILKYINDL WKICD QFIE FWEHIEKFLD GTYQNSIINE KRKENILIGD SNIIESYQKS LILKEEQINE VRLKGEEFIT SVSQNLISFF TSSQSS LPS SLKDSTGDIT RSNKDSGSPL DYGFIPPNCN GLSCLRYLPK IVEPILKFST ELAQLNITTN GITICRNTLS TIINRCV GA ISSTKLRDIS NFYQLENWQV YETVTFSSKS QDSSKNLTFE YGVTQFPEIV TSFQEVSIKT TRDLLFAYEK LPIINGIS V VSYPSKQLLT GIEIQQIISM EAVLEAILKN AAKDKDNPRN SHTILTLTNL QYFRECAFPN ILQYFDDAFE WNLASKNLE LFSLLSKMES SIFGNYLSDL KINLRDTLEE KFHEINWPMY TSNSFRVGDY IIEALMILIV VHSECFRIGP QLIHKILIET QIFIARYLF EAFKPYVGNL SNDGSLQIIV DLEFFQKVMG PLLEKDTEAT LRACLQNCFQ NDTNRLQKCI NEINPIVSAN L KRTAIQFA AFS

UniProtKB: Exocyst complex component SEC5

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分子 #3: Exocyst complex component SEC6

分子名称: Exocyst complex component SEC6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 93.539703 KDa
配列文字列: MSSDPLQQVC DLIKGDLSLE RVRDIKEQLL KEKSVVEYQL NKESDKYYGE VEESLKLLNL SKNSVTSIKQ QINEVNKLGN DNRFAINRY DILFRATKLY ETVNTTSSIY DRIYNFVALM EHIERLLVAE LAEDALETGC PHLLEIHFLL TSARDFQEQV V VMAKEATE ...文字列:
MSSDPLQQVC DLIKGDLSLE RVRDIKEQLL KEKSVVEYQL NKESDKYYGE VEESLKLLNL SKNSVTSIKQ QINEVNKLGN DNRFAINRY DILFRATKLY ETVNTTSSIY DRIYNFVALM EHIERLLVAE LAEDALETGC PHLLEIHFLL TSARDFQEQV V VMAKEATE DAQRTVMKLF SRLSGIISKF DKLLDGLTYD IVEMARAEQI SLAIRLFKIY DLEEREDLRI EAIRNIIKKK EI EIEKSSI KKLPNSKNTA RLQDETPKVI EYPTNKGLYQ EIMSGTISTR TAPRGYKHFL INGINNSISE MFGEMREKYV GDQ KFDVLD NMDWIFNELI IVKEHIANCC PPHWNIFEVY FDQYYKELHS LITDLVESEP ETIIILDILA FDKTFQDTLK QDFG FTKSE VKSVIGDKEK ETLFKDYLNL IVVKMTEWIG NLEKAEFDVF LERSTPPHSD SDGLLFLDGT KTCFQMFTQQ VEVAA GTNQ AKILVGVVER FSDLLTKRQK NWISKISEEI KKQINYNHKY DIDPESITPE DECPGGLVEY LIAVSNDQMK AADYAV AIS SKYGKLVSKV YEKQITNHLE GTLDGFAEVA QCSSLGLITL MFDDLRKPYQ EIFSKTWYMG SQAQQIADTL DEYLLDI KP QMNSVLFVNF IDNVIGETII KFLTALSFEH SFKNKNNKFL EAMKRDFEIF YQLFVKVLDG NESKDTLITQ NFTVMEFF M DLSCEPIDSI LDIWQKYLEV YWDSRIDLLV GILKCRKDVS SSERKKIVQQ ATEMLHEYRR NMEANGVDRE PTLMRRFVL EFEKQ

UniProtKB: Exocyst complex component SEC6

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分子 #4: Exocyst complex component SEC8

分子名称: Exocyst complex component SEC8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 122.367109 KDa
配列文字列: MDYLKPAQKG RRRGLSINSL SETQQSAMNS SLDHLQNDLN RINLQWNRIL SDNTNPLELA LAFLDDTSVG LGHRYEEFNQ LKSQIGSHL QDVVNEHSQV FNTNVASYGK AVSSIMQAQE QTLNLKNCLK EANEKITTDK GSLQELNDNN LKYTKMIDVL V NIEELLQI ...文字列:
MDYLKPAQKG RRRGLSINSL SETQQSAMNS SLDHLQNDLN RINLQWNRIL SDNTNPLELA LAFLDDTSVG LGHRYEEFNQ LKSQIGSHL QDVVNEHSQV FNTNVASYGK AVSSIMQAQE QTLNLKNCLK EANEKITTDK GSLQELNDNN LKYTKMIDVL V NIEELLQI PEKIEENIRK ENFHQVQILL ERGFILMNNK SLKTVEILKP INQQLELQEH LLFNNLIEEI HDIMYSKSNK TN FTRVTNN DIFKIISISH NGFTSLENYL YNIVNIDIME HSKTINKNLE QFIHDQSLNK GNIMLQENAA TQAPLAPSRN QEN EGFNRI GFLLKTINNI NKLPVAFNII TERAKEEIHN IIVKSTESIR SKHPSLLKMA TSLKNDNHFG LPVQDILSII LREC FWEIF LKLLYAIQCH RAIFEMSNIL QPTSSAKPAF KFNKIWGKLL DEIELLLVRY INDPELISSN NGSIKPINGA TNNAP TLPK RKNPKIFSLE YNIEDNSSVK DQAFELKALL KDIFPGFSVS SNMDLDSIYV KDESFEQDEP LVPPSVFNMK VILDPF LLF TQSTSTIVPS VLTQNTISSL TFFDDYMNKS FLPKIQMTMD YLFTVEVESN NPYALELSDE NHNIFKTALD FQRLFYN LL NVFNTANTFR EKISYCILDL LNHFYNYYLG LFNSLIGTSD RHLTRKIITA WLQNGILMDQ EQKILNGDET LFHEESIE L FKEIPHFYQA GKGLSKSDLF NNLTLDTILQ FSASVLWILN WLPGLKKAIN IDEVSQEPML DADRLRSSWT FSESMDLNY SNPSSSPNSL GNLKILLDDK ASKKFDETID GFKTLKFKLI TILRFNIRAL CIYDIGSFFQ NTKIWNMDVG SIELDQNIAS LISELRRTE SKLKQQLPEK EKNSIFIGLD IVNNYALIKG AKSIKVLNHN GIKKMLRNVN VLQHAYRNLS SEPSKINMNV T MNFYSLCG SSEAELFEYI KDNELPHCSV EDLKTILRLQ FSEEMHRQLK RQSTSSTKGS IKPSNKRYTE ALEKLSNLEK EQ SKEGART KIGKLKSKLN AVHTANEK

UniProtKB: Exocyst complex component SEC8

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分子 #5: Exocyst complex component SEC10

分子名称: Exocyst complex component SEC10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 100.459578 KDa
配列文字列: MNSLYELDPK WKKLLKTDNF LGGLTVNEFV QELSKDHRND VLIDANTKNL PTNEKDQDAI REAIWKQLDP KPYIRTFEST LKELKNLNE ETLNKRQYFS EQVATQEVIH SENVIKLSKD LHTTLLTFDK LDDRLTNVTQ VVSPLGDKLE TAIKKKQNYI Q SVELIRRY ...文字列:
MNSLYELDPK WKKLLKTDNF LGGLTVNEFV QELSKDHRND VLIDANTKNL PTNEKDQDAI REAIWKQLDP KPYIRTFEST LKELKNLNE ETLNKRQYFS EQVATQEVIH SENVIKLSKD LHTTLLTFDK LDDRLTNVTQ VVSPLGDKLE TAIKKKQNYI Q SVELIRRY NDFYSMGKSD IVEQLRLSKN WKLNLKSVKL MKNLLILSSK LETSSIPKTI NTKLVIEKYS EMMENELLEN FN SAYRENN FTKLNEIAII LNNFNGGVNV IQSFINQHDY FIDTKQIDLE NEFENVFIKN VKFKEQLIDF ENHSVIIETS MQN LINDVE TVIKNESKIV KRVFEEKATH VIQLFIQRVF AQKIEPRFEV LLRNSLSISN LAYVRILHGL FTLFGKFTKS LIDY FQLLE IDDSNQILST TLEQCFADLF SHYLYDRSKY FGIEKRSLEA ILVDMTSKFT VNYDKEINKR VLLDKYKEKL STNVD AFMH SPRGNTHSRQ DSTSRSKLSQ FNSFLKTHLD KDHLSLNRTN TLSDSFNNSS SSTQYDVANN SSSLVNSSFT ASDIDN SPN SPANYSLNDV DSMLKCVVES TARVMELIPN KAHLYILEIL KIMFLGIVDS YMEIALEVAY WKICKVDINK TAGVVNL NF LKFISMSTEI LDLLSISIKS IFLPLLNNSP EIKAQIIEMT NSQIQKMEIL INIILQETIT VISTKFSAIL CKQKKKDF V PKSQELLDQD TLPAIEIVNI LNLIFEQSSK FLKGKNLQTF LTLIGEELYG LLLSHYSHFQ VNSIGGVVVT KDIIGYQTA IEDWGVASLI DKFATLRELA NLFTVQPELL ESLTKEGHLA DIGRDIIQSY ISNREDFNHD NFINSVKLNF R

UniProtKB: Exocyst complex component SEC10

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分子 #6: Exocyst complex component SEC15

分子名称: Exocyst complex component SEC15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 105.166641 KDa
配列文字列: MDQEGQPLLS KDFQQVLLAT ASGNNSSWTE RAVLNNESTD AVKHEPALGQ NDVFDLDPLS FDKWVPFLRR ALDKNQLDPV IDELENSIE DNFQGLELQL LQDSQMNDKL ETSIDEIANI QGMVQDTLSS EISKFQIRLS ESANELIVKK QMYVNNKKIS L KISEATIL ...文字列:
MDQEGQPLLS KDFQQVLLAT ASGNNSSWTE RAVLNNESTD AVKHEPALGQ NDVFDLDPLS FDKWVPFLRR ALDKNQLDPV IDELENSIE DNFQGLELQL LQDSQMNDKL ETSIDEIANI QGMVQDTLSS EISKFQIRLS ESANELIVKK QMYVNNKKIS L KISEATIL ITKVVRILEL SSKCQELITE RKFFKVLQNL DSLEKLYLQE FKNYNFQFLI EIYNSIPFLQ KVTKDECINL IR NSLNLNL GKNLIKVGQE FVAIYENELL PQWLETRSKM KLTNFKFNSP IEISMRDESF LAKLNLGEFF QLDDFHDSIM IFQ NLNELS VLSGEFNKEY ELRKTKLMYP LIWKKNKTAA YQMDSLLRGT GTTPGSTAHD VSTDDPFTQS LSLHFLQDYF LKIL GFLLY DINLNKATEF ILVDNNYNST NEFWDGLMDR LSPYLSYFID EKLKTEEDMI KLKDFLCIYV AILENFKLNI EPLYK ILVS IFEKFCSVSL RAFDDEFQIL LNDDDFMPLS INDKTLYEKV LKICWMKEGE HLSLPDPTNG EPFAVTLPFS PLYPMT CTL AKKTYSKITA FLSIFYRHEL HTLNNILVKT MDDIFNDIVN KKIRSKLEST SREEIAQILV NLDYFIIAAK EFSNFMT RE NILQNPDMEI RLSSIKYLAE SRKLAETKLI ELIDSKISDI LETIEIDWQI TEVRQDPDIS IIDLAQFLEM MFASTLQN L PYSVQTLLIF REFDSLTRQF MGLLLHDTPS TITHESIMNF EVDVNYLESI IPRIFPSTPG TIDSNGYQSP MTPSTPTFP NANGVDAPTL FENNIKSLEA TFMELKQCIE LLKTQGKDYN EPEIRLRKYS RIRQEDAALL LSKIQHFVSS VEGANGDDTS VMDSSSIFN SESASVIDSN TSRIAKFFNR R

UniProtKB: Exocyst complex component SEC15

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分子 #7: Exocyst complex component EXO70

分子名称: Exocyst complex component EXO70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 71.382328 KDa
配列文字列: MPAEIDIDEA DVLVLSQELQ KTSKLTFEIN KSLKKIAATS NQSSQLFTPI LARNNVLTTL QRNIESTLNS VASVKDLANE ASKYEIILQ KGINQVGLKQ YTQVVHKLDD MLEDIQSGQA NREENSEFHG ILTHLEQLIK RSEAQLRVYF ISILNSIKPF D PQINITKK ...文字列:
MPAEIDIDEA DVLVLSQELQ KTSKLTFEIN KSLKKIAATS NQSSQLFTPI LARNNVLTTL QRNIESTLNS VASVKDLANE ASKYEIILQ KGINQVGLKQ YTQVVHKLDD MLEDIQSGQA NREENSEFHG ILTHLEQLIK RSEAQLRVYF ISILNSIKPF D PQINITKK MPFPYYEDQQ LGALSWILDY FHGNSEGSII QDILVGERSK LILKCMAFLE PFAKEISTAK NAPYEKGSSG MN SYTEALL GFIANEKSLV DDLYSQYTES KPHVLSQILS PLISAYAKLF GANLKIVRSN LENFGFFSFE LVESINDVKK SLR GKELQN YNLLQDCTQE VRQVTQSLFR DAIDRIIKKA NSISTIPSNN GVTEATVDTM SRLRKFSEYK NGCLGAMDNI TREN WLPSN YKEKEYTLQN EALNWEDHNV LLSCFISDCI DTLAVNLERK AQIALMPNQE PDVANPNSSK NKHKQRIGFF ILMNL TLVE QIVEKSELNL MLAGEGHSRL ERLKKRYISY MVSDWRDLTA NLMDSVFIDS SGKKSKDKEQ IKEKFRKFNE GFEDLV SKT KQYKLSDPSL KVTLKSEIIS LVMPMYERFY SRYKDSFKNP RKHIKYTPDE LTTVLNQLVR

UniProtKB: Exocyst complex component EXO70

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分子 #8: Exocyst complex component EXO84

分子名称: Exocyst complex component EXO84 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 85.649672 KDa
配列文字列: MVEFSLKKAR NNWKHVKKSA SSPAKQKTPP SPAKPKQKTK KNPYSDLKDP ATSYTLPTIN ARERSRVATS MQRRLSIHNT NYAPPTLDY SMPLPDMPNM IVPNDNVDSS HNNSSFTTEN ESVSSKGPSN SLNLSTADLS LNDSSYNKVP ARSAMRNTVN P SGSNDPFN ...文字列:
MVEFSLKKAR NNWKHVKKSA SSPAKQKTPP SPAKPKQKTK KNPYSDLKDP ATSYTLPTIN ARERSRVATS MQRRLSIHNT NYAPPTLDY SMPLPDMPNM IVPNDNVDSS HNNSSFTTEN ESVSSKGPSN SLNLSTADLS LNDSSYNKVP ARSAMRNTVN P SGSNDPFN NSTSLRKMLA NPHFNAKDFV HDKLGNASAI TIDKFTSNLT DLSIQVQEEV KLNINKSYNE IMTVNNDLNV AM LELKRVR ANINDLNEVL DQCTKIAEKR LQLQDQIDQE RQGNFNNVES HSNSPALLPP LKAGQNGNLM RRDRSSVLIL EKF WDTELD QLFKNVEGAQ KFINSTKGRH ILMNSANWME LNTTTGKPLQ MVQIFILNDL VLIADKSRDK QNDFIVSQCY PLKD VTVTQ EEFSTKRLLF KFSNSNSSLY ECRDADECSR LLDVIRKAKD DLCDIFHVEE ENSKRIRESF RYLQSTQQTP GRENN RSPN KNKRRSMGGS ITPGRNVTGA MDQYLLQNLT LSMHSRPRSR DMSSTAQRLK FLDEGVEEID IELARLRFES AVETLL DIE SQLEDLSERI SDEELMLLNL ISLKIEQRRE AISSKLSQSI LSSNEIVHLK SGTENMIKLG LPEQALDLFL QNRSNFI QD LILQIGSVDN PTNYLTQLAV IRFQTIKKTV EDFQDIFKEL GAKISSILVD WCSDEVDNHF KLIDKQLLND EMLSPGSI K SSRKQIDGLK AVGLDFVYKL DEFIKKNSDK IR

UniProtKB: Exocyst complex component EXO84

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.30 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
グリッド前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unspecified

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 6466 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: de novo model generated in cryoSPARC.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 67509
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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画像解析 #2

Image processing ID2
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 67509
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5yfp


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6vkl:
Negative stain reconstruction of the yeast exocyst octameric complex.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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