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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21205 | ||||||||||||
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タイトル | Human Teneurin-2 and human Latrophilin-3 binary complex | ||||||||||||
マップデータ | Teneurin-Latrophilin complex containing domain 1-5 of human Teneurine-2 and Lectin domain of human Latrophilin-3 | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / positive regulation of filopodium assembly / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / neuron development / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / filopodium / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway ...retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / positive regulation of filopodium assembly / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / neuron development / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / filopodium / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuron migration / PML body / cell-cell adhesion / cell-cell junction / cell junction / growth cone / carbohydrate binding / postsynaptic membrane / dendritic spine / cell surface receptor signaling pathway / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / axon / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / dendrite / calcium ion binding / synapse / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / membrane / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Xie Y / Li J / Arac D / Zhao M | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Alternative splicing controls teneurin-latrophilin interaction and synapse specificity by a shape-shifting mechanism. 著者: Jingxian Li / Yuan Xie / Shaleeka Cornelius / Xian Jiang / Richard Sando / Szymon P Kordon / Man Pan / Katherine Leon / Thomas C Südhof / Minglei Zhao / Demet Araç / 要旨: The trans-synaptic interaction of the cell-adhesion molecules teneurins (TENs) with latrophilins (LPHNs/ADGRLs) promotes excitatory synapse formation when LPHNs simultaneously interact with FLRTs. ...The trans-synaptic interaction of the cell-adhesion molecules teneurins (TENs) with latrophilins (LPHNs/ADGRLs) promotes excitatory synapse formation when LPHNs simultaneously interact with FLRTs. Insertion of a short alternatively-spliced region within TENs abolishes the TEN-LPHN interaction and switches TEN function to specify inhibitory synapses. How alternative-splicing regulates TEN-LPHN interaction remains unclear. Here, we report the 2.9 Å resolution cryo-EM structure of the TEN2-LPHN3 complex, and describe the trimeric TEN2-LPHN3-FLRT3 complex. The structure reveals that the N-terminal lectin domain of LPHN3 binds to the TEN2 barrel at a site far away from the alternatively spliced region. Alternative-splicing regulates the TEN2-LPHN3 interaction by hindering access to the LPHN-binding surface rather than altering it. Strikingly, mutagenesis of the LPHN-binding surface of TEN2 abolishes the LPHN3 interaction and impairs excitatory but not inhibitory synapse formation. These results suggest that a multi-level coincident binding mechanism mediated by a cryptic adhesion complex between TENs and LPHNs regulates synapse specificity. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21205.map.gz | 49.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21205-v30.xml emd-21205.xml | 27.8 KB 27.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21205_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21205.png | 78.9 KB | ||
その他 | emd_21205_additional_1.map.gz emd_21205_additional_2.map.gz emd_21205_additional_3.map.gz emd_21205_half_map_1.map.gz emd_21205_half_map_2.map.gz | 49.6 MB 60 MB 60 MB 49.7 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21205 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21205 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21205_validation.pdf.gz | 667.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21205_full_validation.pdf.gz | 667.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21205_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21205_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21205 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21205 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21205.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Teneurin-Latrophilin complex containing domain 1-5 of human Teneurine-2 and Lectin domain of human Latrophilin-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Refined map focusing on Domain 3
ファイル | emd_21205_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Refined map focusing on Domain 3 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Postprocessed map (sharpened and filtered)
ファイル | emd_21205_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map (sharpened and filtered) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map for main entry
ファイル | emd_21205_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map for main entry | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_21205_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_21205_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Binary complex of human Teneurin-2 with human Latrophilin-3 extra...
全体 | 名称: Binary complex of human Teneurin-2 with human Latrophilin-3 extracellular domain |
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要素 |
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-超分子 #1: Binary complex of human Teneurin-2 with human Latrophilin-3 extra...
超分子 | 名称: Binary complex of human Teneurin-2 with human Latrophilin-3 extracellular domain タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: The binary complex includes human Teneurin2 (TENM2) (Teneurin without alternative splice sequence NKEFKHS) and human Latrophilin3 (LPHN3/ADGRL3) with an alternative splice sequence KVEQK ...詳細: The binary complex includes human Teneurin2 (TENM2) (Teneurin without alternative splice sequence NKEFKHS) and human Latrophilin3 (LPHN3/ADGRL3) with an alternative splice sequence KVEQK between lectin domain and olfactomedin domain. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: Hi5 |
分子量 | 実験値: 314 KDa |
-分子 #1: Teneurin-2
分子 | 名称: Teneurin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 216.254578 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: TSCADNKDNE GDGLVDCLDP DCCLQSACQN SLLCRGSRDP LDIIQQGQTD WPAVKSFYDR IKLLAGKDST HIIPGENPFN SSLVSLIRG QVVTTDGTPL VGVNVSFVKY PKYGYTITRQ DGTFDLIANG GASLTLHFER APFMSQERTV WLPWNSFYAM D TLVMKTEE ...文字列: TSCADNKDNE GDGLVDCLDP DCCLQSACQN SLLCRGSRDP LDIIQQGQTD WPAVKSFYDR IKLLAGKDST HIIPGENPFN SSLVSLIRG QVVTTDGTPL VGVNVSFVKY PKYGYTITRQ DGTFDLIANG GASLTLHFER APFMSQERTV WLPWNSFYAM D TLVMKTEE NSIPSCDLSG FVRPDPIIIS SPLSTFFSAA PGQNPIVPET QVLHEEIELP GSNVKLRYLS SRTAGYKSLL KI TMTQSTV PLNLIRVHLM VAVEGHLFQK SFQASPNLAY TFIWDKTDAY GQRVYGLSDA VVSVGFEYET CPSLILWEKR TAL LQGFEL DPSNLGGWSL DKHHILNVKS GILHKGTGEN QFLTQQPAII TSIMGNGRRR SISCPSCNGL AEGNKLLAPV ALAV GIDGS LYVGDFNYIR RIFPSRNVTS ILELRNNPAH KYYLAVDPVS GSLYVSDTNS RRIYRVKSLS GTKDLAGNSE VVAGT GEQC LPFDEARCGD GGKAIDATLM SPRGIAVDKN GLMYFVDATM IRKVDQNGII STLLGSNDLT AVRPLSCDSS MDVAQV RLE WPTDLAVNPM DNSLYVLENN VILRITENHQ VSIIAGRPMH CQVPGIDYSL SKLAIHSALE SASAIAISHT GVLYITE TD EKKINRLRQV TTNGEICLLA GAASDCDCKN DVNCNCYSGD DAYATDAILN SPSSLAVAPD GTIYIADLGN IRIRAVSK N KPVLNAFNQY EAASPGEQEL YVFNADGIHQ YTVSLVTGEY LYNFTYSTDN DVTELIDNNG NSLKIRRDSS GMPRHLLMP DNQIITLTVG TNGGLKVVST QNLELGLMTY DGNTGLLATK SDETGWTTFY DYDHEGRLTN VTRPTGVVTS LHREMEKSIT IDIENSNRD DDVTVITNLS SVEASYTVVQ DQVRNSYQLC NNGTLRVMYA NGMGISFHSE PHVLAGTITP TIGRCNISLP M ENGLNSIE WRLRKEQIKG KVTIFGRKLR VHGRNLLSID YDRSIRTEKI YDDHRKFTLR IIYDQVGRPF LWLPSSGLAA VN VSYFFNG RLAGLQRGAM SERTDIDKQG RIVSRMFADG KVWSYSYLDK SMVLLLQSQR QYIFEYDSSD RLLAVTMPSV ARH SMSTHT SIGYIRNIYN PPESNASVIF DYSDDGRILK TSFLGTGRQV FYKYGKLSKL SEIVYDSTAV TFGYDETTGV LKMV NLQSG GFSCTIRYRK IGPLVDKQIY RFSEEGMVNA RFDYTYHDNS FRIASIKPVI SETPLPVDLY RYDEISGKVE HFGKF GVIY YDINQIITTA VMTLSKHFDT HGRIKEVQYE MFRSLMYWMT VQYDSMGRVI KRELKLGPYA NTTKYTYDYD GDGQLQ SVA VNDRPTWRYS YDLNGNLHLL NPGNSVRLMP LRYDLRDRIT RLGDVQYKID DDGYLCQRGS DIFEYNSKGL LTRAYNK AS GWSVQYRYDG VGRRASYKTN LGHHLQYFYS DLHNPTRITH VYNHSNSEIT SLYYDLQGHL FAMESSSGEE YYVASDNT G TPLAVFSING LMIKQLQYTA YGEIYYDSNP DFQMVIGFHG GLYDPLTKLV HFTQRDYDVL AGRWTSPDYT MWKNVGKEP APFNLYMFKS NNPLSSELGL KNYVTDVKSW LVMFGFQLSN IIPGFPRAKM YFVPPPYELS ESQASENGQL ITGVQQKTER HNQAFMALE GQVITKKLHA SIREKAGHWF ATTTPIIGKG IMFAIKEGRV TTGVSSIASE DSRKVASVLN NAYYLDKMHY S IEGKDTHY FVKIGSADGD LVTLGTTIGR KVLESGVNVT VSQPTLLVNG RTRRFTNIEF QYSTLLLSIR YGLTPDTLDE EK ARVLDQA RQRALGTAWA KEQQKARDGR EGSRLWTEGE KQQLLSTGRV QGYEGYYVLP VEQYPELADS SSNIQFLRQN EMG KRHHHH HH |
-分子 #2: Adhesion G protein-coupled receptor L3
分子 | 名称: Adhesion G protein-coupled receptor L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 95.209586 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: SRAPIPMAVV RRELSCESYP IELRCPGTDV IMIESANYGR TDDKICDSDP AQMENIRCYL PDAYKIMSQR CNNRTQCAVV AGPDVFPDP CPGTYKYLEV QYECVPYKVE QKVFLCPGLL KGVYQSEHLF ESDHQSGAWC KDPLQASDKI YYMPWTPYRT D TLTEYSSK ...文字列: SRAPIPMAVV RRELSCESYP IELRCPGTDV IMIESANYGR TDDKICDSDP AQMENIRCYL PDAYKIMSQR CNNRTQCAVV AGPDVFPDP CPGTYKYLEV QYECVPYKVE QKVFLCPGLL KGVYQSEHLF ESDHQSGAWC KDPLQASDKI YYMPWTPYRT D TLTEYSSK DDFIAGRPTT TYKLPHRVDG TGFVVYDGAL FFNKERTRNI VKFDLRTRIK SGEAIIANAN YHDTSPYRWG GK SDIDLAV DENGLWVIYA TEQNNGKIVI SQLNPYTLRI EGTWDTAYDK RSASNAFMIC GILYVVKSVY EDDDNEATGN KID YIYNTD QSKDSLVDVP FPNSYQYIAA VDYNPRDNLL YVWNNYHVVK YSLDFGPLDS RSGQAHHGQV SYISPPIHLD SELE RPSVK DISTTGPLGM GSTTTSTTLR TTTLSPGRST TPSVSGRRNR STSTPSPAVE VLDDMTTHLP SASSQIPALE ESCEA VEAR EIMWFKTRQG QIAKQPCPAG TIGVSTYLCL APDGIWDPQG PDLSNCSSPW VNHITQKLKS GETAANIARE LAEQTR NHL NAGDITYSVR AMDQLVGLLD VQLRNLTPGG KDSAARSLNK AMVETVNNLL QPQALNAWRD LTTSDQLRAA TMLLHTV EE SAFVLADNLL KTDIVRENTD NIKLEVARLS TEGNLEDLKF PENMGHGSTI QLSANTLKQN GRNGEIRVAF VLYNNLGP Y LSTENASMKL GTEALSTNHS VIVNSPVITA AINKEFSNKV YLADPVVFTV KHIKQSEENF NPNCSFWSYS KRTMTGYWS TQGCRLLTTN KTHTTCSCNH LTNFAVLMAH VEVKHSDAVH DLLLDVHHHH HH |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 5402 / 平均露光時間: 4.2 sec. / 平均電子線量: 60.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |